Fotovoltaika po biološko

V prihodnje naj bi bila vezanost zadovoljitve človekovih potreb po energiji s pomočjo zajemanja sončne svetlobe morda še izrazitejša. Mešana raziskovalna skupina raziskovalcev iz Univerze Washington in Nacionalnega laboratorija iz Oak Ridga raziskujejo klorosome, celične organele z najučinkovitejšim naravnim sistemom za zajemanje svetlobe, ki jih najdemo npr. v zelenih fotosinteznih algah. Izkušnje, ki jih pridobivajo s preučevanjem delovanja klorosomov, jim bodo morda omogočile simuliranje biohibridnih fotovoltaičnih sončnih celic.

Medigra stresnega odziva gostitelja in črevesne mikrobiote

Vse več je podatkov, ki utrjujejo podmeno, da črevesna mikrobiota ne vpliva na gostiteljevo zdravje zgolj neposredno (s presnovki, ki nastajajo ob razgradnji črevesne vsebine) ampak tudi posredno, med drugim preko odziva na stresne vplive s posledicami v motnjah imunskega sistema. Kot ugotavljajo raziskovalci iz Univerze Ohio State v raziskavi, pravkar objavljeni v reviji Brain, Behavior, and Immunity, vpliva stres na ravnotežje naravne mikrobne združbe v prebavilih (npr. s premikom v deležih posameznih predstavnikov v združbi), za njo pa vemo, da je pomemben dejavnik regulacije imunskega sistema.

Bakterije proti zobnim oblogam

Novica v ScienceDaily povzema rezultate japonske raziskave (objavljeni bodo v J. Appl. Environ. Microbiol.), ko so v “in vitro” študiji ugotovili, da bakterija Streptococcus salivarius, sicer znana kot nenevarna prebivalka ustne votline, lahko z encimi, ki jih proizvaja omejuje nastajanje zobnih oblog.

Preživitvena strategija stalne mikrobiote prebavil

Ars Technica na kratko povzema objavo v Nature Immunology o tem kako bakterije stalne (indigene, avtohtone) mikrobiote vzpostavijo homeostatsko ravnotežje z imunskim sistemom gostitelja. 

Ali se obeta četrta taksonomska domena?

New Scientist povzema objavo v PLoS One v kateri skupina uglednih molekularnih biologov med njimi npr. Jonathan Eisen in Craig Venter poročajo o nenavadnih genskih sekvencah odkritih v vzorcih globokomorskega ekosa, ki bi zaradi svoje različnosti lahko predstavljale organizme četrte taksonomske domene, ob arhejah, bakterijah in evkariontih. Obsežnejši opis ozadja nastajanja članka J. Eisen zapiše tudi na svojem blogu, vključno z vsemi zadržki in pomisleki, ki jih ima kot avtor. Tako je morda bolje, da se z zgodbo seznanite najprej iz zapisa na blogu.    

Oborožiti salmonele za boj proti raku

Raziskovalci na Univerzi v Minnesoti so v poskusih na miših razvili način borbe proti raku prebavil s pomočjo gensko spremenjenih salmonel. Bakterije so spremenili tako, da so jim zmanjšali patogenost, dodali pa so jim sposobnost proizvodnje interlevkina 2, ki spodbudi imunski odziv v borbi proti raku. Salmonele zaradi narave svoje invazivnosti prodirajo v celice gostitelja in celo prednostno v rakave celice. Če jih oborožimo z imunskim modulatorjem interlevkinom, tega prenesejo v osrčje malignega procesa.

Z uravnavanjem holesterola nad infekte.

Potem, ko so ugotovili povezavo med ravnijo krvnega holesterola in aktivnostjo imunskega sistema, se zdaj raziskovalna skupina pod vodstvom Petra Ghazala sprašuje, ali bi bilo mogoče z medikamentoznim zniževanjem holesterola, npr. s statini, podpreti  imunski sistem pri zaščiti telesa pred infekcijami.

Biobutanol kot gorivo

Kot alternativo proizvodnji “zelenega energenta” bioetanola se vse pogosteje omenja biobutanol. Zaradi daljše ogljikovodikove verige je primernejši kot zamenjava bencina od bioetanola v motorjih z notranjim zgorevanjem. Pri izrabi hranil iz energetskih surovin kot so sladkorna pesa, koruza in druga žita, nekatere trave ter kmetijski žetveni ostanki fermentativno pridobimo energent s pomočjo bakterij Clostridium acetobutylicum, pa tudi gensko spremenjenih (GS) drugih bakterijskih vrst iz rodu Clostridium, GS bakterij Escherichia coli  ali pa GS kvasovk.  

Znova: bakterije iz vesolja

V mikrobiološki srenji, posebno v astrobiologiji, je znova zakrožila šokantna vest, kot lahko preberemo na blogu MicrobiologyBytes. NASIn astrobiolog Richard Hoover naj bi v ostankih meteorita odkril fosilne ostanke bakterij. Seveda se je takoj oglasila strokovna javnost, večinoma s skepso. Še vedno je namreč v spominu neka druga, podobna najdba, ki ostaja do danes sporna, namreč odkritje struktur, ki bi naj spominjale ne bakterijske celice, v meteoritu ALH 84001 leta 1996. Tokratna najdba zbuja nezaupanje tudi, ker je bila objavljena v ne najbolj ugledni reviji Journal of Cosmology, ki je znana po precej nekritični podpori ideje panspermije.

P.S. (9:00): pravkar berem v LA Times, da se je tudi NASA distancirala od objave.

S probiotiki proti H. pylori

Španski raziskovalci sporočajo, da so našli sev probiotične bakterije Bifidobacterium bifidum CECT 7366 s funkcionalnim vplivom na bakterijo Helicobacter pylori , ki je znana, da povzroča pri človeku razjede na dvanajstniku in v želodcu. S poskusi na miškah so ugotovili, da je dodajanje tega probiotičnega seva izrazito zmanjšalo število želodčnih razjed v primerjavi s kontrolno skupino poskusnih živali in tudi poškodovanost želodčnega tkiva se je ob daljšem dodajanju probiotikov zmanjšala.

Predavanje v Hiši eksperimentov

Slovensko mikrobiološko društvo (SMD) in Hiša eksperimentov vabita na 2. mikrobiološki večer v Hiši eksperimentov, v sklopu katerega se bo odvijalo poljudnoznanstveno predavanje prof. dr. Romane Marinšek Logar z naslovom: "Kako izkoristiti mikroorganizme za pridobivanje energije ali  zgodba o bioplinu." Predavanje bo v sredo, 16. 3. 2011, z začetkom ob 20.30 uri.

50 let metuljevega učinka

Simpatična pripoved o tem, kako je pred petdesetimi leti prof. Edward Lorenz, profesor meteorologije na MIT, opazil in nato poimenoval pojav, ko imajo lahko majhne spremembe kolosalne učinke, kot “metuljev učinek”. Saj veste, to je teza, da zamah metuljevih kril lahko v končnem učinku sproži nastanek tornada. (Za mikrobiologe: potemtakem ima lahko tudi zavesljaj bakterijskega bička morda podobne usodne posledice?) 

O sintezni biologiji in iGEM

V reviji BIOS, ki je za krajši čas odprtodostopna na serverjih ljubljanske univerze je izšel članek “Synthetic Biology and the International Genetically Engineered Machines Competition” v katerem ob konceptu sintezne biologije avtorji predstavljajo tudi tekmovanje iGEM kot vstopno točko mladim raziskovalcem v to področje. Do sem vse dobro, vendar ob naštevanju dosežkov različnih študentskih skupin v preteklih letih zaman iščemo omembo gotovo najuspešnejše države na tem tekmovanju. Skupine študentov ljubljanske univerze, ki so pod vodstvom prof. dr. Romana Jerale v preteklih letih osvojile daleč največ in najprestižnejših odličij (npr. trikrat glavno nagrado) niso omenjene niti z besedo. Značilnost znanstvenega poročanja je tudi objektivnost, ki jo seveda v tem članku pogrešam.    

The Microbe project

Ameriška Urad za politiko znanost in tehnologijo ter Nacionalni svet za znanost in tehnologijo sta vzpostavila nov projekt z imenom The Microbe Project. Povezal naj bi najrazličnejše zvezne agencije z misijo “maksimiranja priložnosti, ki jih ponuja genomsko temeljena znanost o mikroorganizmih v korist znanosti in družbe s pomočjo koordiniranja naporov med agencijami s cilji vzpodbujanja in širjenja raziskovanja, infrastrukturnega razvoja in izobraževanja." Spletna stran naj bi predstavljal portal za vse sodelujoče agencije na ciljih projekta.

Nepričakovan horizontalni genski prenos

To o čemer poročajo raziskovalci Northwestern Univerze iz Chicaga je zares presenetljivo. Horizontalni genski prenos med “sorodstveno”, torej filogenetsko bližnjimi organizmi, ni kakšna posebnost. Tokrat pa so dokazali 685 baznih parov dolgo gensko sekvenco L1 iz človekovega genskega nabora v patogenem sevu bakterije Neisseria gonorrhoeae pri nekako 11% preiskanih izolatih. Ob tem tega segmenta tudi ni bilo mogoče najti v drugih vrstah nejserij, npr. v vrsti Neisseria meningitidis ali v komenzalnih vrstah. Zaradi velike skladnosti v bakterijah najdenih delov genoma s humano sekvenco (98 do 100%) raziskovalci sodijo, da gre za evolucijsko sorazmerno nedaven prenos. 

Kvasovke, ki omejujejo “vinski” glavobol

Tole bo najbrž zanimivo za vse ljubitelje rujne kapljice, ki trpijo za glavoboli po zaužitju vina. Seveda zgodba ne govori o glavobolu kot posledici prekomernega uživanja vina!

Raziskovalci na Univerzi British Columbia so razvili kvasovke, ki v rdečih vinih in v chardonnayju proizvedejo manj biogenih aminov, snovi, ki so vzrok za spremenjen okus vina in pri številnih ljudeh povzročijo zvišan krvni tlak in migrene. Ker pa gre za mikroorganizme, ki so pridobljeni z gensko tehnologijo, se vinarji bojijo priznati uporabo teh kvasovk, saj bi to lahko pomenilo zavračanje takega vina s strani nasprotnikov GSO. Zlasti bo problem z izvozom takega vina v Evropo, kjer je obvezno označevanje, da je bilo živilo pridobljeno z  uporabo GS organizmov.

Darwinov dan

Pred 202 leti je bil na današnji dan rojen Charles Robert Darwin.

Bill Gates v podporo vakcinaciji

Moje občudovanje Billa Gatesa, kljub moji zasvojenosti z internetom, ne sega v njegovo Microsoft obdobje, ampak je vezano na njegovo sedanjo vlogo filantropa, najznačilneje izraženo v Bill&Melinda Gates fundaciji. In ko sem danes prebral zapis na blogu Respectful insolescence, kjer v intervjuju B. Gates odločno označi lažno dilemo o povezanosti vakcinacije in avtizma kot "absolutno laž", sem mu v svojem točkovanju pripisal krepko število točk. Če se zavedamo, kakšen javnomnenjski odmev imajo Gatesove izjave, potem je s tem naredil kampanji cepilne zaščite otrok in odraslih pomembno dodatno uslugo, ob vsej finančni podpori, ki jo njegova fundacija namenja zlasti uvajanju cepljenja otrok v deželah v razvoju. 

Mikrobiologom všečni članki v letu 2010

Elio&Mery blog znova prinaša branja vreden zapis. Elio in sod. so povprašali vrsto svojih kolegic(ov), kateri članki v preteklem letu so jim pustili največ vtisa. Nabralo se je kakšnih 20 člankov, ki so brez dvoma “must read” kategorija.

Mitohondrije med bakterijske taksone!

V tokratnem zapisu na svojem blogu nas J. A. Eisen opozori na članek in pobudo, ki je nedavno bila predstavljena v reviji Trends in Microbiology. Avtor M.J. Pallen v članku “Time to recognise that mitochondria are bacteria?” predlaga, da se za mitohondrije v bakterijski domeni oblikuje lastna družina. Eisen mu zelo priteguje v tem mnenju, s poudarkom, da če imamo za endosimbionte lastne skupine, zakaj bi ne bilo tako tudi za mitohondrije, ki so filogenetsko bakterije.

Članek je res vredno prebrati, žal ni mogoče ubogati Eisena, da ga prenesemo iz odprtega dostopa in ga čimbolj razširimo med bralstvo, ker članek ni (več) prosto dostopen. Treba bo skočiti na Science Direct za tiste, ki to možnost imajo (če mi sporočite svoj email, vam tekstovno kopijo pošljem v priponki).

Kreacionistični učitelji biologije

“Ne mor’š verjet” sem si rekel, ko sem prebral tole novico, posredovano iz članka v reviji Science prejšnji teden. Celih 13% anketiranih ameriških učiteljev biologije aktivno promovira kreacionizem, medtem ko večina od 900 anketiranih poučuje evolucijski nauk neučinkovito in nekvalitetno.

Močno upam, da je pri nas stanje zelo drugačno!

GS probiotik

Poročajo o uspešnih poskusih na miškah z gensko spremenjenim probiotikom na osnovi bakterije Lactobacillus acidophilus pri zdravljenju dveh modelnih oblik kolitisa. Po 13 dnevnem zdravljenju je probiotik skoraj povsem umiril vnetje debelega črevesa in ustavil bolezen v 95%.

Omajana primernost naravnega plina?

Metan nam s svojo vpletenostjo v zgodbo o klimatskih spremembah vedno znova zmeša štrene. Novi izračuni ameriške EPA o vrednosti naravnega plina (NG) kot zamenjave npr. za premog kot gorivo namreč kažejo, da so predhodni izračuni, ko bi naj NG bil za polovico prijaznejši v svojem prispevku k bilanci toplogrednih plinov  od premoga, precej manj ugodni. Zaradi vzporednih, doslej neevidentiranih izpustov metana pri zajemanju NG je ta v energetski izrabi komaj 25% čistejši od premoga.  

O prednikih

Blogerka Atkinson nam v svojem zapisu, tudi z obilo šaljivosti (ko se malo poigra z akronimom PVC), predstavi zanimiv nedavni članek v reviji Science. Žal članek izpod peresa Devosa in Reynauda ni v odprtem dostopu, razpravlja pa o možnosti, da so morda bakterijske skupine Planctomycetes, Verrucomicrobia in Chlamydiae (PVC) v številnih lastnostih zelo blizu temu, čemur iskalci začetkov življenja pravijo tudi LUCA (Last Universal Common Ancestor) - o tem Atkinsonova razpravlja tudi v nekem drugem svojem zapisu). Bralec bo torej imel kar nekaj dela, da bo iz obeh zapisov preko linkov obdelal članke, ki jih blogerka ponuja v podporo svojemu razmisleku.    

Prenos prionov z aerosoli

Nemško-švicarska študija objavlja eksperimentalni dokaz o prenosu prionov (povzročiteljev Creutzfeldt–Jakobove bolezni in bolezni norih krav) v aerosolih. To seveda ne pomeni, da smo v naravnem okolju ogroženi  npr. zaradi stika s potencialno obolelim govedom, vendarle pa ugotovitev prinaša opozorilo za strožjo varnostno presojo dela v diagnostičnih laboratorijih in v proizvodnjah, kjer bi delavci lahko prišli v stik z okuženimi govejimi trupi.  

O Open Accessu (ali “odprtem dostopu” po naše)

Da na tem blogu pišem o odprtem dostopu, ko je to vendarle tema, ki jo običajno obdelujem v blogu LiLoLe je razlog, ker bi rad opozoril na zapis blogerja, ki ga vedno z užitkom prebiram, namreč prof. J. A. Eisena, evolucionista na UC Davis. Všeč mi je, ker se je tokrat Jonathan temeljito razjezil zaradi neumestne rabe pojma Open Access. Sicer si pa preberite njegov zapis.  

Vrednosti metana v Mehiškem zalivu že normalne

Kot so objavile Novice Univerze Texas A&M so raziskovalci te univerze in kalifornijske Univerze iz Santa Barbare ugotovili, da se je raven metana v Mehiškem zalivu presenetljivo vrnila v obseg normalnih vrednosti že vsega nekaj mesecev po masivnem izpustu nafte in zemeljskega plina ob katastrofi na naftni ploščadi  Deepwater Horizon. Po podatkih oceanografov Johna Kesslerja (Texas A&M U) in Davida Valentinea (UCSB) je bakterijska razrast (v obliki značilnega fenomena cvetenja) odstranila preko 200.000 ton sproščenega metana.

O umetnih proteinih

Verjamem, da večina mojih bralcev sledi blog Nove biologije. Če ga tokrat še niste obiskali vam toplo priporočam pisanje >o umetnih proteinih v izvrstnem zapisu dr. Dolinarja.

Želodčna mikrobiota in alergijska obolenja

Komur se je pri branju prejšnjega zapisa in v njem svetovanih virov o prebavni mikrobioti povečala radovednost o njenih vplivih na zdravje naj vsekakor posluša tudi podkast z intervjujem Carla Zimmerja in prof. Blaserja, ki pripovedujeta zanimivo zgodbo o bakteriji, prebivalki v želodcu človeka, o Helicobacter pylori. Mikroorganizem, ki že nekaj let razburja medicinsko stroko zaradi njegove povezave s peptičnimi razjedami v želodcu in želodčnim rakom, naj bi po predpostavkah Blaserja imel precej večji vpliv na človekovo zdravje kot so opisane težave in ni omejen samo na želodec in ni samo negativen.

O prebavni mikrobioti

Bloger Kevin svoj prednovoletni blog zapis namenja mikroorganizmom v naših prebavilih. Živahen nedavni razvoj na dveh področjih, v imunologiji in mikrobiologiji prebavil je opozoril na vzporednice, ki jih imajo imunologija, mikrobiologija, prehrana in presnova, zlasti ob odkrivanju ozadja vse pogostejših obolenj v razvitem svetu kot so astma in avtoimunske bolezni. Prebavila so bogato naseljena z mikroorganizmi, to vemo že dolgo, vendar nam šele nove možnosti raziskav, s poudarkom na molekularnih tehnikah, ponujajo popolnejšo sliko o njihovem pomenu v prebavni fiziologiji in patologiji gostitelja. Dokončna potrditev predpostavk o vplivu prehranskega režima na sestavo mikrobne združbe in ugotovitve o njenem vplivu na imunski odziv gostitelja dajejo tem raziskavam novo opravičilo in zagon. Danes povezujemo prebavno mikrobioto  (neologizem, ki se tudi pri nas uveljavlja za mikrobno združbo nekega ekosistema) s številnimi stanji in obolenji pri človeku: z debelostjo, sladkorno boleznijo, alergijami, revmatoidnim artritisom in številnimi drugimi. Ob tem pa nam npr. uporaba mikrobiote zdravega človeka omogoča v obliki t. i. fekalnega transplantata zdravljenje kroničnih vnetij prebavil.

V tovrstnih raziskavah pri nas k sreči prav nič ne zaostajamo za tujino, ena od skupin s to usmeritvijo je tudi ekipa na Inštitutu za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo Oddelka za zootehniko BF v Rodici pri Domžalah. 

mBiosphere

Pred letom sem že opozoril na novo odprtodostopno mikrobiološko revijo, mBio iz hiše ASM. Zdaj so se uredniki mBio odločili, da bodo vse sveže novice o objavah v reviji predstavljali v posebnem blogu mBiosphere.

Na današnji dan…

Naravoslovci se današnjega dne spominjamo zaradi dveh dogodkov. Tega dne leta 1822 se je v francoskem kraju Dole rodil Louis Pasteur, kemik in eden od utemeljiteljev mikrobiologije kot vede in stroke. In na ta dan leta 1931 se je Charles Darwin odpravil na krovu ladje Beagle na svojo znamenito pot okoli sveta, ki ga je inspirirala pri oblikovanju njegove evolucijske teorije.   

Užijmo praznični čas

 

Vsem bralcem želim prijazno božično praznovanje in veliko dobrega v novem letu, vaš bloger Franc

O znanstvenem žurnalizmu

Toplo priporočam vsem svojim bralcem, da si preberete članek Bore Živkoviča “The Line Between Science and Journalism is Getting Blurry….Again” iz spletnega časnika Science Progress.

Izvor haitske kolere

Vsem nam je živo pred očmi tragika povezana z letošnjim izbruhom kolere v potresno prizadetem Haitiju. Dodatno je zadeva doživela veliko medijsko pozornost zaradi nemirov, ko so se domačini spopadli z enotami Združenih narodov iz Nepala, ki naj bi prinesli kolero na Haiti. Primera se se je takoj lotila Svetovna zdravstvena organizacija (WHO), ki je angažirala raziskovalce na Howard Hughes Medical Institute (HHMI) pod vodstvom dr. Matthewa Waldorja. Po podatkih WHO je doslej na Haitiju zbolelo več kot 93.00 ljudi, umrlo pa 2.100 in izbruh bo po vsej verjetnosti trajal vsaj še leto dni. Raziskovalci HHMI so ob uporabi najsodobnejše opreme za sekvenciranje (ki je, mimogrede, še v razvoju) preiskali več sevov Vibrio cholerae na ravni analize celotnega genoma. V nekaj dneh so ugotovili, da po vsej verjetnosti sev, ki so v ozadju tega izbruha ne izvira iz Južne Amerike, kjer sicer občasno poročajo o endemskih žariščih te bolezni, ampak da ima verjeten izvor v Južni Aziji. Raziskava doslej ni potrdila konkretnega suma povezanosti izbruha kolere z nepalskimi vojaki, saj raziskovalci niso imeli na voljo seva kolere z izvorom v Nepalu.

Kot lahko tudi preberemo v tem viru je zanimiva ne samo učinkovitost razkritja izvora, ampak tudi izjemna ekspeditivnost v objavi rezultatov. Potem ko so raziskovalci prejeli prve haitske seve 8. novembra letos je bil koncept z ugotovitvami poslan reviji 19. novembra in članek je bil objavljen v New England Journal of Medicine že 9. decembra. Vprašamo se lahko koliko bo tudi  to dejstvo dodalo k vrednosti indeksa citiranosti.

Raziskovalno delo za študenta mikrobiologije

S posredovanjem SMD sem prejel zanimivo ponudbo dr. Jerneja Uleta iz MRC Laboratory of Molecular Biology Cambridge, UK:

Imam prosto mesto za študenta, ki bi za pol leta obiskal naš laboratorij in delal z mojim postdocom, Julianom Konigom. Julian ima v pripravi izredno zanimiv članek, a rabi pomoč, da lahko v pol leta konča poskuse. Tema je evolucija možgan. Delo vključuje predvsem molekularno biologijo, delo z splicing minigeni in mutacijami vezavnih mest za protein hnRNP C. Organizmi: HeLa celice in bakterije. Sicer je projekt baziran na sistemski biologiji, pri bioinformatiki sodeluje skupina Blaža Zupana. Projekt je nadaljevanje zgodbe, ki je bila objavljena letos v NSMB (Konig et al, iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution). Tule več o projektu in naši skupini: http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/jule/Ule_Lab_Homepage.html. Plača bi bila približno 1100 funtov na mesec. Moj kontakt je jule@mrc-lmb.cam.ac.uk.
lp,
Jernej

Predavanje prof. dr. Jureta Piškurja

Iz katedre za molekularno genetiko in biologijo mikroorganizmov Oddelka za biologijo BF sporočajo:

Vabimo vas na predavanje prof. dr. Jureta Piškurja z Univerze v Lundu  na Švedskem, ki bo v ponedeljek, 13. 12. 2010, ob 13.15. uri  v predavalnici P5 v Biološkem središču. Naslov predavanja je: Molekularni mehanizmi pri vzporedni evoluciji kvasovk. Kratek avtorjev povzetek predavanja: 

The fundamental characteristic of the Saccharomyces yeasts is their ability to degrade sugars to two-carbon components, in particular ethanol, even in the presence of excess oxygen. This characteristic is called the Crabtree effect and represents the background for the “make-accumulate-consume” strategy , which in natural habitats helps Saccharomyces yeast to out-compete other microorganisms. A whole genome duplication (WGD) and promoter-rewiring in the Saccharomyces cerevisiae lineage, which occurred around 100 mya, were the main molecular events providing the background for evolution of this strategy. Here we show that the Dekkera bruxellensis lineage, which separated from the Saccharomyces yeasts more than 200 mya, also efficiently make, accumulate and consume ethanol and acetic acid. Analysis of promoter sequences indicate that the D. bruxellensis lineage, just like S. cerevisiae, underwent a massive loss of a specific cis-regulatory element from dozens of genes associated with respiration, and we show that this promoter-rewiring contributes to the observed Crabtree effect.  Apparently, the same molecular mechanism has been employed independently by at least two distinct lineages.

(Hvala za posredovano sporočilo doc. dr. Jerneji Ambrožič Avguštin)

Napovedna mikrobiologija

Področju v mikrobiologiji, kjer uporabljamo matematične modele za napovedovanje rastnih značilnosti mikroorganizmov (kinetika, inhibicija…) pravimo napovedna mikrobiologija (angl.: “predictive microbiology”). Pomemben razvoj je doživela zlasti v prehranski in medicinski mikrobiologiji.

Nabor spletnih virov za področje napovedne mikrobiologije najdete na spletni strani USDA-NAL.

Umrl je Frank Fenner

Kot je sporočila avstralska nacionalna univerza (ANU) je umrl njihov dolgoletni član, mikrobiolog, zaslužni prof. dr. Frank Fenner. Raziskoval je viruse koz, posebne zasluge pa si je pridobil z vodenjem skupine pri Svetovni zdravstveni organizaciji, ko se je leta 1969 pričel ukvarjati s projektom eradikacije črnih koz, postal 1977 vodja projekta in je leta 1980 objavil njegov uspešen zaključek, ki je pomenil globalno zatrtje tega strašljivega epidemičnega obolenja.

Atmosfera – mikrobni ekosistem

Kot lahko preberemo v New Scientistu, v kubičnem zraka najdemo do 100 milijonov mikroorganizmov. Njihovo raznolikost nekateri primerjajo z ekosistemom tal, čeprav je prvi neprimerljivo manj raziskan, pred aeromikrobiologijo so torej pomembni izzivi. Mikrobi zraka naj bi namreč pomembno sodelovali tudi pri klimatskih spremembah.

NASA sklicala tiskovno konferenco.

Nasa je nekaj zadnjih dni napovedovala tiskovno konferenco z zelo presenetljivimi novicami o življenju v vesolju. Morda so bralci popularnih medijev pričakovali več, slišati je bilo tudi odmeve tipa: “…tresla se je gora, rodila se je miš.” Vendar pa je dr. Felisa Wolfe-Simon, ki je na konferenci predstavila svoje raziskave poudarila, da doslej odkrito samo odpira vrata do novih spoznanj o naravi življenja na drugačnih osnovah, kot smo jih poznali doslej. Njena raziskovalna skupina je namreč ugotovila, da lahko določene ekstremofilne bakterije za sestavljanje DNK uporabijo tudi element arzen namesto za naše dosedanje pojmovanje običajnega fosforja. Sicer je pa novinarski sklic NASA namenila tudi objavi odkritja novih območij vesolja, kjer predvidevajo pogoje za prisotnost življenja; objava konkretnih podatkov naj bi kmalu sledila v reviji Science. Kritični poročevalci pravijo, da je eden od razlogov tako odmevnega sklica tiskovne konference tudi v želji, da bi NASA uspela navdušiti državo za dodatna vlaganja v raziskave vesolja.

Neugotovljeni HIV

Današnji dan nas opozarja na AIDS. Po oceni ECDC je 30% okuženih s HIV nediagnosticiranih; po državah ta podatek niha med 15% in 50%.

Etika in sintezna biologija

O tem, kako presoja raziskave v sintezni biologiji bioetična komisija ameriškega predsednika Obame govori njena predsednica profesorica Amy Gutmann. 

Ali se izražamo razumljivo

O tem, ali se v strokovnem pisanju, konkretneje v mikrobioloških tekstih, vedno ustrezno izražamo, nas skuša opozoriti znani mikrobiolog in pisec Bernard Dixon. Nekatere njegove pripombe o slabi rabi so seveda vezane na specifično uporabo v angleškem jeziku, nekaj pa je tudi takih, na katere lahko naletimo tudi v drugih jezikih. Tako lahko brez dvoma pritegnemo njegovemu ugovoru proti uporabi sintagme “genetska koda” (v odvisnosti od smisla tudi “genska koda”) namesto “kodiranega zaporedja v genomu”, ker ga je občasno mogoče zaslediti v tudi v našem popularnem žurnalističnem pisanju. Zelo umesten je tudi Dixonov pomislek o preveč razširjeni rabi pojma “supermikrob” (v angl. “superbug”), ker ga uporabljajo za označevanje zelo različnih mikrobnih lastnosti pri čemer je bralca lahko samo zbegan. Tako nekateri s tem pojmom opisujejo mikroorganizme, ki so prilagojeni na življenje v ekstremnih okoljih, drugi posebno patogene mikroorganizme in tretji zopet take, ki so odporni na večino antibiotikov. Dixonu lahko pritegnemo npr. tudi pri zavračanju besede “metodologija” namesto “metoda”, ker je prva pač brez potrebe pompozna. V zaključku svojega zapisa Dixon zelo korektno prizna, da je vendar treba tudi pri presoji izražanja v stroki upoštevati razvoj jezika, vendar ne na škodo poglavitne naloge jezika. Najprej so poskusi spreminjanja izrazov lahko majhni in zato nepomembni, drugi pa lahko izboljšajo izpovednost besed in s tem razumljivost teksta. Tudi ni nič narobe, če iščemo nove, izpovednejše besede, s tem pa, da jih uvajamo v rabo npr. za določen pojav ali lastnost s potrpežljivostjo in doslednostjo. (Hvala kolegu dr. Odiču, ker me je opozoril na Dixonov članek).

Bakterije z “repom”

Ob vseh doslej znanih načinih bakterijskega gibanja (z bički, s polzenjem…) so pri nekaterih patogenih bakterijah, takih, ki prodirajo v celice gostitelja, odkrili poseben način premikanja, ki temelji na izkoriščanju znotrajcelične strukture gostiteljevih aktinskih vlaken. Bakterije proizvajajo posebno beljakovino, znano kot faktor za podporo nukleacije (nucleation-promoting factors). Ta poveže celična aktinska vlakna v snop, ki ostaja izza bakterije kot rep in nekako potiska bakterijo naprej. Princip lepo predstavljata tako risba kot tudi mikrofotografija v katerih so bakterije rdeče obarvane in aktinski repki zeleno. 

Človekovo mesto

Tokrat predlagam, da sprejmemo igro, ki nam jo ponuja revija Discover in si v obliki urbane metafore Človekovega mesta (Humanville) ogledamo naš mikrobiom. Pojem “mikrobiom” se je danes uveljavil za “predstavitev vseh mikroorganizmov, njihovih genestkih elementov (genomov) in okoljskih interakcij v definiranem okolju (wikipedija).

Članek na simpatično poljuden način predstavi značilno razliko v mikrobiomih tudi sorodnejših organizemskih vrst in uveljavi tezo, da je  njihova sestava v pomembnem delu odvisna od vrstne narave osebka. Raziskave mikrobnih združb Goriljega mesta, Šimpanzjega mesta in Bonobovega mesta kažejo značilna odstopanja od mikrobioma Človekovega mesta in odražajo evolucijsko pogojen razvoj gostiteljev.

Mikrobiologija od včeraj za jutri

Pod gornjim geslom je včeraj Slovensko mikrobiološko društvo SMD v Cankarjevem domu proslavilo 50 let obstoja. Zbor je pozdravila tudi soproga predsednika republike, gospa Barbara Miklič-Türk in popestrila dogodek z drobci spominov na svojo mamo dr. Danico Miklič, četrto predsednico društva. Slavnostni govornik je bil predsednik SAZU prof. dr. Jože Trontelj s temo o etičnih vidikih raziskovanj v biomedicini. Poleg prispevkov o zgodovini društva in o izobraževanju mikrobiologov smo lahko prisluhnili kolegom, ki so s predstavitvijo najodmevnejših raziskav zadnjih let identificirali ključna področja znanosti in stroke, kjer se udejanja mikrobiologija: v okoljskih vedah, v živilstvu, v zdravstveni zaščiti rastlin, živali in človeka in v biotehnologiji. Okrogla miza je sledila ob nizanju današnjih izkušenj rdeči niti, kako še doreči prihodnji strokovni in poklicni profil mikrobiologov.

Akademijo je zaključila podelitev tradicionalnih priznanj, Plenčičevih priznanj in Plenčičevega odličja SMD. Naj se tudi po tej poti še enkrat svojim strokovnim kolegicam in kolegom zahvalim za podelitev Plenčičevega odličja, “za življenjsko delo na pedagoškem področju mikrobiologije” kot je zapisano v obrazložitvi. In zahvalim naj se za priložnost, da sem lahko član tako imenitnega slovenskega mikrobiološkega občestva.

Ultra-mega-maksi bioplinska naprava

Kitajska je velika država. In loteva se velikih projektov. Ob vsej spoštljivosti do “velikega” pa mi vendarle ostajajo “majhni” pomisleki k projektu trenutno največje bioplinske naprave na svetu, temeljene na obdelavi odplak iz goveje farme Huishan v pokrajini Liaoning na severovzhodu Kitajske z 250.000 (!) živalmi. No, pravzaprav naj bi v napravi anaerobno obdelovali gnojevko od samo 60.000 živali. Pomisleke imam lahko predvsem zato, ker nimam podatkov o podrobnostih te tehnologije. Pridobljeni bioplin bodo pretvarjali do električne energije; te naj bi bilo za 37.639 MWh letno. Na napravi naj bi pridelali tudi 619.770 ton gnojil in zmanjšali ogljikov izpust za 180.000 ton. Žal ni podatka npr. o izbrani tehnologiji za pripravo gnojila; če je to zgolj pregnita gnojevka se bi najprej vprašal o ekonomičnosti rešitve zaradi potrebnih površin ob predpostavki razdalj za razvoz gnojevke na teh površinah.

Ali biologija izgublja intuitivno razumljivost?

Če se vam zdi ta stavek nenavaden prisluhnite video klipu Nobelovega nagrajenca Paula Nursea in razumeli boste od kod prihaja to vprašanje.

50 let Slovenskega mikrobiološkega društva

S slavnostno akademijo 24. novembra 2010 v ljubljanskem Cankarjevem domu bo Slovensko mikrobiološko društvo praznovalo 50 let svojega delovanja. Na spletu SMD najdete vabilo in program prireditve.

Nova Microbe Library

Ameriško mikrobiološko društvo (ASM) je nekoliko spremenilo izgled in uporabo svojega učnega portala Microbe Library. Ker so ga ločili od revije Journal of Microbiology & Biology Education (JMBE) ima zdaj status odprtodostopnega spleta, za uporabo katerega se morate zgolj registrirati. V zbirkah Atlas, Protocol in Visual bodo tako učitelji kot študenti našli veliko vsebin koristnih za pouk mikrobiologije. 

Koreninski internet

Preko 80% rastlinja ima korenine poseljene z nitjem, ki ga spletajo glive. Nitasta struktura, ki ji pravimo mikoriza, zajema iz tal minerale in vodo in del posreduje rastlini v zameno za druge hranilne sestavine. Zdaj pa odkrivajo še morebitno novo nalogo, ki bi jo naj imela ta mreža, namreč sporočanje med rastlinami; v konkretnem primeru naj bi šlo za aktiviranje obrambe pred parazitskim napadom. Dosedanja opazovanja še nimajo odgovorov, obeti pa so zanimivi.

Kam je vsa…nafta…šla?

Tudi znanost še vedno išče ostanke katastrofalnega naftnega razlitja v Mehiškem zalivu. Del je brez dvoma bil zajet, del je mogoče najti v priobalju in na obalah, del nafte je v podvodnih “oblakih”, nekaj nafte je izhlapelo, del pa je vendarle že vstopil tudi v prehransko verigo morskega življa. Skupina raziskovalcev iz Alabame odkriva pot nafte, ki so jo presnovili mikroorganizmi in jo je zdaj na osnovi značilne strukture ogljikovih spojin mogoče slediti vzdolž prehranske verige, od bakterij, preko planktonskih organizmov vse tja do višjih organizmov, rib in morskih sesalcev. Sedanja študija seveda nima ambicij presojati vse ev. toksične in druge okoljske učinke, slej ko prej pa bo ta vidik deležen pozornosti v nadaljevanju njihovih in drugih raziskav.

Rezultati iGEM 2010

Zdaj si lahko ogledate tudi končno listo vseh nagrad na letošnjem iGEM tekmovanju. Slovenski izplen je res izjemen!

Odmevi slovenske iGEM zmage v blogosferi

V blogosferi (manj v klasičnih medijih) že odmeva izjemna slovenska zmaga na tekmovanju iGEM 2010:

http://leokinmann.blogspot.com/2010/11/at-231pm-randy-said-igem-2010-will-be.html

http://biocamp.blogspot.com/2010/11/igem-2010-winner-slovenia-team.html

http://24ur.com/novice/slovenija/med-najboljsimi-so-bili-zopet-najboljsi-slovenci.html

http://www.synthesis.cc/2010/11/igem-2010-slovenia-wins.html

http://www.reddit.com/r/biology/comments/e30cx/finalists_of_international_genetically_engineered/

iGEM znova slovenski

Kot je bilo mogoče pred nekaj minutami prebrati na Twitterju je slovenski ekipi na iGEM 2010 znova uspelo osvojiti Veliko nagrado. Čas je, da začnemo govoriti o SLOVENSKEM FENOMENU. Iskrene čestitke vsem, ki so zaslužni za ta izjemen uspeh!

In če si boste ogledali celoten potek glasovanja za nagrade, boste videli, da je uspeh še večji.  

iGEM 2010

Tudi letos (med 6. in 8. novembrom) se na MIT borijo študentske raziskovalne skupine iz vsega sveta na tekmovanju iGEM. In tudi letos so zraven slovenski študenti pod vodstvom izkušene mentorske ekipe pod vodstvom prof. Romana Jerale. Na zemljevidu si lahko ogledate od kod prihajajo letošnje ekipe, skupaj jih je 128. Dogajanje lahko spremljate tudi preko Twitterja. 

Družabna omrežja pomagajo napovedovati epidemije

Družabna omrežja nam res lezejo pod kožo. Z njimi si med drugim povečujemo število sodelavcev v svojih hobijih. Moja FB prijateljica Vesna mi je npr. pravkar posredovala povezavo do izjemnega video klipa, ki bi ga morda sam zgrešil. To je, zanimivo, video iz TED konference (Nicholas Christakis: How social networks predict epidemics) in se ukvarja prav s socialnimi omrežji, konkretneje o tem, kako je s spremljanjem omrežij mogoče napovedovati razširjanje različnih epidemičnih pojavov, npr. od bolezenskih stanj do razširjanja inovativnih idej. Človeka prisili v globok razmislek…

Polio v Kongu

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) objavlja zaskrbljujočo vest. V novici iz letošnjega 4. novembra lahko preberemo o pojavu 120 paralitičnih primerov in 58 smrtnih primerov poliomielitisa v republiki Kongo, večinoma, po današnjih podatkih, pri mladih med 15. in 25. letom starosti. Izbruh predstavlja seveda hud izziv za organizacijo The Global Polio Eradication Initiative, ki ima med dolgoročnejšimi cilji tudi globalno izkoreninjenje poliomielitisa po vzoru črnih koz.

Virusni velikani

Pred leti so pri sladkovodni amebi odkrili okužbo z virusnim velikanom, ki je imel v DNK genomu preko milijon baznih parov. Virus so uvrstili v skupino t. i. mimivirusov. Zdaj so podoben gigantski virus odkrili pri morskem enoceličarju Cafeteria roenbergensis. Virus, zaenkrat imenovan CroV, ima linearen DNK genom velik 700.00 baznih parov (700kb), kodira okoli 550 beljakovin in ima na koncih DNK molekule ponovljene sekvence, ki spominjajo na telomere evkariontskih celic.

Video o metagenomu prebavil

Leta 2010 pričakujejo, da bo zaključen eden od trenutnih genomskih megaprojektov – projekt humanega metagenoma. V igri je preučevanje genomov bakterij, ki naseljujejo našo prebavno cev in predstavljajo 99% genov, ki jih najdemo na/v našem telesu. O tem pripoveduje video na YouTube kanalu MetaHIT. 

Ogroženi netopirji

V ZDA zapirajo podzemne jame, da bi omejili širjenje bolezni, ki desetka netopirje, poročajo na Wired Science blogu. Sindrom belih smrčkov, ki ga povzroča gliva Geomyces destructans je v zadnjih petih letih pokončal najmanj milijon netopirjev in ogroža obstoj nekaterih netopirskih vrst.

O upravljanju z mikrobnimi viri

Na povabilo SFAM je prof. dr. W. Verstraete iz Univerze v Ghentu predstavil v izjemnem predavanju “Upravljanje z mikrobnimi viri”. Nastop nas brez dvoma prevzame in lahko ga brez pretiravanja označimo kar za  “visoko pesem mikrobnih skupnosti”. Ogled video klipa vas bo zadovoljil večkratno: narejen je v simpatični tehnodidaktični obliki, ko skoraj občutimo, da smo del avditorija, predavatelj nas oskrbi z množico bibliografskih virov za kasnejši poglobljen študij posameznih tematik in dobili boste obilo teoretičnih ter praktičnih informacij in spodbud na obsežnem področju okoljske mikrobne biotehnologije. Spoštovani kolegi, spoštovani študenti: vzemite si uro časa, ne bo vam žal, prof. Verstraete ve o čem govori in je prepričljiv.    

Izkoreninjena goveja kuga

15. oktobra letos je generalni direktor FAO razglasil uspešen zaključek programa globalnega izkoreninjenja goveje kuge (Global Rinderpest Eradication Programme's - GREP), ki so ga pričeli v letu 1994. S tem je izkoreninjena druga virusna bolezen v zgodovini medicinskih ved, potem ko so bile zatrte črne koze pri človeku leta 1980.  

Najdaljši genom ima rastlina

Raziskovalci laboratorija Jodrell iz sestave ustanove Kew, kraljevski botanični vrtovi, so odkrili pri rastlini Paris japonica, redki rastlini iz Japonske, dosedaj najdaljši genom. Kot največji genom je doslej veljal tisti pri ribi pljučarici Protopterus aethiopicus  s ca. 130 milijardami baznih parov. Spomnimo se, da je človekov genom dolg okoli 3 milijarde baznih parov, rastlina Paris j. pa ima genom dolg okoli 150 milijard baznih parov.

Vendar pa pravi dr. Nick Lane iz Oddelka za genetiko, evolucijo in okolje na londonskem University College, da ni nujno, da bo ta rekordni podatek veljal dolgo, saj je prav mogoče, da bi pri kakšni amebi našli še obsežnejši genom. No, če pogledamo v Wikipedio, tam podatek dejansko že najdemo (Polychaos dubium). Torej bi za novico iz Jodrella morali pravzaprav opozoriti, da govori o večceličnih organizmih

VHM

Virusne hemoragične mrzlice (VHM) so obolenja z razponom kliničnih slik od blagih do hudih, med zadnjimi se nekateri izbruhi lahko končajo s smrtjo pretežnega števila obolelih (npr. pri Eboli). Nedavni prispevek v reviji Wired “Lassa fever: Coming to an airport near you” nas prepričljivo opozori, da ob sicer prevladujoči pojavnosti teh obolenj v za nas eksotičnih področjih, sodoben, predvsem zračni transport, lahko to realnost dramatično primakne v naše bližnje okolje. Vredno branja in razmisleka.

Bakterije proti virusu denge

V naslednjem letu bodo v Avstraliji in Vietnamu naselili v naravno okolje komarje, okužene z bakterijo Wolbachia. Takšni komarji so v manjši meri sposobni prenašati virus mrzlice denga, imajo pa tudi pol krajšo življenjsko dobo, kar dodatno omejuje raznos denge, saj virus prenašajo le starejši insekti. Bakterija Wolbachia se prenaša na potomce preko jajčec okuženih samic, okužene prenašalke pa se hitro uveljavljajo v populaciji saj imajo selekcijsko prednost, ker le one se lahko parijo z okuženimi samci, medtem ko se neokužene samice ne morejo.

Je odkrit vzrok CCD?

Morda so raziskovalci na dobri poti, da pojasnijo ozadje skrivnostnega sindroma propadanja čebeljih družin (angl. Colony Collapse Disorder - CCD). Odkrili so namreč kombinacijo virusa in glive, katerih patogeneza bi morda lahko pojasnila nadlego, ki resno prizadeva svetovno čebelarstvo.

Vakcinacija nosečnic

Nedvomno vzpodbudna novica za nosečnice: otroci mater, ki so bile v času nosečnosti vakcinirane proti gripi, imajo skoraj 40% manjšo verjetnost hospitalizacij zaradi gripoznih obolenj, ugotavljajo raziskovalci J.H.B. School of Public Health iz Baltimora.

O arhejah

Skupina organizmov z imenom arheje (Archaea) si v naših učbenikih biologije le stežka utira pot do priznanja samostojne taksonomske kategorije (domene) v biološkem razvrščanju in poimenovanju. Da temu ni tako samo pri nas, lahko preberemo tudi v nedavnem prispevku D. Mungerja v reviji Seed. In na nekatera novejša presenetljiva spoznanja o biologiji te nenavadne organizemske skupine nas tudi opozori avtor.

Brada - riziko

Na svoja stara mikrobiološka leta sem moral zvedeti, da sem s svojo brado rizičen :-) za svojo okolico: članek v Appl Environ Microbiol. Vidim pa, da je bil ta raziskovalni prispevek nagrajen z letošnjo IG Nobelovo nagrado za področje javnega zdravstva. Sicer pa zabavajte se in uživajte ob še nekaterih nagradah revije AIR.

Mikrobiologija kot poklic

Vsak trenutek se bo začelo (ne bo sicer zazvonil zvonec…) in študenti bodo napolnili predavalnice. Morda se bo tudi še zdaj kdo med njimi vprašal, ali je izbral pravo študijsko smer. Mikrobiologom med njimi priporočam, da prisluhnejo besedam nekoga, ki je tak študij končal in našel v poklicu zadovoljstvo.

Predavanje

COBIK (Center odličnosti) in NIB (Nacionalni institut za biologijo) sporočata:

“Vabimo vas, da se udeležite predavanja

dr. Georga P. Lomonossoffa

»Turning diseases to commodity: the use of cowpea mosaic virus in bio- and nano-technology«. Predavatelj prihaja iz John Innes Centra v Veliki Britaniji, ki je eden vodilnih raziskovalcev na področju uporabe rastlin za proizvajanje cepiv in drugih farmacevtsko pomembnih proteinov. Na predavanju nam bo bo predstavil uporabo rastlinskega virusa v biotehnološke in nanotehnološke namene.

Predavanje bo v ponedeljek, 4. oktobra 2010, ob 16. uri, na sedežu Nacionalnega inštituta za biologijo, Večna pot 111, v predavalnici B3. Potekalo bo v angleškem jeziku.”

O bakterijah na Huffington Post

Huffington Post je gotovo med najbolj znanimi ameriškimi novičarskimi spletnimi stranmi v obliki bloga. Mesečno jo obišče okoli 10 milijonov bralcev, kar je svojevrsten fenomen na blogerski sceni. Kljub temu, da se izraziteje posveča obravnavi političnih in medijsko aktualnih vsebin s svojo izpričano liberalno usmeritvijo, objavlja tudi druge aktualne vsebine. V današnji številki npr. najdemo zapis o “koristnih bakterijah”, kjer avtor govori predvsem o probiotikih. Zapis je zanimiv zlasti v svoji ambiciji da ostane razumljiv najširšemu krogu bralcev.

Bakterije proti smradu na Oktoberfestu

Bavarci so se domislili zanimive uporabe bakterij (>1, >2) za preganjanje smradu, ki je spremljevalec vsakoletnega oktobrskega pivskega slavja pod šotori. Zaradi razlitega piva ter ostankov hrane se na tleh razvije značilen vonj, ki bi ga naj pregnali ali pa vsaj omilili z uporabo bakterijske kulture, katere raba temelji na podobni izkušnji premagovanja smradu v komunalnih čistilnih napravah. 

Ameba, ki nenavadno ogroža

V tleh in v prahu najdemo amebo Balamuthia mandrillaris. V novejšem času jo pogosteje omenjajo v zvezi s sicer redkim, a resnim, običajno fatalnim obolenjem pri človeku. Povzroča namreč “Balamuthia” granulomatozni amebni encefalitis, zanj pa naj bi bile infekcijske poti vezane na dihala ali pa na poškodbe kože. Posebno zaskrbljenost in s tem tudi izrazito pozornost s strani CDC pa so zbudili primeri Balamuthia GAE, ki so bili v zadnjih dveh letih vezani na obolenje pri prejemnikih transplantiranih organov.

Insekti kot vir antibiotikov

V navezavi na enega od prejšnjih zapisov dodajam novo, zanimivo novico sporočeno na konferenci britanskega mikrobiološkega društva (SGM) s strani raziskovalcev iz univerze v Nottinghamu. Pri raziskavah možganskega tkiva kobilic in ščurkov so odkrili številne kemijske spojine, ki ubijajo bakterije, med drugim tudi proti antibiotikom odporne seve MRSA.

Jesenska konferenca britanske SGM

Svoje bralce bi rad opozoril na zapise blogerja LabRat, v katerih spremlja jesensko konferenco britanske Society for General Microbiology (SGM). LabRat v zapisih med 30. avgustom in 12. septembrom letos (>1, >2, >3, >4, >5, >6) predstavlja nekatere zanimivejše teme s te konference.  Mimogrede: v sekciji o ekstremofilih je predavala tudi prof. Nina Gunde Cimerman iz ljubljanske Univerze o ekstremnih glivah.

Preskok ptičje gripe

Čeprav pri ljudeh infekcija z virusom ptičje gripe H5N1 lahko povzroči do 60% smrtnost, redkost prenosa iz perutnine na človeka in trenutno še redek prenos med ljudmi zaenkrat ne kaže na grožnjo s pandemijo. Vendar pa raziskave na Japonskem in v Indoneziji opozarjajo, da bi ob preskoku ptičjega virusa na prašiče, ki so ga med drugim tudi že ugotovili, lahko prišlo do učinkovitejšega prenosa virusa med sesalci, s čimer pa bi nastopilo tudi večje tveganje za človeka.

Ročna razkužila boljša

Študija ameriških raziskovalcev kaže, da so ročna razkužila, ki vsebujejo etanol precej učinkovitejša pri odstranjevanju rinovirusov iz rok, od umivanja z milom in vodo. Z dodatkom organskih kislin k tem razkužilom se je učinek protivirusne zaščite tudi pomembno podaljšal.

Protimikrobne učinkovine v koži žab

Ob zaskrbljujočem naraščanju infekcij z mikroorganizmi odpornimi na večino antibiotikov, so dobrodošle najdbe novih, nepričakovanih protimikrobnih učinkovin z izvorom tudi v  tkivih višjih organizmov. Skupina italijanskih raziskovalcev tako poroča o odkritju protimikrobnih peptidov z učinkom proti Pseudomonas aeruginosa v koži žab.

Splet Bioznanosti

Na spletnem naslovu Bioznanosti boste lahko poslej spremljali obvestila o interdisciplinarnem doktorskem študiju “BIOZNANOSTI – znanost o življenju, znanost za življenje”, ki ga izvajajo štiri članice UL: Biotehniške fakultete, Fakultete za elektrotehniko, Fakultete za računalništvo in informatiko ter Fakultete za strojništvo. Na Youtubu si lahko ogledate kratek video posnetek o tem študiju.

Simpozij o C. difficile

Ker je uradna spletna stran SMD žal še vedno mrtva, naj tukaj obvestim morebitne zainteresirane o aktualni prireditvi. Na spletni strani ICDS najdete obvestilo, da bo med 22. in 24. septembrom letos na Bledu tretji kongres o Clostridium difficile.

Biološka slikovna zbirka

Založnik revij odprtega dostopa BioMed Central (BMC) razširja svojo ponudbo s slikovno podatkovno bazo Biology Image Library. Vanjo bodo vključevali slikovni material iz sedmih področij vključno s slikami iz člankov, ki jih objavljajo revije v izdaji BMC. Baza ima iskalno orodje z več iskalnimi atributi, razen tega pa bodo slike opremljene z obsežnimi anotacijami. Uporabnikom ponujajo tudi možnost kreiranja lastnih slikovnih zbirk v formatu PowerPoint.

Poklicne možnosti v biotehnologiji

Na spletni strani Bio-Link si lahko naložite publikacijo “Careers in Biotechnology”, avtoric Gine Frierman-Hunt in Julie Solberg. Brez dvoma dobrodošla pomoč pri študijski izbiri, izbiri poklica in tudi kot orientacija za zaposlovalce. Vsebina bo koristna seveda tudi za snovalce šolskih kurikularnih programov. Dokument je v .pdf formatu!

Bakterije učinkovito odstranjujejo onesnaženje v Mehiškem zalivu

Po nesreči na naftni ploščadi Deepwater Horizon v Mehiškem zalivu se je v globini 1.000 do 1.200 m razširil oblak naftnega razlitja v razdalji do 15 km. Aktualna študija raziskovalcev iz kalifornijske ustanove Lawrence Berkeley National Laboratory razkriva, da mikrobna aktivnost doslej neznanega mikroorganizma precej učinkoviteje razgrajuje naftno onesnaženje, kot so lahko pričakovali. Kot navaja Terry Hazen, mikrobni ekolog, ki vodi to raziskavo v laboratorijih Berkeley, je priliv nafte bistveno pospešil razrast psihrofilnih (hladnemu okolju prilagojenih) proteobakterij taksonomske skupine gama, ki so sorodni sicer znanim razgrajevalcem naftnih ogljikovodikov. Preseneča tudi ugotovitev, da povečana mikrobna aktivnost k sreči ni resneje zmanjšala kisikove prisotnosti v območju naftnega oblaka.

Zbirnik znanstvenih blogov

Tale zapis bo gotovo zanimiv tudi za mikrobiološko srenjo.

Revija Archaea v odprtem dostopu

Archaea je vrstniško ocenjevana (“peer-reviewed”) odprtodostopna revija, ki jo izdaja založniška hiša Hindawi. Objavljajo izvirne znanstvene prispevke, kot tudi pregledne članke, ki obravnavajo vse vidike raziskav arhej, vključno z bioinformatiko, biotehnologijo, okoljsko tematiko, encimologijo, genetiko, presnovo, molekularno biologijo, molekularno ekologijo, filogenijo in ultrastrukturo.

Prihodnost genskega sekvenciranja

Kako vidi prihodnost genske analitike Jay Flatley, predsednik in predstojnik podjetja Illumina, lahko preberemo v temle intervjuju. Illumina je z več kot 60% svetovnega tržnega deleža v segmentu opreme za sekvenciranje brez dvoma vodilno podjetje, ki trenutno tudi določa cene storitev v tem področju z eksplozivno rastjo.

Preklic pandemije H1N1

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) je preklicala pandemijo H1N1. Od številnih pomislekov, ki jih je sama razglasitev izzvala, je ugasnil le del. Nekatere dileme načenja v svoji razpravi bloger  Vincent, večina pa jih bo najbrž še dolgo polnila bloge in kolumne v postpandemičnem obdobju. 

Nasveti za bodoče znanstveni(k)ce

Simpatične in koristne napotke vam, ki se odločate za pot v znanost, ponuja bloger Ethan Siegel v zapisu Advice for Young Aspiring Scientists. Koristni bodo, za katerokoli strokovno kariero se že odločate, npr. tudi za biološke vede, čeprav je avtor astrofizik. In veliko nasvetov in razlogov za motivacijo dodajajo tudi komentatorji tega zapisa. Vsekakor vredno branja.

Vakcina proti gripi za cepilno sezono 2010/2011

FDA je objavila seve virusov vsebovanih v vakcini proti sezonski gripi, ki jo bodo pričeli pripravljati za cepilno sezono 2010/2011. Vakcina bo vsebovala viruse podobne trem sevom:

• A/California/7/09 (H1N1) (sev pandemične influence iz leta 2009),
• A/Perth /16/2009 (H3N2)
• B/Brisbane/60/2008.

Zaenkrat je predvidenih šest proizvajalcev vakcine: CSL Limited, Novartis Vaccines and Diagnostics, Glaxo Smith Kline Biologicals, ID Biomedical Corporation, MedImmune Vaccines Inc., in Sanofi Pasteur Inc.

Sledovi mononegavirusov v živalskih genomih

Kot lahko preberemo v prilogi Science Now, raziskovalci iz okolja univerze Princeton sporočajo zanimivo in v marsičem presenetljivo najdbo. Virusi, ki povzročajo hemoragične mrzlice npr. Ebola in Marburg, naj bi bili vključeni v genome nekaterih sesalcev že nekaj deset milijonov let. Viruse iz družin Filovirideae in Bornaviridae, čeprav so RNA virusi in se težje preoblikujejo v DNK molekule, ki se nato lahko vključujejo v živalski genom, so našli pri številnih živalskih organizmih, npr. pri človeku, ribah in drugih vretenčarjih. Njihova funkcija sicer ni znana, ker pa so se uspeli ohraniti skozi milijone leto evolucije, raziskovalci sklepajo, da so najbrž na nek način koristni nosilcu.

Nukleolinus – ponovno odkrit

V standardni nabor celičnih komponent bo treba vključiti nov element, pravzaprav ga bo treba vključiti ponovno, saj je bil odkrit že pred 150 leti, a je bil nato pozabljen. Nukleolinus je celična sestavina v jedru številnih celic, vključno z nevretenčarskimi jajčnimi celicami in nekaterimi celicami sesalcev. Skupina raziskovalcev iz Marine Biological Laboratory’s (MBL) v Woods Holeu in iz univerze Illinois v Urbani je predstavila najdbo v Proceedings of the National Academy of Sciences  (PNAS) ob tem, ko je opisala tudi metodo opazovanja, ki premošča dosedanje težave pri opazovanju nukleolina. Strukturi pripisujejo vlogo pri delitvi celice.

Kajenje in periodontalna obolenja

Kadilcem, ki so po običaju nezaupljivi do vseh, ki jim svetujejo opustitev razvade, se bo ta vest morda zdela za lase privlečena in samo nov korak v splošni protikadilski kampanji. Vendar naj bi opustitev kajenja zmanjšala število nezaželenih bakterij, ki jih nadomestijo bakterije ugodnega poteka periodontalnih obolenj, kot ugotavlja skupina raziskovalcev iz ameriških univerz Ohio State in  Columbus ter britanske univerze iz Newcastla v objavi v Journal of Clinical Microbiology. Rezultati podpirajo kritični pomen svetovanja odvajanja kajenja v periodontalni terapiji.

Multipla skleroza in bakterije prebavil

Raziskovalci kalifornijskega tehnološkega instituta (Caltech) v svoji raziskavi opozarjajo na morebitno povezavo med multiplo sklerozo (MS) in bakterijami prebavne cevi. Seveda ne trdijo, da bakterije neposredno povzročajo MS, naj bi pa sodelovale pri ustvarjanju pogojev, ob katerih se bolezen lahko razvije.

Kaj je “bakterijoterapija”

Svobodni znanstveni publicist Carl Zimmer je pred nedavnim v New York Timesu predstavil morebitno novo terapevtsko možnost, imenovano “bakterijoterapija” ali “fekalna transplantacija”. Opisal je izkušnjo dr. A. Khorutsa, gastroenterologa iz Univerze v Minnesoti, ki je s to metodo ozdravil hudo črevesno infekcijo, povzročeno z bakterijo Clostridium difficile. Njegova pacientka je mesece trpela za hudo diarejo, ki jo je izčrpavala ob grožnji, da jo tudi usmrti. Po neuspešni uporabi različnih antibiotikov se je dr. Khoruts odločil za transplantacijo. Vendar ne za prenos tkiva, ampak je prenesel v debelo črevo pacientke manjši vzorec črevesne vsebine njenega soproga. Diareje je izginila po enem dnevu in se od takrat, (to je bilo leta 2008), ni vrnila. Zdravnik in njegovi sodelavci pa se niso zadovoljili zgolj s tem rezultatom; preučili so tudi genetski zapis bakterij v črevesu pacientke pred in po transplantaciji. Pred posegom je bila mikrobna združba v obupnem stanju, tega, kar velja kot “normalna flora”, sploh ni bilo mogoče najti. Štirinajst dni po transplantaciji je mikrobno združbo v zdravljenem črevesu že obvladovala mikrobna združba, prenesena iz črevesa njenega moža.

Od takrat so dr. Khoruts in sodelavci in izvedli še 15 takih transplantaciji in s trinajstimi so ozdravili svoje paciente. Zdaj preučujejo katere mikrobne vrste so posebno pomembne za pregon Clostridium difficile iz črevesa. Zavedajo se kompleksnosti vprašanja in da še zdaleč niso pri dokončnem odgovoru, vendar obeti so odlični.

Carl Zimmer nam v svoje članku predstavlja tudi širše ozadje mikrobiomike, področja, ki se nezadržno širi in odpira številne možnosti, s posebnim poudarkom prav v področju zdravstvenega varstva.

Komarji, ki ne prenašajo malarije

Raziskovalci iz Univerze v Arizoni so vzredili gensko spremenjene komarje, ki so v 100% odporni  proti povzročiteljem malarije in torej ne prenašajo bolezni na človeka. To lastnost posredujejo komarji tudi svojim potomcem. Seveda pa je pred raziskovalci zdaj najtežji del naloge, namreč kako dodatno podeliti spremenjenim komarjem kompetitivno prednost, da bodo lahko v okolju izpodrinili naravno populacijo insektov. Žal velja prepričanje, da je ta korak oddaljen še leta.

Virusi v prebavilih

Preučevanju bakterijske poselitve prebavnega trakta (projekt Microbiome) se je zdaj pridružila še študija virusov v prebavilih. Raziskava razkriva, da ima vsaka oseba značilen nabor virusov (večinoma gre za bakteriofage) in da se ta sestava v času ne spreminja močno. Virusna poselitev prebavil pri bližnjih sorodnikih (preučevano tudi pri enojajčnih dvojčkih in njihovih materah) pa ni tako enoznačno podobna kot je to ugotovljeno npr. za bakterijsko združbo.

Kako med ubija bakterije

Tokratni prispevek na blogu MicrobiologyBytes povzema sveže raziskave mehanizmov, na katerih temelji znana baktericidna lastnost meda. Uporaba medu za zdravljenje ran ima dolgo zgodovino, ki jo je zasenčil šele prihod antibiotikov. Zaradi težav z odpornostjo na antibiotike pa zdaj iščejo nove rešitve protimikrobnih strategij in odtod tudi ponovno zanimanje za učinke medu.  Najprej so pojasnjevali protimikrobni učinek medu z vsebnostjo vodikovega peroksida in visoko osmolarnostjo, kasneje so ugotovili vsebnost in učinke metilglioksala, novejše raziskave pa odkrivajo tudi prisotnost čebeljega defenzina-1.