Kongres FEMS

Kot gotovo veste, je bil 2. kongres evropskih mikrobiologov med 4. in 8. julijem v Madridu (Španija). Spomnim naj, da je bil prvi kongres leta 2003 v Ljubljani in da bo tretji kongres v Göteborgu (Švedska) v juniju/juliju 2009. Značilno za take dogodke je seveda, da se močno predstavita zlasti znanost in stroka vsakokratne države prirediteljice. Mislim, da so Španci to dobro izkoristili. Na hitro sem »prečesal« nabor predavateljev na simpozijih kongresa in skušal ugotoviti koliko jih je nastopilo za posamezno državo. Španija je tako uspela ponuditi največ predavateljev: 47. Sledijo Nemčija s 36 nastopi, Francija 27, Velika Britanija 20, Nizozemska 14, Izrael 10, Portugalska 9, Italija 7, Danska 5, Švica 5, Belgija 4, Norveška 3 Švedska 3, Avstrija 2, Irska 2, Poljska 2. Slovenija je bila z 1 referatom v dobri družbi še s Češko 1, Finsko 1, Grčijo 1, Hrvaško 1, Islandijo 1 in Slovaško 1. Kongres je imel tudi globalno razsežnost in predavatelji so prišli praktično z vseh kontinentov: iz ZDA 14, Avstralije 3, Rusije 2, Kitajske 2, Brazilije 1, Čila 1, Mehike 1, Nove Zelandije 1 in Tunisa 1.

O varnosti

Na naši fakulteti (BF) smo po dolgem času doživeli, da smo pričeli nekoliko več pozornosti posvečati varnosti pri delu, tako sodelavcev kot študentov. ZVD je pripravil predavanja za vse sodelavce ustanove, opravljen pa je bil tudi strokoven pregled dejavnosti, prostorov in opreme. Zelo priporočljiv ukrep (!!!), zlasti če bo spremljan tudi z večjim, predvsem pa učinkovitejšim vlaganjem v ustrezno infrastrukturo. Pozornost pa mi je zbudila podrobnost, da je bilo veliko govora o varovanju pred nevarnostmi fizikalnih in kemijskih vplivov, skoraj pa ni bila omenjena biološka (ne)varnost. Zelo različno kot se tega lotevajo npr. v ZDA, kjer je bila nedavno izvedena vsenacionalna kontrola, kako univerze skrbijo za varnost pred »izbranimi dejavniki« (angl. »select agents«), kamor štejejo seveda ali celo predvsem biološki dejavniki. No tudi v ZDA inšpektorji niso bilo povsem zadovoljni z najdenim, kot o tem piše e-revija Insidie Higher Ed in kot je mogoče prebrati v inšpekcijskem poročilu.

Bakterije zlatokopi

Avstralskim raziskovalcem pod vodstvom F. Reitha je uspelo z vrsto preskusov močno okrepiti predvidevanja, da bakterije pomembno sodelujejo pri oblikovanju zlatih zrnc v zlatonosnih tleh, kot lahko preberemo >tukaj in >tukaj. Osumljena je bakterija Ralstonia metallidurans, ki naj bi s fiksacijo zlata v zrncih odstranjevala kovino, strupeno za druge mikrobne partnerje v ekosistemu.

Arheje (ni)so patogene?

Doslej je veljalo, da v mikrobni domeni Archaea ne najdemo patogenih mikrobov. Sedaj pa Hans-Peter Horz in sod. poročajo, da so pri preučevanju mikrobne ekologije okuženih zobnih koreninskih kanalov z metodo kvantitativne PCR v realnem času odkrili arhejske sekvence (J. Clin. Microbiol., 44, april 2006, str. 1274-82). Zdravi koreninski kanali so po Horzu sterilna okolja, mikrobi, ki jih tam najdemo naj bi torej imeli lastnosti patogenih mikroorganizmov za prodor vanje in za izmikanje imunski obrambi gostitelja. Seveda bi bilo prezgodaj, da bi z gensko sledjo najdene predstavnike vrste Methanobrevibacter oralis nedvoumno opredelili za patogene mikrobe v kontekstu izpolnitve Kochovih postulatov; za to bodo nedvomno potrebne dodatne raziskave.

Biology News Net

Imate izkušnje s forumi, radi razpravljate s somišljeniki, potem je pravi naslov za vas forum Biology News Net. Med drugim ima tudi tematska polja o mikrobiologiji, bioinformatiki, biotehnologiji in več drugih. Vendar pa preden se vključite preberite navodila, ki jih najdete na strani FAQ.

E-učbenik Genetike

V kolikor ne prebirate bloga KeBi03 (in delate napako!), kjer sem našel naslednjo informacijo, naj vam vseeno zaupam povezavo do novega slovenskega e-učbenika Genetike dr. Tomaža Amona.  

Povezave...

Na spletnem portalu Connexions, o katerem govorim tudi >tukaj, boste našli obilico učnega gradiva v obliki revijalnih člankov ali pa učnih vsebin, pomembnih tudi za vede o živem svetu. Nekaj primerov preglednih vsebin (z imenom moduli), ki omogočajo tudi vstop v forumsko razpravo: A Brief History of Life on Earth, Definition of Biodiversity, Introduction to the Biodiversity Hierarchy, Alpha, Beta, and Gamma Diversity, Spatial Gradients in Biodiversity. Ali pa primera učnih vsebin: Bios 533 Bioinformatics in Bioinformatics-UH course. Poiščite si še kakšno svojo vsebino.

Bakterije za energijo

Mikroorganizmi, konkretno bakterije, naj bi uporabljali elektroprevodne nanožice (angl. »nanowires«) za transport elektronov med celicami, kot lahko preberemo v nedavnem preglednem zapisu v The Scientistu. Za strukturo, ki jo v bakterijski celični anatomiji poznamo kot »pilus«, odkrivajo v mikrobnih filmih dodatno vlogo pri prenosu elektronov in s tem pri posredovanju energije med celicami v mikrobnem skupku. Ob uporabi mikroskopije na tunelski tok (STM) in s tunelsko spektroskopijo so ugotovili pri fotosinteznih cianobakterijah Synechocystis desetine mikronov dolge šope pilusov z veliko elektroprevodnostjo. Gotovo so to novice, ki v trenutno z energetsko krizo senzibiliziranem svetu močno odmevajo.

Tveganost neterapevtske rabe antibiotikov

Poročilo evropskega Inštituta za prehransko tehnologijo (IFT) ponuja zanimiv in nov razmislek o vplivu rabe antibiotikov v prehrani živali na pojavljanje odpornosti bakterij proti antibiotikom. Doslej je veljalo, da je taka raba problematična in so jo v evropskih državah v veliki meri prepovedali. Ekspertno poročilo z nedavnega posveta IFT pa opozarja, da izločitev antibiotikov iz neterapevtske uporabe (izboljšanje rasti, sanitacija, dezinfekcija) lahko pomeni povečanje zdravstvenih problemov v reji živali, posledično pa povečanje uporabe terapevtskih antibiotikov za zdravljenje živali in s tem povečanje neposrednega vpliva na pojavljanje proti terapevtskim antibiotikom odpornih mikroorganizmov.

Obeti za zdravljenje črevesnih infekcij

Novoodkriti receptor bakterije Escherichia coli je mogoče blokirati tako, da preprečimo infekcijo, kar je najdba raziskovalcev na teksaški univerzi, ki bo v prihodnje morda omogočila razvoj novega zdravljenje bakterijskih bolezni kot so zastrupitve s hrano, diareje ali kuga.

Perifitna megadiverziteta

Preučevanje mikrobiomov, kot tudi pravimo celotni mikrobni združbi v različnih ekosistemih, je trenutno prava moda, zlasti mu daje krila vse učinkovitejša tehnologija metagenomskega raziskovanja. Modnost ji (ne)hote dajejo tudi zelo odmevni veliki raziskovalni projekti ene velikih zvezd genomike, namreč J. C. Venterja. Danes je v spletu zlahka mogoče prebrati obilico zanimivega o morskih mikrobiomih, talnih mikrobiomih, oralnih mikrobiomih, intestinalnih mikrobiomih…
Izjemno bogastvo mikrobne raznolikosti naj bi po novih objavah skrival brazilski tropski pragozd. Kot lahko preberemo v spletni izdaji revije Scientific American, so brazilski raziskovalci s presejalnim preiskovanjem perifitne (na listni površini) mikrobne združbe napovedali, da naj bi to okolje skrivalo med 2 do 13 milijoni doslej neodkritih mikrobnih vrst.    

Mikrobna genomika

JGI (kar pomeni Joint Genome Institute) povezuje ekspertizo štirih ameriških nacionalnih laboratorijev: Lawrence Berkeley, Lawrence Livermore, Los Alamos in Oak Ridge ter Stanford Human Genome Center na področju genomskega sekvenciranja mikroorganizmov, rastlin in živali. JGI vzdržuje University of California za ameriško ministrstvo za energijo (DOE - Department of Energy). Mikrobiologom bo posebno zanimiva stran Microbial Genomics z bogatim albumom mikrobnih fotografij in opisov: Microbes;  z dostopom do mikrobnih genomov: Assemblies; spiskom sodelavcev na projektu: Collaborators in softawerskim uporabniškim vmesnikom IMG za analizo genomov. Trenutno je na voljo 304 končanih in 131 nedokončanih bakterijskih sekvenc, 27 in 5 enih in drugih iz domene arhej, 12 in 3 evkarijskih sekvenc ter 259 končanih virusnih sekvenc.

Inkubacija prionskih obolenj

S preučevanjem bolezni kuru, za katero vemo, da je povezana s kanibalizmom in jo povzroča prenos prionov, so zdaj določili, da lahko inkubacijska doba prionske infekcije traja tudi preko 50 let. To bi lahko pojasnilo relativno majhno število primerov obolenj, ki jih je povzročil prion vCJD, bolj znanj kot povzročitelj »bolezni norih krav«, pri ljudeh. In bi seveda napovedovalo, da je morda epidemični obseg razširjanja tega obolenja šele pred nami.    

ID tudi v Veliki Britaniji?

Kot lahko preberemo v zadnji številki revije THES se ideje »inteligentnega načrta« (ID) skušajo prikrasti tudi v visokošolske študijske programe v Veliki Britaniji. K sreči se že pojavljajo ugovori uglednih britanskih znanstvenikov. Nekaj o ID sem pisal tudi že v tem blogu.

Koralna smrt

Znanstveniki na kalifornijski Univerzi iz Santa Barbare so ugotovili posreden mikrobni mehanizem v katerem bakterije skupaj z algami ubijajo korale in s tem ogrožajo rast koralnih grebenov. K temu procesu z negativnimi dejavniki pomembno prispeva človek. O projektu raziskav koralnih grebenov najdete več na spletu The Coral Reef Multimedia Project.

Endogeni antibiotik

Kot kaže človeka pred infekcijami sečil varuje telesu lasten antibiotik, protein LL-37, kot so ugotovili raziskovalci na švedskem Karolinska Institutet.

Transgeneza

Na spletu TRANSGen boste našli najrazličnejše podatke, ki se navezujejo na uporabo transgenih organizmov in postopkov genskega spreminjanja v kmetijstvu in živilstvu. Splet je na voljo zgolj v nemškem jeziku. Posebno poglavje je namenjeno tudi uporabi mikroorganizmov, konvencionalnih in transgenih, v prehranski biotehnologijah.

2. kongres FEMS

Mikrobiologom ne bom povedal nič novega. Pa kljub temu naj spomnim, da bo v Madridu med 4. in 8. julijem v organizaciji FEMS izpeljan 2. kongres evropskih mikrobiologov. Ali še pomnimo, da je bil 1. kongres leta 2003 v Ljubljani?

Prijateljski bakteriofagi

»Sovražniki naših sovražnikov so naši prijatelji«. To je ena od misli s katerimi nam profesor Martin Loessner v svojem inavguralnem nastopu ob prevzemu redne profesure na ETH Zuerich predstavlja zanimive možnosti uporabe bakteriofagov pri kontroli patogenih in toksigenih bakterij v živilih. In njegovo predavanje si lahko ogledamo in mu prisluhnemo v živo, zahvaljujoč t. i. ETH E-Collection, o kateri govorim tudi >tukaj (poskrbite le, da boste imeli na svojem računalniku naložen Appleov QuickTime Player).

Praživali vampa in bakterijski patogeni

Raziskovalca R. Rasmussen in S. Carlson iz Nacionalnega centra za bolezni živali (NADC) v Amesu (Iowa, ZDA) predpostavljata, da bi lahko praživali v vampu prežvekovalcev bile rezervoar bakterijskih bolezni  pri živalih. Razloge za trditev sta našla v dveh različnih poskusih. Ugotovila sta, da je bakterijski patogen Salmonella enterica, potem ko sta jo dodala v vampni sok, ki je vseboval praživali, postal posebno virulenten (hipervirulenten) za novorojena teleta. Ugibata, da je morda posredi povečana učinkovitost genomskega otoka SG11, ki naj bi zagotavljal antibiotsko rezistenco za več antibiotikov. Zastavila sta tudi poskus, ko sta zmešala bakterijski sev Salmonella, ki ni bila odporen proti antibiotiku cefriaksonu in bakterijski sev Klebsiella, ki je bil nosilec rezistence proti temu antibiotiku in ju nato izpostavila vampnim protozojem. V kulturi sta kmalu lahko dokazala salmonele odporne proti antibiotiku, klebsiel pa nista več odkrila. Protozoji so namreč klebsiele razgradili, za salmonele pa je znano, da lahko preživijo v praživalih potem, ko jih te použijejo. Raziskovalca zato predlagata, da bi v govejih čredah, kjer se pojavljajo sporadični izbruhi salmonelozne diareje pri teletih, preskusili t. i. defavnacijo živali. Čeprav so praživali stalni in koristni prebivalci vampa, jih lahko z nekaterimi kemijskimi sredstvi tudi začasno pokončamo in temu pravimo »defavnacija«. Znano je, da izločitev protozojev tudi zmanjša metanogenezo v vampu, kar bi istočasno zmanjšalo energetsko izgubo, ki spremlja nastajanje metana v vampni presnovi.