13 avgust, 2009

Previdno z bioenergijo !

Že nekaj časa doživljamo ponoven razcvet interesa za bioenergetske rešitve, ki nas v pojavnosti zlahka spomnijo na dogajanje iz sedemdestih let prejšnjega stoletja. Tudi pri nas nismo ušli temu ponovljenemu trendu, ne nazadnje govorijo o tem nedavni posveti (>2008 in >2009).

Dovoljujem si predvsem zaradi svoje tridesetletne izkušnje z enim od bioenergentov, namreč z bioplinom, imeti vendarle nekoliko različno presojo od trenutno aktualne in ta je predvsem izrazito obremenjena s previdnostjo. In prav zato mi je všeč tekst, ki mi je prišel pravkar pred oči, namreč zapis Debunking biofules v blogu Scitable revije Nature. Članek nas opozori na nekatere kritične točke v tej tehnologiji, npr. na problematičen ogljikov odtis, s katerim so zlasti obremenjene rešitve, ki v proizvodnji bioenergije uporabljajo kot substrat koruzo (ali druge žitarice). Ta vidik bi zlahka bilo mogoče tudi nadaljevati v razmislek o etičnosti takega početja.

V nadaljevanju, prav zaradi nedorečenosti obstoječega znanja, spregovori citirani zapis tudi o raziskavah tretje generacije bioenergetskih postopkov, ki temeljijo na gojeni biomasi alg. Zapisu so dodane tudi koristne povezave do dodatnih relevantnih informacij o tej aktualni tematiki.

Bacillus anthracis še drugače…

Kot kaže bomo morali življenjski krog bakterije Bacillus anthracis poslej razumeti precej drugače

10 avgust, 2009

TB diagnoza v 30 minutah

Z novim testom, ki ga je razvil Ralph Weissleder iz Harvard Medical School, bo poslej mogoče dokazati bakterijo Mycobacterium tuberculosis  v sputumu v vsega 30 minutah. Dosedanja običajna diagnostika zahteva do 14 dni, od začetne mikroskopske ugotovitve mikobakterij v izpljunku do končne laboratorijske gojitvene potrditve. Novi test uporablja magnetne nanodelce prekrite s protitelesi, ki jih nato prepoznamo pri prehodu skoz enoto “lab-on-a-chip”, v kateri se na nanodelce pripete bakterije koncentrirajo.

Genom virusa HIV

V prvi avgustovski številki revije Nature je skupina virologov pod vodstvom Kevina M. Weeksa iz Univerze v Severni Karolini objavila strukturo genoma virusa HIV-1. Ker gre za genom iz enoverižne RNA, so uporabili posebno metodo SHAPE, ki je bila prav tako razvita v omenjenem laboratoriju.   

07 avgust, 2009

Blog o novi gripi

Slovenska blogosfera je bogatejša za blog z aktualnimi novicami o novi gripi A(H1N1) z imenom Pandemic – Pandemija.  

05 avgust, 2009

Pljučna kuga

Tudi v naših medijih je v zadnjih dneh kar precejkrat omenjan izbruh “pljučne kuge” na Kitajskem. Za lažjo orientacijo naj povem, da gre za bakterijsko infekcijsko bolezen, ki jo povzroča Yersinia pestis. Bolezen je morda bolj znana kot bubonska kuga (kar je ena od pojavnih oblik bolezni) in je po prepričanju večine bila najverjetnejši razlog izbruhov pandemičnega obolenja v srednjem veku z vzdevkom “črna smrt”. Za več podatkov pa velja pogledati >sem.

04 avgust, 2009

TWiV 43

Ta teden boste na portalu Microbe World našli 43. številko spletnega žurnala This Week in Virology (TWiV), ki prinaša zanimive teme:

  • o mednarodnem odboru za taksonomijo virusov (International Committee on the Taxonomy of Viruses - ICTV)
  • o CBS 60 minutnem video klipu o vakcini proti prašičji gripi, uporabljeni leta 1976
  • o vakcinah in Guillain-Barré sindromu
  • o NINDS informaciji o Guillain-Barré sindromu
  • o spominih na cepljenje proti prašičji gripi leta 1976 in
  • o izbruhu prašičje gripe v Fort Dixu leta 1976

31 julij, 2009

Evropska mikrobiološka akademija

29. junija letos so v švedskem Göteborgu v času 3. evropskega kongresa mikrobiologije ustanovili Evropsko mikrobiološko akademijo, očitno po zgledu ameriške akademije (AAM).

Kot lahko preberemo v prevodu originalnega španskega zapisa je poglavitni cilj EAM promocija evropske mikrobiologije in vzpodbujanje njene kvalitete s pomočjo razširjanja temeljnega znanja, organiziranjem strokovnih srečanj in vzpodbujanjem poglobljenih učnih vsebin. Sedanjih 100 ustanovnih članov iz različnih evropskih držav bo v prihodnje na predlog kolegov skrbelo za vključevanje najodličnejših profesionalcev evropske mikrobiologije.

29 julij, 2009

O preživljanju časa na delu

Bloger Mike the mad biologist se odziva na zapis v nekem drugem blogu (Dr. Mom) in na zanimiv način razpravlja o tem, zakaj in koliko časa raziskovalec (lahko) preživi pri delu npr. v laboratoriju. Zapisu sledijo zanimivi komentarji!

27 julij, 2009

Biology Image Library

Vsem, ki učite ali se učite toplo priporočam spletno galerijo slik Biology Image Library. Mikrobiologom seveda njen poseben segment, Microbiology&Parasitology prav tako pa tudi Imunology ter Molecular&CellBiology. Preden pa začnete še opozoriilo. Potrebna je registracija. Tisti, ki ste že registrirani pri BioMed Central ali za katero od njihovih revij, ste že pripravljeni, drugi se boste pač registrirali na vstopni strani. 

22 julij, 2009

Mobilna telefonska mikroskopija

Blog Neurophylosophy prinaša zanimiv prispevek. Navajam:”Raziskovalci na kalifornijski univerzi Berkeley so razvili mikroskopski nastavek, s katerim je mogoče s pomočjo standardnega mobilnega telefona s kamero pripraviti visokoločljive posnetke za uporabo v klinični mikroskopiji.”

V odprtodostopnem članku v reviji PLoS One lahko preberete podrobnosti o inovaciji in njenem razvoju kot tudi napovedi o njeni uporabi v deželah v razvoju, kjer v diagnostiki sicer manjkajo laboratorijske kapacitete in ekspertiza, na voljo pa je dostop do mobilnega telefonskega omrežja. (Seveda je ideja uporabna še v marsikateri drugi uporabi mikroskopije…)

PhD Comics

Pridružujem se tviteratu phylogenomics (J. Eisen), da je nujno treba slediti blogu PhD Comics.

Medigra “mikro” in “makro”

Da so mikroorganizmi pomemben partner v sožitju z višjimi organizmi nam simpatično in strokovno korektno pripoveduje tale članek iz dnevnega časnika.

20 julij, 2009

Cepljenje proti gripi

Zapis na blogu Effect Measure nam predstavi nekatere dileme pričakovanega cepljenja proti novi gripi. Morebitni problemi so predvsem vezani na varnost vakcine, zanimivi pa so tudi razmisleki o morebitnem istočasnem cepljenju proti novi in sezonski gripi. 

16 julij, 2009

Mikobakterije naj bi sporulirale

Profesor P. Setlow se je vsekakor zavedal problematičnosti svojega zapisa na blogu Small Things Considered, zato je njegov naslov zapisal z vprašajem: »Mycobacteria Make Spores?« Opazovanja namreč, o katerih poročajo Ghosh in sod. iz švedske Univerze Uppsala, ko naj bi posamezne vrste rodu Mycobacterium oblikovale spore primerljive tistim pri vrstah Bacillus, bi pomenila temeljit premik paradigme v biologiji mikobakterij. Vsekakor velja počakati na nadaljevanje raziskav, že doslej pa tudi molekularno biološki podatki podpirajo osnovno najdbo.

14 julij, 2009

Krepak vložek v biogoriva

Po pisanju The New York Timesa naj bi naftna firma Exxon Mobil danes obvestila javnost, da vlaga 600 milijonov US$ (!!!) v proizvodnjo tekočih transportnih goriv iz alg in sicer v partnerstvu s  firmo Synthetic Genomics, ki jo vodi znani pionir genomike J. Craig Venter.

13 julij, 2009

Mikrobna redukcija metana z Fe in Mn

Da poleg sulfata tudi železovi in manganovi oksidi lahko pomembno pripomorejo k mikrobni pretvorbi sedimentnega metana do ogljikovega dioksida in posledično do karbonatov, odkrivajo nove raziskave na Univerzi Penn(silvania) State. Spojine železa in mangana naj bi bile ključne pri redukciji metana v zgodnjem obdobju zemeljske zgodovine, ko v atmosferi ni bilo kisika in je bilo sulfata malo. Sulfat namreč v glavnem nastaja pri preperevanju kamnin v oksidativni atmosferi in čeprav se tudi manganovi in železovi oksidi ustvarjajo na ta način pa v glavnem nastajajo v fotokemijskih reakcijah le ob sledovih kisika. Mn in Fe oksidi so bili najbrž v oceanih zgodnje zemlje obilnejši kot sulfati. Njihov pomen je tudi toliko večji, ker del ogljikovega dioksida reagira z Mn in Fe do karbonatov, ki precipitirajo in izdvajajo ogljik iz oceanske vode. Če pa CO2 vendarle uide v atmosfero je kot toplogredni plin manj problematičen kot metan.

Debelost in mikrobna združba ustne votline

S pomenljivim naslovom “Is Obesity an Oral Bacterial Disease?” so Goodson, J.M. in sod. naslovili svoj članek v reviji Journal of Dental Research. Raziskovalci uglednega The Forsyth Institute so namreč ugotovili povezave med nekaterimi bakterijami ustne votline in debelostjo, oz. natančneje, sestava mikrobne združbe ženske poskusne skupine s povečano težo se razlikuje od sestave v skupini z normalno težo. Podatki naj bi bili izhodišče za nadaljnje raziskave o vplivu oralne mikrobne združbe na patologijo debelosti, ki v luči statistike pridobiva že epidemične razsežnosti.

12 julij, 2009

Stem Cell Research & Therapy

Napovedana je nova revija v odprtem dostopu Stem Cell Research & Therapy, ki bi naj delovala v okrilju založbe BioMed Central in bi pokrivala prevajalno raziskovanje v področju izvornih celic in terapije z njimi.

08 julij, 2009

Center za matične celice

V konceptu javno-zasebnega partnerstva dobiva Slovenija svoj Center za matične celice, kot poročata RTV SLO in Dnevnik.

Ogljikov odtis po državah

Študija “Carbon Footprint of Nations: A Global, Trade-Linked Analysis” objavljena v reviji Environmental Science & Technology nam predstavi nekatere parametre t. i. ogljikovega odtisa po posameznih državah. Študija je podprta tudi s spletno stranjo, kjer najdete dodatne ekspertne študije in kalkulator s številčnimi in grafičnimi prikazi stanja po državah.

06 julij, 2009

Podzemno uplinjanje premoga

Kar nekaj projektov je v teku, ki ciljajo v “podzemno uplinjanje premoga” kot lahko preberemo v zapisu na spletni strani BNET Energy. Skupni ključ vseh je v uporabi mikroorganizmov, ki naj premog pretvorijo v metan. 

05 julij, 2009

100 izjemnih predavanj

Na blogu BestCollegesOnline.com sem našel zapis z linki do 100 predavanj najimenitnejših znanstvenikov naše dobe. V skupini biomedicine boste našli imena kot so Irun Cohen, Denis Noble, Craig Venter, Warren Levinson, Richard Locksley idr. Opazili boste, da je veliko predavanj izbranih iz portala Videolectures.net, ki sem ga že omenjal in pri nastajanju katerega so bili  močno vpleteni sodelavci Inštituta Jožef Stefan.

Sicer boste pa na blogu BestCollegesOnline.com našli še precej drugih zanimivih povezav s poudarkom na izjemnih dosežkih.

03 julij, 2009

Intervju Richarda Dawkinsa s Craigom Venterjem

V vašo radovednost ne dvomim, zato priporočam samo 52 minut potrpljenja in predlagam, da si ogledate intervju, ki ga je Richard Dawkins naredil s Craigom Venterjem, ko ga je ta popeljal skozi svoje laboratorije na Institutu J. C. V. V živahnem in iskrivem klepetu se boste sprehodili od digitalizacije genske kode do sintetične genomike.

29 junij, 2009

9 milijonov genov

Prebavila človeka naj bi vsebovala vsaj 9 milijonov posameznih (edinstvenih) bakterijskih genov. Podatek je objavljen v članku Xing Yanga in sod. v reviji PLoS ONE in je ocena pridobljena na osnovi analize gojitvenih poskusov, študija metagenoma bakterij, ki jih ni mogoče gojiti in ocene različnosti bakterijskih populacij v mikrobni združbi prebavil. To je 400 kratna vrednost števila genov v humanem genomu, ki ga danes ocenjujejo z 23.000 geni in precej presega prvotne ocene, ki so govorile, da gre za faktor 100.

Še en slovenski biotehnološki blog

Na “ogled se je postavil” nov blog, ki se bo ukvarjal z biotehnologijo; nagajivo je njegovo ime: Haj TEH Lou TEH . Že prekaljenemu blogerju Ilji čestitke in obilo korajže pri zdaj že njegovem drugem blogu.

28 junij, 2009

Insignia: računalniška mikrobna identifikacija

Science Daily piše: “…zdaj ko je znanih že stotine sekvenc genomov bakterij in virusov lahko oblikujemo teste, s katerimi bo mogoče hitro ugotavljati njihovo prisotnost zgolj na temelju njihove DNK. Ti testi lahko odkrijejo patogene mikroorganizme v mešanici organskega materiala na temelju kratkih, specifičnih sekvenc, ki jim pravimo “DNK podpisi”.”

A. Phillippy in sod. iz Univerze Maryland v ZDA so razvili računalniški program s katerim je mogoče z veliko zanesljivostjo prepoznavati te “mikrobne podpise”.  O tem poročajo tudi v odprtodostopni reviji PLoS Computational Biology. Računalniški program so imenovali Insignia in je dostopen tudi na posebnem spletnem naslovu.

Črevesne bakterije mokarja razgrajujejo stiropor

Zanimiva najdba je uspela mladi, komaj 16-letni Tajvanki (najbrž dijakinji) Tseng I-Ching, za kar je prejela tudi letošnjo ISEFovo nagrado (International Science & Engineering Fair).  V prebavnem traktu hrošča mokarja (Tenebrio molitor) je namreč našla bakterijo, ki je sposobna razgradnje ekspandiranega polistirena.

Ker vemo, da tudi mravlje uničujejo stiroporno izolacijo, bi bilo zanimivo ugotoviti ali tudi njim pomagajo črevesni mikrobni sodelavci. Skoraj bi verjel, da je tudi to že kje v strokovni literaturi obdelano.

22 junij, 2009

Mobilni telefoni v telemikroskopiji

Prispevek v reviji Diagnostic Pathology opozori na zanimiv vidik prodora sodobne informacijske tehnologije v telemedicini. Neposredna uporaba mobilnih telefonov opremljenih s kamero zagotavlja dostop do sodobnih daignostičnih uslug tudi v ozemeljsko oddaljenih področjih. Način je posebno uporaben takrat, kadar za drugačne oblike prenosa slike nimamo na voljo ustreznega širokopasovnega omrežja. Uporabljena je bila tehnika direktnega posnetka mikroskopskega preparata (s tako imenovano “štuporamo” tehniko, kjer lečo fotoparata neposredno približamo okularju mikroskopa), sliko pa nato pošljemo v oddaljeni center za telediagnozo v mobilnem protokolu MMS (Multimedia Messaging Services).

Ali bodo starejši odpornejši proti gripi H1N1

Revija Lancet prinaša zanimiv razmislek k razlagi, čemu naj bi bili starejši ljudje odpornejši proti virusu aktualne “mehiške gripe” H1N1. Leta 1977 se je v pandemični obliki razširjal virus iz skupine H1N1 v takrat z “Rusko gripo” poimenovani epizodi. Avtor članka ugiba, ali ima trenutni sev dovolj antigenske podobnosti z virusom izpred 40 let, da bi v določeni meri varoval starejše pred okužbo ali vsaj pred hujšim obolenjem in zaključuje, da bodo prihodnji meseci morda potrdili to tezo.

Opozorilo: da boste lahko prebrali članek v reviji Lancet, se boste morali (brezplačno) registrirati za branje članka, ki je sicer v odprtem dostopu.

14 junij, 2009

Pripenjanje in celična energetika

Pripenjanje bakterij na površine in ustvarjanje biofilmov imata velik pomen tako v mikrobni ekologiji, medicinski mikrobiologiji in biotehnologiji. Raziskava D.G. Browna in Yongsuk Honga in Univerze Lehigh (Bethlehem, PA, ZDA) kaže, da imajo fizikalnokemijski pojavi ob približevanju površine mikrobne celice površini pripenjanja pomemben učinek na celično energetiko, brez povezave s ponudbo hranil. 

13 junij, 2009

Celotni osebni genom za 48.000 dolarjev

Morda je na nek način, zaradi časovnega sovpadanja, celo povezan s sejmom tržne genetike o katerem piše na svojem blogu dr. Dolinar, vendar je daljši zapis, ki ga prinaša novi GenomeWeb Daily News, zanimiv tudi zato ker prinaša nekatere novejše podatke o dogajanju na področju osebne genomike. Laiku bo zlasti zanimivo tisto o cenovnih gabaritih in da se tudi na tem področju razvnema neusmiljen konkurenčni boj. Če je bila cena celotne osebne genomske sekvence pri firmi Knome še v maju 99.500 ameriških $, zdaj firma Illumina najavlja ceno vsega 48.000 US$. Zapis prinaša tudi nekatere cene različnih genskih testov za sekvence na rizičnih lokusih za različna obolenja.  

Kakorkoli sporna je že ta tema, o čemer je že pred časom pisal dr. Jelen, tudi v nadaljevanju, ostaja dejstvo, da se bomo morali z njo v prihodnje vse pogosteje soočati, tudi v luči razmišljanj, kot jih v junijski številki slovenjene revije Le Monde Diplomatique (izdaja Delo) prinašata članka novinarke Emilie Guyonnet “Ženske pod vplivom” in “Kaj genetika dolguje evgeniki”.

11 junij, 2009

Oklicana 6. stopnja ogroženosti pred pandemijo

Kot poročajo novinarske agencije je Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) razglasila prvo pandemijo v 21. stoletju zaradi ogroženosti z novo (prašičjo) gripo H1N1. Kaj predstavljajo te stopnje je opisano na tej strani pri WHO.

Kasneje danes naj bi na sedežu WHO sklicali novinarsko konferenco, kjer bodo predvidoma predstavili podrobnosti k sklepu, ki je za nekatere presenečenje, za druge pa celo pretirana reakcija. Odtehtano pišejo o novici v tem BBCjevem članku.

10 junij, 2009

Nov (bio)blog

Na blogu Nove biologije sem z veseljem prebral novico, da je slovenska strokovna blogosfera bogatejša za blog BioNovice. Kot je sam zapisal njegov avtor, mikrobiolog Borut Jerman: “Bioblog Bionovice objavlja spise s področij bioznanosti in vsakodnevno spremlja vplive na bioindustrijo.” Kolega Jerman: Dobrodošli na spletu! 

05 junij, 2009

Biominerali kot priložnost

Globokomorski mineralni gomolji (angl. nodule) in obloge (angl. crust) ne nastajajo zgolj po poti kemijske mineralizacije ampak tudi ob sodelovanju mikrobioloških procesov ko govorimo o biomineralizaciji. Wang in Mueller v nedavnem revijalnem članku v Trends in Biotechnology (doi:10.1016/j.tibtech.2009.03.004) o biomineralih pojasnjujeta novejša spoznanja o sodelovanju mikrobnih mrež, ki sestavljajo zunanje ovoje mikroorganizmov (t.i. ovoji S), pri odlaganju mineralov in o možnostih biotehnološkega izkoriščanja tega pojava.

Kepe (gomolje), ki jih sestavlja več kovin - predvsem mangan (20–30%), železo (5–25%) in baker (0.2–1.2%) - najdemo običajno v večjih morskih globinah (4000 – 6000 m). Rastejo počasi, ca. 1 mm na milijon let, pretežna lokacija so globine pacifiškega oceana.

S kobaltom bogate obloge feromangana najdemo v globinah med 800 do 2400 m in prekrivajo skalne površine v debelini do 20 cm. Ob obeh glavnih sestavinah (Mn in Fe) so lahko za izkoriščanje ekonomsko zanimivi še sledovni elementi Co (0.2–0.5%) in Ni (0.2–1.4%) pa tudi lantan (La), cerij (Ce), neodim (Nd) in samarij (Sm). Znova jih najdemo v Pacifiku pa tudi v Indijskem in Atlantskem oceanu. So starejše tvorbe - do 80 milijonov let, hitrost nastajanja je primerljiva gomoljem.

Biomineralizacijski procesi sodelujejo pri nastajanju tako gomoljev kot oblog. V gomoljih se manganovi oksihidroksidi oz. koloidi vežejo na površino bakterij ali arhej, ki služijo kot kristalizacijska jedra. V oblogah pa se apnenčasti mikrobni skelet apnenčastih alg t. i. kokolitov (angl. coccolithophores) deloma izmenja z manganovimi oksidi in tako se ustvarijo pogoje za mineralizacijsko odlaganje različnih elementov.

Dosedanja spoznanja ponujajo ideje kako bi bilo mogoče izkoriščati morske depozitne mineralne zaloge npr. mangana. Dovolj pove že podatek, da sta mangan in železo v morski vodi prisotna v izjemno nizkih koncentracijah (ca. 0.0004 ppm), prevladujeta pa v gomoljih, kjer predstavljata več kot 30% njihove teže in ocenjujejo, da je npr. v gomoljih vezanih več kot 3 x 10^11 ton mangana. Kasneje pa se že zarisujejo strategije za razvoj tehnologij kopičenja in koncentriranja tudi drugih, zlasti sledovnih prvin iz morskega okolja.

01 junij, 2009

Nova pojavnost kreacionizma

Kot kaže se nam ob klasični kreacionistični šoli in ob njeni mlajši sestri inteligentnem načrtu zdaj pojavlja še tretja različica namreč teistična evolucija, ki jo zagovarja dr. Francis Collins, ki je nedavno v ta namen oblikoval tudi spletno stran BioLogos Foundation. Ta ugledni molekularni genetik si je izjemne zasluge pridobil kot vodja projekta humanega genoma (HGP), vzbudil pa veliko pozornost z izpričano pripadnostjo protestantski veroizpovedi.

Zdaj kaže, da so s tem najmanj zadovoljni pri ustanovi Discovery Institute, ki je glavno oporišče kreacionističnih idej in ki so na svoji nedavni spletni strani Faith+Evolution zastavili konkretno vprašanje (najbrž najprej Collinsu): Ali je evolucija skladna z vero?

Nov povzročitelj hemoragične mrzlice

Iz Univerze Columbia (ZDA) poročajo o identifikaciji novega virusa, povzročitelja hemoragične mrzlice (vročice), ki je zahteval štiri smrtne žrtve med petimi obolelimi v Južni Afriki. Začasno poimenovan virus Lujo naj bi sodil v skupino Arenaviridae in ga kot kaže karakterizira zelo visoka smrtnost in zmerna sposobnost širjenja, glede na tokratni pojav pa sodi med nozokomialne infekcije, torej med obolenja, ki se širijo v bolnišničnem okolju.  

Mikrobna poselitev kože

Najnovejše raziskave kažejo, da je naša koža bogato poseljena s številnimi in različnimi mikroorganizmi. Približno 1.000 različnih bakterijskih vrst (in 100 milijard posameznih celic) najdemo na različnih delih telesa v zelo spremenljivi gostoti in večinoma gre za bakterije, ki pomembno podpirajo funkcije gostiteljevega organizma.

29 maj, 2009

Enologijo podpira vrhunska analitika

Enofili (prevod: ljubitelji vina) se poleg uporabe svojih okušalnih brbončic vse bolj zatekajo po pomoč tudi k znanosti, kot poroča revija Wired.

Francoski raziskovalci so z uporabo visoko ločljive masne spektrometrije analizirali (objavljeno v PNAS) nabor arhivskih vin, pridelanih iz istega grozdja, ki so dozorevala v sodih iz hrastov devetih različnih gozdov. S tem so določili t.i. “metabologeografski pečat” vsake vinske polnitve, saj vemo, da značilna vinska cvetica nastaja v medigri vinskega mošta, kvasovk in okolja v katerem mošt vre in kasneje zori.  

27 maj, 2009

Mikrobiološke revije

Za raziskovalca je seveda pomembno, da svoj članek objavi v pravšnji reviji, z naborom bralstva, kjer bo njegovo delo najbolje odmevalo in ustreznim ugledom, da bo zadoščeno tudi kariernim pogojem. Nabor revij za področje mikrobiologije s kratkim opisom vsebinskih poudarkov najdete  na spletni strani Microbiology Journal. Na strani najdete tudi povezave do knjig s področja.  

26 maj, 2009

Grozdni ekstrakti učinkoviti proti patogenom prebavil

J.C. Brown in sod. poročajo v članku iz februarske številke revije Applied and Environmental Microbiology o protimikrobnem učinku grozdnih ekstraktov proti bakteriji Helicobacter pylori . V študiji  so spremljali učinke esktraktov rdečega, črnega, belega in muškatnega grozdja, kot tudi čistih spojin resveratrola, elagične kisline in miricetina na bakterijo, ki je poglavitni povzročitelj gastritisa in spremljajočih želodčnih težav pri človeku.

Najmočnejši in vitro protibakterijski učinek proti Helicobacter pylori je imel ekstrakt iz jagodne lupine muškatnega grozdja, po pričakovanju pa sta bila učinkovita tudi resveratrol in elagična kislina.

24 maj, 2009

Izvorne (matične) celice

Raziskovalcem izvornih celic bo dobrodošel portal StemCellGateway.net.

17 maj, 2009

Podpora vakcinalni zaščiti

Sem vesel, da je Nejc Dulmin opozoril tvitosfero na blogerski zapis, ki poziva znano ameriško TV ikono in mnenjsko oblikovalko Oprah Winfrey, da preneha podpirati kampanijo proti vakcinalni zaščiti. Ker se to nerazsodno gibanje ne širi samo v ZDA ampak tudi drugje, tudi pri nas, se mi zdi koristno prebrati zapis, ki na umirjen način opozori na zmote in škodo, ki jo odklanjanje cepljenja, kot ene najpomembnejših strategij, ki jih ima danes zdravstveno varstvo na voljo, povzroča. 

13 maj, 2009

Mikrobiološki forumi

Opozoril bi vas na spletni portal Scientist solutions, s pestrim naborom esejskih zapisov in s povezanimi forumskimi prispevki. Med njimi so tudi takšni z mikrobiološko vsebino.

12 maj, 2009

CDC tiskovna konferenca o novi gripi

Tistim, ki še spremljate novice o gripi H1N1 predlagam, da si preberete zapis včerajšnjee tiskovne konference ameriškega Centra za nalezljive bolezni (CDC). Branje bo brez dvoma zanimivo tako za tiste, ki svarijo pred pretiravanjem pri poročanju o izbruhu in nekateri od njih celo postavljajo pod vprašaj opazovano dogajanje kot tudi za one, ki iščejo razlago v različnih scenarijih teorije zarot.

10 maj, 2009

O H1N1 pri ASM

Tudi pri ameriškem mikrobiološkem društvu (ASM) so se odločili, da bodo v odprtem dostopu članki iz nabora njihovih revij, ki govorijo o virusu H1N1. 

06 maj, 2009

Testna vakcina je pripravljena

V današnjem članku v reviji Bioresearch Online lahko preberemo, da je za preskušanje pripravljena prva H1N1 vakcina, ki temelji na tehnologiji peptidne sinteze in jo je pripravila britanska firma Replikins Ltd. To je podjetje, ki je pred letom dni vzbudilo precej pozornosti z napovedjo, da bi lahko virus H1N1 nadomestil virus H5N1 kot kandidata za naslednjo pandemijo. 

03 maj, 2009

Kihamo/kašljamo in ne ogrožamo drugih

Ko razmišljamo o morebitnih nadlogah, ki nas čakajo, se velja zamisliti tudi nad preventivo. Kako kihamo, da pri tem ne ogrožamo drugih, nas pouči tale video.

02 maj, 2009

Vakcina proti gripi A(H1N1)

Informativen članek o tem s kakšnimi dilemami se sooča Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) ob odločitvi za pričetek izdelave vakcine proti novi gripi A(H1N1).

01 maj, 2009

Družabno mreženje s CDC

Osrednja ameriška služba za zdravstevni nadzor CDC (Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta) je skupaj  z ministrstvom za zdravje (HHS) pripravila vrsto informacijskih kanalov grajenih po načelih družabnih medijev za obveščanje in spremljanje gibanja nove influence A(H1N1) (ki so jo doslej mediji imenovali prašičja gripa). Informacije bodisi vežete kot aplikacije (widget) na svoje družabne spletne strani (glejte tudi ta blog) ali jih spremljate preko mobilnih povezav. 

30 april, 2009

Kateri sev?

Včerajšnji The Scientist poroča; citiram prevodno (in s tem razširjam svoj včerajšnji zapis):
”…Medtem so na Univeri Columbia bioinformatik Raul Rabadan in kolegi primerjali sekvenčne podatke virusa influence, ki je okužil stotine ljudi v Mehiki in drugje z več kot 10.000 virusnimi sekvencami v bazi NCBI (National Center for Biotechnology Information). V nasprotju z nekaterimi navedbami v medijih, ki so označili sedanji sev kot mešanico prašičjih, ptičjih in človeških virusov pravi Rabadan, da izgleda kako je virus bolj podoben prašičjemu. "Najbližje sorodnike temu virusu najdemo pri prašičih," pravi Rabadan in dodaja, da je največji del virusa podoben virusu predhodno izoliranemu v Severni Ameriki, da pa ima drug del virusa azijski ali evropski izvor. Rabadan pravi, da se je del sedanjega virusa razvil v prašičji virus po “trojnem prerazporejanju” ("triple reassortment") v katerem so se povezali ptičji, humani in prašičji virusi v prašiču – to se je najbrž zgodilo leta 1998, vendar so vsi segmenti sedanjega virusa prašičjega izvora.

Čeprav so rezultati predhodni, Rabadanovo delo pomaga pri oblikovanju popolnejše genetske slike novega virusa, ko se hitro približuje potreba po razvoju vakcine. Dobra genetska karakterizacija novega virusa, ki se prenaša s človeka na človeka in za katerega kot kaže ne obstaja predhodna imunost, bo odločilna v prihodnjih tednih…”.

29 april, 2009

Zaskrbljenost raste, vprašanja ostajajo

Trenutno nadlogo, ki je v zadnjih dneh pridobila vodilno mesto v novicah, prašičjo gripo, občasno spremljajo tudi alternativne razlage izvora. Blogerki Darji bi rekel, da so seveda mogoči različni scenariji, težko je zavrniti npr. podmene o zlonamerni konstrukciji patogenega agensa, vendar dokler ni tehtnejšega dokaza je brez pomena dodatno vznemirjati javnost. Zlasti težko je sprejeti namige o vpletenosti farmacevtskih firm, saj bi ta morala biti temeljena na skrajno izprijeni in zavržni odločitvi, katere posledic tudi ni mogoče predvideti.

Dovolj je možnosti, da razvoj virusa s katerim se trenutno srečujemo pojasnimo s povsem biološkimi mehanizmi, kot o različnih možnostih razpravlja članek v New Scientistu. Pravkaršnja novica celo zamenjuje dosedanje navedbe o kombinaciji več virusov različnih gostiteljev in naj bi šlo zgolj za rekombinacijo dveh prašičjih virusov influence. Še marsikatero presenečenje nas najbrž čaka, upajmo le, da bo genski prstni odtis virusa razložil tudi njegov izvor in poti njegovega razširjanja ter pridobivanja patogenosti.

Pozabiti ne smemo, da je medijski pretok blagoslov in prekletstvo obenem, dobro o tem govori tale članek.

26 april, 2009

Časovnica prašičje gripe

Časovnica o gibanju prašičje gripe, kot jo je objavil Guardian danes.

Zanimivo grafično časovnico najdete na Googlovem zemljevidu o prašičji gripi H1N1. Lokacije primerov pa predstavlja tale zemljevid.

Jonathan A. Eisen na svojem blogu The Tree of Life objavlja povezave do nekaterih za temo relevantnih člankov na PLoS.

Nekaj nasvetov o ravnanju v izrednih razmerah, kot bi bil npr. izbruh pandemičnega obolenja.

Forumske novice in poročila o gripoznih pojavih v svetu.

Vse podatke sem pridobil iz Twitterskih objav.

25 april, 2009

O prašičji gripi

Nekaj najnujnejših informacij o prašičji gripi najdete na blogu MicrobiologyBytes.

Ameriški CDC aktualno sporoča novice o dogajanju na posebni spletni strani

“Prašičja gripa”

Kdor želi spremljati aktualne novice o prašičji gripi na Twitterju naj se poveže na Twitterfall.

23 april, 2009

Matematika za mikrobiologe

Vsekakor velja prebrati tale zapis, zlasti pa ga priporočam vsem tistim študentom in diplomantom mikrobiologije, ki še vedno niso čisto prepričani, da je koristno, ker imajo v kurikulum vključeno tudi matematiko.  

21 april, 2009

iGEM09

Iz Twitterjeve vestičke sklepam, da bo tudi letos organizirano iGEM tekmovanje. Ni še glasu, ali se bo prijavila kakšna slovenska ekipa. Ob tem pa si je prijetno pogledati utrinke iz zmagoslavja preteklih let. Na spletu sem našel tudi tale video klip intervjuja kolegice Alje Oblak iz skupine iGEM 2006.

Raziskovalci si pomagajo

Splet Scientist Solutions je pravzaprav registrirana firma Scientist Solutions Inc., ki je nastala leta 2004 z namenom podpreti razvoj znanosti in biotehnologije. Za ta namen so razvili forumsko spletno stran t. i. “Board”, na kateri naj bi raziskovalci izmenjevali ideje in informacije. Scientist Solutions Board vsebuje 40 kategorij znanstvenih disciplin, ki so nato še globlje razdeljeni v diskusijske forume, kjer tečejo razprave, izmenjujejo se ideje in rojevajo se sodelovanja. Dogajanje na spletu lahko spremlajte tudi na Twitterju SciSolutions, registriranim uporabnikom pa je omogočeno tudi delovanje na blogih.

Sam sem pokukal na forumsko skupino “Microbiology” in lahko rečem, da je polna zanimivih tem in diskusij.

Current Protocols

Imeniten portal za vse laboratorijske zanesenjake, tale Current Protocols. Nudi uporabne povezave do originalnih virov različnih laboratorijskih protokolov s pomočjo dostopa preko gesel (>Search), kategorij (>Categories) ali revijalnih kazal (>Titles) in seveda imate dostop tudi do uporabnih, večinoma brezplačnih orodij (>Tools). Povedati pa je treba, da je dostop do vrstniško ocenjenih protokolov mogoč samo z naročnino na ustrezne revije Wiley Interscience. In še nekaj “kulskega”: vse novosti o delovanju portala lahko sledite preko Twitterja – CPLabTweets.

Obsežno vlaganje v raziskave izginjanja čebeljih družin

Večja skupina britanskih ustanov za financiranje raziskovalnega dela, med drugim Wellcome Trust, škotska vlada, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) in Natural Environment Research Council (NERC) se je odločila za pomembno povečanje vlaganje v raziskave zdravja čebel do višine 10 milijonov britanskih funtov, kot poroča časnik Telegraph. V zadnjih letih se je število čebeljih družin v Veliki Britaniji zmanjšalo za zaskrbljujočih 15% za kar navajajo številne razloge. Med manj razjasnjenimi vzroki izginjanja čebel je tudi sindrom propadnja čebeljih družin (angl.: colony collapse disorder), katerega ozadje ni pojasnjeno. 

20 april, 2009

Čiščenje odpadnih vod z vzporednim tveganjem

Da se osnovnemu namenu pri čiščenju odpadnih vod, ki, kot vemo, je odstranjevanje onesnaženja, pridružijo lahko tudi nezaželene posledice, se jasneje kaže v novejšem času. V procesu čiščenja se lahko namreč namnožijo posebno neugodni, na antibiotike odporni mikroorganizmi. Zaradi ugodnih pogojev rasti v obilju hranil se mikrobi v procesnih stopnjah čiščenja izjemno hitro razmnožujejo, kar pa istočasno pomeni, da se lahko v populaciji hitro razširijo geni antibiotske rezistence, zlasti še, če se v odplakah znajdejo ostanki antibiotikov, kar zagotavlja selektivno prednost prav mikrobom z izraženo odpornostjo na antibiotike. V raziskavi o kateri piše Scientific American so ugotovili, da so ob izpostavljanju mikrobne združbe antibiotskemu koktailu v predhodnih fazah čistilnega procesa po tretji stopnji čiščenja sicer ugotovili pomembno zmanjašanje skupnega mikrobnega števila, da je pa bil delež na antibiotike odpornih mikroorganizmov ob izpuščanju vode v reko precej višji kot v vzorcih rečne vode odvzetih iznad čistilne naprave.

19 april, 2009

Zgodnji zapisi o mikrobih

Med zgodnješimi zapisi v slovenskem jeziku o mikroorganizmih je gotovo poglavje o bakterijah v knjigi Martina Cilenška “Naše škodljive rastline v podobi in besedi”. V delu, ki je izšlo leta 1892 pri Mohorjevi družbi v Celovcu najdemo med krdeli, kot avtor zanimivo poimenuje obravnavane rastlinske skupine, prve obdelane “Rastline škodljive (nevarne) človeku in večinoma tudi živini njegovi: Bakterije”.

Takratno razvrščanje jih je umeščalo med rastline, kar ne preseneča, saj je dolgo trajajoča predstava, da gre za organizme rastlinskega sveta tudi razlog za še danes pogost govor o mikrobni flori. Ali kot preberemo v Cilenškovem tekstu: ”Te nevidne sovražnike imenujemo bakterije, ktere niso, kakor so sprva zavoljo njihove pregibljivosti mislili, živali, temveč rastlinice, ktere prištevamo glivam.”

O zaznavanju gostote pri mikrobih

Profesorica Bonnie Bassler, mikrobiologinja na Univerzi Princeton nam v tem res prepričljivem nastopu v okviru znanih TED predavanj predstavi enega od najzanimivejših fenomenov v mikrobnem kolektivu, ki mu pravimo “zaznavanje gostote” (angl.: quorum sensing) in tudi o možnostih, kako bo ta pojav morda mogoče izkoristiti v naše dobro.

16 april, 2009

Gojimo gobe

Tokratni zanimiv Ilijev zapis me je vendarle izzval, da sem mu dodal komentar, posoljen z malo skepse…

Medicinske opojne pijače

V zbirki dnevnih novic revije Science lahko preberemo, da je dosedanje prepričanje po katerem so Egipčani uživali vino, oplemeniteno z rastlinskimi izvlečki že 1850 p.n.š. potrebno popraviti in mejo pomakniti v obdobje 3150 let p.n.š. Najzgodnejši zapisani podatki pričajo, da je človek kmalu spoznal zdravilni učinek nekaterih rastlin in njihovih izvlečkov. In nato so, kot pravi antropolog Patrick McGovern iz Univerze Pennsylvania tudi ugotovili, da če so umešali rastlinske medicinske učinkovine v alkoholne pijače, so se dlje ohranile in zaradi boljše topnosti so bile tudi močnejše v učinku.

11 april, 2009

Alternativna strategija za borbo proti malariji

Po reviji New Scientist povzemam zanimivo novico, ki bo nedvomno vzbudila polemike in po kateri naj bi odpornost komarjev izničili s pomočjo počasi delujočih insekticidov:

» Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) priporoča za obvladovanje malarije hitrodelujoče insekticide. Vendar ta sredstva preprečujejo razmnoževanje komarjev in s tem omogočajo, insektom, ki preživijo izjemno kompetitivno prednost. Ker to seveda sproža evolucijo rezistence se je Andrew Read iz Univerze Pennsylvania State odločil, da bo raziskal, kaj se zgodi, če ta selekcijski pritisk odstranimo tako, da pokončamo samo starejše insekte, ki so že odložili jajčeca. To lahko dosežemo s počasi delujočimi insekticidi, ki pa še vedno lahko preprečijo prenos malarije, ker insekt ne more prenesti parazita na žrtev, dokler parazit v štirinajstih dneh ne dozori v insektu, kar pa je že skoraj življenjska doba komarja. Ob uporabi modela je Read ugotovil, da je tak pristop »evolucijsko zanesljiv«: komarji nikoli ne razvijejo odpornosti na počasi delujoče ineskticide, ker imajo oboji, odporni in občutljivi insekti enako možnost leženja jajčec, kar seveda odstrani selekcijski pritisk, ki bi favoriziral rezistentne komarje (PLoS Biology, DOI: 10.1371/journal.pbio.1000058).

Nekateri insketicidi, ki potrebujejo tedne, da učinkujejo, kot so npr. glive, ki ubijajo insekte so bili že v preskušanju. Read verjame, da je to edini način za izkoreninjenje malarije.«

09 april, 2009

Elektrificirana ševanela

O zanimivih posebnostih energetskega metabolizma in biotehnoloških obetih pri bakterijskem rodu Shewanella (tak je pravilen latinski zapis imena) piše Ilija na svojem blogu.

06 april, 2009

Serumska glukoza poganja gorivno celico

Morda bo poslej mogoče implantirane medicinske pripomočke, kot so srčni vzpodbujevalniki ali intraspinalne elektrode za zdravljenje paralize učinkoviteje oskrbovati z energijo.

Skupina raziskovalcev na kanadski univerzi British Columbia v Vancouvru je razvila drobno mikrobno gorivno celico, v kateri inkapsulirane celice kvasovk izkoriščajo glukozo iz krvnega seruma za proizvodnjo električne energije.

05 april, 2009

Shranjevanje energije s pomočjo elektrometanogeneze

Raziskovalci Univerze Pennsylvania State so razvili rešitev za zanesljivo shranjevanje viškov alternativne energije, kot lahko preberemo v New Scientistu. Z električno energijo, pridobljeno iz vetrovnih in sončnih virov ter iz plimovanja,  s pomočjo mikrobne združbe (v njej prevladuje Methanobacterium palustre) pretvorijo CO2 v metan, ki ga je mogoče nato učinkovito skladiščiti in transportirati. S sežigom metana je nato mogoče ponovno pridobiti 80% energije, kar je ob energetskih transformacijah tega tipa zadovoljiva vrednost.

31 marec, 2009

Selitev MicrobiologyBytes

Eden najboljših mikrobioloških blogov se je iz zavetja Wordpressa preselil na lastno domeno in je zdaj na naslovu MicrobiologyBytes.

28 marec, 2009

Medcelični prenos virusa HIV

Prof. dr. Simon Horvat me je opozoril na spletno objavo o prenosu virusa HIV med imunskimi celicami, objavo Univerze UC iz Davisa, ki je opremljena z izjemnimi fotografskimi in video posnetki tega procesa.

Evolucija bakterijskih genomov

Nedavne raziskave genomov agrobakterij osvetljujejo razvoj nastanka več kromosomov pri bakterijah. Večino bakterijskih genomov predstavlja en sam kromosom in eden ali več plazmidinih naborov genov. Najdemo pa tudi izjeme in raziskave treh agrobakterij na Univerzi Winsconsin pojasnjujejo stanja, ko bakterije vsebujejo več kromosomov.

Znani pojav izmenjave genov med bakterijskimi genomi ni omejen zgolj na izmenjavo med različnmi organizmi oz. celicami, ampak poteka tudi v sami celici med kromosomom in plazmidi. Tri preučevane vrste agrobakterij za katere so na voljo popolne genomske sekvence: A. tumefaciens C58, A. radiobacter K84 in A. vitis S4 dokazujejo napredovanje evolucije kromosomov v družini Rhizobiaceae, kamor sodijo agrobakterije. Pri dveh vrstah (A. tumefaciens in A. vitis) so genski premiki že oblikovali nov kromosom iz plazmida, medtem ko mora pri sevu A. radiobacter plazmidni replikon šele doseči status drugega kromosoma.

26 marec, 2009

Vatirane palčke in forenzika

Kot poroča SiOL.net, ko prenaša novico revije Stern, je v Nemčiji odjeknilo razkrijte, da neznana morilka, ki jo policija že več let brezuspešno išče, morda sploh ne obstaja.

Sledenje BSE

Kot kaže so raziskovalci le korak od razvoja metode za zgodnje odkrivanje nastopajočega obolenja v primeru BSE (“bolezen norih krav”). Odkrili so namreč vrsto beljakovin, ki se pojavijo v krvnem obtoku prizadete živali nekaj tednov pred nastopom prvih simptomov BSE. Napovedujejo celo, da bi morebiti novi model bil uporaben za odkrivanje drugih degenerativnih bolezni živčnega sistema kot sta Alzheimerjeva ali pa Huntingtonova bolezen.

18 marec, 2009

Čemu znanstveno bloganje?

Bloger Irradiatus je pripravil odličen članek na temo “Znanstveno bloganje: prihodnost znanstvene komunikacije & zakaj postati del tega”. Je vredno branja in morda je to priložnost, da se pridružite še sami: kot blogerji ali komentatorji.

17 marec, 2009

Forenzična določitev nastopa smrti z analizo mikrobioma

Raziskovalci na Univerzi v španski Granadi so se lotili razvoja nove forenzične metode s katero bi bilo mogoče natančneje določiti trenutek nastopa smrti npr. pri žrtvah kriminalnih dejanj. Zamisel temelji na uporabi termografije in mikrobiologije pri spremljanju poteka razpadanja trupla. Različni okoljski dejavniki (npr. temperatura ali zračna vlaga okolja) sicer spreminjajo potek tega dogajanja, vendarle pa kaže, da ostaja rast mikroorganizmov na kadavrih relativno konstanten kazalec. Ob kombinaciji uveljavljenih forenzičnih metod bi bilo mogoče s pritegnitvijo novih rešitev na temelju analize mikrobne združbe obremenitev z napako učinkovito zmanjšati.

15 marec, 2009

Mikrobiološki vodnik

Poglejte si mikrobiološki portal DNA Microbiology Guide in ugotovili boste, da je prav uporaben kot priročnik in referenčni vodnik.

10 živil z učinkom proti raku

Zapis na blogu N. Desaija nas v poljudnem jeziku seznani z desetimi živili in prehranskimi dodatki s protirakavim učinkom. Po vrsti so to: borovnice, maline in brusnice; zeleni čaj; česen; brokoli in zelje; čebula in por; paradižnik; resveratrol, kot sestavina v grozdju in posledično v vinih, zlasti še rdečih; soja; kurkuma (sestavina v indijskem curryju) ter vodna kreša in špinača.   

09 marec, 2009

Protivirusno delovanje klorokvina

Kot lahko preberemo v ScienceBlogu, so raziskovalci na Weill Cornell Medical College-u iz New York Cityja ugotovili, da ima protimalarično sredstvo klorokvin izražen tudi protivirusni učinek proti dvema letalnima virusoma, virusu Hendra in virusu Nipah, oba sta iz rodu henipavirusov (družina Paramyxoviridae).  

08 marec, 2009

Protimikrobni učinek grozdnega soka

Na spletu ASM boste našli povzetek raziskav skupine J. C. Browna* iz Univerze Clemson, ki predstavljajo inhibicijo bakterije Helicobacter pylori z različnimi grozdnimi ekstrakti.

Saj vemo, da je H. pylori bakterija, ki je najpogosteje povezana z želodčno razjedo, gastritisom, limfomom želodčne sluznice in rakom na želodcu. Poleg učinkovite antibiotske terapije so doslej preverjali tudi že učinke različnih rastlinskih ekstraktov npr. česna, brokolija, brusnice in zelenega čaja na rast H. pylori . Temu  je zdaj skupina iz U. Clemson dodala še preučevanje učinkov ekstraktov rdečih, belih, črnih in muškatnih grozdnih sort, za katere je znano, da vsebujejo velik delež antioksidantov in polifenolov.

Izkazalo se je, da imajo največji protimikrobni učinek ekstrakti muškatnih ekstraktov, sledijo jim sokovi drugih grozdnih sort.

*(J.C. Brown, G. Huang, V. Haley-Zitlin, X. Jiang. 2009. Antibacterial effects of grape extracts on Helicobacter pylori. Applied and Environmental Microbiology, 75, 3, str. 848-852.)

03 marec, 2009

Mikrobiom sline kot “prstni odtis”

Nedavne raziskave M. Stonekinga iz Instituta Max Planck za evolucijsko antroplogijo v Leipzigu (ZR Nemčija) kažejo, da je edinstvenost mikrobne populacije v slini človeka oz. natančneje v pljunku tolikšna, da se ponuja kot orodje npr. za  spremljanje človekovih migracij in ugotavljanje kontakta med ljudmi. To istočasno pomeni, da se molekularna analiza mikrobioma sline ponuja tudi kot forenzična analiza.

Ker se bakterijski geni spreminjajo hitreje kot geni višjih organizmov, je mogoče z analizo genetske razlike med bakterijami različnih populacij človeka prepoznati razlike med skupinami, katerih ločitev še ni mogla pustiti značilnih sledi v humanem genomu. Vendar za raziskovalce je zlasti presenetljivo, da različnost mikrobioma ni v večji skladnosti z geografijo, saj je R. Ley iz Univerze Cornell v večji meri pričakovala prisotnost značilnega vzorca. Ključ teh dilem, kot predpostavlja M. Stoneking, bo najdba mikrobnih vrst, ki se značilneje prenašajo generacijsko, torej od staršev k otrokom, kot od osebe do osebe.

02 marec, 2009

Naredi sam: PIVO

Ni sicer veliko junakov, ki doma varijo pivo, je pa zadeva izvedljiva in če se poglobite v recept na blogu The simple dollar, boste morda zbrali pogum, se lotili izziva in ugotovili, da je načrt izvedljiv. Vendar opozorilo: zadeva ne bo gospodarna, če ne boste vztrajali pri osvojeni veščini, saj je potrebno v začetku nekaj denarja vložiti v opremo in ta se mora seveda izplačati s proizvodom.

01 marec, 2009

Darwin, kreacionizem in še kaj…

Ko že omenjam blog Effect Measure naj povem, da sem tam našel naslednji link. Ker smo se nekaj dni nazaj spominjali velikega Darwina naj tokrat razprava o njem zveni nekoliko bolj razvedrilno in k temu bo gotovo pripomogel komik Ricky Gervais.

Še o spornem biološkem materialu

Z današnjim pregledom spleta pri iskanju novic o dogodku, s katerim se ukvarjam zadnje dni ( >1 in >2 ) nisem odkril nič bistveno novega. Slovenski splet prinaša zgolj dodatni novici na Trieri in na Zurnalu24, nobena pa ne vsebuje svežih stališč uradnih organov, kar predvsem pogrešam.

Na svetovnem spletu je v blogu Effect Measure mogoče najti največ sveže relevantne diskusije in mislim, da bo ta splet vredno spremljati tudi v prihodnje. Sicer pa kaže, da na svetovnem spletu zaenkrat ni drugih aktualnih novic o tej temi.

Vsem, ki ste pričeli slediti to temo svetujem, da prisluhnete predavanju  prof. dr. Franca Sterleta iz Medicinske fakultete UL  “Gripa, ptičja gripa – ali nam grozi pandemija?”, ki je vključena v nabor predavanj na portalu Videolectures.net.

27 februar, 2009

Baxter in sodelavci…

K mojemu včerajšnjemu zapisu si preberite še ta komentar. V medijih pogrešam konkretnejše avtorizirano sporočilo organov zdravstvenega nadzora, saj naj bi se “zgodba” v Evropi začela že v začetku februarja.

Predavanje

Prof. dr. David Stopar in SMD obveščata o predavanju M. E. Hines-a (Department of Biology, University of Massachusetts, Lowell, ZDA) z naslovom: "Hg cycling in sediments of the Gulf of Trieste". Predavanje bo v torek 3. 3. 2009 ob 16:00 v predavalnici B3, v Biološkem središču, Večna pot 111.

26 februar, 2009

Ali je Baxterjev spodrsljaj dovolj pojasnjen

Danes lahko na portalu Zurnal24.si preberemo novico o spodrsljaju, ki si ga je privoščila ameriška firma Baxter, ko je nekaterim laboratorijem razposlala (sama ali preko svojih pogodbenih partnerjev) biološki material, ki bi naj služil razvoju/proizvodnji vakcine proti gripi a je po pomoti (tako so priznali) vseboval poleg virusne različice H3N2 tudi virusno različico H5N1, ki je bilj znana kot povzročiteljica ptičje gripe. V hitrem pregledu nekaj strani Najdi.si. sem našel samo še eno povzetje tega sporočila, čeprav je v tujini zadeva precej bolj odmevna in nekoliko starejša. Npr. med prvimi je o njej poročala agencija Bloomberg, nekaj podrobnosti pa najdemo tudi že na nekaterih blogih, >tukaj, >tukaj in >tukaj, zlasti pa >tukaj.

Da nas mora zadeva nekoliko bolj zanimati pa je razlog v dejstvu, da je preko avstrijskega partnerja material prispel tudi v laboratorij v Sloveniji, kjer pa so ga po zagotovilu Inštituta za varovanje zdravje že neškodljivo uničili. “So far, so good” bi rekli. Pa me je zadeva nekoliko bolj ganila, ker se spomnim kratkega sporočila pred dvema tednoma v Dnevniku, v katerem novinar pove, da so avstrijski virologi v sodelovanju z ameriškim podjetjem Baxter razvili cepivo proti ptičji gripi, oziroma virusu H5N1. Hopla, človek, zlasti če je nekoliko bolj zaskrbljene sorte, hote ali nehote vzpostavi med obema zgodbama povezavo. Ali je res šlo v nesrečnem primeru napačnih vzorcev za take vrste napako kot jo preberemo v Zurnalu24 oz. v virih na katerih ta novica temelji ali pa je ozadju še kaj drugega? Vsekakor bi si želel nekoliko temeljitejšega pojasnila v medijih. 

22 februar, 2009

Železo v bakterijski patogenezi

Železo je pomemben prehranski vir, zlasti še ker pomembno sodeluje v patogenezi številnih bakterij. Precej časa že vemo, da se gostitelj in patogeni mikroorganizmi vsak zase trudijo za zagotovitev ustreznih količin železa, potrebnih za rast. Evolucijsko se je razvil pravi arzenal načinov za uplenitev omejenih količin železa v telesu, npr. s pomočjo posebnih vezalnih molekul, pri bakterijah imenovanih sideroforov, ki posebno rade nase vežejo železo in ga nato posredujejo bakterijam. Nedavne najdbe specifičnih sideroforov pri sevih bakterije Escherichia coli, ki povzročajo infekcije sečnih poti, napoveduje morda nov način borbe proti infekciji. Na Medicinski šole Univerze Washington namreč iščejo molekulo, ki bi bila toliko podobna sideroforu, da bi jo bakterija sprejemala, ji pa seveda ta ne bi zagotavljala potrebnega železa.

Elektronska taksonomija bakterij

Članek “Assigning strains to bacterial species via the internet” (Bishop, C.J. in sod) , dostopen v reviji BMC Biology (za dostop se boste morali registrirati v bazi odprtega dostopa BioMed Cemtral), nas seznanja z novim taksonomskim portalom eMLSA.net, ki omogoča prepoznavo (identifikacijo) bakterijskih vrst s pomočjo t. i. večlokusnega določanja zaporedja (multilocus sequence analysis). Prepoznavo dosežemo z določitvijo zaporedja sedmih ključnih mest (lokusov) na bakterijskem genomu.      

20 februar, 2009

15 februar, 2009

O drevesu življenja

V tem tednu smo bili naravoslovci močno pod vtisom proslavljanja Darwinovih praznikov. Med drugim je bil Darwin tudi med prvimi, ki se je ukvarjal z risanjem organizemskih evolucijskih povezav v grafih, ki jih danes opisujemo kot drevesa življenja. Menda jih je narisal več, kot nam to razkrije Zimmer v nedavnem članku v NY Timesu, vendar le ena skica je doživela večjo popularnost. V zvezi s tem pa je vredno omeniti projekt oz. iniciativo, ki jo že nekaj let financira ameriška NSF z imenom Sestavljanje drevesa življenja (Assembling the Tree of Life – AToL) in ponuja učiteljem in učencem obilico odličnih sestavkov.  

O retrovirusih

Na priljubljenem blogu Microbiology Bytes najdete zelo informativen zapis o retrovirusih. Spremljate ga lahko kot pripovedovano prezentacijo (mogoče jo je tudi povečati čez ves ekran), tekst je na voljo tudi samostojno, lahko pa si zvočno podkast verzijo prenesete tudi na svoj iPod. Te različne možnosti predstavljanja učnih vsebin, ki so danes na voljo, me res navdušujejo.  Ni, da ni…  

Evolution of evolution

Ameriška znanstvena fundacija (National Science Foundation - NSF) je ob priložnosti Darwinovih obletnic oz. konkretneje k izdaji dela Origin of Species pripravilo posebno poročilo Evolution of evolution, v katerem v tekstovnem in v interaktivnem video načinu predstavlja vpliv Darwinovega dela na različna znanstvena področja.

Darwinovemu spominu je bil posvečen tudi pogovor dveh Rihardov, Richarda Dawkinsa, upokojenega profesorja Univerze v Oxfordu in lorda Richarda Harriesa of Pentregarth (bivšega oksfordskega škofa ) na večer Darwinovega rojstnega dne, 12. februarja letos. Pogovor je bil posvečen spominom na odmevno in ostro debato med Darwinovim prijateljem in zagovornikom Thomasom Huxleyem in škofom Samuelom Wilberforcom, ostrim nasprotnikom evolucijske teorije, na isti lokaciji v letu 1860. Tokratni pogovor je seveda izzvenel kot prijateljska izmenjava pogledov o poenotenem sprejemanju evolucijske teorije in o razhajanjih v pogledu religije med izpričanim ateistom Dawkinsom in umirjenim cerkvenim dostojanstvenikom Harriesom. 

11 februar, 2009

Mikrobne združbe pri periodontitisu

Povzemam po izvlečku iz revije Nature (457, 7230, 5. februar 2009):

“M. Ramsey in M. Whiteley iz Univerze Texas v Austinu ugotavljata, da patogena bakterija, ki povzroča periodontitis (“gum disease”) potrebuje signale druge bakterije, da se zavaruje pred imunsko obrambo gostitelja. Vodikov peroksid, ki ga izločajo oralni streptokoki, stimulira Aggregatibacter actinomycetemcomitans (eden od poglavitnih krivcev vnetij obzobnega tkiva) k povečani proizvodnji beljakovine ApiA, posredno preko senzorske beljakovine OxyR. ApiA poveča vezavo A. actinomycetemcomitans na humano beljakovino z imenom faktor H, kar zaščiti bakterijske vrste pred imunskim sistemom gostitelja.”

10 februar, 2009

Afrika in AIDS

Naj povzamem samo nekaj podatkov, ki jih sporoča Reuters danes:

“Podsaharska Afrika ostaja najbolj prizadeto področje kar zadeva AIDS, saj živita tam dve tretjini vseh okuženih z virusom HIV na našem planetu: danes verjamejo, da na tem področju živi 22,5 milijonov okuženih z virusom HIV. Od skupno 2,1 milijona smrtnih primerov v letu 2007 jih je 1,6 milijona vezanih na Podsaharsko Afriko. Po ocenah je bilo v letu 2007 na tem področju na novo okuženih 1,7 milijona otrok in odraslih, kar je manj kot leta 2001, ko je to število bilo 2,1 milijona.”

08 februar, 2009

Darwinov teden, Darwinovo leto

V naslednjem tednu bomo brez dvoma imeli priložnost spremljati številne prireditve in prebrati mnoga sporočila, ki bodo posvečena Charlesu Robertu Darwinu. Utemeljitelj evolucijske teorije za katerega je mogoče brez pretiravanja reči, da je za vselej spremenil človekovo znanstveno misel, je bil rojen 12. februarja 1809 v Shrewsburyju, v grofiji Shropshire, v Angliji, na domu njegove družine The Mount. Letos bomo slavili tudi 150. obletnico izida njegove najbolj vplivne knjige “On the Origin of Species by Means of Natural Selection”.

04 februar, 2009

Nasveti za genotipiziranje

Spletna revija Genome Technology je v sponzorstvu več firm pripravila zanimiv priročnik o genotipiziranju, ki je na voljo v odprtem dostopu (kot .pdf dokument). Posebno zanimiv je način priprave prispevka; uredniki so pripravili nekaj vprašanj, na katera odgovarja skupina izbranih ekspertov v obliki kratkih priporočil oz. izkustvenih utrinkov.

Bolnišnične okužbe so izziv za biotehnologijo

Kot lahko preberemo v Bioresearch Online predstavljajo hospitalne infekcije pomembno grožnjo za zdravje človeka. V ZDA se uvrščajo med deset najpogostejših vzrokov smrti. Ob ocenjeni pogostosti, ko prizadenejo te okužbe med 5% in 10% hospitaliziranih bolnikov, predstavlja pri njih to dva milijona primerov in 90.000 smrti letno s spremljajočim finančnim bremenom med 4,5 ter 5,7 milijarde US$.

Pri tem se pojavlja nujna potreba po novih učinkovitih sredstvih za borbo proti infekcijam, saj se povečuje tako število okužb, odpornih proti trenutno razpoložljivim antibiotikom, kot se množi pogostost razširjanja infekcij, ki so posledica vse hitrejših in v razdaljah vse obsežnejših potovalnih navad človeka.

Razvoj novih protimikrobnih sredstev žal zaostaja za potrebami, ki jih seveda zaostruje prav omenjeno naraščanje mikrobne neobčutljivosti. V letu 2007 je npr. ameriška Agencija za zdravila  FDA med 74 novimi zdravili odobrila le dva antibiotika in med 2.700 učinkovinami, ki so v razvoju, je le 50 antibiotikov.

Več o tem je mogoče prebrati tudi na strani Kalorama Information.

01 februar, 2009

Kako se virus Ebola izogne imunski obrambi

Novica v ScienceDaily nam pove, da so morda raziskovalci Medicinske fakultete na Univerzi Pennsylvania odkrili enega od vzrokov, čemu je virus Ebola tako ubijalski in učinkovit. V modelni infekciji v celični kulturi so ugotovili, da virus onesposobi celično beljakovino z imenom tetherin, ki je običajno sposobna preprečiti razširjanje virusa od celice do celice. Na delu je podoben mehanizem ohromitve imunskega sistema, kot so ga ugotovili tudi pri virusu HIV.

Možnosti obvladovanja pandemije

Zdravstveni sistemi držav pripravljajo različne scenarije za obvladanje morebitne pandemije influence, predvsem ko imajo v mislih nevarnost razširjanja t. i. ptičje gripe, ki jo povzroča virus H5N1. Med prioritetnimi ukrepi je zagotavljanje ustreznih količin protivirusnih sredstev; tudi pri nas so bile npr. nabavljene večje količine zdravila Tamiflu. Krepijo pa se opozorila, da za zaščito ne bo dovolj le eno sredstvo, saj je potrebno računati na pojav rezistence in zato so se npr. v Veliki Britaniji odločili nabaviti večje zaloge še enega protivirusnega sredstva z imenom Relenza.