Darwin’s Gift

V počastitev dvestoletnice rojstva Charlesa Darwina in v čast 150-letnice izida njegove ključne knjige  “On the Origin of Species” je revija Lancet izdala izjemno monografijo “Darwin’s Gift”, s predgovorom in 16 eseji o vplivih Darwinovega dela na razvoj naravoslovja in človekove  misli. Delo je na voljo kot elektronska knjiga  v odprtem dostopu, mogoče pa jo je tudi natisniti ali pa naložiti na prenosne elektronske medije.

Jared Diamond

Trenutno z užitkom prebiram knjigo Jareda Diamonda “Guns, Germs, and Steel”, ki jo imamo tudi v slovenskem prevodu (Puške, bacili in jeklo, založba Učila, 2008). Avtor s Pulitzerjevo nagrado nagrajene knjige analizira razvoj človeških populacij v zadnjih 15.000 letih, predvsem ko išče razloge za različno hitrost razvoja in razhajanja v civilizacijskih vzorcih, ki jih najdemo na Zemlji. Ker imajo pomembno vlogo v njegovi analizi tudi kužne bolezni človeka, zlasti take z epidemičnim in pandemičnim razširjanjem, knjigo toplo priporočam v branje vsem, ki jih mikrobiologija zanima, profesionalno ali ljubiteljsko. Na kratko predstavi knjigo tudi novinar Nežmah v Mladini.

Naslednja, knjiga, ki se je bom vsekakor lotil, bo Diamondova knjiga “Collapse”, ki jo je napisal 2005 in predstavlja smiselno nadaljevanje prejšnje, saj predstavi njegove razmisleke o razlogih propada nekaterih družb in civilizacij v preteklosti človeka. Tudi to knjigo imamo v slovenskem prevodu, pri založbi Učila je izšla pod naslovom Propad civilizacij in na spletni strani ene do knjigarn sem našel tudi kratek video spot v katerem avtor predstavi svojo knjigo.

V podporo mikrobiološkemu praktikumu

Na zares izjemnem spletnem blogu Microbiologybytes je njegov avtor dr. Alan J. Cann objavil nekaj video klipov na temo Aseptičnih laboratorijskih tehnik in nekaj drugih na temo Mikroskopije.

Bioinformacijski portali

Na blogu Bitesize Bio najdete opise in povezave do nekaterih pomembnejših bioinformacijskih portalov.

Evropska znanost za sistemsko biologijo

Kot lahko preberemo v Genome Web Daily News je skupina evropskih raziskovalcev pripravila priporočila za načrtovalce in financerje v znanosti, ki naj popeljejo evropsko sistemsko biologijo v ospredje, zlasti v biomedicinskih raziskavah.

Poročilo je dostopno na spletu Evropske Znanstvene Fundacije (ESF).

Bakterija Wolbachia bi lahko preprečila širjenje mrzlice denga.

Infekcija z virusom denga je najpogostejša okužba, ki jo prenašajo členonožci (komarji) z letno med 50 do 100 milijoni bolezenskih primerov (J. A. Cann-1). Zdaj so avstralski raziskovalci ugotovili, da bi človeka morda lahko zaščitili pred dengo tako, da bi komarje okužili z bakterijo Wolbachia, ki skrajša insektom življenje za polovico. In ker dengo prenašajo le starejši insekti, bi tako lahko preprečili razširjanje te resne virusne bolezni (J. A. Cann-2).

Srečno 2009

Želim vsem veliko zadovoljstva in zdravja v letu 2009.

Garažna biotehnologija

Povzamem naj začetek nedavnega članak v USA Today: “Appleov računalnik je nastal v garaži, enako je bilo z Googlovim iskalnikom. Zdaj se amaterski radovedneži igrajo doma s temeljnimi gradniki življenja. Ob uporabi doma narejenih laboratorijskih pripomočkov in z izkoriščanjem bogatega znanja, ki je na voljo na spletu, skušajo ti ljubitelji oblikovati nove življenjske oblike s pomočjo genskega inženirstva – torej na področju, na katerem so se dolgo mučili zgolj doktorandi v univerzitetnih laboratorijih ali v laboratorijih korporacij. Na svojem domu v San Franciscu npr. 31 letna računalniška programerka Meredith L. Patterson poskuša razviti gensko spremenjene jogurtove bakterije, ki bi zasvetile zeleno, če bi prišle v stik z melaminom, s kemikalijo, ki je npr. kitajsko otroško hrano spremenila v smrtonosni napoj.”

Nov hobi se uveljavlja, zato članek omeni tudi izzive in tveganja, vredno ga je torej prebrati, a nam kaj kaj več kot počakati ne preostane. Kakšen tok bo tokratni modni val ubral je namreč ta trenutek težko napovedati.

Življenje je rezultat dveh velikih skokov

Izvleček v World Science nam v poljudni obliki predstavi članek J. L. Payna in sodelavcev s tezo, da je življenje, predvsem v kategoriji velikosti organizmov na Zemlji, rezultat dveh velikih skokov znotraj biogenega dogajanja, ki je trajalo 3,5 milijarde let, dveh skokov, ki sta oba vezana na porast kisika v atmosferi. Članek sam je revija PNAS ponudila v odprtem dostopu in ga je vredno prebrati. 

Naselitev prebavil s patogeni

Patogene bakterije najdejo v prebavnem traktu seveda okolje z luksuzno ponudbo hranil, soočene pa so tudi s številnimi dejavniki gostiteljeve obrambe. Vendar so mikrobi nanje pripravljeni pri čemer uporabljajo kaskado zaporednih prilagoditev, kot nam to dobro opiše v PNAS Yixin Shi in kot je to povzeto na portalu Biology News Net. 

Voščim prijetne praznike

Vsem svojim bralcem želim prijazno božično praznovanje, v novem letu pa zdravja in veliko blogarskih užitkov.

Ebola virus pri filipinskih prašičih

Pri filipinskih prašičih so ugotovili virus Ebola (vE) seva Preston, ne sicer kot vzrok obolenja, ampak kot vzporedno infekcijo. Strokovnjaki Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) so kljub temu zaskrbljeni in načrtujejo izredne ukrepe in nadzor. Prašiči so namreč v lastnostih zadrževanja virusov zelo primerljivi človeku in lahko predstavljajo posodo za genetsko mešanje virusov, ki se iz prašičev prenašajo na človeka.

vE je znan v petih sevih in trije med njimi so povezani z izbruhi hude hemoragične mrzlice v afriških državah. Leta 1989 so raziskovalci ameriških vojaških laboratorijev USAMRIID odkrili pri poskusnih obolelih opicah vE, ki pa je bil komaj patogen za človeka in tega so po mestu najdbe poimenovali sev Reston. Njegova posebnost je tudi, da se pri okužbah razširja po zraku za razliko od hemoragičnih sevov, ki se prenašajo zgolj s telesnimi tekočinami.

The Open Microbiology Journal

Založnik Bentham Science Publishers vključuje svojo novo revijo The Open Microbiology Journal (TOMJ) v odprti dostop na portalu PubMed Central. TOMJ je vrstniško ocenjevana (peer reviewed) revija, ki objavlja raziskovalne prispevke, revijalne preglede in kratke prispevke (letters) na področjih molekularne, eksperimentalne in klinične mikrobiologije.

Animacije

Animacije s področij mikrobiologije, biotehnologije, ekologije in okoljevarstva vam bodo všeč; študentom za lažjo predstavo, učiteljem za pripravo zanimivejših predstavitev.  

Mandlji kot prebiotiki

Prebiotiki so sestavine v hrani, ki jih v naši prebavi in presnovi ne moremo izkoristiti, lahko jih pa kot vir energije in rasti uporabijo mikroorganizmi, ki naseljujejo naša prebavila. Zlasti je podprta rast koristnih črevesnih bakterij, ki jih pogosto uporabljamo kot prehranske dodatke v vlogi t. i. probiotikov.

G. Mandalari in sod. iz ameriškega Inštituta za prehranske raziskave (IFR) poročajo, da imajo izrazit prebiotski učinek mandlji in da je ta vpliv najbrž vezan na v mandljih vsebovane lipide.

Alzheimerjeva bolezen

Raziskovalci Univerze Manchester (Vel. Britanija) so presenetili z domnevo, da je virus Herpes simplex tipa 1 (med drugim povzroča npr. herpes na ustnici) močan rizični dejavnik za nastanek Alzheimerjeve bolezni.

iBOL

iBOL je kratica za "The International Barcode of Life project", za projekt z izjemno obsežnim ciljem - zbrati in povezati knjižnice sekvenc in oblikovati tehnologijo za hitro in ceneno identifikacijo organizmov. Več >tukaj.

Bartoneloze

V prvi svetovni vojni so vojaki epidemično obolevali za t. i. rovovsko mrzlico (trench fever), ki jo povzroča bakterija Bartonella quintana. V tem bakterijskem rodu so še nekatere druge patogene vrste, pri nas npr. B. henselae, ki povzroča bolezen mačje opraskanine. Zdaj so v ZDA odkrili novo vrsto, B. rochalimae, ki naj bi bila vzrok vročinskega obolenja z anemijo, vnetjem vranice in prizadetosjo srca in osrčnika. Prenašala naj bi se od glodalcev preko bolh na človeka in strokovnjaki se zaradi povečevanja števila rjavih podgan v Evropi bojijo, da bi lahko te postale izvor epidemije tega obolenja tudi v Evropi.

Sorodstvena pomoč

Kadar so v stiksi, oz. jim grozi pomanjkanje, poiščejo amebe pomoč pri sorodstvu, poročajo raziskovalci.  Če stradajo, se poiščejo in oblikujejo gruče v katerih se nekatere žrtvujejo, da druge preživijo.

Predstavitev iGEM 2008

Mojim zvestim bralcem bo morda zanimivo tudi tole vabilo, ki ga pošiljajo iz KI v Ljubljani:

"Vabimo Vas na predstavitev zmagovalnega projekta slovenske ekipe

v ponedeljek, 1. decembra 2008 ob 15. uri, v Veliki predavalnici Kemijskega inštituta Ljubljana, Hajdrihova 19

V začetku novembra 2008 je na znameniti univerzi Massachusetts Institute of Technology (MIT) potekalo tekmovanje 84 študentskih ekip najboljših svetovnih univerz z raziskovalnimi projekti na področju sintezne biologije. Ekipa študentov Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo, Biotehniške fakultete in Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani je s projektom priprave cepiva proti bakteriji, ki povzroča raka na želodcu in tankem črevesju, ki so ga pripravljali na Kemijskem inštitutu dosegla prvo mesto v generalni razvrstitvi (Grand Prize), zlato medaljo in prvo mesto na področju zdravja in medicine.

Po predstavitvi bodo člani zmagovalne ekipe z veseljem odgovarjali na vaša vprašanja.

V želji, da se na dogodku srečamo, vas lepo pozdravljamo!

Prof. dr. Roman Jerala, Vodja ekipe Igem2008 in vodja Laboratorija za biotehnologijo                                                   

Prof. dr. Janko Jamnik, direktor."

Nov slovenski blog znanstvene vsebine

Naročniki Googlove skupine "Kvarkadabra obvestila" smo danes dobili sporočilo, da je pričel z delom nov slovenski blog, cit: "... v katerem poskušamo predstaviti delo znanstvenika. Blog smo poimenovali "Laboratorijski dnevniki: Zgodbe iz znanstvenikovega vsakdana"...".

Ko sem seveda, radoveden, pokukal na blog, sem videl, da je prvi zapis nastal že 10. oktobra in da se je zbrala simpatična skupina avtorjev, ki načenjajo prav zanimive teme. Slovenska strokovna blogosfera se torej še kar krepi in naj bo kar se da dolgoživa!  

Bakterijska celična stena

Zelo nazorne posnetke in risbe bakterijske celične stene in zanimiv komentar k fizični konstrukciji tega celičnega elementa najdete v članku revije Live Science.

Nova vrsta virusa Ebola

Kot poroča revija New Scientist so v zapadni Ugandi odkrili novo vrsto virusa Ebola. Poimenovali so ga Bundibugyo po pokrajini, kjer se je bolezen, za katero naj bi umrlo 35% od obolelih v doslej edinem izbruhu, pojavila.

Zaporedje DNK virusa Bundibugyo se razlikuje od drugih virusov Ebola za 32% kodonov, kar bi po raziskovalcu Townerju lahko pomenilo težavo pri pripravi univerzalne vakcine proti Eboli.

Originalni članek o najdbi virusa je objavljen v odprtodostopni reviji PLoS Pathogens.

Ekipa se vrača iz iGEMa

V "deželici" smo še vedno pod močnim vtisom uspeha naše študentske ekipe, ki je zmagala na prestižnem svetovnem srečanju mladih raziskovalcev sintezne biologije, iGEM 2008 (o tem tudi >tukaj in >tukaj).

Zdaj se študenti in mentorji, ki so jih spremljali, vračajo in za tiste, ki bodo želeli njihov prihod počastiti (proslaviti !) navajam predviden čas prihoda, kot mi ga je sporočil prof. dr. Jerala: "...iz New Yorka se vračajo v soboto zvečer in priletijo v nedeljo (23. 11) ob 16.50 v Muenchen. Od tam jih bo kombi odpeljal v Ljubljano, predvidoma pridejo okrog 23.00h, najbrž do Kemijskega inštituta..."    

4. kongres SMD

Med 19. in 22. novembrom 2008, torej prihodnji teden, se lahko v Portorožu udeležite 4. kongresa Slovenskega mikrobiološkega društva z mednarodno udeležbo. Na spletni strani najdete natančnejše podatke o kongresni prireditvi.

S krajšim predavanjem za ogrevanje: "Učna orodja Spleta 2.0 za mikrobiologijo" bom  sodeloval na okrogli mizi "New Challenges for Microbiology Education in Bologna Era", s katero kongres pričenja z delom v sredo, 19. novembra popoldan. (predavanje bo od srede tudi dostopno na spletu).

Bakterije za boljšo aromo

Vinski pokuševalci dobro vedo, kako pomemben je pri okušanju odtenkov arom tudi vonj. Zdaj raziskovalci okusa ugotavljajo, da pomembno vlogo pri okusnih zaznavah odigrajo tudi mikroorganizmi, stalni prebivalci ustne votline. Pod njihovim vplivom se namreč v slini številne arome razvijejo do prepoznavne kvalitete. 

Zaščita dihal s probiotiki

Švedski raziskovalci so se na izviren, za marsikoga nenavaden način, lotili vprašanja zaščite dihal t.i. ventiliranih pacientov, torej takih z mehansko podprtim dihanjem. Zaradi velikega rizika infekcije po intubaciji je v običajni rabi katero od antiseptičnih sredstev npr. klorheksidin ali antibiotiki in prav v tej točki so se Švedi odločili za drugačen pristop. Uporabili so probiotično bakterijo Lactobacillus plantarum sev 299 in dosegli z njo primerljivo stopnjo zaščite.

Slikovni iGEM 2008

Zdaj se je pojavila tudi čestitka slovenski ekipi na uradni spletni strani iGEM. In od tam nas povezava odpelje tudi na Flickr slikovni album posvečen tej prireditvi.

 

Odmev, ki "šteje"

Daljši zapis na blogu revije The Scientist (za vstop na spletni naslov revije je potrebna brezplačna registracija!) z naslovom "Synthetic vaccine nabs iGEM prize" je seveda dodatno priznanje odličnosti slovenske zmagovalne ekipe na iGEM 2008 tekmovanju v Bostonu in prvovrstna promocija v svetu znanosti.

In zmagovalce predstavlja tudi portal Discovery Chanel med novicami Discovery News.

Velja prebrati kako je opisal svoje sodelovanje na iGEM 2008 eden od sodnikov tekmovanja, Rob Carlson, ki zanimivo komentira tudi slovenski projekt.

Pa še tale zapis na blogu ginkgobioworks si oglejte (tudi zavoljo slike s podelitve nagrad).

Bravo 24ur.com

Spoštljiv priklon portalu 24ur.com, ki je med prvimi v Sloveniji objavil izjemno novico o zmagi slovenskih študentov na prestižnem mednarodnem tekmovanju iz sintezne biologije iGEM 2008.

PS.: prijatelji me že popravljajo; novico o samem tekmovanju je objavil že v soboto RTV.SLO in tudi novica o zmagi je že tukaj. 

iGEM 2008 - ko človeku od veselja zastane dih

Jerneja Mori, študentka mikrobiologije in članica letošnje ekipe UL na prestižnem tekmovanju iGEM 2008 sporoča:

"Živjo,
vsem sporočam veselo novico, da je slovenska ekipa iGEM v Bostonu dosegle spet mega velik dosežek. Zmagali smo v kategoriji Health or Medicine, hkrati pa smo dobili tudi Grand Prize, kar je največ kar lahko katerakoli ekipa doseže na tem tekmovanju. V finalu smo tekmovali s svetovno znanimi univerzami kot so Harvard, Caltech, Berkely, Freiburg in NYMU Taipei.

Več o našem projektu si lahko preberete na naši uradni spletni strani: http://2008.igem.org/Team:Slovenia.

Lep pozdrav iz Bostona,
Jerneja Mori"

Komentar ni potreben, navdušenje občudovalcev pa kliče zmagovalni ekipi: ČESTITAMO!!!

Izmenično povezovanje

Zanimiv poudarek fenomena, ki ga poznamo pod pojmom "splicing" (po SBD: izrezovanje, spajanje, povezovanje) najdemo v prispevku v World Science, ki navaja članek iz MITja v reviji Nature. C. Burge je s sodelavci ugotovil, da izmenično povezovanje (alternative splicing), ko posamezen gen lahko generira več kot en sam proteinski produkt, v odvisnosti od tega v katerem tkivu prihaja do izražanja, ni nekaj nenavadnega oz. eksotičnega kot so doslej verjeli. Da okoli 94% genov proizvaja več kot en proteinski produkt in da bo seveda zanimiva nadaljnja raziskava vloge teh proteinskih izoform v različnih tkivih, vključno z njihovo pojavnostjo v rakavih tkivih.

iGEM 2008

Tudi letos so se študenti ljubljanske Univerze odpravili na tekmovanje iz sintezne biologije iGEM 2008 v ZDA. In znova so izbrali izzivalno temo, o tem nam je nekaj več pripravil dr. Dolinar na svojem blogu. Nam, njihovim občudovalcem in navijačem, zdaj ostaja zgolj, da trdno držimo pesti znanje in jim zaželimo vse dobro.   

Ogrožen bi lahko bil tudi riž

Ameriški Department of Agriculture (USDA) je na nacionalno varnostno listo dodal tudi patogeni mikroorganizem, ki ogroža riž. Pričakujejo namreč, da bi lahko pri bioterorističnem napadu zlikovci uporabili tudi bakterijo Xanthomonas oryzae pv. oryzae, povzročitelja listne gnilobe pri rižu.

Morebiten vzrok Crohnove bolezni?

Skupina francoskih raziskovalcev je oblikovala tezo, da je morda razlog za pojav Crohnove bolezni pretiran imunski odziv, ki ga povezujejo z odsotnostjo bakterije Faecalibacterium prausnitzii v črevesu. Za to bakterijo so namreč ugotovili, da izloča učinkovine, ki zmanjšujejo vnetno reakcijo. Komentatorji so z zanimanjem sprejeli podmeno in se strinjajo, da bi ugotovitev lahko morda vodila v razvoj nadomestne terapije v obliki probiotične kulture omenjenega mikroorganizma.

Enciklopedija življenja

Zdaj v drugem letu obstoja, Enciklopedija življenja - "The Encyclopedia of Life" (EOL) že kaže svojo monumentalno podobo osrednjega informacijskega portala za predstavitev živega sveta, ki, naj poudarim, deluje v režimu odprtega dostopa. Pomemben del projekta prispeva tudi Knjižnica dediščine biotske različnosti - "The Biodiversity Heritage Library" (BHL), kjer pravkar skenirajo vso temeljno literaturo o biotski različnosti. Temeljit pregled in razpravo o celotnem projektu predstavlja članek Cathy Norton.  

Zakaj se znanstveniki ne igrajo Boga

V četrtkovi prilogi Dela (23. 10. 2008) Znanost objavlja Mišo Renko daljši sestavek z gornjim naslovom, ki ga bo prebral kogar zanimajo vprašanja o etiki in znanosti in vprašanja o razmerju med znanostjo in religijo. Članek je nedvomno inspiriran z nedavnim nastopom papeža Benedikta XVI na simpoziju o encikliki Fides et Ratio njegovega predhodnika papeža Janeza Pavla II. Papež je ob tej priliki bil precej kritičen do nekaterih znanstvenikov in njihove znanosti, "...kadar ta nima za cilj koristiti človeku, njegovi dobrobiti in napredku človeštva...". "...Lahek zaslužek ali še huje nadustost, da prevzame mesto stvarnika, občasno prevlada..." In dalje: "...znanost ni sposobna sama oblikovati etičnih načel; lahko jih
le sprejme in prizna kot potrebne, da z njimi preseže svoje (t.j. znanosti) morebitne patologije...". Kritične besede, ki so v svetu sprožile številne reakcije.    

Ob tem je seveda vsekakor vredno prebrati članek fizika prof. dr. Stevena Weinberga v reviji The New York Reviews of Books z naslovom Without God, ki ga Renko v dobršnem delu povzema. Weinbergov članek sicer ni odziv na papeževe besede, saj je nastal pred njegovim nastopom, vendar pa na zanimiv način dopolnjuje tako Renkov članek kot pojasnjuje morebitno ozadje za tako ostro papeževo svarilo.

Žal je URL povezava pri Renkovem članku slabo zapisana, zato naj link do omenjenega Weinbergerjevega članka ponovim >tukaj.

Kako obsežen je genski sklad?

V zadnji številki revije Astrobiology Magazine (European Edition) najdemo pod naslovom "Kako obsežen je genski sklad" (How Deep is the Gene Pool?) intervju s profesorjem Anthonyjem Pooleom, molekularnim biologom iz Univerze Stockholm na Švedskem. V njem dr. Poole predstavlja svoje razumevanje poteka in vpliva horizontalnega genskega prenosa na razvoj zgodnjega življenja.

Miller-Urey znova

Kdo ne pozna znanih eksperimentov Stanleyja Millerja in Harolda Ureyja iz Univerze Chicago, ki sta v petdesetih letih prejšnjega stoletja skušala dokazati zgodnji nastanek življenja na Zemlji? V teh preskusih sta Miller in Urey mešanico vode in plinov v sestavi kot sta menila, da naj bi predstavljali zgodnjo zemljino atmosfero, v retorti segrevala in v njej sprožala električno iskrenje, s katerim sta želela posnemati bliskanje v zgodnjem zemljinem ozračju. Dejansko jima je uspelo dokazati nastajanje aminokislin, seveda v obsegu, kot so to omogočale takratne analitske tehnike. Zdaj pa so ponovno pregledali zapuščino prof. Millerja, odkrili takratne vzorce in jih ponovno preiskali s sodobno analitiko, tudi vzorce, katerih rezultatov raziskovalca nikoli nista objavila. Nove ugotovitve ne le da potrjujejo takratne eksperimente, ampak jih celo krepijo, saj so lahko v enem od vzorcev odkrili tudi 22 različnih aminokislin. V videoklipu prof. J. Bada, Millerjev naslednik, pripoveduje zgodbo o odkritju skoraj pozabljenih vzorcev. 

Essentials of Glycobiology

Eno ključnih del v področju glikobiologije je nedvomno knjiga Essentials of Glycobiology, skupine avtorjev A. Varki, R. D. Cummings, J. D. Esko, H. H. Freeze, P. Stanley, C. R. Bertozzi, G. W. Hart in M. E. Etzler. To izjemno delo je zdaj na voljo v odprtem dostopu; zares izjemno darilo vsem, ki nimajo dostopa do papirne verzije.

Sicer pa na knjižni polici NLM/NCBI najdete še nekatere dragocene knjige iz biomedicinskega področja v odprtem dostopu. 

Knjige, ki naj bi jih prebral prihodnji predsednik ZDA

In ki so vredne, da jih prebere vsakdo.

Enkraten ekosistem

Kot poročajo D. Chivian in kolegi iz kalifornijskega Lawrence Berkeley National Laboratory v reviji Science (in poročilo povzema revija Nature) so globoko pod zemljo odkrili zelo poenostavljen ekosistem, ki ga sestavlja ena sama bakterija Candidatus Desulforudis audaxviator. Paličast organizem živi v rudniku zlata Mponeng blizu Johannesburga v Južni Afriki 2,8 kilometra pod površjem zemlje; je prilagojen na izrazito neprijazne okoljske pogoje, ki so brez kisika, pri temperaturi 60 ºC in pri vrednosti pH 9,3. Energijo si zagotavlja z redukcijo sulfata, z ogljikom pa se oskrbuje iz enostavnih organskih in neorganskih molekul.

Podaljševanje življenja

Raziskovalcem je uspelo za deset krat povečati dolžino življenja kvasovk, kot poroča N. Dessai v svojem blogu.

Preurejanje v bakterijskem genomu

Preurejanje genoma (tudi preureditev, prerazporeditev, angl. rearrangement) je značilen fenomen, natančneje preučevan pri evkariontskih organizmih. Današnja dostopnost genomskega zaporedja različnih sevov istovrstnih bakterij pa omogoča tudi pri njih preučevanje evolucije genomske strukture in preurejanja. Vpogled v DNA razpored naj bi osvetlil dinamiko in selekcijo populacij patogenih organizmov, kot o tem razpravljajo A. E. Darling in sod. v njihovem članku, ki je dostopen v PLoS.

Črtna koda življenja

Scientific American objavlja zanimiv članek "Bar Code of Life: DNA Tags Help Classify Animals". Uvodne besede:"Tadicionalne metode razvrščanja rastlin in živali zahtevajo veliko spretnosti in časa. Preiskava majhnega dela DNA je hitrejša in enostavnejša. Ta nova metoda se imenuje črtno kodiranje in je inspirirana s črtnimi kodami, ki jih poznamo iz trgovine. Avtorji predlagajo, da naj bi z delom mitohondrijske DNA lahko razlikovali živalske vrste. Predstavljajo si dan, ko bi se z ročnim skenerjem (podobnim GPS napravi) bilo mogoče povezati na podatkovno bazo črtnih kod vseh živalskih (rastlinskih) vrst in potem ko bi dodali drobcen del tkiva v skener, bi lahko takoj prepoznali žival ali rastlino."

Izvor HIVa pomaknjen v leta okoli 1900

Novinarka Mary Engel iz časnika Los Angeles Times piše danes: "Genetska analiza bioptičnega vzorca nedavno odkritega v DR Kongo, je napeljala raziskovalce do zaključka, da je virus, ki povzroča AIDS prisoten v človeški populaciji že več kot stoletje."

Na tako zgoden izvor virusa sklepajo na temelju hitrosti mutacij pri virusu HIV in ob primerjavi seva najdenega leta 1959 v kongoškem vzorcu s sodobnimi sevi so zamejili najzgodnejše pojave pri ljudeh v obdobje med leta 1884 in 1924, kot objavlja v tem tednu revija Nature.

Uh, je naporno...

Danes doživljam prvi dan kot upokojenec, predvsem si belim glavo s tem kako bom poslej urejal svoj vsakdan. Vsekakor upam, da bom lahko blogariji namenjal več časa. Če mi boste bralci kot komentatorji pomagali bo tale blog lahko še koristnejši.

Rekorderji v pospeških

Na Elijevem blogi najdemo zopet zelo zanimiv zapis. Predstavi nam namreč hitrostne rekorderje v naravi. Potomstvo gliv, ki jih najdemo v govejem blatu (podrobneje je v zapisu predstavljena zigomicetna gliva Pilobolus kleinii), bi namreč zelo težko našlo zopet pot v prebavila goveda, ker se te pašne živali na daleč ogibajo mest, kjer odložijo svoje blato. Glive so zato razvile zanimivo strategijo. Potem ko se razrastejo v iztrebkih in ustvarijo na sporangioforah spore, ki so oblika reprodukcije in način razširjanja, te spore izstrelijo z zavidljivo hitrostjo 90 km na uro do dva metra daleč v okolico. Pri tem dosežejo težko predstavljive rekordne pospeške 180.000 g. V zapisu boste našli tudi povezavo do video posnetkov te izstrelitve in podroben opis njenega mehanizma.     

Kombiniranje probiotikov

Ko  avtor bloga Microbiology Blog na kratko povzema knjigo A. Ljungha in T. Wadstroma "Lactobacillus Molecular Biology: From Genomics to Probiotics" in opozori na številne vplive, ki jih v telesu ima črevesna mikrobna združba, predpostavlja da bodo prihodnje formulacije probiotičnih pripravkov vsebovale mešanico različnih mikrobnih sevov s komplementarnimi značilnostmi oz. bodo prilagojene za zdravljenje različnih bolezenskih stanj.

Laskerjeva nagrada za prof. Stanleya Falkowa

Med letošnjimi nagrajenci z nagrado "Albert Lasker Medical Research Awards" je v kategoriji posebnih dosežkov tudi prof. dr. Stanley Falkow, profesor mikrobiologije in imunologije na Medicinski visoki šoli Univerze Stanford. Laskerjevo nagrado pogosto označujejo kot ameriško Nobelovo nagrado.

Povzetek obrazložitve nagrade s strani fundacije Lasker najbrž najbolje pojasni razloge podelitve nagrade prof. Falkowu:

"Za 51-letno kariero enega velikih lovcev na mikrobe vseh časov - odkril je molekularno naravo odpornosti mikroorganizmov na antibiotike, revolucioniral je načine našega današnjega gledanja kako patogeni povzročajo bolezni in bil je mentor preko 100 študentom, od katerih so danes številni ugledni strokovnjaki v področju mikrobiologije in preučevanju kužnih bolezni."

Rad se bom spomnil srečanja s prof. Falkowom na Gordons Research konferenci Undergraduate Microbiology Education leta 1999 v Connecticutu (ZDA). Kot izjemen predavatelj nas je navdušil s predavanjem »Genomics and Beyond«, v katerem je poudaril možnosti, ki jih prinašajo v odkrivanje in identifikacijo mikroorganizmov nove molekularne tehnike in kvantitativno vrednotenje molekularnih podatkov, posebej pa mi je ostal v spominu kot ljubezniv razpravljalec, ko smo veliko govorili o pomenu mentorstva v visokošolskem izobraževanju.

Aktualno predavanje o prionih v Ljubljani

Prof. dr. Roman Jerala iz Kemijskega inštituta mi je posredoval naslednje sporočilo oz. vabilo:

"Vabilo na predavanje na Kemijskem inštitutu

v petek, 19. septembra 2008 ob 14^h v veliki predavalnici Kemijskega inštituta na Hajdrihovi 19

Molecular systems biology of prions

Prof. dr. Adriano Aguzzi,
Institute of Neuropathology, University Hospital of Zürich, Zürich, Switzerland

Transmissible spongiform encephalopathies (TSEs) are neurodegenerative diseases of humans and many animal species caused by prions. The main constituent of prions is PrP^Sc, an aggregated moiety of the host-derived membrane glycolipoprotein PrP^C. Prions were found to encipher many phenotypic, genetically stable TSE variants. The latter is very surprising, since PrP^C is encoded by the host genome and all prion strains share the same amino acid sequence. Here I will review what is known about the infectivity, the neurotoxicity, and the neuroinvasiveness of prions. Also, I will explain why I regard the prion strain question as a fascinating challenge – with implications that go well beyond prion science. Finally, I will report some recent results obtained in my laboratory, which is attempting to address the strain question and some other basic issues of prion biology with a “systems” approach that utilizes organic chemistry, photophysics, proteomics, and mouse transgenesis.

Vabljeni !"

Segrevanje ozračja

Res smo obsedeni (ne rečem, da neupravičeno) s problematiko segrevanja ozračja in njenimm reševanjem. In ponujene rešitve so včasih prav zanimive. Tale prihaja iz ugledne raziskovalne hiše, namreč iz ameriškega Lawrence Berkeley National laboratorija, kjer njihov fizik Hashem Akbari predlaga, da bi strehe prebarvali ali prekrili z belo krtino. Kot preberemo v LA Timesu, bi v primeru, ko bi v 100 največjih svetovnih urbanih področjih zamenjali strehe, s tem privarčevali 44 metričnih gigaton toplogrednih plinov. To je več, kot v ozračje emitirajo vse dežele sveta v letu dni.

Ponujam v dodaten lokalni razmislek tezo, da smo trenutno pri nas v prav nenavadnem precepu. Vremenske ujme so povzročile, da pravkar v Sloveniji v velikem obsegu  zamenjujemo kritino in predpostavljam, da je to bila v znatni meri prav svetla salonitna kritina. Zdaj pa jo bodo najbrž zamenjale temneje obarvane strehe.

Anaerobna razgradnja ogljikovodikov

Ogljikovodiki kot sestavina surove nafte in naravnega plina so med obilneje zastopanimi snovmi na zemlji. Kljub temu, da jih človek učinkovito uporablja za energetsko oskrbo, so pri sobni temperaturi sorazmerno nereaktivni in jih npr. mikroorganizmi le stežka uporabijo kot vir energije, zlasti v pogojih, ko je odsoten kisik. Vendar pa poznamo mikroorganizme, ki uspejo razgraditi ogljikovodike tudi brez kisika in sploh jih ni tako malo ter jih prav v novejšem času odkrivajo v vse večjem številu, kot pravi prof. dr. Friedrich Widdel iz Inštituta Max Planck za morsko mikrobiologijo v nemškem Bremnu. Le iskati jih moramo na nekoliko nenavadnih mestih. Evolucijska zgodovina teh mikroorganizmov je pravzaprav zelo dolga, saj te bakterije in arheje živijo na ogljikovodikih že od zgodnjih obdobij nastanka življenja na zemlji in od tod tudi njihova danes opazovana raznolikost. Najdemo jih v sedimentih in v mulju oceanskih globin, v usedenih naftnih zaplatah v podmorju, ki izvirajo iz nesreč naftnega razlitja, prisotne so v pronicajočih podvodnih izvirih nafte in zemeljskega plina in celo v naftnih rezervoarjih. Posebno zanimive so simbiontske povezave bakterij in arhej, ki prestrezajo metan iz podvodnih sedimentov ter tako zmanjšujejo tveganje zaradi uhajanja tega kritičnega toplogrednega plina. In druge zopet, ki pomagajo v bioremediaciji z ogljikovodiki kontaminiranih podtalnih vodonosnikov. Dr. Widdel napoveduje ob nadalnjem razkrivanju danes še ne povsem razumljenega mikrobnega razkroja ogljikovodikov možnosti za še učinkovitejšo kontrolo toplogrednih plinov in boljše razumevanje vloge teh organizmov v naravnem kroženju ogljika.

Cenejši bioetanol

Gensko spremenjeni mikroorganizmi naj bi v prihodnje omogočili učinkovitejšo in s tem cenejšo proizvodnjo bioetanola iz lesne biomase. Po zagotovilih prof. Lee Lynda iz Dartmouth College-a v ameriški zvezni državi New Hampshire, jim je uspelo s spremenjeno bakterijo - predstavljajo jo s kratico ALK2 - pri 50 st. C doseči učinkovitejšo razgradnjo celuloze, kot to uspeva konvencionalnim celulolitičnim mikrooorganizmom pri temperaturi okolja. Lynd pravi, da pri tej višji temperaturi spremenjene bakterije potrebujejo dva in polkrat manj encima celulaze za razgradnjo substrata ob tem, da je etanol edini organski produkt fermentacije.

Activia (a ne za reklamo!)

Activia jogurt je pri nas dovolj popularen, zato mu ne bom delal reklame. Naredim pa naj reklamo za video, ki so ga njegovi ustvarjalci ponudili v izobraževalne namene in je res vreden ogleda. 

Plastika za plastiko

University College Dublin napoveduje vsekakor dobrodošlo rešitev vračanja plastike v ponovno uporabo ob pomoči mikroorganizmov. Odpadno polipropilensko plastiko najprej skuhajo do stirenskega olja, ki ga nato ponudijo za hrano mikroorganizmom in ti ga presnovijo do maščobnih kislin. Ko mikrobne celice vsebujejo 60% maščobnih kislin njihovo biomaso uporabimo za proizvodnjo bioplastike. Ta pa je ob tem, da gre za recikliran resurs, tudi biološko razgradljiva.

MICROPOD blog

Pri iskanju novičk za svoj blog sem v peteklosti v glavnem črpal novice iz spletne strani Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM), bodisi iz Schaechterjevega bloga ali pa iz rubrike Weekly NewsDigest oz. iz e-revije Microbe Magazine. Drug pomemben vir so mi zapisi v blogovski skupnosti ScienceBlogs ter nekateri osebni blogi o katerih bom ob priliki še obširneje spregovoril. Kar zanemaril pa sem nek drug zanimiv vir mikrobioloških vsebin, ki jih prinaša splet MICROPOD online. To je pravzaparv mikrobiološki spletni portal, ki vsebuje lasten blog, nabor novic in podcast. Organizatorja tega portala sta dve britanski društvi: Society for General Microbiology (SGM) in Society for Applied Microbiology (SfAM).

Kreacionizem kot predvolilna tema

Pa k sreči ne pri nas. In upajmo, da tudi ne v ZDA. Vendar kot piše prof. J. Eisen v svojem blogu, so pridni novinarji takoj po imenovanju republikanske kandidatke za podpredsednico, Sarah Palin, našli v medijih kar nekaj njenih izjav v katerih se kandidatka izreka za enakovredno obravnavo evolucijskega in kreacionističnega nauka. Še več, podpira vzporeden pouk kreacionizma v javnih šolah. To utegne postati še zanimivo!

Do(lgo)življenjska imunost

Presenetljive rezultate raziskave o imunski zaščiti ljudi, ki so preživeli znano "špansko gripo" leta 1918, objavlja prof. J. E. Crowe Jr. iz ameriške Univerze Vanderbilt. Preiskal je kri 32 še živih prič takratne pandemije, ki so bili rojeni leta 1915 ali prej. Pri vseh 32 je še bilo mogoče dokazati protitelesa proti sevu virusa influence iz leta 1918 in nekateri med devetdeset- in sto-letniki so protitelesa še vedno proizvajali.  

Mikrobna komunikacija nekoliko drugače

Pojem zaznavanja gostote ("quorum sensing") je danes uveljavljen za pojasnjevanje številnih pojavov v mikrobni patogenezi in ekologiji. Govorimo o mikrobni komunikaciji, ki temelji na sproščanju kemijskih signalov s strani bakterij in ko njihova koncentracija preseže določen prag, izrazijo lahko njihove istovrstne partnerke nove lastnosti, npr. da prično s proizvodnjo virulenčnih dejavnikov, da se sproži bioluminiscenca ali pa da se oblikujejo mikrobne prevleke, t. i. biofilmi, ki so tako značilni pri bakterijskem naseljevanju določenih okolij.

Zlasti v luči motenja procesov patogeneze se razumljivo pojavlja želja  po poseganju v ta pojav in v skupini prof. H. Blackwellove iz univerze Wisconsin-Madison načrtuje prav to. Iščejo kemijske spojine, ki bi ovirale proces mikrobne komunikacije ne bi pa ubijale bakterijskih celic. Na drugi strani pa bi seveda tudi obraten pristop, namreč najdba spojin, ki bi podprle proces komunikacije lahko bil zanimiv v podpori nekaterih bakterijskih lastnostih izkoristljivih v biotehnologiji.

Izvorne celice za nadomeščanje krvi

Te dni je v svetovnih medijih zakrožila odmevna novica, da je ameriški firmi Advanced Cell Technology uspela  diferenciacija embrionalnih izvornih celic v predniške krvne celice in nato v eritrocite. To seveda napoveduje pot v proizvodnjo sestavin krvi in v razrešitev težav pri zagotavljanju transfuzijske krvi, ki jo še vedno pridobivamo zgolj s krvodajalstvom. Treba pa je upoštevati, da realizacija zopet ne bo tako blizu, saj je vest posledica pomanjkanja sredstev s katerim se firma sooča in je bila najbrž posredovana medijem tudi da pridobijo nove vlagatelje v razvoj.

Virusi napadajo tudi viruse

Leta 2003 so raziskovalci dokončno identificirali ogromen virus, z desetkrat večjim genomom, kot ga imajo običajni virusi in ga je zaradi velikosti bilo mogoče opazovati tudi s svetlobnim mikroskopom. Dali so mu ime "mimivirus", je pa običajni prebivalec ameb, ki naseljujejo hladilne vodne stolpe. Zgodba se prav zanimivo nadaljuje letos, ko so prav tako v amebah iz nekega pariškega vodnega stolpa odkrili še večje virusne delce, te so poimenovali "mamaviruse", ki pa so vsebovali druge, zelo drobne virusne delčke, v konkretnem primeru so jim dali ime "Sputnik". Ker sumijo na parazitsko naravo najdenih znotrajvirusnih delcev, naj bi viruse tega tipa poslej označevali kot "virofage" pač po analogijo z bakteriofagi, s katerimi opisujemo viruse, ki napadajo bakterije. Sputnik virusi imajo zelo majhen genom, z vsega 21 geni, ki kodirajo proteine. Presenetljivo pa je, da je med njimi troje genov, ki so jih kot kaže ti virofagi "ukradli" gostiteljskemu mamavirusu. Vsekakor bodo potrditve te najdbe in nadaljnje raziskave lahko pomembno obogatile spoznanja o še vedno precej skrivnostni evoluciji virusov.

Antraks tudi v naravnem okolju

Prav v času, ko časopise polnijo poročila in ugibanja o bioterorističnih napadih s povzročiteljem antraksa v letu 2001, se v ZDA dogaja še ena zgodba o antraksu. Tokrat gre za izbruh antraksa v čredi bizonov, ki jih goji Ted Turner na eni od svojih farm. Stroka zagotavlja, da gre za nepodtaknjen izbruh antraksa, saj je znano, da na določenih področjih, ki so znani kot "distrikti antraksa", posebni vremenski in okoljski pogoji lahko sprožijo izbruh te bolezni. Bakterije Bacillus anthracis v obliki spor lahko namreč v tleh preživijo leta, celo desetletja, živali pa se okužijo z okuženo krmo npr. na paši ali z vodo za napajanje.

Ted Turner je poleg tega da je znan kot lastnik svetovne medijske hiše CNN in filantrop tudi lastnik 15 farm v različnih predelih ZDA. Na 14 od teh farm goji tudi bizone, po oceni okoli 45.000 živali. Z njihovim mesom okrbujejo znane Turnerjeve Montana Grill restavracije. Za antraksom naj bi v tokratni epizodi poginilo 175 bizonov na Turnerjevi farmi blizu Bozemana v Montani, poročajo pa, da so enzootijo obvladali in da se stanje umirja.

Uveljavitev mikrobne forenzike

Domnevno odkritje ozadja pisemskih napadov s povzročitelji antraksa v septembru in oktobru 2001 v ZDA, ki se razpleta po smrti mikrobiologa iz ameriških vojaških laboratorijev konec julija letos in po objavi dokumentov Ministrstva za pravdo (DOJ) v tem tednu, še naprej razburja ameriško pa tudi svetovno javnost.

Preiskovalci FBI naj bi pomemben del dokazov pridobili z analitiko, ki jo zagotavlja novo področje t. i. mikrobne forenzike. Z natančno določitvijo genskega zaporedja je namreč mogoče ugotoviti tudi drobne spremembe v genomu, ki nato služijo kot kriterij sledenja. Po tej poti so v obravnavanem primeru ugotovili štiri markerje v genomu Bacillus anthracis, s katerimi so nedvoumno lahko dokazali, da je bakterije iz okuženih pisem mogoče povezati z znano bakterijsko kulturo iz laboratorijev USAMRIIDa v Fort Detricku.

Da pa zadeve seveda tudi ti podatki ne pojasnjujejo v celoti in da je seveda tudi na svojstven način politizirana, nam dobro predstavijo zapisi novinarja Salon-a G. Greenwalda.

Brusnice proti infekcijam sečil

Študija v reviji Colloids and Surfaces B: Biointerfaces pojasnjuje učinkovitost brusnic pri preprečevanju urinarnih infekcij. Sok brusnic naj bi preprečeval pritrjevanje bakterij s pomočjo celičnih izrastkov (t. i. fimbrij) na epitel sečnih organov, kar je pogoj za pričetek infekcije.  

Ali se napad z antraksom iz leta 2001 razpleta?

Kot danes poročajo svetovni mediji (The NYT, BBC News) je storil samomor Bruce E. Ivins, mikrobiolog zaposlen v USAMRIID (U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases) laboratorijih v Fort Detricku v ameriški zvezni državi Maryland. Ivins je bil znan kot vrhunski strokovnjak za raziskave antraksa in je pomembno sodeloval v razvoju vakcin proti Bacillus anthracis (B.a.), povzročitelju antraksa. Po poročilih medijev naj bi Ivinsu grozil sodni pregon zaradi suma, da je bil v ozadju bioteroristične napada iz jeseni leta 2001, kmalu po terorističnem napadu na WTC v New Yorku, ko je neznanec razposlal na več naslovov pisemske ovojnice s sporami B. a., zaradi česar je zbolelo več kot 20 ljudi in pet jih je tudi umrlo.

Več kvalitetnih informacij o omenjenem napadu najdemo v članku objavljenem leta 2006  v reviji Applied and Environmental Microbiology, avtorja D. J. Beecherja iz laboratorijev agencije FBI.       

Akademsko raziskovanje GSO je ogroženo

V razpravah o GSO v javnosti skoraj po pravilu srečujemo nestrpen odziv in odklanjanje te tehnologije v kmetijski rabi pri čemer pa lahko pogosto zaslutimo korenine nasprotovanja v podmeni iz ozadja, da za vsem stojijo zgolj kapitalski interesi multinacionalk, ki obvladujejo agrarni trg. Da je odpor javnosti, zlasti tiste, ki sega po bolj militantnih sredstvih, kot so npr. uničevanja poskusnih polj, posebno moteč za akademsko raziskovanje, ki mu ni mogoče očitati vpletenosti kapitala, opozarjajo številne univerzitetne ustanove. Profesor Howard J. Atkinson iz Univerze v Leedsu je nedavno sprožil pobudo za spremembo zakonodaje o eksperimentalnem preverjanju GSO rastlin v poljskih poskusih, ki bi naj preprečila uničevanje eksperimentalnih polj. Profesor Atkinson je že pred časom jasno izpostavil svoja stališča o pomenu raziskav, s katerimi iščejo možnosti za učinkovitejšo, pred boleznimi manj ogroženo proizvodnjo ključnih prehranskih kmetijskih kultur. Ta naj bo primarno utemeljena na ohranjanju znosnih cenovnih okvirov in na razvoju varnih prehranskih virov ter na zagotavljanju novih možnosti pridelave hrane tudi v področjih, ki so manj primerna za pridelavo hrane in so večinoma področja v deželah v razvoju. Akademske raziskave so ključni vir pri iskanje novih poti za razvoj takih rastlin, istočasno pa najbolj kredibilno orodje za preverjanje vseh pomislekov iz nabora ključnih zahtev varnosti kot so okoljska, zdravstvena in socialno strukturna. Slabljenje zaupanja v akademsko okolje, ki ga na eni strani razjeda pogosto neutemeljena kritika javnosti, na drugi strani pa moti pri raziskovalnem delu nasilniško obnašanje civilnega odpora, jemlje seveda predvsem možnost pridobiti objektivno vednost, ki jo prav kritiki GSO prednostno zahtevajo. Prof. Atkinson posebej poudarja, da ob tem ko je moteno raziskovanje v akademskih projektih, si komercialne firme zlahka zagotovijo nemotene možnosti poljskega preskušanja svojih kultivarjev.

Več kot zgolj začimbe

Začimbe kot origano, timijan, cimet in klinčki, kot kažejo razsikave, s svojimi oljnimi in drugimi sestavinami učinkovito ustavljajo rast celo tako zoprnim patogenom kot so sevi bakterije Escherichia coli O157:H7. To seveda odpira nove možnosti uporabe teh prehranskih dodatkov pri konzerviranju živil.

Wiki bioloških poti

Dobili smo spletni pripomoček, ki smo se ga naravoslovci zelo razveselili, namreč zbirko bioloških poti Wikipatways. Orodje, ki bo s svojo grafično in tekstovno obliko in z odprtokodno paradigmo proste dostopnosti tako za oblikovalce kot za uporabnike vsebin zelo privlačno. Seveda bo wiki zelo uporaben tudi v učnem procesu. Članek v PLoS Biology pa vas bo tudi natančneje seznanil z namenom in uporabnostjo nove spletne pridobitve. 

Kalifornija prepoveduje trans maščobe

Včerjašnji članek v New York Times me je vsekakor presenetil.  Guverner A. Schwarzenegger je podpisal zakon o prepovedi uporabe trans maščob v restavracijah in v proizvodnji živil; s tem je Kalifornija prva zvezna ameriška država, ki se je odločila za tako rigorozno potezo.

Trans maščobe po novejših spoznanjih povečujejo riziko za razvoj koronarnih bolezni, saj dvigajo raven t.i. "slabega" (LDL) holesterola in zmanjšujejo raven "dobrega" (HDL) holesterola.

Helicobacter pylori

Analiza DNA vzorcev vsebine želodca pri mumiji iz severa Mehike, objavljena v BMC Microbiology, dokazuje, da bakterija Helicobacter pylori ni prispela na ameriška tla s Kolumbom, ampak je tam že bila prisotna prej.

Ob tem velja omeniti, da je revija BMC Microbiology iz nabora revij odprtega dostopa, močno izboljšala svoje mesto v Thomson Reutersovem Journal Citation Report, kjer je zdaj z IF 2,98 med 94 revijami iz področja mikrobiologije na 27. mestu.

In ko smo že pri bakteriji H. pylori nas je iz ZDA dosegla presenetljiva vest v kateri tej bakteriji pripisujejo vlogo pri preprečevanju astme. Raziskovalci iz Univerze New York (Langone Medical Center) so v reviji The Journal of Infectious Diseases objavili podmeno, ko naj bi zaradi različnega imunskega statusa nosilcev in tistih, ki niso nosilci helikobakterja pri prvih, torej nosilcih, opazovali značilno manjšo pojavnost astme. Medtem ko se pogostost astme in drugih alergijskih stanj v zadnjih letih v razvitem svetu povečuje, H. pylori zaradi obsežne uporabe antibiotikov in višjih higienskih standardov izginja iz človekovega prebavnega trakta.

Vonj zemlje

Značilen vonj zemlje, ki postane zlasti intenziven ob oranju, pripisujemo dvema spojinama: geosminu in metilizoborneolu, ki sta produkta streptomicetnih bakterij. Raziskovalca ameriške Univerze Brown D. Cane in Chieh-Mieh Wang sta uspela določiti gene, ki določajo sintezo teh dveh spojin uvrščenih med terpene. 

Virus Marburg ponovno v Evropi

V NewScientistu beremo, da se je po štirih desetletjih v Evropi ponovno pojavil virus Marburg, natančneje bolnica, ki je obolela za hemoragično virusno vročico (mrzlico?) Marburg.

40-letna bolnica, ki je umrla v bolnišnici v nizozemskem mestu Leiden 11. julija je bila tam (karantensko) hospitalizirana 5. julija potem ko so se pri njej tri dni prej pojavili znaki vročičnega obolenja. Bolnica se je nekaj dni predtem vrnila iz Ugande, kjer je med 16. in 19. junijem obiskala tudi jame, kar je morda vzrok okužbe z virusom (sum pada na netopirje v jamah). Virus Marburg je bližnji sorodnik virusa Ebola, prav tako povzročitelja smrtno nevarne hemoragične vročice.

Več o virusu in zaščiti pred njim lahko najdete v citiranem članku.

Slovenska strokovna blogosfera zopet bogatejša

Na slovenskem spletu se nam je pridružil s svojim blogom "Kavarna ob robu vesolja" Nejc Jelen, ki ga bralci tiskanih časniških naravoslovnih vsebin dobro poznamo.

Dobrodošel v blogarskem vesolju in prepričan sem, da njegovi "kavarniški" prispevki ne bodo prav nič "ob robu vesolja", ampak prav v njegovem središču, kot smo ga navajeni.

Še o nevarnih živilih

V navezavi na novico o okužbah s salmonelo, ko naj bi vzrok tičal morda v paradižnikih, naj opozorim na prispevek dr. P. G. Auwaerterja iz Univerze Johns Hopkins, ko razpravlja o najpogostejših vzrokih okužb s prehranskimi izdelki. V nasprotju s prevladujočim mnenjem, da so nevarni zlasti meso in mesni izdelki, nas Auwaerter pouči, da sta v ZDA to predvsem sadje in zelenjava. Tudi zaradi specifičnega izvora teh živil (uvoz) in posebnih načinov priprave, kjer je seveda v ospredju uživanje v presni obliki.

Oglejte si njegov video na Medscapeu, je pa potrebna za ogled (brezplačna) registracija.    

Nove komunikacije v biologiji

Bora Zivkovic nas opozori na delavnico o "Novih komunikacijskih kanalih v biologiji", ki je 26. in 27. junija letos tekla v San Diegu (ZDA). Na spletu organizatorja lahko zdaj spremljate video posnetke vseh 20 predavateljev. 

Genom tobaka

Raziskovalci iz Univerze North Carolina so zaključili petletni, 17,6 milijonov dolarjev vredni projekt genoma tobaka (Nicotiana tabacum).

Določili so nukleotidno zaporedje genoma v velikosti 4,5 milijarde baznih parov, kar je nekako 1,5 krat več kot je velik človekov genom; zgolj 20 do 25% od tega so seveda genske determinante. Eden od vodij projekta, C. Opperman, pravi da so doslej opredelili več kot 95% področij, ki predstavljajo zapise genov. Ocenjuje, da ima genom tobaka okoli 36,000 genov in za približno polovico teh lahko že predvidijo identiteto.

Genski zapis bo na voljo na spletu preko NIH/NCBI baze GenBank Web strani in na spletu Univerze NC.

Navadni tobak je rastlina, ki poleg znanega ekonomskega pomena predstavlja pomemben model za rastlinske študije. Njegov genom se zdaj pridružuje drugim že znanim rastlinskim genomom, poleg riževega so to še genomi Arabidopsis thaliana, Medicago truncatula in Lotus japonicus, medtem ko je delo na razkritju genomov koruze, soje, paradižnika in krompirja še v teku.

Časovnica življenja

Prav lahko se zgodi, da bomo morali popravljati časovnico o zgodnjem nastanku življenja. Kot pravi mineralog T. Geisler iz Univerze v Münstru (ZRN), naj bi življenje obstajalo 750 milijonov let dlje od tega, kar je veljalo doslej. Raziskovalci so namreč v najstarejših mineralnih depozitih iz Avstralije, ki datirajo več kot 4,25 milijarde let nazaj, v obdobju torej, ki ga v geološki časovni lestvici poimenujemo kot had, odkrili posebno lahke izotope ogljika, ki so lahko indikator življenja.

Prioni in čiščenje odpadne vode

Prioni, infektivne beljakovine, ki so npr. vzrok tudi za bolezen BSE, lahko, sodeč po raziskavah J. Pedersena iz Univerze Wisconsin–Madison v ZDA, preživijo tudi proces čiščenja odpadnih vod. Res so eksperimentalni model obremenili s precej večjo koncentracijo prionov, kot jih običajno lahko pričakujemo v odpadnih vodah. Po prehodu najprej skozi aerobni del in nato še anaerobni del procesa čiščenja, v očiščeni odpadni vodi ni bilo mogoče dokazati prionskih delcev, ugotovili pa so jih v muljnem preostanku.

Če vemo, da se, sicer le v redkih primerih, stabiliziran mulj čistilnih naprav uporablja za gnojenje v kmetijstvu, dobljeni podatki seveda predstavljajo resno svarilo pred takšno prakso.

Salmonela straši v ZDA

Ameriška Uprava za živila in zdravila (The Food and Drug Administration - FDA) je aktivirala svojo Mrežo odziva ob prehranskih  nevarnostih (Food Emergency Response Network). S tem so k svojim siceršnjim kapacitetam dodali 100 laboratorijev širom ZDA v preiskavi nedavnega izbruha salmoneloze. Od sredine aprila je doslej zbolelo že 869 ljudi s 107 hospitalizacijami.

Omenjeno mrežo, ki so jo ustanovili po 11. septembru 2001 ob znanih terorističnih dogodkih, so doslej uporabili le trikrat, leta 2006 ob razširjanju bakterije Escherichia coli v pakirani špinači, leta 2007 ob kontaminaciji hrane za družne živali z melaminom in ob tokratnem nepojasnjenem razširjanju salmonel. Kljub začetnemu sumu o njihovem izvoru v paradižnikih, ki se kasneje ni izkazal za povsem prepričljivega, zdaj preiskujejo tudi druga živila, ki jih običajno jemo s paradižniki.

Mandlji kot prebiotiki

Prebiotike imenujemo neprebavljive sestavine v hrani, največkrat so to oligosaharidi, ki s tem, ko podpirajo rast koristnih mikroorganizmov (tudi probiotikov) v prebavilih, ugodno vplivajo na zdravje gostitelja. Nove raziskave kažejo, da so učinkoviti kot prebiotiki mandlji, ki jim tudi sicer pripisujejo kar nekaj zdravilnih učinkov, med drugim naj bi zniževali raven holesterola. 

Pasti "biološke" reje

Nekoliko presenetljiv zapis v reviji New Scientist nas opozarja, da t. i. biološka reja domačih živali morda prinaša nepričakovane vzporedne nevarnosti.

Raziskovalci na Univerzi Ohio State so namreč ugotovili imunska protitelesa proti bakterijam rodu Salmonella pri 39 % prašičev rejenih v svinjakih in z dodatkom antibiotikov h krmi ter pri 54 % prašičev v t. i. "organski" reji na prostem s krmo brez antibiotikov. To odpira seveda dilemo: redno dodajanje antibiotikov v krmo povečuje tveganje razširjanja na antibiotike odpornih bakterij, v biološki reji brez antibiotikov pa je pri živalih v večji meri ugotovljeno nosilstvo salmonel, ki povzročijo npr. samo v ZDA letno milijon toksikoinfekcij s hrano.

Prav tako so pri živalih v prosti reji odkrili povečan obseg okužb s parazitom Toxoplasma in presenetljivo tudi okužbe s parazitom Trichinella, ki velja v ZDA za izkoreninjeno pri klasični hlevski reji.

Genom kakavovca

V povezavi industrije čokolade Mars Inc., računalniškega giganta IBM in ameriškega ministrstva za kmetijstvo (USDA) naj bi se lotili določitve genoma kakavovca (Theobroma cacao) s ciljem izboljšati možnosti za učinkovitejše žlahtnjenje rastline na kateri temelji trg vreden 5 milijard dolarjev. V NCBI bazi rastlinskih genomov lahko vidimo, da je del genskega mapiranja kakavovca že v opravljen.

Evropski izvor lymske biorelioze

Angleški in ameriški raziskovalci so v skupni raziskavi ugotovili, da ima povzročiteljica bolezni, bakterija iz rodu Borrelia, ki jo dokazujejo v Severni Ameriki, najbrž zgodnje korenine izvora v Evropi. Z raziskavo evolucijske zgodovine, ki jo omogočajo sodobne genetske tehnike, so namreč ugotovili, da med evolucijsko mlajšimi in starejšimi sevi tisti starejši kažejo večjo sorodnost s sevi izoliranimi v Evropi. Raziskovalci sodijo, da naj bi do tega preskoka prišlo nekaj milijonov let nazaj. V vesti najdemo tudi podatek, da je v ZDA ugotovljena le ena vrsta borelij, Borrelia burgdorferi, ki povzroča lymsko boreliozo (ime je bolezen dobila po kraju Lyme v državi Connecticut, ZDA, kjer je bila prvič ugotovljena), medtem ko so v Evropi znane štiri vrste patogenih borelij.

Presenetljiv genski prenos

Da so si preproste prokariontske organizemske skupine v obdobju zgodnje evolucije obsežno izmenjevale genetski material je splošno veljavna teza. Take pojave zasledimo lahko tudi danes. Redkejši pa so opisi prenosa genetskega materiala med prokariontskimi in evkariontskimi organizmi, torej med domenami, o čemer poročajo D. A. Fitzpatrick in sodelavci. Ugotovili naj bi namreč prenos genov med bakterijami in glivo Candida parapsilosis.

Bioetanol manj zanimiv

Laboratoriji se pod geslom biogoriv druge generacije vse intenzivneje posvečajo iskanju poti, po katerih bi namesto bioetanola mikroorganizmi proizvajali dizelske nadomestke. Slabosti bioetanola kot sta relativno manjša energetska gostota goriva in energetsko potratna proizvodnja vzpodbujajo k mikrobni proizvodnji ogljikovodikov, primerljivih tistim v današnjih dizelskih gorivih. Taka proizvodnja naj bi bila tudi okoljsko prijaznejša od sicer konkurenčne kemijske proizvodnje biodizla. Optimistične napovedi govorijo celo o ceni v območju 50 dolarjev za sod (barrel) takega goriva!

Bakterijsko utišanje

Tehnikam genskega utišanja ("gene silencing") se obetajo zanimive naloge tudi pri uravnavanju bakterijske fiziologije. Napovedujejo možnosti učinkovitejšega nadzora trdovratnih infekcij z utišanjem antibiotskih rezistenčnih genov  pa seveda tudi v različnih industrijskih uporabah mikroorganizmov, kot je trenutno zelo aktualna proizvodnja biogoriv.

Virusi proti raku

Virusi genetsko prilagojeni tako, da lahko uničijo rakave celice predstavljajo obetavno strategijo za zdravljenje posebno zločestih možganskih tumorjev kot so glioblastomi. Žal telesni obrambni sistem pogosto izloči viruse preden lahko ti pomembneje prizadenejo tumorsko tkivo. Novejše raziskave kažejo tudi, da se ob uničenju rakavih celic z virusi sproščajo proteini, ki vzpodbudijo rast novih krvnih žil v tumorskem tkivu in obnavljajo tumorsko rast.

Zadnje predavanje

V petek sem pri mikrobiologih v drugem letniku imel zadnje predavanje v svoji učiteljski karieri. No, upam, da samo zadnje predavanje v formalnem okviru, s koncem tega semestra v septembru se namreč upokojim. Študentom sem se zahvalil, ker so mi bili zadnji avditorij in aplavz je bil prijazno priznanje, v kratkem klepetu v nadaljevanju pa sem tudi lahko zaslutil, da so razumeli moje občutke...

Hujšajmo z bakterijami

Vse pogostejša so poročila raziskav o vplivu črevesne flore na debelost človeka. Tako so na Medicinski šoli Univerze Stanford uspeli z dodajanjem probiotičnih bakterij učinkovito podpreti kirurško rešitev želodčne premostitve pri zmanjševanju telesne teže ob tem da so tako tudi omejili komplikacije, ki spremlja kirrurški poseg.

Mikrobno bogati morski sedimenti

Pred leti so nas presenetile najdbe živih mikroorganizmov globoko v celinskih tleh, tudi v območjih skalne osnove tal v globini nekaj kilometrov. Zdaj se slika mikrobne poselitve planeta dopolnjuje z ugotovitvami mikrobne pristnosti globoko pod morjem. Celo 70% vseh na zemlji živečih mikroorganizmov naj bi živelo v morskih tleh, v porah kamenin. Biogeokemik K. J. Edwards iz USCLA je s sodelavci ugotovila, da gram podmorskega talnega bazalta vzhodnega Pacifika vsebuje med 3 milijoni in milijardo mikroorganizmov, medtem ko kubični centimeter v morski vodi nad temi tlemi vsebuje vsega od 8.000 do 90.000 mikroorganizmov. Tudi različnost združbe bakterij in arhej je skromnejša v morski vodi z okoli 12 različnimi mikrobnimi vrstami ob 440 vrstah v bazaltnih tleh.

V podobni študiji so nedavno  R. J. Parkes in sodelavci iz Univerze Cardiff analizirali vzorce podmorskih sedimentov v globini med 860 in 1626 metri na področju Nove Fundlandije. Po njihovih najdbah naj bi kubični centimeter teh sedimentov v porah naseljevalo milijon in pol mikroorganizmov. Nekako 60% teh celic je bilo živih.

Poseganje v celično strukturo

Švicarski raziskovalci so dokazali, da je mogoče spreminjati celične funkcije tudi brez poseganja v celični genetski zapis. Celice evkariontskih organizmov vsebujejo celične razdelke (kompartmente) t. i. organele, ki v celici opravljajo posebne presnovne naloge. Raziskovalcem na Univerzi Basel je uspelo v celico vstaviti umetne polimerne organele, tako da so izkoristili sposobnost nekaterih celic npr. makrofagov, da požro ("fagocitirajo") delce iz okolice. Podtaknili so jim torej polimerne kapsule, ki so vsebovale encime in po vstopu v celico jim je uspelo dokazati, da so encimi bili tudi znotraj celice funkcionalni. Celici so tako zagotovili novo vlogo in avtor W. Meier ji je zato tudi dal ime "nanoreaktor".

Mikrobna združba prebavil je usmerjala evolucijo

Živahno raziskovanje mikrobne poselitve prebavil živali in človeka, ki smo mu priča zadnja leta, ponuja vse več dokazov, da so mikroorganizmi, ki stalno naseljujejo prebavni trakt, pomembno, če ne odločilno prispevali k evoluciji sesalcev. Kar nas seveda ne sme začuditi ob vrsti vplivov, tako v prebavi in presnovi ter pri obrambnih funkcijah gostiteljskega organizma.   

BLOGRES 2.0

Tudi letos se bomo blogerji srečali na slovenskem blogerskem kongresu, drugem BLOGRESu. Se še spomnite lanske prve prireditve; mislim, da je uspeh lanskega dogodka razlog letošnjega nadaljevanja. In prepričan sem, da bo letošnje srečanje ponoven uspeh, tudi zato ker blogosfera nezadržno raste. In blogerji se vendarle znajo družiti tudi "v živo". Če še niste bloger, pridite 20. in 21. junija na Blogres in skoraj bi upal staviti, da se boste pridružili aktivnim blogerjem.

Mikrobiološke spletne strani

Poleg liste spletišč, koristnih za mikrobiološko izobraževanje, ki ga je pripravil EDU forum Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM), najdemo na spletu ASM tudi uradni in širši indeks mikrobiološko tematiziranih spletnih strani, ki ga člani društva stalno dopolnjujejo.

Pa še nekaj za ljubitelje mikrobioloških blogov:
http://www.horizonpress.com/blogger/
http://wordpress.com/tag/microbiology/
http://dir.blogflux.com/tag/microbiology

Kronobiologija pri mikroorganizmih

Kronobiologija je področje znanosti, ki preučuje periodične (ciklične) pojave pri živih organizmih povezane s sončnimi in lunarnimi ciklusi (cit. po wikipediji). Bloger Coturnix je pripravil petdelno serijo zapisov na temo kronobiologije v katerih se ukvarja s cianobakterijami: prvi o splošnih zakonitostih cirkadičnih ur, drugi o cirkadični uri pri Synechococcus elongatus, tretji o adaptivnih funkcijah pri cianobakterijah, četrti o cirkadičnih urah pri cianobakterijah. 

Prihodnost biotehnologije

Blog Technut News nam predstavlja svoje videnje 15tih razvojnih usmeritev v biotehnologiji, ki bodo spremenile naš svet. 

Kako se skriva povzročitelj tuberkuloze

Raziskovalci na Univerzi British Columbia in na Coastal Health Research Institute iz Vancouvra so odkrili, kako se bakterije tuberkuloze skrivajo in razmnožujejo v človeškem telesu.

Mycobacterium tuberculosis (M.t.) okuži telesne obrambne celice, makrofage. Običajna naloga makrofagov je, da "požro" vsiljive bakterije in jih encimsko razgradijo. M.t. pa proizvaja protein, ki to sposobnost makrofagnih celic izniči, bakterije se v celici pritajijo in razmnožujejo. S prepoznavo tega proteina bodo zdaj lahko okužene celice v telesu identificirali in načrtujejo tudi proizvodnjo protiteles proti temu specifičnemi mikobakterijskemu proteinu.

Tuberkuloza je po smrtnosti še vedno vodilna med infekcijskimi boleznimi v svetu. Po podatkih WHO se v svetu pojavi vsako leto deset milijonov novih primerov tuberkuloze in letno umre dva milijona bolnikov.

iGEM 2008

Naj vas opozorim na zapis v Novih biologijah.

4. kongres Slovenskega mikrobiološkega društva

Med 19. in 22. novembrom letos nas vabi k obisku že 4. kongres Slovenskega mikrobiološkega društva, ki bo pod geslom "Microbiology for today" izveden v Portorožu. Več o dogodku lahko najdete na kongresni spletni strani.