Tudi komenzali niso od muh

Tako imenovane komenzalne*) bakterije naj bi, kot nas na to opozori nedavni članek v reviji Science in ga povzema The Scientist, v nasprotju z dosedanjim prepričanjem v prebavilih lahko povzročale tudi škodo, podobno kot patogene bakterije. Raziskovalci so npr. pri bakteriji Escherichia coli odkrili nabor genov (v genomskem otoku pks), ki lahko povzročijo lomljene dvojne vijačnice gostiteljske evkariontske DNA. Sprožijo torej mehanizem, ki bi lahko izzval raka v prebavilih. Podatek je pomemben tudi zato, ker bo potrebno v prihodnje z večjo skrbjo preverjati lastnosti t. i. probiotskih bakterij, ki jih običajno rekrutiramo iz skupine komenzalnih bakterij.

*) komenzalen … živi v sožitju z drugim organizmom, ki mu zagotavlja hrano in mu ne povzroča škode. Komenzalne bakterije so del običajne mikrobne združbe prebavil.

Dobrodošlica blogu

Z navdušenjem pozdravljam prihod novega strokovnega bloga na sceno slovenske blogosfere (upam, da s trditvijo, da je nov ne zavajam). Blog z imenom ZNANOST @ CLOVESTVO.EDU domuje  v Delovi blogarski druščini. Avtorju s psevdonimom kvark želim veliko zadovoljstva v njegovem poslanstvu.

Morska mikrobna raznovrstnost

Objava o ugotovitvah raziskovalcev mednarodne mreže ICOMM v julijski številki ameriške revije Proceedings of the National Academy of Sciences journal sporoča, da je mikrobna raznovrstnost morskih okolij 10 do 100 krat večja, kot je veljalo doslej. Ob sorazmerno majhnem številu različnih vrst, ki prevladujejo v vzorcih, prispeva več tisoč vrst v majhni gostoti (t. i. redka biosfera - ‘‘rare biosphere’’) k veliki pestrosti okolja. Starost te biosfere prispeva neizčrpen vir genomske inovacije. Več o projektih raziskav morskih ekosistemov lahko najdete na straneh Census of Marine Life (COML) skupaj s projektom baze OBIS, International Census of Marine Microbes (ICOMM) in mreže Marine Biodiversity and Ecosystem Functioning (MARBEF).  

Zares uspeh

Naš študent mikrobiologije Rok Tkavc mi je poslal zares razveseljivo novico. Posredujem jo kar v celoti:

6 študentov mikrobiologije (5 študentov tretjega letnika in 1 iz četrtega), 1 študent biokemije in 2 študenta fizike je bilo izbranih za sodelovanje pri projektu iGEM 2006 (International Genetically Engineered Machine competition). Praktično delo v laboratoriju poteka že od junija, v začetku novembra pa se bomo udeležili srečanja vseh ekip na MIT-u in svetu predstavili svoje delo (in jih pravtako informirali, da Slovenija ni Slovaška ali pa Transilvanija :-) ).
iGEM 2006: http://parts.mit.edu/wiki/index.php/Main_Page
Stran slovenske ekipe: http://parts.mit.edu/wiki/index.php/University_of_Ljubljana_&_National_Institute_of_Chemistry,_Ljubljana,_Slovenia_2006

Zares izjemen dosežek! Iskreno čestitam!

Na lov za novicami

Je čas počitnic, vsi študijski pogoji so narejeni; zunaj trenutno dežuje! Kako primeren čas za brskanje po spletu. Zato naj vas opozorim na nekaj naslovov, kjer boste našli zanimive novičke iz sveta mikrobiologije. Microbes.info, sem že pred časom omenil. Na portalu Topix.net boste našli aktualne novice pa tudi dostop do tematskega foruma. Založba McGraw Hill ob najavi svojega učbenika ponuja tudi spisek Microbiology in the News. Tudi za radovedne je Suite 101, elektronski portal, kjer mikrobiološko stran ureja  N. R. Chamberlain, znan in učinkovit info promotor za mikrobiologijo. Podoben portal z zelo zanimivimi sporočili je na BrightSurf.com, na katerega se lahko tudi naročite preko RSS. In seveda ne moremo mimo ameriškega mikrobiološkega društva (ASM), ki na svoji strani Media Information prinaša novice, kratka poročila, izvlečke pomembnih člankov in še marsikaj. Za danes toliko, če pa kdo od bralcev najde zanimivo stran naj jo sporoči, na koncu tega zapisa kliknite na comments in pustite sporočilo... Vabim vas pa seveda, da se oglasite tudi če imate kakšno kritiko, pripombo, nasvet; vse je dobrodošlo.

Obsevane vakcine

Po reviji Scientific American povzemam: Od časov Louis-a Pasteur-ja delujejo vakcine po principu, da z vbrizganjem mrtvih ali oslabljenih patogenov v telo priučimo imunski sistem za borbo proti njim. Vendar vakcine iz oslabljenih mikroorganizmov potrebujejo do uporabe trajno ohlajanje, take iz ubitih mikrobov pa izzovejo ponavadi slabši imunski odziv, kar zahteva večkratno »poživilno« dajanje vakcine. Nove raziskave pa obujajo staro idejo - ubijanje mikroorganizmov z obsevanjem z gama žarki -  ki obeta, da obsevane vakcine zagotavljajo močno imunsko zaščito.

Priprava arom

Priprava različnih arom, ki so v uporabi npr. v prehranski ali kozmetični industriji in temeljijo na naravnih ali umetnih sadnih okusih in vonjih, je neredko zahtevna in tudi ni poceni. Morda bo pot k učinkovitejši proizvodnji skrajšala priprava arom s pomočjo mikroorganizmov, v katere bi vnesli genski zapis za njihovo izdelavo in jih nato pripravljali v biotehnološkem fermentacijskem postopku.      

Razširjanje življenja v vesolju?

Najdba meteoritov na Zemlji, ki bi naj izvirali iz Marsa je v devetdesetih letih prejšnjega stoletja sprožila veliko ugibanj, da je to morda možnost raznosa življenja v medplanetarnem, morda celo v medzvezdnem prostoru. Zdaj ponujajo še drugo tezo. Elektroinženir Dehel je namreč izračunal učinek elektromagnetnega polja na bakterijsko celico z električnim nabojem. Dokazal je, da bi bakterija zlahka zapustila zemeljsko gravitacijo zaradi vpliva podobnega elektromagnetnega polja, kot ga povzroča znan fenomen avrore. In ker že imamo tudi poročila, da lahko bakterije preživijo pogoje v medplanetnem prostoru, to seveda krepi spekulacije o razširjanju življenja po tej poti na velike razdalje.

Nova genomska koda?

Povsem mogoče je, da bomo morali prav kmalu spremeniti dosedanjo predstavo o genski kodi na ravni aminokislinske prepoznave in dodati nov kodirni ključ za prepoznavo proteinskih enot, kot napoveduje članek Segala in sod. v revije Nature. Novi ključ  naj bi določal položaj nukleosomov, majhnih proteinov v jedrovini, okoli katerih se navija DNA trak. Nukleosomi dednino varujejo in nadzorujejo dostop do nje. Če bo odkritje potrjeno, naj bi razkrilo kontrolo aktiviranja genov, mehanizma, ki je vezan na delovanje transkripcijskih faktorjev. Nukleosomska koda naj bi kot nadgrajena koda morda tudi pojasnila smisel navidez odvečnega kodiranja posamezne aminokisline z različnimi nukleotidnimi tripletnimi kodami.

Kongres FEMS

Kot gotovo veste, je bil 2. kongres evropskih mikrobiologov med 4. in 8. julijem v Madridu (Španija). Spomnim naj, da je bil prvi kongres leta 2003 v Ljubljani in da bo tretji kongres v Göteborgu (Švedska) v juniju/juliju 2009. Značilno za take dogodke je seveda, da se močno predstavita zlasti znanost in stroka vsakokratne države prirediteljice. Mislim, da so Španci to dobro izkoristili. Na hitro sem »prečesal« nabor predavateljev na simpozijih kongresa in skušal ugotoviti koliko jih je nastopilo za posamezno državo. Španija je tako uspela ponuditi največ predavateljev: 47. Sledijo Nemčija s 36 nastopi, Francija 27, Velika Britanija 20, Nizozemska 14, Izrael 10, Portugalska 9, Italija 7, Danska 5, Švica 5, Belgija 4, Norveška 3 Švedska 3, Avstrija 2, Irska 2, Poljska 2. Slovenija je bila z 1 referatom v dobri družbi še s Češko 1, Finsko 1, Grčijo 1, Hrvaško 1, Islandijo 1 in Slovaško 1. Kongres je imel tudi globalno razsežnost in predavatelji so prišli praktično z vseh kontinentov: iz ZDA 14, Avstralije 3, Rusije 2, Kitajske 2, Brazilije 1, Čila 1, Mehike 1, Nove Zelandije 1 in Tunisa 1.

O varnosti

Na naši fakulteti (BF) smo po dolgem času doživeli, da smo pričeli nekoliko več pozornosti posvečati varnosti pri delu, tako sodelavcev kot študentov. ZVD je pripravil predavanja za vse sodelavce ustanove, opravljen pa je bil tudi strokoven pregled dejavnosti, prostorov in opreme. Zelo priporočljiv ukrep (!!!), zlasti če bo spremljan tudi z večjim, predvsem pa učinkovitejšim vlaganjem v ustrezno infrastrukturo. Pozornost pa mi je zbudila podrobnost, da je bilo veliko govora o varovanju pred nevarnostmi fizikalnih in kemijskih vplivov, skoraj pa ni bila omenjena biološka (ne)varnost. Zelo različno kot se tega lotevajo npr. v ZDA, kjer je bila nedavno izvedena vsenacionalna kontrola, kako univerze skrbijo za varnost pred »izbranimi dejavniki« (angl. »select agents«), kamor štejejo seveda ali celo predvsem biološki dejavniki. No tudi v ZDA inšpektorji niso bilo povsem zadovoljni z najdenim, kot o tem piše e-revija Insidie Higher Ed in kot je mogoče prebrati v inšpekcijskem poročilu.

Bakterije zlatokopi

Avstralskim raziskovalcem pod vodstvom F. Reitha je uspelo z vrsto preskusov močno okrepiti predvidevanja, da bakterije pomembno sodelujejo pri oblikovanju zlatih zrnc v zlatonosnih tleh, kot lahko preberemo >tukaj in >tukaj. Osumljena je bakterija Ralstonia metallidurans, ki naj bi s fiksacijo zlata v zrncih odstranjevala kovino, strupeno za druge mikrobne partnerje v ekosistemu.

Arheje (ni)so patogene?

Doslej je veljalo, da v mikrobni domeni Archaea ne najdemo patogenih mikrobov. Sedaj pa Hans-Peter Horz in sod. poročajo, da so pri preučevanju mikrobne ekologije okuženih zobnih koreninskih kanalov z metodo kvantitativne PCR v realnem času odkrili arhejske sekvence (J. Clin. Microbiol., 44, april 2006, str. 1274-82). Zdravi koreninski kanali so po Horzu sterilna okolja, mikrobi, ki jih tam najdemo naj bi torej imeli lastnosti patogenih mikroorganizmov za prodor vanje in za izmikanje imunski obrambi gostitelja. Seveda bi bilo prezgodaj, da bi z gensko sledjo najdene predstavnike vrste Methanobrevibacter oralis nedvoumno opredelili za patogene mikrobe v kontekstu izpolnitve Kochovih postulatov; za to bodo nedvomno potrebne dodatne raziskave.

Biology News Net

Imate izkušnje s forumi, radi razpravljate s somišljeniki, potem je pravi naslov za vas forum Biology News Net. Med drugim ima tudi tematska polja o mikrobiologiji, bioinformatiki, biotehnologiji in več drugih. Vendar pa preden se vključite preberite navodila, ki jih najdete na strani FAQ.

E-učbenik Genetike

V kolikor ne prebirate bloga KeBi03 (in delate napako!), kjer sem našel naslednjo informacijo, naj vam vseeno zaupam povezavo do novega slovenskega e-učbenika Genetike dr. Tomaža Amona.  

Povezave...

Na spletnem portalu Connexions, o katerem govorim tudi >tukaj, boste našli obilico učnega gradiva v obliki revijalnih člankov ali pa učnih vsebin, pomembnih tudi za vede o živem svetu. Nekaj primerov preglednih vsebin (z imenom moduli), ki omogočajo tudi vstop v forumsko razpravo: A Brief History of Life on Earth, Definition of Biodiversity, Introduction to the Biodiversity Hierarchy, Alpha, Beta, and Gamma Diversity, Spatial Gradients in Biodiversity. Ali pa primera učnih vsebin: Bios 533 Bioinformatics in Bioinformatics-UH course. Poiščite si še kakšno svojo vsebino.

Bakterije za energijo

Mikroorganizmi, konkretno bakterije, naj bi uporabljali elektroprevodne nanožice (angl. »nanowires«) za transport elektronov med celicami, kot lahko preberemo v nedavnem preglednem zapisu v The Scientistu. Za strukturo, ki jo v bakterijski celični anatomiji poznamo kot »pilus«, odkrivajo v mikrobnih filmih dodatno vlogo pri prenosu elektronov in s tem pri posredovanju energije med celicami v mikrobnem skupku. Ob uporabi mikroskopije na tunelski tok (STM) in s tunelsko spektroskopijo so ugotovili pri fotosinteznih cianobakterijah Synechocystis desetine mikronov dolge šope pilusov z veliko elektroprevodnostjo. Gotovo so to novice, ki v trenutno z energetsko krizo senzibiliziranem svetu močno odmevajo.

Tveganost neterapevtske rabe antibiotikov

Poročilo evropskega Inštituta za prehransko tehnologijo (IFT) ponuja zanimiv in nov razmislek o vplivu rabe antibiotikov v prehrani živali na pojavljanje odpornosti bakterij proti antibiotikom. Doslej je veljalo, da je taka raba problematična in so jo v evropskih državah v veliki meri prepovedali. Ekspertno poročilo z nedavnega posveta IFT pa opozarja, da izločitev antibiotikov iz neterapevtske uporabe (izboljšanje rasti, sanitacija, dezinfekcija) lahko pomeni povečanje zdravstvenih problemov v reji živali, posledično pa povečanje uporabe terapevtskih antibiotikov za zdravljenje živali in s tem povečanje neposrednega vpliva na pojavljanje proti terapevtskim antibiotikom odpornih mikroorganizmov.

Obeti za zdravljenje črevesnih infekcij

Novoodkriti receptor bakterije Escherichia coli je mogoče blokirati tako, da preprečimo infekcijo, kar je najdba raziskovalcev na teksaški univerzi, ki bo v prihodnje morda omogočila razvoj novega zdravljenje bakterijskih bolezni kot so zastrupitve s hrano, diareje ali kuga.

Perifitna megadiverziteta

Preučevanje mikrobiomov, kot tudi pravimo celotni mikrobni združbi v različnih ekosistemih, je trenutno prava moda, zlasti mu daje krila vse učinkovitejša tehnologija metagenomskega raziskovanja. Modnost ji (ne)hote dajejo tudi zelo odmevni veliki raziskovalni projekti ene velikih zvezd genomike, namreč J. C. Venterja. Danes je v spletu zlahka mogoče prebrati obilico zanimivega o morskih mikrobiomih, talnih mikrobiomih, oralnih mikrobiomih, intestinalnih mikrobiomih…
Izjemno bogastvo mikrobne raznolikosti naj bi po novih objavah skrival brazilski tropski pragozd. Kot lahko preberemo v spletni izdaji revije Scientific American, so brazilski raziskovalci s presejalnim preiskovanjem perifitne (na listni površini) mikrobne združbe napovedali, da naj bi to okolje skrivalo med 2 do 13 milijoni doslej neodkritih mikrobnih vrst.