Arheja, ki preseneča

Mikrobni citologi so presenečeni; v raziskovalnih skupinah univerz iz Regensburga in Frankfurta so ugotovili pri arheji Ignicoccus hospitalis, da je zunanja, torej druga celična membrana, sposobna proizvajati ATP. V prokariontskem svetu podvojenost membran ni nič nenavadnega, imajo jih npr. po Gramu negativne bakterije. Res, da je pri njih mogoč energetski transport do zunanje membrane, same pa energije tam ne ustvarjajo. Tale arheja pa ima ATP sintazo vgrajeno v zunanjo membrano in notranja membrana nima energetskih encimov; to je presenetljivo. Še več, že ime te arheje izdaja dodatno posebnost. Latinska beseda »hospitalis« pomeni gostoljuben in za to arhejo vemo, da v naravnem okolju sobiva z manjšo partnersko arhejo Nanoarchaeum equitans, ki ima reduciran genom in vse kaže, da jo z energijo oskrbuje njena večja, gostoljubna partnerka. Skoraj ponuja se razlaga, če bi sprejeli tezo o evkariontski celic, ki je nastala ko je arheja npr. požrla bakterijo, da bi bila arheja Ignicoccus sp. idealen kandidat za tak scenarij s svojo sposobnostjo energetskega prenosa v soseščino.

Spolnost pri migetalkarjih

Reprodukcija migetalkarjev (Ciliata ) je brez dvoma markantna posebnost v živalskem svetu. Množitev celic je rezultat nespolne delitve, rekombinacija dednega materiala pa se dogaja v ločenem dogodku, ki mu pravimo konjugacija; na kratko je opisana >tukaj. Navdušil pa me je način opisa reprodukcije ciliatov, kot je to storila Olivia Judson v članku Unorthodox v New York Timesu, ki se bere skoraj kot avantura.  

Učni materiali za mikrobiologe

Spletna stran Microbial Life - Educational Resources vsebuje več kot 900 povezav do učnih gradiv (člankov, prezentacij, podatkovnih baz) za pouk mikrobiologije s posebnim poudarkom na tematiki ekstremnih okolij.

Revija Science nagradila spletni portal

Ugledna revija Science je svojo letošnjo nagrado SPORE (Science Prize for Online Resources in Education) podelila spletnim stranem Učnega centra za genetske študije na Univerzi Utah. To sta dva spleta: Learn.Genetics za študente in Teach.Genetics za učitelje.

Singletonov novi slovar

Paul Singleton, ki je pred leti v soavtorstvu z Diano Sainsbury izdal kapitalno delo Dictionary of Microbiology & Molecular Biology je zdaj pri založbi Blackwell Publ. samostojno izdal novo slovarsko delo Dictionary of DNA and Genome Technology. Vse te in druge njegove knjige so dostopne pri Amazonu. 

Predavanje halofilnega eksperta

Posredujem vabilo prof. dr. N. Gunde-Cimerman:

… povabilo na predavanje našega gosta, enega vodilnih  strokovnjakov na svetu za mikrobiologijo izjemno slanih okolij kot so soline in Mrtvo morje. Predaval bo  prof. Aharon Oren, Department of Plant and Environmental Sciences, The Institute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem, Jerusalem, Israel.

Naslov predavanje je The microbiology of the Dead Sea - Past, present and future

Abstract:
The talk that will provide aspects of limnology of this unusual hypersaline lake, diversity of microorganisms found there (culture-dependent, culture-independent including metagenomics), dynamics of communities, and environmental issues.

Predavanje bo v torek 2. 2. 2010 ob 15h, v B5, Biološko središče, v angleškem jeziku.

Vljudno vabljeni! Prof. Nina Gunde – Cimerman

Jabolko na dan…

Slovenski rek “Eno jabolko na dan odžene zdravnika stran” vsi poznamo. Zdaj so danski raziskovalci v študiji objavljeni v BMC Microbiology (na voljo v odprtem dostopu!) ugotovili, da imajo jabolka v prehrani poskusnih podgan vpliv na črevesne mikroorganizme, ki podpirajo zdravje v prebavilih in da je ta učinek v veliki meri mogoče pojasniti z vsebnostjo pektina v jabolkih. Seveda pa je treba s previdnostjo presojati rezultate iz poskusa na živalih saj je potrebno vedeti, da podgane prebavljajo sestavine jabolka drugače kot ljudje.

Delo in svet L. Pasteurja

Na spletnem portalu Pasteur Foundation boste našli dragocene materiale o Pasteurjevem inštitutu v Parizu, učiteljem in študentom pa bo brez dvoma dobrodošel nabor slikovnega gradiva o življenju in delu Louisa Pasteurja na strani News & Publications v alinei Images of the Work and World of Pasteur, npr. časovni trak njegovega bogatega življenja. 

Kandidoza, kandidiaza ali kandidaza?…

Pred dnevi se mi je oglasil kolega asist. Rok Tkavc, univ. dipl. mikrobiol.,  z vprašanjem, kjer sem prišel v rahlo zadrego. Skušal sem zato zadevo malo raziskati, zdaj jo pa dajem v soglasju s kolegom Tkavcem še na blog, računajoč, da se kdo od bralcev, zlasti kdo iz medicinske stroke, oglasi še s svojim razmislekom. Najprej pa oba teksta, najprej pismo kolega nato pa moj odgovor:

Lepo pozdravljeni,
ponovno sem se znašel pred terminološko dilemo. Sem namreč mentor dijaku, ki se v raziskovalni nalogi ukvarja s kandido. Zanima me, katero poimenovanje je pravilno:
- kandidaza
- kandidiaza
- kandidoza
Mikrobiološki slovar uporablja kandidiaza, wikipedia in dermatološki atlas kandidoza, nekateri forumi kandidaza. Zmeda je torej precejšnja in prosim, če mi lahko pomagate presekati gordijski vozel.
Hvala in lep dan, Rok

Spoštovani kolega Rok Tkavc,
gordijskega vozla midva najbrž ne bova presekala. Vam bom pa skušal svetovati, kako se sekanju skušajmo ogniti.
Naredil sem manjšo analizo, v kateri sem uporabil podmeno, da smo najbrž besedo in tudi njen prevod prevzeli iz angleščine, ki jo je pa pobrala iz latinščine.
Najprej sem pogledal v angleško Wikipedijo: tam obravnavajo le pojem "candidiasis". Nato sem šel na E. Britannico, kjer je tudi edina obdelana beseda "candidiasis". Tudi Veliki Webster ima zgolj pojem "candidiasis". Ko sem aktiviral Google sem za pojem "candidiasis" našel 1.420.000 zadetkov, za "candidosis" pa 99.800, za "candidasis" 29.500.
Zadeva se zaplete, ko pričenjam iskati slovenske pomenke. SSKJ in Slovenski pravopis pojma nimata. Ima ga Veliki slovar tujk, ki ima omenjeni obliki: "kandidiaza" in "kandidoza", daje pa prednost slednji, najbrž pod vplivom Slovenskega medicinskega slovarja (SMS), ki proglaša besedo "kandidiaza" kot star pojem in usmerja uporabnika na besedo "kandidoza"; pridevnik je "kandidozen". Mimogrede: SMS tudi druge podobne primere gradi na enak način, npr.: "trihomonoza", "trihineloza", vendar pa "moniliaza"(!).
Seveda sem skušal vključiti še spletno rabo, uporabil sem tokrat iskalec Najdi.si in presenečenje je bilo tu. "Kandidiaza" je dala 1.013 zadetkov, "kandidoza" 472 in "kandidaza" 516 (!?). Kot ste že najbrž ugotovili sami, Slovenski mikrobiološki slovar pojma nima, uporablja pa v zvezi z opisom bolezni pojem "kandidiaza" v geslu Candida. Še COBISS gesla: 23 krat "kandidoza" in 3 krat "kandidiaza". Potem sem iz firbca uporabil še Google za iskanje slovenskih oblik pojma: "kandidiaza" 16.300, "kandidoza" 32.500 in "kandidaza" 6.200 zadetkov, kar je tudi bilo svojstveno presenečenje, glede na rezultate iskanja z Najdi.si.
Sklepam, da so se pri SMS odločili, da vsa obolenja, ki so izpeljanke iz imen povzročiteljev gradijo na enoten način, kot npr. pri "tuberkulozi". In ker medicinska stroka zelo tehtno gradi svojo terminologijo, z močno ekipo strokovnjakov, se mi zdi umestno, da jim pritegnemo v rabi in zato svetujem, da svojemu študentu predlagate rabo "kandidoza".
Bi pa predlagal še, če lahko tole najino razpravo; vaš zapis in svojega, dodam na svoj blog in počakava, če se bo kdo morda še oglasil s kakšnim stališčem, ker vem, da prispevke berejo tudi kolegi iz medicinskih vrst. Sporočite mi Vaš strinjanje.
Lep pozdrav FVN

Nature povzema dosedanje izkušnje z gripo

V drugi letošnji številki revije Nature uredništvo z umirjeno presojo ocenjuje dosedanje dogajanje okoli pandemije gripe H1N1. Je vredno prebrati, ker predvsem odtehtano predstavi vse dobre ukrepe in vse tiste, ki jih bo treba na osnovi te izkušnje preveriti in v prihodnje izboljšati. Prispevek je povzel tudi blog MicrobiologyBytes.

Gripa res ugaša?

Zamislil sem se nad današnjim člankom v Dnevniku, zlasti še nad komentarji. Sprašujem se, kakšne bi bile reakcije teh istih nergačev in nezaupljivcev, ki zdaj pametujejo o »nategu«, v kolikor bi tokratni virus H1N1 izraziteje pokazal zobe in bi dejansko prišlo do resne pandemije. Na križ bi pribijali zdravstveni sistem, kako, da je lahko tako počasi poskrbel za vakcinalno in vsakršno drugo zaščito in kako je lahko dopustil, da so se ljudje tako obotavljaje odločali za cepljenje (govorim o tistih 100.000 in nekaj, ki smo vendarle poskrbeli zase in za soljudi – stopnjevanje vakcinalne zaščite je namreč varovanje »črede«, torej celotne populacije). Ne želim ne sebi in nikomur kakšne »učne ure« ob kakšnem naslednjem dogodku, ki se ne bi zasukal tako srečno, kot kaže vsaj doslej, da se bo tokratni. Vendar pa, človeštvo se je že srečevalo s katastrofalnimi pandemijami in samo razvoju in uspešnemu delu zdravstvenih služb se lahko zahvalimo, da smo v zadnjih desetletjih nekoliko manj ogroženi, ob tem, da naraščajoče število svetovnega prebivalstva predstavlja izrazito neugodno ozadno kuliso za vstop na sceno zelo strašljivim prihodnjim scenarijem razširjanja kužnih bolezni. V takih trenutkih si rad prikličem rek »With the humble is wisdom«.

H. pylori izdeluje rakavi dejavnik

Že dolgo je znano, da je kronična infekcija z bakterijo Helicobacter pylori, s sicer pogostim prebivalcem želodčne sluznice, dejavnik tveganja za razvoj želodčnega raka. Mehanizem te povezave ni bil znan. Zdaj pa kaže, da so raziskovalci na sledi pojasnilu. Kot lahko preberemo v Science Daily, nedavni članek v Proceedings of the National Academy of Sciences izpod peresa prof. S. Blankea in sod. pojasnjuje, da faktor, ki ga proizvaja bakterija neposredno aktivira poli(ADP-riboza) polimerazo-1 (PARP-1), encim, ki ga najdemo v animalnih celicah in je del običajnega celičnega mehanizma v popravljanju poškodovane DNK prav tako pa ta isti encim pri nekaterih vrstah raka ohranja preživetje tumorskih celic in ustavlja učinek kemoterapije.

Gostujoči virusi

Kot kaže, lahko tudi drugi virusi, poleg retrovirusov, za katere je to bilo znano že doslej, stabilno vključijo svojo genetsko informacijo v gostiteljevo DNK. Tako zdaj ugotavljajo, da lahko tudi bornavirusi, sicer znani kot povzročitelji bolezni pri kopitarjih in drobnici, vključijo svoj genetski material v DNK sesalcev, konkretno tudi človeka.

V študiji, objavljeni v reviji Nature in predstavljeni v Science News skupina raziskovalcev pod vodstvom K. Tomonaga iz univerze v Osaki ugotavlja, da sta dva human gena podobna bornavirusnim N genom. Ta dva gena poimenovana EBLN-1 in EBLN-2 (po okrajšavi za endogenous Borna-like N) sta molekularna fosila nekega starejšega bornavirusa.

Retrospektiva Najbloga

Decembrski zapis Retrospective na blogu Small Things Considered, ki ga, mimogrede, sam najraje in z navdušenjem prebiram, ponuja bralcu udobno priložnost, da dobi pregled o obravnavanih temah v zadnjem polletju in hiter dostop do posamičnih zapisov.   

Nenavaden primer antraksa

V ameriški zvezni državi New Hempshire se razpleta nenavaden primer izbruha antraksa. V bolnišnici je pacientka z vraničnim prisadom na prebavilih. Okužbo povezujejo s sodelovanjem bolnice na srečanju bobnarjev. V nadaljevanju so dokazali vsaj na dveh bobnih povzročitelje antraksa. Posredi je kot kaže primer, ko so kože iz katerih so izdelani bobni, najbrž izvirali od bolnih živali. O podobnih primerih je v literaturi že mogoče najti podatke.

V konkretnem primeru so svetovali tudi preventivno jemanje antibiotikov še nekaterim drugim udeležencem srečanja bobnarjev. Priporočeno jim je bilo celo, da se vakcinirajo, kar pa je za nekatere sporna odločitev, saj varnost razpoložljive vakcine naj ne bi bila dovolj preučena.

Srečno 2010!

Vsem bralkam in bralcem bloga želim veliko dobrega v novem letu, predvsem pa naj vas ne izda zdravje!

Mikroskopija gre nove poti

Navaditi se bomo morali na povsem nov vizualni vtis, ko se bomo poslej srečevali z mikroskopijo. Kot kaže so minili časi opazovanja slike skozi okular, zamenjalo ga bo njeno udobnejše spremljanje na ekranu. Značilen predstavnik nove generacije mikroskopov je npr. Olympusov FSX100.   

O steklini

Blog Boing Boing velja za enega najbolj obiskanih na svetovnem spletu. Ne zaman, saj običajno prinaša zelo aktualne vesti in komentarje. Tale zapis me je posebno pritegnil. Ne želim sicer pregrevati trenutno že dovolj ogretega vprašanja infekcijskih bolezni in cepilne zaščite pred njimi. A zdramil me je podatek, ki sem nanj že skoraj pozabil, da namreč letno umre v svetu še vedno preko 50.000 ljudi za steklino, pa sem se odločil, da povezavo na ta zapis vključim v svoj blog. Za steklino še vedno velja, da je za obolelega bolezen (skoraj) vedno smrtna, zato je toliko pomembnejše ustrezno ukrepanje ob vsakem sumu na okužbo. Posebno želim poudariti, da so primeri s smrtnim izidom v deželah z učinkovitim zdravstvenim sistemom prav zaradi uveljavljene preventive relativno redki.

Citirani zapis tudi poljudno predstavi terapevtsko shemo za primer okužbe in suma na okužbo z virusom stekline, kot jo danes priporočajo ameriški inštituti CDC. Seveda priporočam bralcu, da si prebere tudi zapis o steklini, ki ga je pripravil slovenski Inštitut za varovanje zdravja.

Ob koncu zapisa iz BoingBoinga boste našli še povezavo do članka v NEJM s paradigmatično presenetljivo klinično izkušnjo preživetja pacientke, ki je zbolela s klinično sliko stekline in je bila nato zdravljena z indukcijo komatoznega stanja in masivno protivirusno terapijo. 15 letna pacientka je preživela ob sicer resnih posledicah zaradi bolezni in zaradi pričakovanih neugodnih učinkov zdravljenja.

Spominjamo se Pasteurja

Na današnji dan leta 1822 se je rodil Louis Pasteur, človek, ki je na številnih področjih mikrobiologije pustil neizbrisne sledi tako v temeljnem biološkem vedenju kot v tehnologijah in v medicinskih rešitvah in je bistveno pripomogel k njenemu današnjemu ugledu vede in stroke.

Ekosistem v gibanju

Preredko razmišljamo na način, kot nam skuša dopovedati članek v reviji Seed: “Ali smo organizmi ali smo živi ekosistemi?”

Neolitska kultura iz alkoholne omame

Zahvaljujoč twitu prof. Žige Turka si lahko preberete zanimivo razpravo o koreninah neolitske kulture v alkoholnih hlapih. In Slovenci smo s svojo himno še vedno na pravi poti, zdaj v prazničnih dneh bomo to še poudarjeno dokazovali. Da se le ne bi poznalo v krvnem davku na cestah. Niso me podkupili taksisti, vendar naj velja nasvet: Vzemite taksi!

Umetnost z bakterijami

Pa naj kdo reče, da med mikrobiologi ni umetniških duš – dokaz najdete na Wired.

Sicer pa imajo ti ustvarjalci kar svojo spletno stran z galerijami in tudi siceršnjimi zanimivimi povezavami– Microbial Art.

Vakcina črnih koz

Za črne koze vemo, da so prva in zaenkrat edina virusna bolezen, ki je bila globalno izkoreninjena. V sedemdesetih let prejšnjega stoletja so tudi postopoma prenehali a cepljenjem, ki je bilo do takrat obvezno in tudi proizvodnja vakcine je bila ustavljena. Današnja svetovna populacija je praktično nezaščitena, s tem pa se pojavlja tveganje za nenadno razširjanje, seveda riziko ni vezan na možnost naravnega izbruha, razširjanje pa bi bilo mogoče v primeru bioterorističnega napada. Zato so se zdaj odločili razviti novo vakcino in o tem govori podkast, ki ga najdete na blogu TWiV. Pa še nekaterim drugim zanimivostim iz virologije boste lahko prisluhnili.

O biocentričnem pogledu na mikrobiologijo

Tale zapis na blogu Micro Writers me je presenetil, najprej zaradi simpatičnega pristopa, nato pa tudi ker me je napotil na branje zanimivega članka The case for biocentric microbiology, ki sem ga ob izidu nekako zgrešil v bazi BioMed Central. Ob prebiranju članka sem se zalotil v priznanju, kolikokrat kot človek ob različnih prilikah pravzaprav podležem prepotentnemu antropocentričnemu presojanju vsakršne danosti. Zdaj ste gotovo že radovedni, zato preberite oboje še sami pa se morda najdemo ob komentiranju.

“Prašičji virus” pri prašičih

Iz J. Koreje prihaja novica, da so na petih farmah ugotovili virus A/H1N1 pri prašičih, pri čemer sumijo, da se je bolezen prenesla od ljudi na živali. Koreja se je namreč v zadnjih štirih mesecih srečevala s pandemičnim virusom, ki je med ljudmi zahteval nekaj čez sto žrtev.

Gre za prvo tako poročilo o prenosu, zdravstvene oblasti pa živali ne bodo žrtvovale, saj je bolezen pri živalih blagega poteka, ni pa tudi večje nevarnosti za prenos infekcije na ljudi. 

Še »cepljenje da, cepljenje ne…«

V novički »Bacteria Provide New Insights Into Human Decision Making« v ScienceDaily, avtor omenja kot značilen primer t.i. Zapornikove dileme*) odločitev, ali naj ob grožnji infekcije:

»… ljudje zanemarijo stranske učinke in se cepijo proti potencialno smrtonosnemu virusu ali pa naj se ne cepijo in se izpostavijo tveganju okužbe in povezanim posledicam? Če bi se večina populacija cepila potem bi za posameznika bilo bolje, da se ne cepi, vendar če se večina ljudi odloči in se ne cepi potem je bolje, da se cepimo.«

*)  (»… v klasični Zapornikovi dilemi je dana dvema zaprtima sostorilcema naslednja ponudba: če zgolj eden od njiju prizna krivdo, dobi ta, ki sodeluje dve leti zapora, drugi pa šest let. Če oba priznata krivdo, bosta zaprta oba za štiri leta. Če pa nobeden ne prizna krivde bosta oproščena. Seveda je skušnjava ne priznati, vendar zapornika nikoli ne vesta ali bo drugi zapornik sodeloval in priznal krivdo«).

Dolgoživost brezočetovskih miši

Prevod delov izvlečka članka “Longevity in mice without a father” iz revije Human Reproduction (članek je na voljo tudi v odprtem dostopu):

“Ozadje: Ženske živijo dlje od moških pri številnih sesalskih vrstah, vključno z ljudmi.  …razlog te spolne razlike je nejasen. Dvomaterinske miške (bi-maternal mice - BM), pridobljene brez spermijev, bodo morda omogočile analizo dolgoživost pri živalih brez očetovega genoma.

Metoda: …BM so pridobljene z uporabo dveh naborov ženskega genoma – enega iz zrele oocite, drugega iz oocite novorojenih mišk (te niso rastle in so bile tudi genetsko spremenjene v genih za imprinting)…

Rezultati: …dvomaterinski genotip je imel očitno daljšo preživitveno krivuljo, kar kaže na odloženo ekspresijo vseh vzrokov smrtnosti…

Zaključki: …maternalni genom ima vlogo v ontogenetski dolgoživosti. Rezultati kažejo na spolno različnost v dolgoživosti temelječo na genetski ravni in nakazujejo, da ima genom spermijev neugoden vpliv na dolgoživost sesalcev.”

Šibkost virusa H1N1?

Raziskovalci na Univerzi Rice in na Baylor College of Medicine so odkrili morebitno šibko točko virusa H1N1 pri izogibanju njegove zaznave s strani imunskega sistema. Ko so primerjali gensko sekvenco virusnih prednikov vse do virusa, ki je povzročil “špansko gripo”  leta 1918, so ugotovili slabost v sposobnosti virusa pri vezavi na receptorje, kar je pogoj za prodor virusa v celico.

Še o higienski hipotezi.

Povzemam po blogu Microbe World. Raziskovalci iz nemškega Marburga so ugotovili, da izpostavljanje bakterijam iz okolja izzove pri brejih miškah nežen vnetni odziv, ki je dovolj, da zavaruje potomce pred kasnejšimi alergijami. V članku, ki bo objavljen v decembrski številki Journal of Experimental Medicine (www.jem.org) P. Holt in D. Strickland razpravljata o biološkem ozadju pojava in kako bi lahko to izkoristili pri obvarovanju človeka pred alergijskimi obolenji. Naraščajoča pojavnost alergij v v zadnjih desetletjih je pogosto pripisovana temu, da otroci odraščajo v vse bolj čistem okolju – teza, ki je znana kot higienska hipoteza. Po njej naj bi namreč otroci v zgodnji dobi ob izpostavitvi mikroorganizmom iz okolja razvili toleranco tako proti mikrobom kot proti alergenom. V eni od študij so namreč ugotovili, da otroci na podeželju, ki najbrž pogosteje prihajajo v stiki z dejavniki, ki oblikujejo njihov imunski status, redkeje zbolevajo za alergijami kot njihovi mestni vrstniki. In morda so že njihove matere razlog za manjšo nagnjenost k alergijam, če preslikamo najdbe iz uvodoma omenjene študije na ljudi.

Še o H1N1 vakcinaciji

Ker se pandemični virus še vedno sprehaja po naših logih in ker je še vedno veliko razprave o vakcinaciji bo najbrž vsem, zagovornikom in nasprotnikom, zanimiv poljudni zapis na blogu “Information is Beautiful” na temo cepljenja.  

O interakcijah

Vedno znova se z užitkom vračam na blog prof. Vincenta Racaniella. Spomnite se, omenil sem ga nedavno v zvezi z njegovimi predavanji na spletu. Tokrat skupaj s parazitologom prof. Dickom Despommierjem v podkastu klepetata o več zanimivih temah. Najprej o intracelularni bakteriji Wolbachia in njenih interakcijah z nekaterimi drugimi patogenimi agensi, ki presegajo celo meje domenskih taksonov.

V nadaljevanju se lotevata še zanimive in izzivalne teme izvora pandemskega virusa H1N1. Posebnega prisluha je vredna razprava o pomenu strogega režima pri vstopu v reje prašičev na eni strani in o možnosti nesreč pri eksperimentalnem laboratorijskem delu na drugi. Seveda daleč od tega, da bi razpravljavca želela razpihovati nesporazume, ki vse preveč temeljijo na teorijah zarot.

Imunologi bodo v tretji vsebini radovedno prisluhnili razpravi o paradoksnem fenomenu t.i. “izvirnega antigenega greha”, ki včasih zmoti učinkovitost vakcinacije. Razpravljavca ga na kratko razložita, bilo bi pa zanimivo, ko bi ga kak imunolog obdelal nekoliko obsežneje. Z užitkom ga bom z navedbo avtorstva vključil v ta blog. Imunologi na plan, študenti bodo hvaležni!

Še nekaterih zanimivih tem se lotevata, a jih ne izdam, da vas vendar naredim radovedne in boste prisluhnili podkastu.

Zelo simpatičen je pristop, kako se Vincent v podkastu loteva obravnave svojih tem, namreč v dialogu. Sicer pa je izkoriščanje novih komunikacijskih možnosti njegov stalen izziv, zato napoveduje, da bo v naslednjem letu v študentska predavanja še v večji meri vključeval možnosti, ki jih ponujajo podkasti, blogi, Twitter in druga orodja.

Mikrobiološke standardne metode

Na spletni strani britanske Health Protection Agency je mogoče najti povezave do njihovih nacionalnih mikrobioloških standardnih metod v prostem dostopu. Sprašujem slovenske klinične mikrobiologe o izkušnjah v kolikšni meri so naši standardni postopku skladni z britanskimi. Zanima me tudi, ali so materiali v kakršnikoli meri uporabljani pri pouku klinične in javnozdravstvene mikrobiologije na naših šolah.

Predavanja iz virologije

Prof. dr. Vincent Racaniello je profesor mikrobiologije v Medicinskem centru na Univerzi Columbia. V svoji ožji ekspertizi je virolog in na spletu ureja zelo odmeven Virology Blog. V svoj zadnji zapis je vključil tudi prva tri svoja predavanja iz Virologije:  Uvod v virologijo I in II ter Patogeneza virusov v obliki videokastov podprtih s prosojnicami. Zelo uporabno!

BIA d.o.o. – 20 let

Povzemam iz vabila na strokovno srečanje ob 20. obletnici ustanovitve biotehnološkega podjetja BIA d.o.o.: 

“V novembru 1989 je bilo ustanovljeno podjetje BIA d.o.o., njegovi ustanovitelji so se odločili, da bodo svoje delo in znanje udejanili v biotehnologiji.

Decembra 2009 bo slovensko biotehnološko podjetje BIA d.o.o. praznovalo 20 let svojega delovanja. Ob tej slovesnosti smo organizirali strokovno srečanje, ki se bo odvijalo 2. in 3. 12. 2009 v Cankarjevem domu in ki bo pokazalo prehojeno pot in odprlo nekatere poglede na aktualno stanje v Sloveniji na področju visokotehnološkega podjetništva v malih in srednjih velikih podjetjih (MSP).”

Ob tem jubileju čestitam ustanoviteljem, vodstvu in kolektivu za enkraten položaj, ki so si ga zagotovili v slovenskem strokovnem in poslovnem prostoru, ko so na veliko točkah orali ledino in ko si niso pustili vzeti korajže tudi ko so bili soočeni s težavami, ampak so vztrajali na poti aktualnosti in odličnosti.  

Nova mikrobiološka revija v odprtem dostopu

Ameriško mikrobiološko društvo (ASM), ki sicer izdaja nabor zelo odmevnih strokovnih in znanstvenih revij, objavlja svojo namero, da bo izdala svojo prvo revijo, ki bo izhajala v modelu odprtega dostopa in zgolj v spletni obliki. Revija  mBio naj bi pričela izhajati v maju naslednjega leta, v januarju pa bodo objavljena navodila za pripravo člankov in poziv za njihovo zbiranje.

Konkurenčni virusi

Nepričakovani vzorci širjenja pandemske gripe v letošnji zgodnji jeseni so priklical v razmislek epidemiologov zanimive razlage. Kot lahko preberemo v New Scientistu bi ena od razlag za upočasnjeno širjenje pandemske gripe v nekaterih evropskih državah bila v sočasnosti razširjanja virusov prehlada (rinovirusi) in virusa gripe A/H1N1. Tega pojava pri vsakoletni sezonski gripi ni mogoče zaznati, ker se prehladni virusi pojavljajo zgodaj v jeseni, medtem ko je vrh razširjanja virusov sezonske gripe pozimi. V letošnji epizodi naj bi prisotnost rinovirusov po predpostavki nekaterih virologov vsaj deloma preprečevala okužbo z virusom pandemske gripe. 

Tisoč mikrobnih genomov

V bazi Genbank so presegli prvo tisočico bakterijskih in arhejskih genomov, nam sporoča J. A. Eisen na svojem blogu. 

Učni video materiali

Kolega dr. Duško Odič je našel zanimivo spletišče z mikrobiološkimi video klipi iz znane hiše Annenberg Media, ki ponuja učne materiale za srednje in visoke šole. Vsebine z naslovom Unseen Life on Earth: An Introduction to Microbiology, so res da nastale že leta 1999, vendar večini ni vrednost posredovanega znanja zato prav nič zmanjšana.

Še na temo “vakcinacija”

Ker sem opazil, da je moj drugi odgovor na komentatorja en_tipson v zapisu na vest.si že od včeraj in še vedno “v moderiranju” in zato najbrž za bralce neviden, ga ponavljam tukaj. Tudi zato, ker vsebuje veliko linkov, ki bodo morda zanimivi še za koga.

“Spoštovani,
»Kaj vendar stopate okrog vrele kaše - objavite svoje vire, bomo že sodili vsi, ki beremo.« Branja je/bo veliko, prepričan sem, da za dobršen del teh virov, ki jih uporabljam in priporočam že veste (očitati mi je mogoče, da se na tem mestu enostransko opiram na ameriške vire), drugo pa je ali ste jih spremljali in ali ste pripravljeni tem virom verjeti. Ali pa boste svoje predsodke raje podprli z alternativnimi pogledi; skeptik bo pač iskal mnenja skeptičnih somišljenikov, narava ljudi je pač, da imamo radi prav.

Zame je FDA zaupanja vredna ustanova, ki kot državna inštitucija primarno varuje interese državljanov in do tega trenutka so odobrili uporabo štirih vakcin: http://diseases-viruses.suite101.com/article.cfm/approved_vaccines_offer_protection_from_the_swin ;
sicer pa sproti ves čas obveščajo o vakcinalni problematiki (mimogrede, tudi o problemih):
http://www.fda.gov/BiologicsBloodVaccines/SafetyAvailability/VaccineSafety/ucm161448.htm

CDC je vrhunska in osrednja raziskovalna ter operativna ameriška državna ustanova za spremljanje bolezni; veliko pozornost posvečajo gripi H1N1 http://www.cdc.gov/h1n1flu/ in tudi problemom vakcinalne zaščite: http://www.cdc.gov/h1n1flu/vaccination/

Na spletni strani ameriškega ministrstva za zdravje boste pri iskanju z geslom »flu vaccine« našli številne relevantne zadetke: http://www.hhs.gov/

Flu.gov je specifičen spletni naslov, ki objavlja uradna stališča in relevantna obvestila ameriške administracije o influencah; tudi oni veliko pišejo o vakcinaciji: http://www.flu.gov/individualfamily/vaccination/index.html

Eden popularnejših javnosti namenjenih spletnih portalov z zdravstveno problematiko je WebMD; tam o tematiki gripe pogosto pišejo: http://www.webmd.com/cold-and-flu/features/is-the-h1n1-swine-flu-vaccine-safe

Sicer pa vas bo googlovo iskanje z gesli kot npr. »swine flu vaccine complications«, »swine flu vaccine deaths«, »flu vaccine ingredients« pripeljalo do številnih virov o vprašanjih, ki vas najbrž še posebno izrazito zanimajo.

Seveda pa, kot rečeno, brskanje po teh virih vas bo zadovoljilo le, če pristanete na tezo, da je ključni interes držav(e) dobrobit državljanov in da oblasti ne obvladujejo zarotniške skupine v ozadju.

Zdaj pa še o očitku, da vam – na videz nedosledno - najprej dopuščam pravico do drugačnega mnenja nato pa vam ga odrekam, ko naj bi vam očital ogrožanje življenja drugih. Ko govorim o mehanizmu čredne imunosti, imam v mislih seveda vsa zaščitna cepljenja, med katerimi so tudi takšna s precej resnejšim potekom kot je to značilno za gripo. In nikogar imenoma ne vpletam, govorim v množini, optimistično računajoč, da bi že znatna, še posebno pa večinska odločitev za cepljenje pomenila celo ugašanje epidemičnega razširjanja obolenj. Ne pozabimo na uspešno izkoreninjenje črnih koz in na uspehe, ki jih z vakcinalno zaščito dosegamo pri otroški paralizi. Pri tem zlasti pridobi manjšina tistih, ki jih zaradi specifičnih zdravstvenih razlogov ni priporočljivo izpostavljati cepljenju (torej ne zaradi predsodkov, ampak zaradi nesrečnih indikacij!). Če skupina tistih, ki ugovarjate zaščitnemu cepljenju ne bo prevelika, učinki čredne imunosti še vedno ne bodo sesuti.”

Cepiti da… cepiti ne…

Na spletnem portalu vest.si sem se po odzivu na nenavaden prispevek predsednice Helsinškega monitorja Slovenije Neve Miklavčič Predan z naslovom “O smrtonosnosti cepiva proti svinjski gripi” zapletel v polemiko z anonimnim komentatorjem na temo umestnosti cepljenja. Vabim kolege mikrobiologe, da se pridružijo razpravi; morda sem pozabil na kak pomemben argument v zagovor cepljenja proti infektivnim obolenjem. Javnost je trenutno izpostavljena nasprotujočim si informacijam o (ne)potrebnosti cepljenja proti pandemični gripi, o nepreverjenih cepilnih nesrečah, celo o smrtnih primerih, o manipulacijah tipa teorije zarote, kar je vse mogoče razbrati iz prispevka Predanove. Gradita se nezaupanje ter odpor proti cepljenju in na vidiku je nepopravljiva škoda ob uveljavitvi teze, da je cepljenje škodljivo. Odpor sega vse do podmene, da je uveljavljanje obveznega cepljenja kršitev človekovih pravic. Lahko samo ponovim za Ciceronom: “Quousque tandem abutere, xxxxxx, patientia nostra” (kako dolgo boš, xxxxxx, še zlorabljal naše zaupanje).       

O velikosti v “mikro” svetu

Na spletnem naslovu How big is a…? je simpatična predstavitev velikostnih razmerij v okolju navadnemu očesu nevidnega. 

Vse (pre)več plastike!

Nad tem se pa res velja zamisliti: “Ljubljanske mlekarne so za 8x povečale količino plastike pri jogurtu,” - glej na blogu Preprostost. Upam, da bomo dočakali odgovor LM.  

28. september - svetovni dan stekline

V počastitev dneva stekline nam enkratno zgodbo o prvi uspešni uporabi cepljenja proti steklini in njenih ponovitvah v zaščiti ogrizenih oseb, ki jih je leta 1885 izvedel Louis Pasteur s sodelavci, zanimivo in poljudno pripoveduje W. C. Summers na blogu Small Things Considered (in povzeto tudi na blogu Microbiology Bytes). 

Biofortified

Kot pravijo na blogu s tem imenom: “Biofortified je skupinska spletna stran namenjena posredovanju z dejstvi potrjenih informacij in vzpodbujanju razprave o rastlinski genetiki, posebno o genskem inženirstvu. Stran pišejo podiplomski študenti, profesorji in občasni gostujoči izvedenci.”

Na račun boste torej prišli vsi, ki bi radi razpravljali na temo gensko spremenjenih rastlin.

Rak prostate in virusi

Rak prostate je med najpogostejšimi oblikami raka tudi pri nas. Nedavno je po novičarskih portalih zakrožila vest o ameriški študiji v kateri so opisali najdeno povezavo med pogostostjo raka prostate in prisotnostjo virusa sorodnega virusu ksenotropne mišje levkemije – t.i. virusa XMRV. Kar pri 27% bolnikih so dokazali prisotnost tega virusa. Zanimivo je, da so se zelo hitro odzvali raziskovalci iz Evrope in v podobni študiji ugotovili da npr. med nemškimi bolniki z rakom prostate sploh niso mogli dokazati omenjenih virusov.

Prav presenetljivo pa je, da virusi XMRV burijo duhove tudi drugje. Skoraj istočasno z opisom povezanosti raka prostate in teh virusov je bil objavljen v reviji Science članek kjer poročajo, da so pri 67% pacientov z boleznijo kronične utrujenosti dokazali prisotnost virusa XMRV, medtem ko je bilo z njim okuženih le 3,7% zdravih ljudi.  

Proizvodnja vakcine proti gripi ni posel brez zapletov

Proizvodnja vakcine proti novi gripi A (H1N1) je v svetu v polnem zamahu, ponekod so že tudi pričeli s cepljenjem. Da pa je pot od prepoznanega virusa do njegove vakcinalne oblike in na koncu do preverjene vakcine dolga in vijugava nam učinkovito predstavi zapis na Influenza A (H1N1) Blogu.

 

Neuston

Merry Youle nas na blogu Small things considered na simpatičen način seznani z nekoliko zanemarjenim delom biosfere, z neustonom. Neuston je združba organizmov, ki naseljuje površino vodo in vodni stolpec takoj pod površino vode, nekako do 5 cm v globino. Nezanemarljiv del te združbe je seveda tudi mikrobne narave, z znatnim delom je to zlasti bakterioneuston, o katerem govori tudi Youlova.

Čas Nobelovih

Letošnje Nobelove nagrade v naravoslovju so podeljene; številni članki v svetovnih medijih so se obsežno razpisali o tem. Kdor si pa želi malo zabave, naj skoči na članek v Los Angeles Timesu o tem, h komu so šle letošnje Ig Nobelove nagrade, ki so bile podeljene samo nekaj dni prej. Te so, kot pravi Wikipedia: “…parodija na (prave) Nobelove nagrade in jih podeljujejo vsako leto zgodaj v oktobru za deset dosežkov, ki naj človeka najprej nasmejijo, nato se pa naj nad njimi lahko zamisli.”

Nanotehnologija za molekularno diagnostiko

Nanotehnološke rešitve se selijo tudi v molekularno biologijo. Ta teden nas kar dvoje poročil opozarja na to.

V MIT Technology Review lahko beremo o razvoju DNK senzorja na nanoravni, s katerim bo mogoče bakterije določiti v minutah, kar bo seveda močno pospešilo odkrivanje infekcijskih bolezni.

Kot lahko preberemo v New York Timesu, se je računalniška firma IBM odločila vstopiti v tekmo za razvoj metode, ki bo omogočila sekvenciranje humanega genoma za manj kot 1.000 US$.

Svetloba podpira prodor bakterij v rastlinsko tkivo

Izraelski mikrobiologi so ugotovili zanimivo povezavo med osvetlitvijo in prodorom bakterij v globino rastlinskega tkiva. Znano epizodo z infekcijo zamrznjene špinače z E. coli O157:H7  leta 2006 je bilo namreč mogoče povezati s prodorom bakterij v globino tkiva, ko je onemogočeno njihovo spiranje iz površine. V izraelskem poskusu so dokazali, da bakterije (uporabili so salmonele) lahko prodrejo v globino rastlinskega tkiva preko listnih rež. “Listne reže (stomata) so epidermalne tvorbe, ki omogočajo aktivno regulacijo izhlapevanja vode, izmenjavo plinov in hlajenja listov.” (Wikipedija). Reže so pri rastlini odprte v času osvetlitve in zaprte ponoči in s poskusom je bilo dejansko mogoče potrditi, da so salmonele prodrle v rastlinsko tkivo le ob osvetlitvi.

Antibiotiki kot bakterijska hrana

Na blogu Lab Rat so povzeti rezultati članka izpod peresa harvardskih avtorjev o tem, da bakterije ne samo, da uspejo proti antibiotikom oblikovati odpornost, ampak lahko antibiotike porabijo celo kot hrano. Še konkretneje, nekatere med njimi lahko antibiotike uporabijo kot edini vir ogljika.

Bakterije za biogorivo

Raziskovalci v laboratoriju Anthonyja Sinskeya na inštitutu MIT skušajo vzpodbuditi bakterije vrste Rhodococcus opacus (iz družine nokardij, ki sorodstveno ni zelo oddaljena od družine mikobakterij) k povečani proizvodnji maščob, ki bi jih bilo mogoče nato pretvoriti v biogorivo.

Servis mikrobne genske tipizacije

Podjetje Celsis Analytical Services uvaja storitev “gensko temeljenega tipiziranja sevov za mikrobno identifikacijo ob uporabi  rep-PCR tehnologije”. Kot pomemben razlog za uveljavitev postopka za industrijsko rabo navajajo: “…pridobljeni podatki omogočajo podjetjem spremljanje sezonskega spreminjanja sevov, ki se uporabljajo v proizvodnji, v izbranem časovnem obdobju…”.

L-oblike listerij

Skupina raziskovalcev na ETH Zuerich, ki jo vodi prof. dr. Martin J. Loessner je pravkar v reviji Molecular Microbiology objavila najdbo, da lahko bakterije iz skupine listerij brez celične stene ohranijo življenjske funkcije in celo patogenost, saj ne samo da preživijo, ampak se v obliki t. i. L-celic celo razmnožujejo.

Listerije, ki so znane po svoji sposobnosti znotrajceličnega preživetja v gostiteljski celici, v kontaktu z nekaterimi antibiotiki izgubijo peptidoglikansko celično steno in ohranijo zgolj plazemsko opno. V določeni fazi izgubljanja celične stene jo lahko tudi še obnovijo, ko pa preidejo v končno stanje L-oblike povratek najbrž ni več mogoč. Celice, ki jih ščiti izoosmija gostiteljske celice, v njej preživi in se celo razmnožuje z ustvarjanjem multiplih veziklov, ki imajo neokrnjen genetski nabor. L-oblike listerij naj bi preživele tudi v mleku, njihova gojitev in s tem dokazovanje pa je izjemno težavno, saj na ploščah ne rastejo, torej jih lahko gojimo le v tekočem gojišču.

Blog o novi gripi

Brazilska BVS je pripravila tematski blog “Influenza A (H1N1) Blog”, ki ga je mogoče spremljati v španščini, portugalščini in v angleščini.

Presenetljivi mikrobni simbionti škržatov

Škržati so na Univerzi Arizona povezali v raziskavah molekularnega biologa Johna McCutcheona in evolucijsko biologinjo Nancy Moran, ki sta skupaj z dodiplomskim študentom  Bradonom McDonaldom odkrila nenavadno simbiontsko bakterijo v teh insektih. Simbiont Hodgkinia cicadicola ima najmanjši nabor genov, ki je bil kdajkoli najden pri celičnem organizmu z velikostjo vsega 144 kb. Dodatno preseneča bakterija tudi po velikem deležu gvanina in citozina v DNK, doslej je namreč veljalo, da je pri manjših genomih delež obeh baz izrazito manjši, kot lahko to preberemo v PLoS Genetics odprtodostopni reviji.

Denitrifikacija je vendarle pomembna

Dolgo je veljalo, da imajo v kroženju dušika pomembno vlogo denitrifikacijske bakterije, ki v anaerobnih pogojih vračajo nitrat s pretvorbo v plinski dušik v atmosfero. Pred petnajstimi leti pa je skupina nizozemskih raziskovalcev ob študiju prehajanja dušika v procesu čiščenja odpadnih vod postavil drugačno in presenetljivo tezo, da namreč ključno vlogo pri vračanju dušika v ozračje odigrajo druge bakterije, ki to opravijo v procesu t.i. anaerobne oksidacije (proces so poimenovali “anamox”). Nizozemci so bili prepričani, da je proces anamox in ne denitrifikacija tudi ključno dogajanje v globalnem kroženju dušika. V tem so jih podprle tudi raziskave v anoksičnih vodah priobalja Peruja. Nedavno pa se je skupina raziskovalcev iz univerze Princeton ponovno lotila problema in z raziskavami v Arabskem morju, ki je znano po nizkih vsebnostih kisika in velja za največji svetovni anoksični ekosistem, so dokazali, da vendarle poglavitno vlogo pri pretvorbi nitrata imajo denitrifikatorji, ki sproščajo v ozračje dušikove okside in atmosferski dušik.      

Zanimivosti o in okoli influence

V času, ko se v pogovoru, tudi vsakdanjem, pogosto dotaknemo pandemične gripe, bo najbrž zanimivo prebrati tudi o novicah, ki niso povsem vsakdanje, ki so nekoliko poglobljene in jih piše nekdo, ki je v virologiji zares domač. Govorim o piscu bloga Virology Blog, dr. Vincentu Racaniellou, profesorju mikrobiologije na Columbia University Medical Center.   

Endosimbioza med prokarionti

Prof. J. A. Lake iz UCLA ponuja razlago za novo vmesno stopnjo v evolucijskem razvoju zgodnji prokariontov, namreč fuzijo celic iz skupin aktinobakterij in klostridijev, kar naj bi vodilo do prokariontov z dvojno membrano. Kot Lake razgrinja svojo hipotezo v avgustovski številki revije Nature (vol. 460, št. 7258, str. 967-971) naj bi šlo za prvi primer endosimbioze med prokariontskimi celicami, od katerih je ena od tako nastalih dvomembranskih endosimbiontskih bakterijskih poskupin, namreč cianobakterije, bila odgovorna za pojav kisika v zgodnji Zemljini  atmosferi. Ob tem so bakterije s podvojeno membrano pomembne tudi zato, ker so v naslednjem endosimbiontskem koraku, z vključitvijo prokariontske v evkariontsko celico, bile odgovorne tudi za nastanek mitohondrijev pri evkariontih. Dodatno k dokazu za hipotezo, ki jo ponujata dve membrani kot posledica zlitja dveh prokariontov, naj bi tudi genom tega endosimbionta bil kombinacija obeh izvornih genomov.

PLoS Currents: Influenza

The Public Library of Science (PLoS) že dobro poznamo; je neprofitni založnik, ki nudi biomedicinske informacije v odprtem dostopu. Kot nam javlja uradni Googlov blog so zdaj pri PLoSu pripravili novo platformo PLoS Currents: Influenza, ki jo sestavljajo tri komponente: ekpertna skupina PLoS, ki bo urejala spletno stran, Google Knol, ki zagotavlja strukturo spleta in nova, neodvisna podatkovna baza pri National Center for Biotechnology Information (NCBI) z imenonom Rapid Research Notes, kjer bodo spravljene vsebine konkretne teme (npr. o influenci).

Baza Bionumbers

Ste že naleteli na spletno bazo BioNumbers? Vsebuje koristne številčne podatke o bioloških sistemih. Oblikovana je kot wiki portal v katerem lahko hitro najdemo podatke kot je npr. volumen celičnega jedra, število ribosomov v celici ali pa število bakterij v vaših prebavilih.

Še enkrat B. anthracis

Dodatno k četrtkovemu zapisu predlagam še ogled tega video klipa in branje zapisa na MycrobiologyBytes.

Previdno z bioenergijo !

Že nekaj časa doživljamo ponoven razcvet interesa za bioenergetske rešitve, ki nas v pojavnosti zlahka spomnijo na dogajanje iz sedemdestih let prejšnjega stoletja. Tudi pri nas nismo ušli temu ponovljenemu trendu, ne nazadnje govorijo o tem nedavni posveti (>2008 in >2009).

Dovoljujem si predvsem zaradi svoje tridesetletne izkušnje z enim od bioenergentov, namreč z bioplinom, imeti vendarle nekoliko različno presojo od trenutno aktualne in ta je predvsem izrazito obremenjena s previdnostjo. In prav zato mi je všeč tekst, ki mi je prišel pravkar pred oči, namreč zapis Debunking biofules v blogu Scitable revije Nature. Članek nas opozori na nekatere kritične točke v tej tehnologiji, npr. na problematičen ogljikov odtis, s katerim so zlasti obremenjene rešitve, ki v proizvodnji bioenergije uporabljajo kot substrat koruzo (ali druge žitarice). Ta vidik bi zlahka bilo mogoče tudi nadaljevati v razmislek o etičnosti takega početja.

V nadaljevanju, prav zaradi nedorečenosti obstoječega znanja, spregovori citirani zapis tudi o raziskavah tretje generacije bioenergetskih postopkov, ki temeljijo na gojeni biomasi alg. Zapisu so dodane tudi koristne povezave do dodatnih relevantnih informacij o tej aktualni tematiki.

Bacillus anthracis še drugače…

Kot kaže bomo morali življenjski krog bakterije Bacillus anthracis poslej razumeti precej drugače…

TB diagnoza v 30 minutah

Z novim testom, ki ga je razvil Ralph Weissleder iz Harvard Medical School, bo poslej mogoče dokazati bakterijo Mycobacterium tuberculosis  v sputumu v vsega 30 minutah. Dosedanja običajna diagnostika zahteva do 14 dni, od začetne mikroskopske ugotovitve mikobakterij v izpljunku do končne laboratorijske gojitvene potrditve. Novi test uporablja magnetne nanodelce prekrite s protitelesi, ki jih nato prepoznamo pri prehodu skoz enoto “lab-on-a-chip”, v kateri se na nanodelce pripete bakterije koncentrirajo.

Genom virusa HIV

V prvi avgustovski številki revije Nature je skupina virologov pod vodstvom Kevina M. Weeksa iz Univerze v Severni Karolini objavila strukturo genoma virusa HIV-1. Ker gre za genom iz enoverižne RNA, so uporabili posebno metodo SHAPE, ki je bila prav tako razvita v omenjenem laboratoriju.   

Blog o novi gripi

Slovenska blogosfera je bogatejša za blog z aktualnimi novicami o novi gripi A(H1N1) z imenom Pandemic – Pandemija.  

Pljučna kuga

Tudi v naših medijih je v zadnjih dneh kar precejkrat omenjan izbruh “pljučne kuge” na Kitajskem. Za lažjo orientacijo naj povem, da gre za bakterijsko infekcijsko bolezen, ki jo povzroča Yersinia pestis. Bolezen je morda bolj znana kot bubonska kuga (kar je ena od pojavnih oblik bolezni) in je po prepričanju večine bila najverjetnejši razlog izbruhov pandemičnega obolenja v srednjem veku z vzdevkom “črna smrt”. Za več podatkov pa velja pogledati >sem.

TWiV 43

Ta teden boste na portalu Microbe World našli 43. številko spletnega žurnala This Week in Virology (TWiV), ki prinaša zanimive teme:

• o mednarodnem odboru za taksonomijo virusov (International Committee on the Taxonomy of Viruses - ICTV)
• o CBS 60 minutnem video klipu o vakcini proti prašičji gripi, uporabljeni leta 1976
• o vakcinah in Guillain-Barré sindromu
• o NINDS informaciji o Guillain-Barré sindromu
• o spominih na cepljenje proti prašičji gripi leta 1976 in
• o izbruhu prašičje gripe v Fort Dixu leta 1976

Evropska mikrobiološka akademija

29. junija letos so v švedskem Göteborgu v času 3. evropskega kongresa mikrobiologije ustanovili Evropsko mikrobiološko akademijo, očitno po zgledu ameriške akademije (AAM).

Kot lahko preberemo v prevodu originalnega španskega zapisa je poglavitni cilj EAM promocija evropske mikrobiologije in vzpodbujanje njene kvalitete s pomočjo razširjanja temeljnega znanja, organiziranjem strokovnih srečanj in vzpodbujanjem poglobljenih učnih vsebin. Sedanjih 100 ustanovnih članov iz različnih evropskih držav bo v prihodnje na predlog kolegov skrbelo za vključevanje najodličnejših profesionalcev evropske mikrobiologije.

O preživljanju časa na delu

Bloger Mike the mad biologist se odziva na zapis v nekem drugem blogu (Dr. Mom) in na zanimiv način razpravlja o tem, zakaj in koliko časa raziskovalec (lahko) preživi pri delu npr. v laboratoriju. Zapisu sledijo zanimivi komentarji!

Biology Image Library

Vsem, ki učite ali se učite toplo priporočam spletno galerijo slik Biology Image Library. Mikrobiologom seveda njen poseben segment, Microbiology&Parasitology prav tako pa tudi Imunology ter Molecular&CellBiology. Preden pa začnete še opozoriilo. Potrebna je registracija. Tisti, ki ste že registrirani pri BioMed Central ali za katero od njihovih revij, ste že pripravljeni, drugi se boste pač registrirali na vstopni strani. 

Mobilna telefonska mikroskopija

Blog Neurophylosophy prinaša zanimiv prispevek. Navajam:”Raziskovalci na kalifornijski univerzi Berkeley so razvili mikroskopski nastavek, s katerim je mogoče s pomočjo standardnega mobilnega telefona s kamero pripraviti visokoločljive posnetke za uporabo v klinični mikroskopiji.”

V odprtodostopnem članku v reviji PLoS One lahko preberete podrobnosti o inovaciji in njenem razvoju kot tudi napovedi o njeni uporabi v deželah v razvoju, kjer v diagnostiki sicer manjkajo laboratorijske kapacitete in ekspertiza, na voljo pa je dostop do mobilnega telefonskega omrežja. (Seveda je ideja uporabna še v marsikateri drugi uporabi mikroskopije…)

PhD Comics

Pridružujem se tviteratu phylogenomics (J. Eisen), da je nujno treba slediti blogu PhD Comics.

Medigra “mikro” in “makro”

Da so mikroorganizmi pomemben partner v sožitju z višjimi organizmi nam simpatično in strokovno korektno pripoveduje tale članek iz dnevnega časnika.

Cepljenje proti gripi

Zapis na blogu Effect Measure nam predstavi nekatere dileme pričakovanega cepljenja proti novi gripi. Morebitni problemi so predvsem vezani na varnost vakcine, zanimivi pa so tudi razmisleki o morebitnem istočasnem cepljenju proti novi in sezonski gripi. 

Mikobakterije naj bi sporulirale

Profesor P. Setlow se je vsekakor zavedal problematičnosti svojega zapisa na blogu Small Things Considered, zato je njegov naslov zapisal z vprašajem: »Mycobacteria Make Spores?« Opazovanja namreč, o katerih poročajo Ghosh in sod. iz švedske Univerze Uppsala, ko naj bi posamezne vrste rodu Mycobacterium oblikovale spore primerljive tistim pri vrstah Bacillus, bi pomenila temeljit premik paradigme v biologiji mikobakterij. Vsekakor velja počakati na nadaljevanje raziskav, že doslej pa tudi molekularno biološki podatki podpirajo osnovno najdbo.

Krepak vložek v biogoriva

Po pisanju The New York Timesa naj bi naftna firma Exxon Mobil danes obvestila javnost, da vlaga 600 milijonov US$ (!!!) v proizvodnjo tekočih transportnih goriv iz alg in sicer v partnerstvu s  firmo Synthetic Genomics, ki jo vodi znani pionir genomike J. Craig Venter.

Mikrobna redukcija metana z Fe in Mn

Da poleg sulfata tudi železovi in manganovi oksidi lahko pomembno pripomorejo k mikrobni pretvorbi sedimentnega metana do ogljikovega dioksida in posledično do karbonatov, odkrivajo nove raziskave na Univerzi Penn(silvania) State. Spojine železa in mangana naj bi bile ključne pri redukciji metana v zgodnjem obdobju zemeljske zgodovine, ko v atmosferi ni bilo kisika in je bilo sulfata malo. Sulfat namreč v glavnem nastaja pri preperevanju kamnin v oksidativni atmosferi in čeprav se tudi manganovi in železovi oksidi ustvarjajo na ta način pa v glavnem nastajajo v fotokemijskih reakcijah le ob sledovih kisika. Mn in Fe oksidi so bili najbrž v oceanih zgodnje zemlje obilnejši kot sulfati. Njihov pomen je tudi toliko večji, ker del ogljikovega dioksida reagira z Mn in Fe do karbonatov, ki precipitirajo in izdvajajo ogljik iz oceanske vode. Če pa CO2 vendarle uide v atmosfero je kot toplogredni plin manj problematičen kot metan.

Debelost in mikrobna združba ustne votline

S pomenljivim naslovom “Is Obesity an Oral Bacterial Disease?” so Goodson, J.M. in sod. naslovili svoj članek v reviji Journal of Dental Research. Raziskovalci uglednega The Forsyth Institute so namreč ugotovili povezave med nekaterimi bakterijami ustne votline in debelostjo, oz. natančneje, sestava mikrobne združbe ženske poskusne skupine s povečano težo se razlikuje od sestave v skupini z normalno težo. Podatki naj bi bili izhodišče za nadaljnje raziskave o vplivu oralne mikrobne združbe na patologijo debelosti, ki v luči statistike pridobiva že epidemične razsežnosti.

Stem Cell Research & Therapy

Napovedana je nova revija v odprtem dostopu Stem Cell Research & Therapy, ki bi naj delovala v okrilju založbe BioMed Central in bi pokrivala prevajalno raziskovanje v področju izvornih celic in terapije z njimi.

Center za matične celice

V konceptu javno-zasebnega partnerstva dobiva Slovenija svoj Center za matične celice, kot poročata RTV SLO in Dnevnik.

Ogljikov odtis po državah

Študija “Carbon Footprint of Nations: A Global, Trade-Linked Analysis” objavljena v reviji Environmental Science & Technology nam predstavi nekatere parametre t. i. ogljikovega odtisa po posameznih državah. Študija je podprta tudi s spletno stranjo, kjer najdete dodatne ekspertne študije in kalkulator s številčnimi in grafičnimi prikazi stanja po državah.

Podzemno uplinjanje premoga

Kar nekaj projektov je v teku, ki ciljajo v “podzemno uplinjanje premoga” kot lahko preberemo v zapisu na spletni strani BNET Energy. Skupni ključ vseh je v uporabi mikroorganizmov, ki naj premog pretvorijo v metan. 

100 izjemnih predavanj

Na blogu BestCollegesOnline.com sem našel zapis z linki do 100 predavanj najimenitnejših znanstvenikov naše dobe. V skupini biomedicine boste našli imena kot so Irun Cohen, Denis Noble, Craig Venter, Warren Levinson, Richard Locksley idr. Opazili boste, da je veliko predavanj izbranih iz portala Videolectures.net, ki sem ga že omenjal in pri nastajanju katerega so bili  močno vpleteni sodelavci Inštituta Jožef Stefan.

Sicer boste pa na blogu BestCollegesOnline.com našli še precej drugih zanimivih povezav s poudarkom na izjemnih dosežkih.

Intervju Richarda Dawkinsa s Craigom Venterjem

V vašo radovednost ne dvomim, zato priporočam samo 52 minut potrpljenja in predlagam, da si ogledate intervju, ki ga je Richard Dawkins naredil s Craigom Venterjem, ko ga je ta popeljal skozi svoje laboratorije na Institutu J. C. V. V živahnem in iskrivem klepetu se boste sprehodili od digitalizacije genske kode do sintetične genomike.

9 milijonov genov

Prebavila človeka naj bi vsebovala vsaj 9 milijonov posameznih (edinstvenih) bakterijskih genov. Podatek je objavljen v članku Xing Yanga in sod. v reviji PLoS ONE in je ocena pridobljena na osnovi analize gojitvenih poskusov, študija metagenoma bakterij, ki jih ni mogoče gojiti in ocene različnosti bakterijskih populacij v mikrobni združbi prebavil. To je 400 kratna vrednost števila genov v humanem genomu, ki ga danes ocenjujejo z 23.000 geni in precej presega prvotne ocene, ki so govorile, da gre za faktor 100.

Še en slovenski biotehnološki blog

Na “ogled se je postavil” nov blog, ki se bo ukvarjal z biotehnologijo; nagajivo je njegovo ime: Haj TEH Lou TEH . Že prekaljenemu blogerju Ilji čestitke in obilo korajže pri zdaj že njegovem drugem blogu.

Insignia: računalniška mikrobna identifikacija

Science Daily piše: “…zdaj ko je znanih že stotine sekvenc genomov bakterij in virusov lahko oblikujemo teste, s katerimi bo mogoče hitro ugotavljati njihovo prisotnost zgolj na temelju njihove DNK. Ti testi lahko odkrijejo patogene mikroorganizme v mešanici organskega materiala na temelju kratkih, specifičnih sekvenc, ki jim pravimo “DNK podpisi”.”

A. Phillippy in sod. iz Univerze Maryland v ZDA so razvili računalniški program s katerim je mogoče z veliko zanesljivostjo prepoznavati te “mikrobne podpise”.  O tem poročajo tudi v odprtodostopni reviji PLoS Computational Biology. Računalniški program so imenovali Insignia in je dostopen tudi na posebnem spletnem naslovu.

Črevesne bakterije mokarja razgrajujejo stiropor

Zanimiva najdba je uspela mladi, komaj 16-letni Tajvanki (najbrž dijakinji) Tseng I-Ching, za kar je prejela tudi letošnjo ISEFovo nagrado (International Science & Engineering Fair).  V prebavnem traktu hrošča mokarja (Tenebrio molitor) je namreč našla bakterijo, ki je sposobna razgradnje ekspandiranega polistirena.

Ker vemo, da tudi mravlje uničujejo stiroporno izolacijo, bi bilo zanimivo ugotoviti ali tudi njim pomagajo črevesni mikrobni sodelavci. Skoraj bi verjel, da je tudi to že kje v strokovni literaturi obdelano.

Mobilni telefoni v telemikroskopiji

Prispevek v reviji Diagnostic Pathology opozori na zanimiv vidik prodora sodobne informacijske tehnologije v telemedicini. Neposredna uporaba mobilnih telefonov opremljenih s kamero zagotavlja dostop do sodobnih daignostičnih uslug tudi v ozemeljsko oddaljenih področjih. Način je posebno uporaben takrat, kadar za drugačne oblike prenosa slike nimamo na voljo ustreznega širokopasovnega omrežja. Uporabljena je bila tehnika direktnega posnetka mikroskopskega preparata (s tako imenovano “štuporamo” tehniko, kjer lečo fotoparata neposredno približamo okularju mikroskopa), sliko pa nato pošljemo v oddaljeni center za telediagnozo v mobilnem protokolu MMS (Multimedia Messaging Services).

Ali bodo starejši odpornejši proti gripi H1N1

Revija Lancet prinaša zanimiv razmislek k razlagi, čemu naj bi bili starejši ljudje odpornejši proti virusu aktualne “mehiške gripe” H1N1. Leta 1977 se je v pandemični obliki razširjal virus iz skupine H1N1 v takrat z “Rusko gripo” poimenovani epizodi. Avtor članka ugiba, ali ima trenutni sev dovolj antigenske podobnosti z virusom izpred 40 let, da bi v določeni meri varoval starejše pred okužbo ali vsaj pred hujšim obolenjem in zaključuje, da bodo prihodnji meseci morda potrdili to tezo.

Opozorilo: da boste lahko prebrali članek v reviji Lancet, se boste morali (brezplačno) registrirati za branje članka, ki je sicer v odprtem dostopu.

Pripenjanje in celična energetika

Pripenjanje bakterij na površine in ustvarjanje biofilmov imata velik pomen tako v mikrobni ekologiji, medicinski mikrobiologiji in biotehnologiji. Raziskava D.G. Browna in Yongsuk Honga in Univerze Lehigh (Bethlehem, PA, ZDA) kaže, da imajo fizikalnokemijski pojavi ob približevanju površine mikrobne celice površini pripenjanja pomemben učinek na celično energetiko, brez povezave s ponudbo hranil. 

Celotni osebni genom za 48.000 dolarjev

Morda je na nek način, zaradi časovnega sovpadanja, celo povezan s sejmom tržne genetike o katerem piše na svojem blogu dr. Dolinar, vendar je daljši zapis, ki ga prinaša novi GenomeWeb Daily News, zanimiv tudi zato ker prinaša nekatere novejše podatke o dogajanju na področju osebne genomike. Laiku bo zlasti zanimivo tisto o cenovnih gabaritih in da se tudi na tem področju razvnema neusmiljen konkurenčni boj. Če je bila cena celotne osebne genomske sekvence pri firmi Knome še v maju 99.500 ameriških $, zdaj firma Illumina najavlja ceno vsega 48.000 US$. Zapis prinaša tudi nekatere cene različnih genskih testov za sekvence na rizičnih lokusih za različna obolenja.  

Kakorkoli sporna je že ta tema, o čemer je že pred časom pisal dr. Jelen, tudi v nadaljevanju, ostaja dejstvo, da se bomo morali z njo v prihodnje vse pogosteje soočati, tudi v luči razmišljanj, kot jih v junijski številki slovenjene revije Le Monde Diplomatique (izdaja Delo) prinašata članka novinarke Emilie Guyonnet “Ženske pod vplivom” in “Kaj genetika dolguje evgeniki”.

Oklicana 6. stopnja ogroženosti pred pandemijo

Kot poročajo novinarske agencije je Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) razglasila prvo pandemijo v 21. stoletju zaradi ogroženosti z novo (prašičjo) gripo H1N1. Kaj predstavljajo te stopnje je opisano na tej strani pri WHO.

Kasneje danes naj bi na sedežu WHO sklicali novinarsko konferenco, kjer bodo predvidoma predstavili podrobnosti k sklepu, ki je za nekatere presenečenje, za druge pa celo pretirana reakcija. Odtehtano pišejo o novici v tem BBCjevem članku.

Nov (bio)blog

Na blogu Nove biologije sem z veseljem prebral novico, da je slovenska strokovna blogosfera bogatejša za blog BioNovice. Kot je sam zapisal njegov avtor, mikrobiolog Borut Jerman: “Bioblog Bionovice objavlja spise s področij bioznanosti in vsakodnevno spremlja vplive na bioindustrijo.” Kolega Jerman: Dobrodošli na spletu! 

Biominerali kot priložnost

Globokomorski mineralni gomolji (angl. nodule) in obloge (angl. crust) ne nastajajo zgolj po poti kemijske mineralizacije ampak tudi ob sodelovanju mikrobioloških procesov ko govorimo o biomineralizaciji. Wang in Mueller v nedavnem revijalnem članku v Trends in Biotechnology (doi:10.1016/j.tibtech.2009.03.004) o biomineralih pojasnjujeta novejša spoznanja o sodelovanju mikrobnih mrež, ki sestavljajo zunanje ovoje mikroorganizmov (t.i. ovoji S), pri odlaganju mineralov in o možnostih biotehnološkega izkoriščanja tega pojava.

Kepe (gomolje), ki jih sestavlja več kovin - predvsem mangan (20–30%), železo (5–25%) in baker (0.2–1.2%) - najdemo običajno v večjih morskih globinah (4000 – 6000 m). Rastejo počasi, ca. 1 mm na milijon let, pretežna lokacija so globine pacifiškega oceana.

S kobaltom bogate obloge feromangana najdemo v globinah med 800 do 2400 m in prekrivajo skalne površine v debelini do 20 cm. Ob obeh glavnih sestavinah (Mn in Fe) so lahko za izkoriščanje ekonomsko zanimivi še sledovni elementi Co (0.2–0.5%) in Ni (0.2–1.4%) pa tudi lantan (La), cerij (Ce), neodim (Nd) in samarij (Sm). Znova jih najdemo v Pacifiku pa tudi v Indijskem in Atlantskem oceanu. So starejše tvorbe - do 80 milijonov let, hitrost nastajanja je primerljiva gomoljem.

Biomineralizacijski procesi sodelujejo pri nastajanju tako gomoljev kot oblog. V gomoljih se manganovi oksihidroksidi oz. koloidi vežejo na površino bakterij ali arhej, ki služijo kot kristalizacijska jedra. V oblogah pa se apnenčasti mikrobni skelet apnenčastih alg t. i. kokolitov (angl. coccolithophores) deloma izmenja z manganovimi oksidi in tako se ustvarijo pogoje za mineralizacijsko odlaganje različnih elementov.

Dosedanja spoznanja ponujajo ideje kako bi bilo mogoče izkoriščati morske depozitne mineralne zaloge npr. mangana. Dovolj pove že podatek, da sta mangan in železo v morski vodi prisotna v izjemno nizkih koncentracijah (ca. 0.0004 ppm), prevladujeta pa v gomoljih, kjer predstavljata več kot 30% njihove teže in ocenjujejo, da je npr. v gomoljih vezanih več kot 3 x 10^11 ton mangana. Kasneje pa se že zarisujejo strategije za razvoj tehnologij kopičenja in koncentriranja tudi drugih, zlasti sledovnih prvin iz morskega okolja.

Nova pojavnost kreacionizma

Kot kaže se nam ob klasični kreacionistični šoli in ob njeni mlajši sestri inteligentnem načrtu zdaj pojavlja še tretja različica namreč teistična evolucija, ki jo zagovarja dr. Francis Collins, ki je nedavno v ta namen oblikoval tudi spletno stran BioLogos Foundation. Ta ugledni molekularni genetik si je izjemne zasluge pridobil kot vodja projekta humanega genoma (HGP), vzbudil pa veliko pozornost z izpričano pripadnostjo protestantski veroizpovedi.

Zdaj kaže, da so s tem najmanj zadovoljni pri ustanovi Discovery Institute, ki je glavno oporišče kreacionističnih idej in ki so na svoji nedavni spletni strani Faith+Evolution zastavili konkretno vprašanje (najbrž najprej Collinsu): Ali je evolucija skladna z vero?

Nov povzročitelj hemoragične mrzlice

Iz Univerze Columbia (ZDA) poročajo o identifikaciji novega virusa, povzročitelja hemoragične mrzlice (vročice), ki je zahteval štiri smrtne žrtve med petimi obolelimi v Južni Afriki. Začasno poimenovan virus Lujo naj bi sodil v skupino Arenaviridae in ga kot kaže karakterizira zelo visoka smrtnost in zmerna sposobnost širjenja, glede na tokratni pojav pa sodi med nozokomialne infekcije, torej med obolenja, ki se širijo v bolnišničnem okolju.  

Mikrobna poselitev kože

Najnovejše raziskave kažejo, da je naša koža bogato poseljena s številnimi in različnimi mikroorganizmi. Približno 1.000 različnih bakterijskih vrst (in 100 milijard posameznih celic) najdemo na različnih delih telesa v zelo spremenljivi gostoti in večinoma gre za bakterije, ki pomembno podpirajo funkcije gostiteljevega organizma.