Selitev MicrobiologyBytes

Eden najboljših mikrobioloških blogov se je iz zavetja Wordpressa preselil na lastno domeno in je zdaj na naslovu MicrobiologyBytes.

Medcelični prenos virusa HIV

Prof. dr. Simon Horvat me je opozoril na spletno objavo o prenosu virusa HIV med imunskimi celicami, objavo Univerze UC iz Davisa, ki je opremljena z izjemnimi fotografskimi in video posnetki tega procesa.

Evolucija bakterijskih genomov

Nedavne raziskave genomov agrobakterij osvetljujejo razvoj nastanka več kromosomov pri bakterijah. Večino bakterijskih genomov predstavlja en sam kromosom in eden ali več plazmidinih naborov genov. Najdemo pa tudi izjeme in raziskave treh agrobakterij na Univerzi Winsconsin pojasnjujejo stanja, ko bakterije vsebujejo več kromosomov.

Znani pojav izmenjave genov med bakterijskimi genomi ni omejen zgolj na izmenjavo med različnmi organizmi oz. celicami, ampak poteka tudi v sami celici med kromosomom in plazmidi. Tri preučevane vrste agrobakterij za katere so na voljo popolne genomske sekvence: A. tumefaciens C58, A. radiobacter K84 in A. vitis S4 dokazujejo napredovanje evolucije kromosomov v družini Rhizobiaceae, kamor sodijo agrobakterije. Pri dveh vrstah (A. tumefaciens in A. vitis) so genski premiki že oblikovali nov kromosom iz plazmida, medtem ko mora pri sevu A. radiobacter plazmidni replikon šele doseči status drugega kromosoma.

Vatirane palčke in forenzika

Kot poroča SiOL.net, ko prenaša novico revije Stern, je v Nemčiji odjeknilo razkrijte, da neznana morilka, ki jo policija že več let brezuspešno išče, morda sploh ne obstaja.

Sledenje BSE

Kot kaže so raziskovalci le korak od razvoja metode za zgodnje odkrivanje nastopajočega obolenja v primeru BSE (“bolezen norih krav”). Odkrili so namreč vrsto beljakovin, ki se pojavijo v krvnem obtoku prizadete živali nekaj tednov pred nastopom prvih simptomov BSE. Napovedujejo celo, da bi morebiti novi model bil uporaben za odkrivanje drugih degenerativnih bolezni živčnega sistema kot sta Alzheimerjeva ali pa Huntingtonova bolezen.

Čemu znanstveno bloganje?

Bloger Irradiatus je pripravil odličen članek na temo “Znanstveno bloganje: prihodnost znanstvene komunikacije & zakaj postati del tega”. Je vredno branja in morda je to priložnost, da se pridružite še sami: kot blogerji ali komentatorji.

Forenzična določitev nastopa smrti z analizo mikrobioma

Raziskovalci na Univerzi v španski Granadi so se lotili razvoja nove forenzične metode s katero bi bilo mogoče natančneje določiti trenutek nastopa smrti npr. pri žrtvah kriminalnih dejanj. Zamisel temelji na uporabi termografije in mikrobiologije pri spremljanju poteka razpadanja trupla. Različni okoljski dejavniki (npr. temperatura ali zračna vlaga okolja) sicer spreminjajo potek tega dogajanja, vendarle pa kaže, da ostaja rast mikroorganizmov na kadavrih relativno konstanten kazalec. Ob kombinaciji uveljavljenih forenzičnih metod bi bilo mogoče s pritegnitvijo novih rešitev na temelju analize mikrobne združbe obremenitev z napako učinkovito zmanjšati.

Mikrobiološki vodnik

Poglejte si mikrobiološki portal DNA Microbiology Guide in ugotovili boste, da je prav uporaben kot priročnik in referenčni vodnik.

10 živil z učinkom proti raku

Zapis na blogu N. Desaija nas v poljudnem jeziku seznani z desetimi živili in prehranskimi dodatki s protirakavim učinkom. Po vrsti so to: borovnice, maline in brusnice; zeleni čaj; česen; brokoli in zelje; čebula in por; paradižnik; resveratrol, kot sestavina v grozdju in posledično v vinih, zlasti še rdečih; soja; kurkuma (sestavina v indijskem curryju) ter vodna kreša in špinača.   

Protivirusno delovanje klorokvina

Kot lahko preberemo v ScienceBlogu, so raziskovalci na Weill Cornell Medical College-u iz New York Cityja ugotovili, da ima protimalarično sredstvo klorokvin izražen tudi protivirusni učinek proti dvema letalnima virusoma, virusu Hendra in virusu Nipah, oba sta iz rodu henipavirusov (družina Paramyxoviridae).  

Protimikrobni učinek grozdnega soka

Na spletu ASM boste našli povzetek raziskav skupine J. C. Browna* iz Univerze Clemson, ki predstavljajo inhibicijo bakterije Helicobacter pylori z različnimi grozdnimi ekstrakti.

Saj vemo, da je H. pylori bakterija, ki je najpogosteje povezana z želodčno razjedo, gastritisom, limfomom želodčne sluznice in rakom na želodcu. Poleg učinkovite antibiotske terapije so doslej preverjali tudi že učinke različnih rastlinskih ekstraktov npr. česna, brokolija, brusnice in zelenega čaja na rast H. pylori . Temu  je zdaj skupina iz U. Clemson dodala še preučevanje učinkov ekstraktov rdečih, belih, črnih in muškatnih grozdnih sort, za katere je znano, da vsebujejo velik delež antioksidantov in polifenolov.

Izkazalo se je, da imajo največji protimikrobni učinek ekstrakti muškatnih ekstraktov, sledijo jim sokovi drugih grozdnih sort.

*(J.C. Brown, G. Huang, V. Haley-Zitlin, X. Jiang. 2009. Antibacterial effects of grape extracts on Helicobacter pylori. Applied and Environmental Microbiology, 75, 3, str. 848-852.)

Mikrobiom sline kot “prstni odtis”

Nedavne raziskave M. Stonekinga iz Instituta Max Planck za evolucijsko antroplogijo v Leipzigu (ZR Nemčija) kažejo, da je edinstvenost mikrobne populacije v slini človeka oz. natančneje v pljunku tolikšna, da se ponuja kot orodje npr. za  spremljanje človekovih migracij in ugotavljanje kontakta med ljudmi. To istočasno pomeni, da se molekularna analiza mikrobioma sline ponuja tudi kot forenzična analiza.

Ker se bakterijski geni spreminjajo hitreje kot geni višjih organizmov, je mogoče z analizo genetske razlike med bakterijami različnih populacij človeka prepoznati razlike med skupinami, katerih ločitev še ni mogla pustiti značilnih sledi v humanem genomu. Vendar za raziskovalce je zlasti presenetljivo, da različnost mikrobioma ni v večji skladnosti z geografijo, saj je R. Ley iz Univerze Cornell v večji meri pričakovala prisotnost značilnega vzorca. Ključ teh dilem, kot predpostavlja M. Stoneking, bo najdba mikrobnih vrst, ki se značilneje prenašajo generacijsko, torej od staršev k otrokom, kot od osebe do osebe.

Naredi sam: PIVO

Ni sicer veliko junakov, ki doma varijo pivo, je pa zadeva izvedljiva in če se poglobite v recept na blogu The simple dollar, boste morda zbrali pogum, se lotili izziva in ugotovili, da je načrt izvedljiv. Vendar opozorilo: zadeva ne bo gospodarna, če ne boste vztrajali pri osvojeni veščini, saj je potrebno v začetku nekaj denarja vložiti v opremo in ta se mora seveda izplačati s proizvodom.

Darwin, kreacionizem in še kaj…

Ko že omenjam blog Effect Measure naj povem, da sem tam našel naslednji link. Ker smo se nekaj dni nazaj spominjali velikega Darwina naj tokrat razprava o njem zveni nekoliko bolj razvedrilno in k temu bo gotovo pripomogel komik Ricky Gervais.

Še o spornem biološkem materialu

Z današnjim pregledom spleta pri iskanju novic o dogodku, s katerim se ukvarjam zadnje dni ( >1 in >2 ) nisem odkril nič bistveno novega. Slovenski splet prinaša zgolj dodatni novici na Trieri in na Zurnalu24, nobena pa ne vsebuje svežih stališč uradnih organov, kar predvsem pogrešam.

Na svetovnem spletu je v blogu Effect Measure mogoče najti največ sveže relevantne diskusije in mislim, da bo ta splet vredno spremljati tudi v prihodnje. Sicer pa kaže, da na svetovnem spletu zaenkrat ni drugih aktualnih novic o tej temi.

Vsem, ki ste pričeli slediti to temo svetujem, da prisluhnete predavanju  prof. dr. Franca Sterleta iz Medicinske fakultete UL  “Gripa, ptičja gripa – ali nam grozi pandemija?”, ki je vključena v nabor predavanj na portalu Videolectures.net.

Baxter in sodelavci…

K mojemu včerajšnjemu zapisu si preberite še ta komentar. V medijih pogrešam konkretnejše avtorizirano sporočilo organov zdravstvenega nadzora, saj naj bi se “zgodba” v Evropi začela že v začetku februarja.

Predavanje

Prof. dr. David Stopar in SMD obveščata o predavanju M. E. Hines-a (Department of Biology, University of Massachusetts, Lowell, ZDA) z naslovom: "Hg cycling in sediments of the Gulf of Trieste". Predavanje bo v torek 3. 3. 2009 ob 16:00 v predavalnici B3, v Biološkem središču, Večna pot 111.

Ali je Baxterjev spodrsljaj dovolj pojasnjen

Danes lahko na portalu Zurnal24.si preberemo novico o spodrsljaju, ki si ga je privoščila ameriška firma Baxter, ko je nekaterim laboratorijem razposlala (sama ali preko svojih pogodbenih partnerjev) biološki material, ki bi naj služil razvoju/proizvodnji vakcine proti gripi a je po pomoti (tako so priznali) vseboval poleg virusne različice H3N2 tudi virusno različico H5N1, ki je bilj znana kot povzročiteljica ptičje gripe. V hitrem pregledu nekaj strani Najdi.si. sem našel samo še eno povzetje tega sporočila, čeprav je v tujini zadeva precej bolj odmevna in nekoliko starejša. Npr. med prvimi je o njej poročala agencija Bloomberg, nekaj podrobnosti pa najdemo tudi že na nekaterih blogih, >tukaj, >tukaj in >tukaj, zlasti pa >tukaj.

Da nas mora zadeva nekoliko bolj zanimati pa je razlog v dejstvu, da je preko avstrijskega partnerja material prispel tudi v laboratorij v Sloveniji, kjer pa so ga po zagotovilu Inštituta za varovanje zdravje že neškodljivo uničili. “So far, so good” bi rekli. Pa me je zadeva nekoliko bolj ganila, ker se spomnim kratkega sporočila pred dvema tednoma v Dnevniku, v katerem novinar pove, da so avstrijski virologi v sodelovanju z ameriškim podjetjem Baxter razvili cepivo proti ptičji gripi, oziroma virusu H5N1. Hopla, človek, zlasti če je nekoliko bolj zaskrbljene sorte, hote ali nehote vzpostavi med obema zgodbama povezavo. Ali je res šlo v nesrečnem primeru napačnih vzorcev za take vrste napako kot jo preberemo v Zurnalu24 oz. v virih na katerih ta novica temelji ali pa je ozadju še kaj drugega? Vsekakor bi si želel nekoliko temeljitejšega pojasnila v medijih. 

Železo v bakterijski patogenezi

Železo je pomemben prehranski vir, zlasti še ker pomembno sodeluje v patogenezi številnih bakterij. Precej časa že vemo, da se gostitelj in patogeni mikroorganizmi vsak zase trudijo za zagotovitev ustreznih količin železa, potrebnih za rast. Evolucijsko se je razvil pravi arzenal načinov za uplenitev omejenih količin železa v telesu, npr. s pomočjo posebnih vezalnih molekul, pri bakterijah imenovanih sideroforov, ki posebno rade nase vežejo železo in ga nato posredujejo bakterijam. Nedavne najdbe specifičnih sideroforov pri sevih bakterije Escherichia coli, ki povzročajo infekcije sečnih poti, napoveduje morda nov način borbe proti infekciji. Na Medicinski šole Univerze Washington namreč iščejo molekulo, ki bi bila toliko podobna sideroforu, da bi jo bakterija sprejemala, ji pa seveda ta ne bi zagotavljala potrebnega železa.

Elektronska taksonomija bakterij

Članek “Assigning strains to bacterial species via the internet” (Bishop, C.J. in sod) , dostopen v reviji BMC Biology (za dostop se boste morali registrirati v bazi odprtega dostopa BioMed Cemtral), nas seznanja z novim taksonomskim portalom eMLSA.net, ki omogoča prepoznavo (identifikacijo) bakterijskih vrst s pomočjo t. i. večlokusnega določanja zaporedja (multilocus sequence analysis). Prepoznavo dosežemo z določitvijo zaporedja sedmih ključnih mest (lokusov) na bakterijskem genomu.      

Pa še to…

Morda vam bo zanimivo…

O drevesu življenja

V tem tednu smo bili naravoslovci močno pod vtisom proslavljanja Darwinovih praznikov. Med drugim je bil Darwin tudi med prvimi, ki se je ukvarjal z risanjem organizemskih evolucijskih povezav v grafih, ki jih danes opisujemo kot drevesa življenja. Menda jih je narisal več, kot nam to razkrije Zimmer v nedavnem članku v NY Timesu, vendar le ena skica je doživela večjo popularnost. V zvezi s tem pa je vredno omeniti projekt oz. iniciativo, ki jo že nekaj let financira ameriška NSF z imenom Sestavljanje drevesa življenja (Assembling the Tree of Life – AToL) in ponuja učiteljem in učencem obilico odličnih sestavkov.  

O retrovirusih

Na priljubljenem blogu Microbiology Bytes najdete zelo informativen zapis o retrovirusih. Spremljate ga lahko kot pripovedovano prezentacijo (mogoče jo je tudi povečati čez ves ekran), tekst je na voljo tudi samostojno, lahko pa si zvočno podkast verzijo prenesete tudi na svoj iPod. Te različne možnosti predstavljanja učnih vsebin, ki so danes na voljo, me res navdušujejo.  Ni, da ni…  

Evolution of evolution

Ameriška znanstvena fundacija (National Science Foundation - NSF) je ob priložnosti Darwinovih obletnic oz. konkretneje k izdaji dela Origin of Species pripravilo posebno poročilo Evolution of evolution, v katerem v tekstovnem in v interaktivnem video načinu predstavlja vpliv Darwinovega dela na različna znanstvena področja.

Darwinovemu spominu je bil posvečen tudi pogovor dveh Rihardov, Richarda Dawkinsa, upokojenega profesorja Univerze v Oxfordu in lorda Richarda Harriesa of Pentregarth (bivšega oksfordskega škofa ) na večer Darwinovega rojstnega dne, 12. februarja letos. Pogovor je bil posvečen spominom na odmevno in ostro debato med Darwinovim prijateljem in zagovornikom Thomasom Huxleyem in škofom Samuelom Wilberforcom, ostrim nasprotnikom evolucijske teorije, na isti lokaciji v letu 1860. Tokratni pogovor je seveda izzvenel kot prijateljska izmenjava pogledov o poenotenem sprejemanju evolucijske teorije in o razhajanjih v pogledu religije med izpričanim ateistom Dawkinsom in umirjenim cerkvenim dostojanstvenikom Harriesom. 

Mikrobne združbe pri periodontitisu

Povzemam po izvlečku iz revije Nature (457, 7230, 5. februar 2009):

“M. Ramsey in M. Whiteley iz Univerze Texas v Austinu ugotavljata, da patogena bakterija, ki povzroča periodontitis (“gum disease”) potrebuje signale druge bakterije, da se zavaruje pred imunsko obrambo gostitelja. Vodikov peroksid, ki ga izločajo oralni streptokoki, stimulira Aggregatibacter actinomycetemcomitans (eden od poglavitnih krivcev vnetij obzobnega tkiva) k povečani proizvodnji beljakovine ApiA, posredno preko senzorske beljakovine OxyR. ApiA poveča vezavo A. actinomycetemcomitans na humano beljakovino z imenom faktor H, kar zaščiti bakterijske vrste pred imunskim sistemom gostitelja.”

Afrika in AIDS

Naj povzamem samo nekaj podatkov, ki jih sporoča Reuters danes:

“Podsaharska Afrika ostaja najbolj prizadeto področje kar zadeva AIDS, saj živita tam dve tretjini vseh okuženih z virusom HIV na našem planetu: danes verjamejo, da na tem področju živi 22,5 milijonov okuženih z virusom HIV. Od skupno 2,1 milijona smrtnih primerov v letu 2007 jih je 1,6 milijona vezanih na Podsaharsko Afriko. Po ocenah je bilo v letu 2007 na tem področju na novo okuženih 1,7 milijona otrok in odraslih, kar je manj kot leta 2001, ko je to število bilo 2,1 milijona.”

Darwinov teden, Darwinovo leto

V naslednjem tednu bomo brez dvoma imeli priložnost spremljati številne prireditve in prebrati mnoga sporočila, ki bodo posvečena Charlesu Robertu Darwinu. Utemeljitelj evolucijske teorije za katerega je mogoče brez pretiravanja reči, da je za vselej spremenil človekovo znanstveno misel, je bil rojen 12. februarja 1809 v Shrewsburyju, v grofiji Shropshire, v Angliji, na domu njegove družine The Mount. Letos bomo slavili tudi 150. obletnico izida njegove najbolj vplivne knjige “On the Origin of Species by Means of Natural Selection”.

Nasveti za genotipiziranje

Spletna revija Genome Technology je v sponzorstvu več firm pripravila zanimiv priročnik o genotipiziranju, ki je na voljo v odprtem dostopu (kot .pdf dokument). Posebno zanimiv je način priprave prispevka; uredniki so pripravili nekaj vprašanj, na katera odgovarja skupina izbranih ekspertov v obliki kratkih priporočil oz. izkustvenih utrinkov.

Bolnišnične okužbe so izziv za biotehnologijo

Kot lahko preberemo v Bioresearch Online predstavljajo hospitalne infekcije pomembno grožnjo za zdravje človeka. V ZDA se uvrščajo med deset najpogostejših vzrokov smrti. Ob ocenjeni pogostosti, ko prizadenejo te okužbe med 5% in 10% hospitaliziranih bolnikov, predstavlja pri njih to dva milijona primerov in 90.000 smrti letno s spremljajočim finančnim bremenom med 4,5 ter 5,7 milijarde US$.

Pri tem se pojavlja nujna potreba po novih učinkovitih sredstvih za borbo proti infekcijam, saj se povečuje tako število okužb, odpornih proti trenutno razpoložljivim antibiotikom, kot se množi pogostost razširjanja infekcij, ki so posledica vse hitrejših in v razdaljah vse obsežnejših potovalnih navad človeka.

Razvoj novih protimikrobnih sredstev žal zaostaja za potrebami, ki jih seveda zaostruje prav omenjeno naraščanje mikrobne neobčutljivosti. V letu 2007 je npr. ameriška Agencija za zdravila  FDA med 74 novimi zdravili odobrila le dva antibiotika in med 2.700 učinkovinami, ki so v razvoju, je le 50 antibiotikov.

Več o tem je mogoče prebrati tudi na strani Kalorama Information.

Kako se virus Ebola izogne imunski obrambi

Novica v ScienceDaily nam pove, da so morda raziskovalci Medicinske fakultete na Univerzi Pennsylvania odkrili enega od vzrokov, čemu je virus Ebola tako ubijalski in učinkovit. V modelni infekciji v celični kulturi so ugotovili, da virus onesposobi celično beljakovino z imenom tetherin, ki je običajno sposobna preprečiti razširjanje virusa od celice do celice. Na delu je podoben mehanizem ohromitve imunskega sistema, kot so ga ugotovili tudi pri virusu HIV.

Možnosti obvladovanja pandemije

Zdravstveni sistemi držav pripravljajo različne scenarije za obvladanje morebitne pandemije influence, predvsem ko imajo v mislih nevarnost razširjanja t. i. ptičje gripe, ki jo povzroča virus H5N1. Med prioritetnimi ukrepi je zagotavljanje ustreznih količin protivirusnih sredstev; tudi pri nas so bile npr. nabavljene večje količine zdravila Tamiflu. Krepijo pa se opozorila, da za zaščito ne bo dovolj le eno sredstvo, saj je potrebno računati na pojav rezistence in zato so se npr. v Veliki Britaniji odločili nabaviti večje zaloge še enega protivirusnega sredstva z imenom Relenza.  

Ebola pri filipinskih prašičih - dalje

Kot preberemo v reviji Nature, se je prejšnji teden iz Filipinov vrnila mednarodna skupina 22 strokovnjakov, ki so preučevali izbruh obolenj pri prašičih, za katera je med drugim obstajal tudi sum okužbe z virusom Ebola, tip Reston (o tem tudi >tukaj). Eksperti so se, kot kaže, vrnili z več vprašanji kot odgovori. Skrb seveda ostaja, saj bi prisotnost virusa, za katerega je doslej veljalo, da ni patogen za človeka in za katerega so nosilci lahko nekatere opice in rastlinojedi netopirji, pri prašičih lahko pomenila, da se virus v prašiču spremeni in postane patogen za človeka, kot se je to po nekaterih hipotezah zgodilo z virusom aviarne influence.      

Bodite zmerno vznemirjeni…

S temi besedami nas je A. J. Cann na Twitterju opozoril na novico, ki jo je včeraj objavil BBC in ji Cann nameni zapis tudi na Microbiology Bytes:

“V enoti za infektivne bolezni z velikim tveganjem v londonski Royal Free Hospital zdravijo bolnika z vročico Lassa. Gre z osamljen primer obolenja pri potniku, ki se je v Vel. Britanijo vrnil iz Nigerije… Vročica Lassa se razširja v neposrednem kontakti s telesnimi tekočinami.”

O vročici/mrzlici Lassa še nekaj podatkov na strani našega IVZ.  

Polio se ne da…

V včerajšnjem časniku Newsweek je objavljen kritičen članek o vzrokih, zakaj vztrajni napori, da bi po vzorcu črnih koz iztrebili virus polio, ne uspejo. Kljub leta trajajočemu programu, ki ga vodi Svetovna zdravstvena organizacija in je med drugim podprt z zajetnimi finančnimi sredstvi, ki jih prispevajo vlade nekaterih držav ter različni filantropi npr. v fundaciji Billa in Melinde Gates in v organizaciji rotarijcev. Žal uspeh izostaja zaradi izvedbenih težav v nekaterih državah, kjer bodisi odpoveduje organizacija vakcinacije (Nigerija) ali pa cepljenje iz nepojasnjenih vzrokov ni uspešno (Indija).   

Darwin’s Gift

V počastitev dvestoletnice rojstva Charlesa Darwina in v čast 150-letnice izida njegove ključne knjige  “On the Origin of Species” je revija Lancet izdala izjemno monografijo “Darwin’s Gift”, s predgovorom in 16 eseji o vplivih Darwinovega dela na razvoj naravoslovja in človekove  misli. Delo je na voljo kot elektronska knjiga  v odprtem dostopu, mogoče pa jo je tudi natisniti ali pa naložiti na prenosne elektronske medije.

Jared Diamond

Trenutno z užitkom prebiram knjigo Jareda Diamonda “Guns, Germs, and Steel”, ki jo imamo tudi v slovenskem prevodu (Puške, bacili in jeklo, založba Učila, 2008). Avtor s Pulitzerjevo nagrado nagrajene knjige analizira razvoj človeških populacij v zadnjih 15.000 letih, predvsem ko išče razloge za različno hitrost razvoja in razhajanja v civilizacijskih vzorcih, ki jih najdemo na Zemlji. Ker imajo pomembno vlogo v njegovi analizi tudi kužne bolezni človeka, zlasti take z epidemičnim in pandemičnim razširjanjem, knjigo toplo priporočam v branje vsem, ki jih mikrobiologija zanima, profesionalno ali ljubiteljsko. Na kratko predstavi knjigo tudi novinar Nežmah v Mladini.

Naslednja, knjiga, ki se je bom vsekakor lotil, bo Diamondova knjiga “Collapse”, ki jo je napisal 2005 in predstavlja smiselno nadaljevanje prejšnje, saj predstavi njegove razmisleke o razlogih propada nekaterih družb in civilizacij v preteklosti človeka. Tudi to knjigo imamo v slovenskem prevodu, pri založbi Učila je izšla pod naslovom Propad civilizacij in na spletni strani ene do knjigarn sem našel tudi kratek video spot v katerem avtor predstavi svojo knjigo.

V podporo mikrobiološkemu praktikumu

Na zares izjemnem spletnem blogu Microbiologybytes je njegov avtor dr. Alan J. Cann objavil nekaj video klipov na temo Aseptičnih laboratorijskih tehnik in nekaj drugih na temo Mikroskopije.

Bioinformacijski portali

Na blogu Bitesize Bio najdete opise in povezave do nekaterih pomembnejših bioinformacijskih portalov.

Evropska znanost za sistemsko biologijo

Kot lahko preberemo v Genome Web Daily News je skupina evropskih raziskovalcev pripravila priporočila za načrtovalce in financerje v znanosti, ki naj popeljejo evropsko sistemsko biologijo v ospredje, zlasti v biomedicinskih raziskavah.

Poročilo je dostopno na spletu Evropske Znanstvene Fundacije (ESF).

Bakterija Wolbachia bi lahko preprečila širjenje mrzlice denga.

Infekcija z virusom denga je najpogostejša okužba, ki jo prenašajo členonožci (komarji) z letno med 50 do 100 milijoni bolezenskih primerov (J. A. Cann-1). Zdaj so avstralski raziskovalci ugotovili, da bi človeka morda lahko zaščitili pred dengo tako, da bi komarje okužili z bakterijo Wolbachia, ki skrajša insektom življenje za polovico. In ker dengo prenašajo le starejši insekti, bi tako lahko preprečili razširjanje te resne virusne bolezni (J. A. Cann-2).

Srečno 2009

Želim vsem veliko zadovoljstva in zdravja v letu 2009.

Garažna biotehnologija

Povzamem naj začetek nedavnega članak v USA Today: “Appleov računalnik je nastal v garaži, enako je bilo z Googlovim iskalnikom. Zdaj se amaterski radovedneži igrajo doma s temeljnimi gradniki življenja. Ob uporabi doma narejenih laboratorijskih pripomočkov in z izkoriščanjem bogatega znanja, ki je na voljo na spletu, skušajo ti ljubitelji oblikovati nove življenjske oblike s pomočjo genskega inženirstva – torej na področju, na katerem so se dolgo mučili zgolj doktorandi v univerzitetnih laboratorijih ali v laboratorijih korporacij. Na svojem domu v San Franciscu npr. 31 letna računalniška programerka Meredith L. Patterson poskuša razviti gensko spremenjene jogurtove bakterije, ki bi zasvetile zeleno, če bi prišle v stik z melaminom, s kemikalijo, ki je npr. kitajsko otroško hrano spremenila v smrtonosni napoj.”

Nov hobi se uveljavlja, zato članek omeni tudi izzive in tveganja, vredno ga je torej prebrati, a nam kaj kaj več kot počakati ne preostane. Kakšen tok bo tokratni modni val ubral je namreč ta trenutek težko napovedati.

Življenje je rezultat dveh velikih skokov

Izvleček v World Science nam v poljudni obliki predstavi članek J. L. Payna in sodelavcev s tezo, da je življenje, predvsem v kategoriji velikosti organizmov na Zemlji, rezultat dveh velikih skokov znotraj biogenega dogajanja, ki je trajalo 3,5 milijarde let, dveh skokov, ki sta oba vezana na porast kisika v atmosferi. Članek sam je revija PNAS ponudila v odprtem dostopu in ga je vredno prebrati. 

Naselitev prebavil s patogeni

Patogene bakterije najdejo v prebavnem traktu seveda okolje z luksuzno ponudbo hranil, soočene pa so tudi s številnimi dejavniki gostiteljeve obrambe. Vendar so mikrobi nanje pripravljeni pri čemer uporabljajo kaskado zaporednih prilagoditev, kot nam to dobro opiše v PNAS Yixin Shi in kot je to povzeto na portalu Biology News Net. 

Voščim prijetne praznike

Vsem svojim bralcem želim prijazno božično praznovanje, v novem letu pa zdravja in veliko blogarskih užitkov.

Ebola virus pri filipinskih prašičih

Pri filipinskih prašičih so ugotovili virus Ebola (vE) seva Preston, ne sicer kot vzrok obolenja, ampak kot vzporedno infekcijo. Strokovnjaki Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) so kljub temu zaskrbljeni in načrtujejo izredne ukrepe in nadzor. Prašiči so namreč v lastnostih zadrževanja virusov zelo primerljivi človeku in lahko predstavljajo posodo za genetsko mešanje virusov, ki se iz prašičev prenašajo na človeka.

vE je znan v petih sevih in trije med njimi so povezani z izbruhi hude hemoragične mrzlice v afriških državah. Leta 1989 so raziskovalci ameriških vojaških laboratorijev USAMRIID odkrili pri poskusnih obolelih opicah vE, ki pa je bil komaj patogen za človeka in tega so po mestu najdbe poimenovali sev Reston. Njegova posebnost je tudi, da se pri okužbah razširja po zraku za razliko od hemoragičnih sevov, ki se prenašajo zgolj s telesnimi tekočinami.

The Open Microbiology Journal

Založnik Bentham Science Publishers vključuje svojo novo revijo The Open Microbiology Journal (TOMJ) v odprti dostop na portalu PubMed Central. TOMJ je vrstniško ocenjevana (peer reviewed) revija, ki objavlja raziskovalne prispevke, revijalne preglede in kratke prispevke (letters) na področjih molekularne, eksperimentalne in klinične mikrobiologije.

Animacije

Animacije s področij mikrobiologije, biotehnologije, ekologije in okoljevarstva vam bodo všeč; študentom za lažjo predstavo, učiteljem za pripravo zanimivejših predstavitev.  

Mandlji kot prebiotiki

Prebiotiki so sestavine v hrani, ki jih v naši prebavi in presnovi ne moremo izkoristiti, lahko jih pa kot vir energije in rasti uporabijo mikroorganizmi, ki naseljujejo naša prebavila. Zlasti je podprta rast koristnih črevesnih bakterij, ki jih pogosto uporabljamo kot prehranske dodatke v vlogi t. i. probiotikov.

G. Mandalari in sod. iz ameriškega Inštituta za prehranske raziskave (IFR) poročajo, da imajo izrazit prebiotski učinek mandlji in da je ta vpliv najbrž vezan na v mandljih vsebovane lipide.

Alzheimerjeva bolezen

Raziskovalci Univerze Manchester (Vel. Britanija) so presenetili z domnevo, da je virus Herpes simplex tipa 1 (med drugim povzroča npr. herpes na ustnici) močan rizični dejavnik za nastanek Alzheimerjeve bolezni.

iBOL

iBOL je kratica za "The International Barcode of Life project", za projekt z izjemno obsežnim ciljem - zbrati in povezati knjižnice sekvenc in oblikovati tehnologijo za hitro in ceneno identifikacijo organizmov. Več >tukaj.

Bartoneloze

V prvi svetovni vojni so vojaki epidemično obolevali za t. i. rovovsko mrzlico (trench fever), ki jo povzroča bakterija Bartonella quintana. V tem bakterijskem rodu so še nekatere druge patogene vrste, pri nas npr. B. henselae, ki povzroča bolezen mačje opraskanine. Zdaj so v ZDA odkrili novo vrsto, B. rochalimae, ki naj bi bila vzrok vročinskega obolenja z anemijo, vnetjem vranice in prizadetosjo srca in osrčnika. Prenašala naj bi se od glodalcev preko bolh na človeka in strokovnjaki se zaradi povečevanja števila rjavih podgan v Evropi bojijo, da bi lahko te postale izvor epidemije tega obolenja tudi v Evropi.

Sorodstvena pomoč

Kadar so v stiksi, oz. jim grozi pomanjkanje, poiščejo amebe pomoč pri sorodstvu, poročajo raziskovalci.  Če stradajo, se poiščejo in oblikujejo gruče v katerih se nekatere žrtvujejo, da druge preživijo.

Predstavitev iGEM 2008

Mojim zvestim bralcem bo morda zanimivo tudi tole vabilo, ki ga pošiljajo iz KI v Ljubljani:

"Vabimo Vas na predstavitev zmagovalnega projekta slovenske ekipe

v ponedeljek, 1. decembra 2008 ob 15. uri, v Veliki predavalnici Kemijskega inštituta Ljubljana, Hajdrihova 19

V začetku novembra 2008 je na znameniti univerzi Massachusetts Institute of Technology (MIT) potekalo tekmovanje 84 študentskih ekip najboljših svetovnih univerz z raziskovalnimi projekti na področju sintezne biologije. Ekipa študentov Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo, Biotehniške fakultete in Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani je s projektom priprave cepiva proti bakteriji, ki povzroča raka na želodcu in tankem črevesju, ki so ga pripravljali na Kemijskem inštitutu dosegla prvo mesto v generalni razvrstitvi (Grand Prize), zlato medaljo in prvo mesto na področju zdravja in medicine.

Po predstavitvi bodo člani zmagovalne ekipe z veseljem odgovarjali na vaša vprašanja.

V želji, da se na dogodku srečamo, vas lepo pozdravljamo!

Prof. dr. Roman Jerala, Vodja ekipe Igem2008 in vodja Laboratorija za biotehnologijo                                                   

Prof. dr. Janko Jamnik, direktor."

Nov slovenski blog znanstvene vsebine

Naročniki Googlove skupine "Kvarkadabra obvestila" smo danes dobili sporočilo, da je pričel z delom nov slovenski blog, cit: "... v katerem poskušamo predstaviti delo znanstvenika. Blog smo poimenovali "Laboratorijski dnevniki: Zgodbe iz znanstvenikovega vsakdana"...".

Ko sem seveda, radoveden, pokukal na blog, sem videl, da je prvi zapis nastal že 10. oktobra in da se je zbrala simpatična skupina avtorjev, ki načenjajo prav zanimive teme. Slovenska strokovna blogosfera se torej še kar krepi in naj bo kar se da dolgoživa!  

Bakterijska celična stena

Zelo nazorne posnetke in risbe bakterijske celične stene in zanimiv komentar k fizični konstrukciji tega celičnega elementa najdete v članku revije Live Science.

Nova vrsta virusa Ebola

Kot poroča revija New Scientist so v zapadni Ugandi odkrili novo vrsto virusa Ebola. Poimenovali so ga Bundibugyo po pokrajini, kjer se je bolezen, za katero naj bi umrlo 35% od obolelih v doslej edinem izbruhu, pojavila.

Zaporedje DNK virusa Bundibugyo se razlikuje od drugih virusov Ebola za 32% kodonov, kar bi po raziskovalcu Townerju lahko pomenilo težavo pri pripravi univerzalne vakcine proti Eboli.

Originalni članek o najdbi virusa je objavljen v odprtodostopni reviji PLoS Pathogens.

Ekipa se vrača iz iGEMa

V "deželici" smo še vedno pod močnim vtisom uspeha naše študentske ekipe, ki je zmagala na prestižnem svetovnem srečanju mladih raziskovalcev sintezne biologije, iGEM 2008 (o tem tudi >tukaj in >tukaj).

Zdaj se študenti in mentorji, ki so jih spremljali, vračajo in za tiste, ki bodo želeli njihov prihod počastiti (proslaviti !) navajam predviden čas prihoda, kot mi ga je sporočil prof. dr. Jerala: "...iz New Yorka se vračajo v soboto zvečer in priletijo v nedeljo (23. 11) ob 16.50 v Muenchen. Od tam jih bo kombi odpeljal v Ljubljano, predvidoma pridejo okrog 23.00h, najbrž do Kemijskega inštituta..."    

4. kongres SMD

Med 19. in 22. novembrom 2008, torej prihodnji teden, se lahko v Portorožu udeležite 4. kongresa Slovenskega mikrobiološkega društva z mednarodno udeležbo. Na spletni strani najdete natančnejše podatke o kongresni prireditvi.

S krajšim predavanjem za ogrevanje: "Učna orodja Spleta 2.0 za mikrobiologijo" bom  sodeloval na okrogli mizi "New Challenges for Microbiology Education in Bologna Era", s katero kongres pričenja z delom v sredo, 19. novembra popoldan. (predavanje bo od srede tudi dostopno na spletu).

Bakterije za boljšo aromo

Vinski pokuševalci dobro vedo, kako pomemben je pri okušanju odtenkov arom tudi vonj. Zdaj raziskovalci okusa ugotavljajo, da pomembno vlogo pri okusnih zaznavah odigrajo tudi mikroorganizmi, stalni prebivalci ustne votline. Pod njihovim vplivom se namreč v slini številne arome razvijejo do prepoznavne kvalitete. 

Zaščita dihal s probiotiki

Švedski raziskovalci so se na izviren, za marsikoga nenavaden način, lotili vprašanja zaščite dihal t.i. ventiliranih pacientov, torej takih z mehansko podprtim dihanjem. Zaradi velikega rizika infekcije po intubaciji je v običajni rabi katero od antiseptičnih sredstev npr. klorheksidin ali antibiotiki in prav v tej točki so se Švedi odločili za drugačen pristop. Uporabili so probiotično bakterijo Lactobacillus plantarum sev 299 in dosegli z njo primerljivo stopnjo zaščite.

Slikovni iGEM 2008

Zdaj se je pojavila tudi čestitka slovenski ekipi na uradni spletni strani iGEM. In od tam nas povezava odpelje tudi na Flickr slikovni album posvečen tej prireditvi.

 

Odmev, ki "šteje"

Daljši zapis na blogu revije The Scientist (za vstop na spletni naslov revije je potrebna brezplačna registracija!) z naslovom "Synthetic vaccine nabs iGEM prize" je seveda dodatno priznanje odličnosti slovenske zmagovalne ekipe na iGEM 2008 tekmovanju v Bostonu in prvovrstna promocija v svetu znanosti.

In zmagovalce predstavlja tudi portal Discovery Chanel med novicami Discovery News.

Velja prebrati kako je opisal svoje sodelovanje na iGEM 2008 eden od sodnikov tekmovanja, Rob Carlson, ki zanimivo komentira tudi slovenski projekt.

Pa še tale zapis na blogu ginkgobioworks si oglejte (tudi zavoljo slike s podelitve nagrad).

Bravo 24ur.com

Spoštljiv priklon portalu 24ur.com, ki je med prvimi v Sloveniji objavil izjemno novico o zmagi slovenskih študentov na prestižnem mednarodnem tekmovanju iz sintezne biologije iGEM 2008.

PS.: prijatelji me že popravljajo; novico o samem tekmovanju je objavil že v soboto RTV.SLO in tudi novica o zmagi je že tukaj. 

iGEM 2008 - ko človeku od veselja zastane dih

Jerneja Mori, študentka mikrobiologije in članica letošnje ekipe UL na prestižnem tekmovanju iGEM 2008 sporoča:

"Živjo,
vsem sporočam veselo novico, da je slovenska ekipa iGEM v Bostonu dosegle spet mega velik dosežek. Zmagali smo v kategoriji Health or Medicine, hkrati pa smo dobili tudi Grand Prize, kar je največ kar lahko katerakoli ekipa doseže na tem tekmovanju. V finalu smo tekmovali s svetovno znanimi univerzami kot so Harvard, Caltech, Berkely, Freiburg in NYMU Taipei.

Več o našem projektu si lahko preberete na naši uradni spletni strani: http://2008.igem.org/Team:Slovenia.

Lep pozdrav iz Bostona,
Jerneja Mori"

Komentar ni potreben, navdušenje občudovalcev pa kliče zmagovalni ekipi: ČESTITAMO!!!

Izmenično povezovanje

Zanimiv poudarek fenomena, ki ga poznamo pod pojmom "splicing" (po SBD: izrezovanje, spajanje, povezovanje) najdemo v prispevku v World Science, ki navaja članek iz MITja v reviji Nature. C. Burge je s sodelavci ugotovil, da izmenično povezovanje (alternative splicing), ko posamezen gen lahko generira več kot en sam proteinski produkt, v odvisnosti od tega v katerem tkivu prihaja do izražanja, ni nekaj nenavadnega oz. eksotičnega kot so doslej verjeli. Da okoli 94% genov proizvaja več kot en proteinski produkt in da bo seveda zanimiva nadaljnja raziskava vloge teh proteinskih izoform v različnih tkivih, vključno z njihovo pojavnostjo v rakavih tkivih.

iGEM 2008

Tudi letos so se študenti ljubljanske Univerze odpravili na tekmovanje iz sintezne biologije iGEM 2008 v ZDA. In znova so izbrali izzivalno temo, o tem nam je nekaj več pripravil dr. Dolinar na svojem blogu. Nam, njihovim občudovalcem in navijačem, zdaj ostaja zgolj, da trdno držimo pesti znanje in jim zaželimo vse dobro.   

Ogrožen bi lahko bil tudi riž

Ameriški Department of Agriculture (USDA) je na nacionalno varnostno listo dodal tudi patogeni mikroorganizem, ki ogroža riž. Pričakujejo namreč, da bi lahko pri bioterorističnem napadu zlikovci uporabili tudi bakterijo Xanthomonas oryzae pv. oryzae, povzročitelja listne gnilobe pri rižu.

Morebiten vzrok Crohnove bolezni?

Skupina francoskih raziskovalcev je oblikovala tezo, da je morda razlog za pojav Crohnove bolezni pretiran imunski odziv, ki ga povezujejo z odsotnostjo bakterije Faecalibacterium prausnitzii v črevesu. Za to bakterijo so namreč ugotovili, da izloča učinkovine, ki zmanjšujejo vnetno reakcijo. Komentatorji so z zanimanjem sprejeli podmeno in se strinjajo, da bi ugotovitev lahko morda vodila v razvoj nadomestne terapije v obliki probiotične kulture omenjenega mikroorganizma.

Enciklopedija življenja

Zdaj v drugem letu obstoja, Enciklopedija življenja - "The Encyclopedia of Life" (EOL) že kaže svojo monumentalno podobo osrednjega informacijskega portala za predstavitev živega sveta, ki, naj poudarim, deluje v režimu odprtega dostopa. Pomemben del projekta prispeva tudi Knjižnica dediščine biotske različnosti - "The Biodiversity Heritage Library" (BHL), kjer pravkar skenirajo vso temeljno literaturo o biotski različnosti. Temeljit pregled in razpravo o celotnem projektu predstavlja članek Cathy Norton.  

Zakaj se znanstveniki ne igrajo Boga

V četrtkovi prilogi Dela (23. 10. 2008) Znanost objavlja Mišo Renko daljši sestavek z gornjim naslovom, ki ga bo prebral kogar zanimajo vprašanja o etiki in znanosti in vprašanja o razmerju med znanostjo in religijo. Članek je nedvomno inspiriran z nedavnim nastopom papeža Benedikta XVI na simpoziju o encikliki Fides et Ratio njegovega predhodnika papeža Janeza Pavla II. Papež je ob tej priliki bil precej kritičen do nekaterih znanstvenikov in njihove znanosti, "...kadar ta nima za cilj koristiti človeku, njegovi dobrobiti in napredku človeštva...". "...Lahek zaslužek ali še huje nadustost, da prevzame mesto stvarnika, občasno prevlada..." In dalje: "...znanost ni sposobna sama oblikovati etičnih načel; lahko jih
le sprejme in prizna kot potrebne, da z njimi preseže svoje (t.j. znanosti) morebitne patologije...". Kritične besede, ki so v svetu sprožile številne reakcije.    

Ob tem je seveda vsekakor vredno prebrati članek fizika prof. dr. Stevena Weinberga v reviji The New York Reviews of Books z naslovom Without God, ki ga Renko v dobršnem delu povzema. Weinbergov članek sicer ni odziv na papeževe besede, saj je nastal pred njegovim nastopom, vendar pa na zanimiv način dopolnjuje tako Renkov članek kot pojasnjuje morebitno ozadje za tako ostro papeževo svarilo.

Žal je URL povezava pri Renkovem članku slabo zapisana, zato naj link do omenjenega Weinbergerjevega članka ponovim >tukaj.

Kako obsežen je genski sklad?

V zadnji številki revije Astrobiology Magazine (European Edition) najdemo pod naslovom "Kako obsežen je genski sklad" (How Deep is the Gene Pool?) intervju s profesorjem Anthonyjem Pooleom, molekularnim biologom iz Univerze Stockholm na Švedskem. V njem dr. Poole predstavlja svoje razumevanje poteka in vpliva horizontalnega genskega prenosa na razvoj zgodnjega življenja.

Miller-Urey znova

Kdo ne pozna znanih eksperimentov Stanleyja Millerja in Harolda Ureyja iz Univerze Chicago, ki sta v petdesetih letih prejšnjega stoletja skušala dokazati zgodnji nastanek življenja na Zemlji? V teh preskusih sta Miller in Urey mešanico vode in plinov v sestavi kot sta menila, da naj bi predstavljali zgodnjo zemljino atmosfero, v retorti segrevala in v njej sprožala električno iskrenje, s katerim sta želela posnemati bliskanje v zgodnjem zemljinem ozračju. Dejansko jima je uspelo dokazati nastajanje aminokislin, seveda v obsegu, kot so to omogočale takratne analitske tehnike. Zdaj pa so ponovno pregledali zapuščino prof. Millerja, odkrili takratne vzorce in jih ponovno preiskali s sodobno analitiko, tudi vzorce, katerih rezultatov raziskovalca nikoli nista objavila. Nove ugotovitve ne le da potrjujejo takratne eksperimente, ampak jih celo krepijo, saj so lahko v enem od vzorcev odkrili tudi 22 različnih aminokislin. V videoklipu prof. J. Bada, Millerjev naslednik, pripoveduje zgodbo o odkritju skoraj pozabljenih vzorcev. 

Essentials of Glycobiology

Eno ključnih del v področju glikobiologije je nedvomno knjiga Essentials of Glycobiology, skupine avtorjev A. Varki, R. D. Cummings, J. D. Esko, H. H. Freeze, P. Stanley, C. R. Bertozzi, G. W. Hart in M. E. Etzler. To izjemno delo je zdaj na voljo v odprtem dostopu; zares izjemno darilo vsem, ki nimajo dostopa do papirne verzije.

Sicer pa na knjižni polici NLM/NCBI najdete še nekatere dragocene knjige iz biomedicinskega področja v odprtem dostopu. 

Knjige, ki naj bi jih prebral prihodnji predsednik ZDA

In ki so vredne, da jih prebere vsakdo.

Enkraten ekosistem

Kot poročajo D. Chivian in kolegi iz kalifornijskega Lawrence Berkeley National Laboratory v reviji Science (in poročilo povzema revija Nature) so globoko pod zemljo odkrili zelo poenostavljen ekosistem, ki ga sestavlja ena sama bakterija Candidatus Desulforudis audaxviator. Paličast organizem živi v rudniku zlata Mponeng blizu Johannesburga v Južni Afriki 2,8 kilometra pod površjem zemlje; je prilagojen na izrazito neprijazne okoljske pogoje, ki so brez kisika, pri temperaturi 60 ºC in pri vrednosti pH 9,3. Energijo si zagotavlja z redukcijo sulfata, z ogljikom pa se oskrbuje iz enostavnih organskih in neorganskih molekul.

Podaljševanje življenja

Raziskovalcem je uspelo za deset krat povečati dolžino življenja kvasovk, kot poroča N. Dessai v svojem blogu.

Preurejanje v bakterijskem genomu

Preurejanje genoma (tudi preureditev, prerazporeditev, angl. rearrangement) je značilen fenomen, natančneje preučevan pri evkariontskih organizmih. Današnja dostopnost genomskega zaporedja različnih sevov istovrstnih bakterij pa omogoča tudi pri njih preučevanje evolucije genomske strukture in preurejanja. Vpogled v DNA razpored naj bi osvetlil dinamiko in selekcijo populacij patogenih organizmov, kot o tem razpravljajo A. E. Darling in sod. v njihovem članku, ki je dostopen v PLoS.

Črtna koda življenja

Scientific American objavlja zanimiv članek "Bar Code of Life: DNA Tags Help Classify Animals". Uvodne besede:"Tadicionalne metode razvrščanja rastlin in živali zahtevajo veliko spretnosti in časa. Preiskava majhnega dela DNA je hitrejša in enostavnejša. Ta nova metoda se imenuje črtno kodiranje in je inspirirana s črtnimi kodami, ki jih poznamo iz trgovine. Avtorji predlagajo, da naj bi z delom mitohondrijske DNA lahko razlikovali živalske vrste. Predstavljajo si dan, ko bi se z ročnim skenerjem (podobnim GPS napravi) bilo mogoče povezati na podatkovno bazo črtnih kod vseh živalskih (rastlinskih) vrst in potem ko bi dodali drobcen del tkiva v skener, bi lahko takoj prepoznali žival ali rastlino."

Izvor HIVa pomaknjen v leta okoli 1900

Novinarka Mary Engel iz časnika Los Angeles Times piše danes: "Genetska analiza bioptičnega vzorca nedavno odkritega v DR Kongo, je napeljala raziskovalce do zaključka, da je virus, ki povzroča AIDS prisoten v človeški populaciji že več kot stoletje."

Na tako zgoden izvor virusa sklepajo na temelju hitrosti mutacij pri virusu HIV in ob primerjavi seva najdenega leta 1959 v kongoškem vzorcu s sodobnimi sevi so zamejili najzgodnejše pojave pri ljudeh v obdobje med leta 1884 in 1924, kot objavlja v tem tednu revija Nature.

Uh, je naporno...

Danes doživljam prvi dan kot upokojenec, predvsem si belim glavo s tem kako bom poslej urejal svoj vsakdan. Vsekakor upam, da bom lahko blogariji namenjal več časa. Če mi boste bralci kot komentatorji pomagali bo tale blog lahko še koristnejši.

Rekorderji v pospeških

Na Elijevem blogi najdemo zopet zelo zanimiv zapis. Predstavi nam namreč hitrostne rekorderje v naravi. Potomstvo gliv, ki jih najdemo v govejem blatu (podrobneje je v zapisu predstavljena zigomicetna gliva Pilobolus kleinii), bi namreč zelo težko našlo zopet pot v prebavila goveda, ker se te pašne živali na daleč ogibajo mest, kjer odložijo svoje blato. Glive so zato razvile zanimivo strategijo. Potem ko se razrastejo v iztrebkih in ustvarijo na sporangioforah spore, ki so oblika reprodukcije in način razširjanja, te spore izstrelijo z zavidljivo hitrostjo 90 km na uro do dva metra daleč v okolico. Pri tem dosežejo težko predstavljive rekordne pospeške 180.000 g. V zapisu boste našli tudi povezavo do video posnetkov te izstrelitve in podroben opis njenega mehanizma.     

Kombiniranje probiotikov

Ko  avtor bloga Microbiology Blog na kratko povzema knjigo A. Ljungha in T. Wadstroma "Lactobacillus Molecular Biology: From Genomics to Probiotics" in opozori na številne vplive, ki jih v telesu ima črevesna mikrobna združba, predpostavlja da bodo prihodnje formulacije probiotičnih pripravkov vsebovale mešanico različnih mikrobnih sevov s komplementarnimi značilnostmi oz. bodo prilagojene za zdravljenje različnih bolezenskih stanj.

Laskerjeva nagrada za prof. Stanleya Falkowa

Med letošnjimi nagrajenci z nagrado "Albert Lasker Medical Research Awards" je v kategoriji posebnih dosežkov tudi prof. dr. Stanley Falkow, profesor mikrobiologije in imunologije na Medicinski visoki šoli Univerze Stanford. Laskerjevo nagrado pogosto označujejo kot ameriško Nobelovo nagrado.

Povzetek obrazložitve nagrade s strani fundacije Lasker najbrž najbolje pojasni razloge podelitve nagrade prof. Falkowu:

"Za 51-letno kariero enega velikih lovcev na mikrobe vseh časov - odkril je molekularno naravo odpornosti mikroorganizmov na antibiotike, revolucioniral je načine našega današnjega gledanja kako patogeni povzročajo bolezni in bil je mentor preko 100 študentom, od katerih so danes številni ugledni strokovnjaki v področju mikrobiologije in preučevanju kužnih bolezni."

Rad se bom spomnil srečanja s prof. Falkowom na Gordons Research konferenci Undergraduate Microbiology Education leta 1999 v Connecticutu (ZDA). Kot izjemen predavatelj nas je navdušil s predavanjem »Genomics and Beyond«, v katerem je poudaril možnosti, ki jih prinašajo v odkrivanje in identifikacijo mikroorganizmov nove molekularne tehnike in kvantitativno vrednotenje molekularnih podatkov, posebej pa mi je ostal v spominu kot ljubezniv razpravljalec, ko smo veliko govorili o pomenu mentorstva v visokošolskem izobraževanju.

Aktualno predavanje o prionih v Ljubljani

Prof. dr. Roman Jerala iz Kemijskega inštituta mi je posredoval naslednje sporočilo oz. vabilo:

"Vabilo na predavanje na Kemijskem inštitutu

v petek, 19. septembra 2008 ob 14^h v veliki predavalnici Kemijskega inštituta na Hajdrihovi 19

Molecular systems biology of prions

Prof. dr. Adriano Aguzzi,
Institute of Neuropathology, University Hospital of Zürich, Zürich, Switzerland

Transmissible spongiform encephalopathies (TSEs) are neurodegenerative diseases of humans and many animal species caused by prions. The main constituent of prions is PrP^Sc, an aggregated moiety of the host-derived membrane glycolipoprotein PrP^C. Prions were found to encipher many phenotypic, genetically stable TSE variants. The latter is very surprising, since PrP^C is encoded by the host genome and all prion strains share the same amino acid sequence. Here I will review what is known about the infectivity, the neurotoxicity, and the neuroinvasiveness of prions. Also, I will explain why I regard the prion strain question as a fascinating challenge – with implications that go well beyond prion science. Finally, I will report some recent results obtained in my laboratory, which is attempting to address the strain question and some other basic issues of prion biology with a “systems” approach that utilizes organic chemistry, photophysics, proteomics, and mouse transgenesis.

Vabljeni !"

Segrevanje ozračja

Res smo obsedeni (ne rečem, da neupravičeno) s problematiko segrevanja ozračja in njenimm reševanjem. In ponujene rešitve so včasih prav zanimive. Tale prihaja iz ugledne raziskovalne hiše, namreč iz ameriškega Lawrence Berkeley National laboratorija, kjer njihov fizik Hashem Akbari predlaga, da bi strehe prebarvali ali prekrili z belo krtino. Kot preberemo v LA Timesu, bi v primeru, ko bi v 100 največjih svetovnih urbanih področjih zamenjali strehe, s tem privarčevali 44 metričnih gigaton toplogrednih plinov. To je več, kot v ozračje emitirajo vse dežele sveta v letu dni.

Ponujam v dodaten lokalni razmislek tezo, da smo trenutno pri nas v prav nenavadnem precepu. Vremenske ujme so povzročile, da pravkar v Sloveniji v velikem obsegu  zamenjujemo kritino in predpostavljam, da je to bila v znatni meri prav svetla salonitna kritina. Zdaj pa jo bodo najbrž zamenjale temneje obarvane strehe.

Anaerobna razgradnja ogljikovodikov

Ogljikovodiki kot sestavina surove nafte in naravnega plina so med obilneje zastopanimi snovmi na zemlji. Kljub temu, da jih človek učinkovito uporablja za energetsko oskrbo, so pri sobni temperaturi sorazmerno nereaktivni in jih npr. mikroorganizmi le stežka uporabijo kot vir energije, zlasti v pogojih, ko je odsoten kisik. Vendar pa poznamo mikroorganizme, ki uspejo razgraditi ogljikovodike tudi brez kisika in sploh jih ni tako malo ter jih prav v novejšem času odkrivajo v vse večjem številu, kot pravi prof. dr. Friedrich Widdel iz Inštituta Max Planck za morsko mikrobiologijo v nemškem Bremnu. Le iskati jih moramo na nekoliko nenavadnih mestih. Evolucijska zgodovina teh mikroorganizmov je pravzaprav zelo dolga, saj te bakterije in arheje živijo na ogljikovodikih že od zgodnjih obdobij nastanka življenja na zemlji in od tod tudi njihova danes opazovana raznolikost. Najdemo jih v sedimentih in v mulju oceanskih globin, v usedenih naftnih zaplatah v podmorju, ki izvirajo iz nesreč naftnega razlitja, prisotne so v pronicajočih podvodnih izvirih nafte in zemeljskega plina in celo v naftnih rezervoarjih. Posebno zanimive so simbiontske povezave bakterij in arhej, ki prestrezajo metan iz podvodnih sedimentov ter tako zmanjšujejo tveganje zaradi uhajanja tega kritičnega toplogrednega plina. In druge zopet, ki pomagajo v bioremediaciji z ogljikovodiki kontaminiranih podtalnih vodonosnikov. Dr. Widdel napoveduje ob nadalnjem razkrivanju danes še ne povsem razumljenega mikrobnega razkroja ogljikovodikov možnosti za še učinkovitejšo kontrolo toplogrednih plinov in boljše razumevanje vloge teh organizmov v naravnem kroženju ogljika.

Cenejši bioetanol

Gensko spremenjeni mikroorganizmi naj bi v prihodnje omogočili učinkovitejšo in s tem cenejšo proizvodnjo bioetanola iz lesne biomase. Po zagotovilih prof. Lee Lynda iz Dartmouth College-a v ameriški zvezni državi New Hampshire, jim je uspelo s spremenjeno bakterijo - predstavljajo jo s kratico ALK2 - pri 50 st. C doseči učinkovitejšo razgradnjo celuloze, kot to uspeva konvencionalnim celulolitičnim mikrooorganizmom pri temperaturi okolja. Lynd pravi, da pri tej višji temperaturi spremenjene bakterije potrebujejo dva in polkrat manj encima celulaze za razgradnjo substrata ob tem, da je etanol edini organski produkt fermentacije.

Activia (a ne za reklamo!)

Activia jogurt je pri nas dovolj popularen, zato mu ne bom delal reklame. Naredim pa naj reklamo za video, ki so ga njegovi ustvarjalci ponudili v izobraževalne namene in je res vreden ogleda. 

Plastika za plastiko

University College Dublin napoveduje vsekakor dobrodošlo rešitev vračanja plastike v ponovno uporabo ob pomoči mikroorganizmov. Odpadno polipropilensko plastiko najprej skuhajo do stirenskega olja, ki ga nato ponudijo za hrano mikroorganizmom in ti ga presnovijo do maščobnih kislin. Ko mikrobne celice vsebujejo 60% maščobnih kislin njihovo biomaso uporabimo za proizvodnjo bioplastike. Ta pa je ob tem, da gre za recikliran resurs, tudi biološko razgradljiva.

MICROPOD blog

Pri iskanju novičk za svoj blog sem v peteklosti v glavnem črpal novice iz spletne strani Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM), bodisi iz Schaechterjevega bloga ali pa iz rubrike Weekly NewsDigest oz. iz e-revije Microbe Magazine. Drug pomemben vir so mi zapisi v blogovski skupnosti ScienceBlogs ter nekateri osebni blogi o katerih bom ob priliki še obširneje spregovoril. Kar zanemaril pa sem nek drug zanimiv vir mikrobioloških vsebin, ki jih prinaša splet MICROPOD online. To je pravzaparv mikrobiološki spletni portal, ki vsebuje lasten blog, nabor novic in podcast. Organizatorja tega portala sta dve britanski društvi: Society for General Microbiology (SGM) in Society for Applied Microbiology (SfAM).

Kreacionizem kot predvolilna tema

Pa k sreči ne pri nas. In upajmo, da tudi ne v ZDA. Vendar kot piše prof. J. Eisen v svojem blogu, so pridni novinarji takoj po imenovanju republikanske kandidatke za podpredsednico, Sarah Palin, našli v medijih kar nekaj njenih izjav v katerih se kandidatka izreka za enakovredno obravnavo evolucijskega in kreacionističnega nauka. Še več, podpira vzporeden pouk kreacionizma v javnih šolah. To utegne postati še zanimivo!

Do(lgo)življenjska imunost

Presenetljive rezultate raziskave o imunski zaščiti ljudi, ki so preživeli znano "špansko gripo" leta 1918, objavlja prof. J. E. Crowe Jr. iz ameriške Univerze Vanderbilt. Preiskal je kri 32 še živih prič takratne pandemije, ki so bili rojeni leta 1915 ali prej. Pri vseh 32 je še bilo mogoče dokazati protitelesa proti sevu virusa influence iz leta 1918 in nekateri med devetdeset- in sto-letniki so protitelesa še vedno proizvajali.  

Mikrobna komunikacija nekoliko drugače

Pojem zaznavanja gostote ("quorum sensing") je danes uveljavljen za pojasnjevanje številnih pojavov v mikrobni patogenezi in ekologiji. Govorimo o mikrobni komunikaciji, ki temelji na sproščanju kemijskih signalov s strani bakterij in ko njihova koncentracija preseže določen prag, izrazijo lahko njihove istovrstne partnerke nove lastnosti, npr. da prično s proizvodnjo virulenčnih dejavnikov, da se sproži bioluminiscenca ali pa da se oblikujejo mikrobne prevleke, t. i. biofilmi, ki so tako značilni pri bakterijskem naseljevanju določenih okolij.

Zlasti v luči motenja procesov patogeneze se razumljivo pojavlja želja  po poseganju v ta pojav in v skupini prof. H. Blackwellove iz univerze Wisconsin-Madison načrtuje prav to. Iščejo kemijske spojine, ki bi ovirale proces mikrobne komunikacije ne bi pa ubijale bakterijskih celic. Na drugi strani pa bi seveda tudi obraten pristop, namreč najdba spojin, ki bi podprle proces komunikacije lahko bil zanimiv v podpori nekaterih bakterijskih lastnostih izkoristljivih v biotehnologiji.

Izvorne celice za nadomeščanje krvi

Te dni je v svetovnih medijih zakrožila odmevna novica, da je ameriški firmi Advanced Cell Technology uspela  diferenciacija embrionalnih izvornih celic v predniške krvne celice in nato v eritrocite. To seveda napoveduje pot v proizvodnjo sestavin krvi in v razrešitev težav pri zagotavljanju transfuzijske krvi, ki jo še vedno pridobivamo zgolj s krvodajalstvom. Treba pa je upoštevati, da realizacija zopet ne bo tako blizu, saj je vest posledica pomanjkanja sredstev s katerim se firma sooča in je bila najbrž posredovana medijem tudi da pridobijo nove vlagatelje v razvoj.

Virusi napadajo tudi viruse

Leta 2003 so raziskovalci dokončno identificirali ogromen virus, z desetkrat večjim genomom, kot ga imajo običajni virusi in ga je zaradi velikosti bilo mogoče opazovati tudi s svetlobnim mikroskopom. Dali so mu ime "mimivirus", je pa običajni prebivalec ameb, ki naseljujejo hladilne vodne stolpe. Zgodba se prav zanimivo nadaljuje letos, ko so prav tako v amebah iz nekega pariškega vodnega stolpa odkrili še večje virusne delce, te so poimenovali "mamaviruse", ki pa so vsebovali druge, zelo drobne virusne delčke, v konkretnem primeru so jim dali ime "Sputnik". Ker sumijo na parazitsko naravo najdenih znotrajvirusnih delcev, naj bi viruse tega tipa poslej označevali kot "virofage" pač po analogijo z bakteriofagi, s katerimi opisujemo viruse, ki napadajo bakterije. Sputnik virusi imajo zelo majhen genom, z vsega 21 geni, ki kodirajo proteine. Presenetljivo pa je, da je med njimi troje genov, ki so jih kot kaže ti virofagi "ukradli" gostiteljskemu mamavirusu. Vsekakor bodo potrditve te najdbe in nadaljnje raziskave lahko pomembno obogatile spoznanja o še vedno precej skrivnostni evoluciji virusov.

Antraks tudi v naravnem okolju

Prav v času, ko časopise polnijo poročila in ugibanja o bioterorističnih napadih s povzročiteljem antraksa v letu 2001, se v ZDA dogaja še ena zgodba o antraksu. Tokrat gre za izbruh antraksa v čredi bizonov, ki jih goji Ted Turner na eni od svojih farm. Stroka zagotavlja, da gre za nepodtaknjen izbruh antraksa, saj je znano, da na določenih področjih, ki so znani kot "distrikti antraksa", posebni vremenski in okoljski pogoji lahko sprožijo izbruh te bolezni. Bakterije Bacillus anthracis v obliki spor lahko namreč v tleh preživijo leta, celo desetletja, živali pa se okužijo z okuženo krmo npr. na paši ali z vodo za napajanje.

Ted Turner je poleg tega da je znan kot lastnik svetovne medijske hiše CNN in filantrop tudi lastnik 15 farm v različnih predelih ZDA. Na 14 od teh farm goji tudi bizone, po oceni okoli 45.000 živali. Z njihovim mesom okrbujejo znane Turnerjeve Montana Grill restavracije. Za antraksom naj bi v tokratni epizodi poginilo 175 bizonov na Turnerjevi farmi blizu Bozemana v Montani, poročajo pa, da so enzootijo obvladali in da se stanje umirja.

Uveljavitev mikrobne forenzike

Domnevno odkritje ozadja pisemskih napadov s povzročitelji antraksa v septembru in oktobru 2001 v ZDA, ki se razpleta po smrti mikrobiologa iz ameriških vojaških laboratorijev konec julija letos in po objavi dokumentov Ministrstva za pravdo (DOJ) v tem tednu, še naprej razburja ameriško pa tudi svetovno javnost.

Preiskovalci FBI naj bi pomemben del dokazov pridobili z analitiko, ki jo zagotavlja novo področje t. i. mikrobne forenzike. Z natančno določitvijo genskega zaporedja je namreč mogoče ugotoviti tudi drobne spremembe v genomu, ki nato služijo kot kriterij sledenja. Po tej poti so v obravnavanem primeru ugotovili štiri markerje v genomu Bacillus anthracis, s katerimi so nedvoumno lahko dokazali, da je bakterije iz okuženih pisem mogoče povezati z znano bakterijsko kulturo iz laboratorijev USAMRIIDa v Fort Detricku.

Da pa zadeve seveda tudi ti podatki ne pojasnjujejo v celoti in da je seveda tudi na svojstven način politizirana, nam dobro predstavijo zapisi novinarja Salon-a G. Greenwalda.

Brusnice proti infekcijam sečil

Študija v reviji Colloids and Surfaces B: Biointerfaces pojasnjuje učinkovitost brusnic pri preprečevanju urinarnih infekcij. Sok brusnic naj bi preprečeval pritrjevanje bakterij s pomočjo celičnih izrastkov (t. i. fimbrij) na epitel sečnih organov, kar je pogoj za pričetek infekcije.  

Ali se napad z antraksom iz leta 2001 razpleta?

Kot danes poročajo svetovni mediji (The NYT, BBC News) je storil samomor Bruce E. Ivins, mikrobiolog zaposlen v USAMRIID (U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases) laboratorijih v Fort Detricku v ameriški zvezni državi Maryland. Ivins je bil znan kot vrhunski strokovnjak za raziskave antraksa in je pomembno sodeloval v razvoju vakcin proti Bacillus anthracis (B.a.), povzročitelju antraksa. Po poročilih medijev naj bi Ivinsu grozil sodni pregon zaradi suma, da je bil v ozadju bioteroristične napada iz jeseni leta 2001, kmalu po terorističnem napadu na WTC v New Yorku, ko je neznanec razposlal na več naslovov pisemske ovojnice s sporami B. a., zaradi česar je zbolelo več kot 20 ljudi in pet jih je tudi umrlo.

Več kvalitetnih informacij o omenjenem napadu najdemo v članku objavljenem leta 2006  v reviji Applied and Environmental Microbiology, avtorja D. J. Beecherja iz laboratorijev agencije FBI.