Dobrodošlica blogu

Z navdušenjem pozdravljam prihod novega strokovnega bloga na sceno slovenske blogosfere (upam, da s trditvijo, da je nov ne zavajam). Blog z imenom ZNANOST @ CLOVESTVO.EDU domuje  v Delovi blogarski druščini. Avtorju s psevdonimom kvark želim veliko zadovoljstva v njegovem poslanstvu.

Morska mikrobna raznovrstnost

Objava o ugotovitvah raziskovalcev mednarodne mreže ICOMM v julijski številki ameriške revije Proceedings of the National Academy of Sciences journal sporoča, da je mikrobna raznovrstnost morskih okolij 10 do 100 krat večja, kot je veljalo doslej. Ob sorazmerno majhnem številu različnih vrst, ki prevladujejo v vzorcih, prispeva več tisoč vrst v majhni gostoti (t. i. redka biosfera - ‘‘rare biosphere’’) k veliki pestrosti okolja. Starost te biosfere prispeva neizčrpen vir genomske inovacije. Več o projektih raziskav morskih ekosistemov lahko najdete na straneh Census of Marine Life (COML) skupaj s projektom baze OBIS, International Census of Marine Microbes (ICOMM) in mreže Marine Biodiversity and Ecosystem Functioning (MARBEF).  

Zares uspeh

Naš študent mikrobiologije Rok Tkavc mi je poslal zares razveseljivo novico. Posredujem jo kar v celoti:

6 študentov mikrobiologije (5 študentov tretjega letnika in 1 iz četrtega), 1 študent biokemije in 2 študenta fizike je bilo izbranih za sodelovanje pri projektu iGEM 2006 (International Genetically Engineered Machine competition). Praktično delo v laboratoriju poteka že od junija, v začetku novembra pa se bomo udeležili srečanja vseh ekip na MIT-u in svetu predstavili svoje delo (in jih pravtako informirali, da Slovenija ni Slovaška ali pa Transilvanija :-) ).
iGEM 2006: http://parts.mit.edu/wiki/index.php/Main_Page
Stran slovenske ekipe: http://parts.mit.edu/wiki/index.php/University_of_Ljubljana_&_National_Institute_of_Chemistry,_Ljubljana,_Slovenia_2006

Zares izjemen dosežek! Iskreno čestitam!

Na lov za novicami

Je čas počitnic, vsi študijski pogoji so narejeni; zunaj trenutno dežuje! Kako primeren čas za brskanje po spletu. Zato naj vas opozorim na nekaj naslovov, kjer boste našli zanimive novičke iz sveta mikrobiologije. Microbes.info, sem že pred časom omenil. Na portalu Topix.net boste našli aktualne novice pa tudi dostop do tematskega foruma. Založba McGraw Hill ob najavi svojega učbenika ponuja tudi spisek Microbiology in the News. Tudi za radovedne je Suite 101, elektronski portal, kjer mikrobiološko stran ureja  N. R. Chamberlain, znan in učinkovit info promotor za mikrobiologijo. Podoben portal z zelo zanimivimi sporočili je na BrightSurf.com, na katerega se lahko tudi naročite preko RSS. In seveda ne moremo mimo ameriškega mikrobiološkega društva (ASM), ki na svoji strani Media Information prinaša novice, kratka poročila, izvlečke pomembnih člankov in še marsikaj. Za danes toliko, če pa kdo od bralcev najde zanimivo stran naj jo sporoči, na koncu tega zapisa kliknite na comments in pustite sporočilo... Vabim vas pa seveda, da se oglasite tudi če imate kakšno kritiko, pripombo, nasvet; vse je dobrodošlo.

Obsevane vakcine

Po reviji Scientific American povzemam: Od časov Louis-a Pasteur-ja delujejo vakcine po principu, da z vbrizganjem mrtvih ali oslabljenih patogenov v telo priučimo imunski sistem za borbo proti njim. Vendar vakcine iz oslabljenih mikroorganizmov potrebujejo do uporabe trajno ohlajanje, take iz ubitih mikrobov pa izzovejo ponavadi slabši imunski odziv, kar zahteva večkratno »poživilno« dajanje vakcine. Nove raziskave pa obujajo staro idejo - ubijanje mikroorganizmov z obsevanjem z gama žarki -  ki obeta, da obsevane vakcine zagotavljajo močno imunsko zaščito.

Priprava arom

Priprava različnih arom, ki so v uporabi npr. v prehranski ali kozmetični industriji in temeljijo na naravnih ali umetnih sadnih okusih in vonjih, je neredko zahtevna in tudi ni poceni. Morda bo pot k učinkovitejši proizvodnji skrajšala priprava arom s pomočjo mikroorganizmov, v katere bi vnesli genski zapis za njihovo izdelavo in jih nato pripravljali v biotehnološkem fermentacijskem postopku.      

Razširjanje življenja v vesolju?

Najdba meteoritov na Zemlji, ki bi naj izvirali iz Marsa je v devetdesetih letih prejšnjega stoletja sprožila veliko ugibanj, da je to morda možnost raznosa življenja v medplanetarnem, morda celo v medzvezdnem prostoru. Zdaj ponujajo še drugo tezo. Elektroinženir Dehel je namreč izračunal učinek elektromagnetnega polja na bakterijsko celico z električnim nabojem. Dokazal je, da bi bakterija zlahka zapustila zemeljsko gravitacijo zaradi vpliva podobnega elektromagnetnega polja, kot ga povzroča znan fenomen avrore. In ker že imamo tudi poročila, da lahko bakterije preživijo pogoje v medplanetnem prostoru, to seveda krepi spekulacije o razširjanju življenja po tej poti na velike razdalje.

Nova genomska koda?

Povsem mogoče je, da bomo morali prav kmalu spremeniti dosedanjo predstavo o genski kodi na ravni aminokislinske prepoznave in dodati nov kodirni ključ za prepoznavo proteinskih enot, kot napoveduje članek Segala in sod. v revije Nature. Novi ključ  naj bi določal položaj nukleosomov, majhnih proteinov v jedrovini, okoli katerih se navija DNA trak. Nukleosomi dednino varujejo in nadzorujejo dostop do nje. Če bo odkritje potrjeno, naj bi razkrilo kontrolo aktiviranja genov, mehanizma, ki je vezan na delovanje transkripcijskih faktorjev. Nukleosomska koda naj bi kot nadgrajena koda morda tudi pojasnila smisel navidez odvečnega kodiranja posamezne aminokisline z različnimi nukleotidnimi tripletnimi kodami.

Kongres FEMS

Kot gotovo veste, je bil 2. kongres evropskih mikrobiologov med 4. in 8. julijem v Madridu (Španija). Spomnim naj, da je bil prvi kongres leta 2003 v Ljubljani in da bo tretji kongres v Göteborgu (Švedska) v juniju/juliju 2009. Značilno za take dogodke je seveda, da se močno predstavita zlasti znanost in stroka vsakokratne države prirediteljice. Mislim, da so Španci to dobro izkoristili. Na hitro sem »prečesal« nabor predavateljev na simpozijih kongresa in skušal ugotoviti koliko jih je nastopilo za posamezno državo. Španija je tako uspela ponuditi največ predavateljev: 47. Sledijo Nemčija s 36 nastopi, Francija 27, Velika Britanija 20, Nizozemska 14, Izrael 10, Portugalska 9, Italija 7, Danska 5, Švica 5, Belgija 4, Norveška 3 Švedska 3, Avstrija 2, Irska 2, Poljska 2. Slovenija je bila z 1 referatom v dobri družbi še s Češko 1, Finsko 1, Grčijo 1, Hrvaško 1, Islandijo 1 in Slovaško 1. Kongres je imel tudi globalno razsežnost in predavatelji so prišli praktično z vseh kontinentov: iz ZDA 14, Avstralije 3, Rusije 2, Kitajske 2, Brazilije 1, Čila 1, Mehike 1, Nove Zelandije 1 in Tunisa 1.

O varnosti

Na naši fakulteti (BF) smo po dolgem času doživeli, da smo pričeli nekoliko več pozornosti posvečati varnosti pri delu, tako sodelavcev kot študentov. ZVD je pripravil predavanja za vse sodelavce ustanove, opravljen pa je bil tudi strokoven pregled dejavnosti, prostorov in opreme. Zelo priporočljiv ukrep (!!!), zlasti če bo spremljan tudi z večjim, predvsem pa učinkovitejšim vlaganjem v ustrezno infrastrukturo. Pozornost pa mi je zbudila podrobnost, da je bilo veliko govora o varovanju pred nevarnostmi fizikalnih in kemijskih vplivov, skoraj pa ni bila omenjena biološka (ne)varnost. Zelo različno kot se tega lotevajo npr. v ZDA, kjer je bila nedavno izvedena vsenacionalna kontrola, kako univerze skrbijo za varnost pred »izbranimi dejavniki« (angl. »select agents«), kamor štejejo seveda ali celo predvsem biološki dejavniki. No tudi v ZDA inšpektorji niso bilo povsem zadovoljni z najdenim, kot o tem piše e-revija Insidie Higher Ed in kot je mogoče prebrati v inšpekcijskem poročilu.

Bakterije zlatokopi

Avstralskim raziskovalcem pod vodstvom F. Reitha je uspelo z vrsto preskusov močno okrepiti predvidevanja, da bakterije pomembno sodelujejo pri oblikovanju zlatih zrnc v zlatonosnih tleh, kot lahko preberemo >tukaj in >tukaj. Osumljena je bakterija Ralstonia metallidurans, ki naj bi s fiksacijo zlata v zrncih odstranjevala kovino, strupeno za druge mikrobne partnerje v ekosistemu.

Arheje (ni)so patogene?

Doslej je veljalo, da v mikrobni domeni Archaea ne najdemo patogenih mikrobov. Sedaj pa Hans-Peter Horz in sod. poročajo, da so pri preučevanju mikrobne ekologije okuženih zobnih koreninskih kanalov z metodo kvantitativne PCR v realnem času odkrili arhejske sekvence (J. Clin. Microbiol., 44, april 2006, str. 1274-82). Zdravi koreninski kanali so po Horzu sterilna okolja, mikrobi, ki jih tam najdemo naj bi torej imeli lastnosti patogenih mikroorganizmov za prodor vanje in za izmikanje imunski obrambi gostitelja. Seveda bi bilo prezgodaj, da bi z gensko sledjo najdene predstavnike vrste Methanobrevibacter oralis nedvoumno opredelili za patogene mikrobe v kontekstu izpolnitve Kochovih postulatov; za to bodo nedvomno potrebne dodatne raziskave.

Biology News Net

Imate izkušnje s forumi, radi razpravljate s somišljeniki, potem je pravi naslov za vas forum Biology News Net. Med drugim ima tudi tematska polja o mikrobiologiji, bioinformatiki, biotehnologiji in več drugih. Vendar pa preden se vključite preberite navodila, ki jih najdete na strani FAQ.

E-učbenik Genetike

V kolikor ne prebirate bloga KeBi03 (in delate napako!), kjer sem našel naslednjo informacijo, naj vam vseeno zaupam povezavo do novega slovenskega e-učbenika Genetike dr. Tomaža Amona.  

Povezave...

Na spletnem portalu Connexions, o katerem govorim tudi >tukaj, boste našli obilico učnega gradiva v obliki revijalnih člankov ali pa učnih vsebin, pomembnih tudi za vede o živem svetu. Nekaj primerov preglednih vsebin (z imenom moduli), ki omogočajo tudi vstop v forumsko razpravo: A Brief History of Life on Earth, Definition of Biodiversity, Introduction to the Biodiversity Hierarchy, Alpha, Beta, and Gamma Diversity, Spatial Gradients in Biodiversity. Ali pa primera učnih vsebin: Bios 533 Bioinformatics in Bioinformatics-UH course. Poiščite si še kakšno svojo vsebino.

Bakterije za energijo

Mikroorganizmi, konkretno bakterije, naj bi uporabljali elektroprevodne nanožice (angl. »nanowires«) za transport elektronov med celicami, kot lahko preberemo v nedavnem preglednem zapisu v The Scientistu. Za strukturo, ki jo v bakterijski celični anatomiji poznamo kot »pilus«, odkrivajo v mikrobnih filmih dodatno vlogo pri prenosu elektronov in s tem pri posredovanju energije med celicami v mikrobnem skupku. Ob uporabi mikroskopije na tunelski tok (STM) in s tunelsko spektroskopijo so ugotovili pri fotosinteznih cianobakterijah Synechocystis desetine mikronov dolge šope pilusov z veliko elektroprevodnostjo. Gotovo so to novice, ki v trenutno z energetsko krizo senzibiliziranem svetu močno odmevajo.

Tveganost neterapevtske rabe antibiotikov

Poročilo evropskega Inštituta za prehransko tehnologijo (IFT) ponuja zanimiv in nov razmislek o vplivu rabe antibiotikov v prehrani živali na pojavljanje odpornosti bakterij proti antibiotikom. Doslej je veljalo, da je taka raba problematična in so jo v evropskih državah v veliki meri prepovedali. Ekspertno poročilo z nedavnega posveta IFT pa opozarja, da izločitev antibiotikov iz neterapevtske uporabe (izboljšanje rasti, sanitacija, dezinfekcija) lahko pomeni povečanje zdravstvenih problemov v reji živali, posledično pa povečanje uporabe terapevtskih antibiotikov za zdravljenje živali in s tem povečanje neposrednega vpliva na pojavljanje proti terapevtskim antibiotikom odpornih mikroorganizmov.

Obeti za zdravljenje črevesnih infekcij

Novoodkriti receptor bakterije Escherichia coli je mogoče blokirati tako, da preprečimo infekcijo, kar je najdba raziskovalcev na teksaški univerzi, ki bo v prihodnje morda omogočila razvoj novega zdravljenje bakterijskih bolezni kot so zastrupitve s hrano, diareje ali kuga.

Perifitna megadiverziteta

Preučevanje mikrobiomov, kot tudi pravimo celotni mikrobni združbi v različnih ekosistemih, je trenutno prava moda, zlasti mu daje krila vse učinkovitejša tehnologija metagenomskega raziskovanja. Modnost ji (ne)hote dajejo tudi zelo odmevni veliki raziskovalni projekti ene velikih zvezd genomike, namreč J. C. Venterja. Danes je v spletu zlahka mogoče prebrati obilico zanimivega o morskih mikrobiomih, talnih mikrobiomih, oralnih mikrobiomih, intestinalnih mikrobiomih…
Izjemno bogastvo mikrobne raznolikosti naj bi po novih objavah skrival brazilski tropski pragozd. Kot lahko preberemo v spletni izdaji revije Scientific American, so brazilski raziskovalci s presejalnim preiskovanjem perifitne (na listni površini) mikrobne združbe napovedali, da naj bi to okolje skrivalo med 2 do 13 milijoni doslej neodkritih mikrobnih vrst.    

Mikrobna genomika

JGI (kar pomeni Joint Genome Institute) povezuje ekspertizo štirih ameriških nacionalnih laboratorijev: Lawrence Berkeley, Lawrence Livermore, Los Alamos in Oak Ridge ter Stanford Human Genome Center na področju genomskega sekvenciranja mikroorganizmov, rastlin in živali. JGI vzdržuje University of California za ameriško ministrstvo za energijo (DOE - Department of Energy). Mikrobiologom bo posebno zanimiva stran Microbial Genomics z bogatim albumom mikrobnih fotografij in opisov: Microbes;  z dostopom do mikrobnih genomov: Assemblies; spiskom sodelavcev na projektu: Collaborators in softawerskim uporabniškim vmesnikom IMG za analizo genomov. Trenutno je na voljo 304 končanih in 131 nedokončanih bakterijskih sekvenc, 27 in 5 enih in drugih iz domene arhej, 12 in 3 evkarijskih sekvenc ter 259 končanih virusnih sekvenc.

Inkubacija prionskih obolenj

S preučevanjem bolezni kuru, za katero vemo, da je povezana s kanibalizmom in jo povzroča prenos prionov, so zdaj določili, da lahko inkubacijska doba prionske infekcije traja tudi preko 50 let. To bi lahko pojasnilo relativno majhno število primerov obolenj, ki jih je povzročil prion vCJD, bolj znanj kot povzročitelj »bolezni norih krav«, pri ljudeh. In bi seveda napovedovalo, da je morda epidemični obseg razširjanja tega obolenja šele pred nami.    

ID tudi v Veliki Britaniji?

Kot lahko preberemo v zadnji številki revije THES se ideje »inteligentnega načrta« (ID) skušajo prikrasti tudi v visokošolske študijske programe v Veliki Britaniji. K sreči se že pojavljajo ugovori uglednih britanskih znanstvenikov. Nekaj o ID sem pisal tudi že v tem blogu.

Koralna smrt

Znanstveniki na kalifornijski Univerzi iz Santa Barbare so ugotovili posreden mikrobni mehanizem v katerem bakterije skupaj z algami ubijajo korale in s tem ogrožajo rast koralnih grebenov. K temu procesu z negativnimi dejavniki pomembno prispeva človek. O projektu raziskav koralnih grebenov najdete več na spletu The Coral Reef Multimedia Project.

Endogeni antibiotik

Kot kaže človeka pred infekcijami sečil varuje telesu lasten antibiotik, protein LL-37, kot so ugotovili raziskovalci na švedskem Karolinska Institutet.

Transgeneza

Na spletu TRANSGen boste našli najrazličnejše podatke, ki se navezujejo na uporabo transgenih organizmov in postopkov genskega spreminjanja v kmetijstvu in živilstvu. Splet je na voljo zgolj v nemškem jeziku. Posebno poglavje je namenjeno tudi uporabi mikroorganizmov, konvencionalnih in transgenih, v prehranski biotehnologijah.

2. kongres FEMS

Mikrobiologom ne bom povedal nič novega. Pa kljub temu naj spomnim, da bo v Madridu med 4. in 8. julijem v organizaciji FEMS izpeljan 2. kongres evropskih mikrobiologov. Ali še pomnimo, da je bil 1. kongres leta 2003 v Ljubljani?

Prijateljski bakteriofagi

»Sovražniki naših sovražnikov so naši prijatelji«. To je ena od misli s katerimi nam profesor Martin Loessner v svojem inavguralnem nastopu ob prevzemu redne profesure na ETH Zuerich predstavlja zanimive možnosti uporabe bakteriofagov pri kontroli patogenih in toksigenih bakterij v živilih. In njegovo predavanje si lahko ogledamo in mu prisluhnemo v živo, zahvaljujoč t. i. ETH E-Collection, o kateri govorim tudi >tukaj (poskrbite le, da boste imeli na svojem računalniku naložen Appleov QuickTime Player).

Praživali vampa in bakterijski patogeni

Raziskovalca R. Rasmussen in S. Carlson iz Nacionalnega centra za bolezni živali (NADC) v Amesu (Iowa, ZDA) predpostavljata, da bi lahko praživali v vampu prežvekovalcev bile rezervoar bakterijskih bolezni  pri živalih. Razloge za trditev sta našla v dveh različnih poskusih. Ugotovila sta, da je bakterijski patogen Salmonella enterica, potem ko sta jo dodala v vampni sok, ki je vseboval praživali, postal posebno virulenten (hipervirulenten) za novorojena teleta. Ugibata, da je morda posredi povečana učinkovitost genomskega otoka SG11, ki naj bi zagotavljal antibiotsko rezistenco za več antibiotikov. Zastavila sta tudi poskus, ko sta zmešala bakterijski sev Salmonella, ki ni bila odporen proti antibiotiku cefriaksonu in bakterijski sev Klebsiella, ki je bil nosilec rezistence proti temu antibiotiku in ju nato izpostavila vampnim protozojem. V kulturi sta kmalu lahko dokazala salmonele odporne proti antibiotiku, klebsiel pa nista več odkrila. Protozoji so namreč klebsiele razgradili, za salmonele pa je znano, da lahko preživijo v praživalih potem, ko jih te použijejo. Raziskovalca zato predlagata, da bi v govejih čredah, kjer se pojavljajo sporadični izbruhi salmonelozne diareje pri teletih, preskusili t. i. defavnacijo živali. Čeprav so praživali stalni in koristni prebivalci vampa, jih lahko z nekaterimi kemijskimi sredstvi tudi začasno pokončamo in temu pravimo »defavnacija«. Znano je, da izločitev protozojev tudi zmanjša metanogenezo v vampu, kar bi istočasno zmanjšalo energetsko izgubo, ki spremlja nastajanje metana v vampni presnovi.

Predstavitev uglednega laboratorija

Sprehod po spletni strani švicarskega samostojnega laboratorija INTERLABOR Belp AG nas ne bo pustil ravnodušne. V Novicah nas obveščajo o aktualnem dogajanju v analitiki farmacevtskih sredstev, živil in okolja. Povezava Analize nas seznani z naborom analitike za katere je laboratorij usposobljen in mednarodno certificiran v segmentih elementarne analitike, mikrobiološke analitike, analiz pesticidov, farmacevtskih sredstev in vitaminov. In potem je tu zelo dragocen nabor Povezav, zares dragocen vir referenčnega materiala.

Metagenom kolona pri človeku

V študiji objavljeni v prvi junijski številki revije Science raziskovalci inštituta za genomske raziskave TIGR poročajo o analizi metagenoma oz. mikrobioma debelega črevesa človeka. V tem pomembnem ekosistemu našega telesa najdemo več kot 1,000 mikrobnih vrst. Prebavno cev, kot pravi prvi avtor članka Steven Gill, polni najobsežnejša in najbolj raznolika mikrobna združba v človeškem telesu od katere je bistveno odvisno naše zdravje. Premik v tej populaciji ima za posledico motnje v presnovi ali pa razvoj različnih bolezni.

Analizo so opravili na fekalnih vzorcih dveh oseb, ki sta bili brez kakršnegakoli zdravljenja v zadnjem letu dni. Pripravili so genetske DNA knjižnice, ki so jih v primeru obeh oseb sestavljali čitalni zapisi 65,059 in 74,462 sekvenc. To je nakazovalo pristotnost več sto bakterijskih filotipov, večinoma iz dveh bakterijskih skupin Firmicutes in Actinobacteria. Dokazali so tudi prevlado sekvence metanogene arheje Methanobrevibacter smithii.
Študija je nedvomno pomemben korak k preučevanju razlik v mikrobni sliki v prebavilih pri različnih obolenjih, kot so Chronova bolezen ali pa rak seveda pa tudi pri iskanju vplivov različnih diet na mikrobno poselitev črecesa.

Več o tem si preberite >tukaj, ali še bolje v originalnem članku revije Science na straneh 1355-1359.

Bakterijska čutila

Skupina raziskovalcev na Univerzi Cornell pojasnjuje mehanizme s katerimi bakterije  zaznavajo spremembe v okolju npr. v koncentraciji kemijskih spojin. Bakterije lahko zaznavajo razlike, ki so vsega 0,1 % spremembe v koncentraciji, torej ko je kapljica razredčena v tisoč kapljicah. Mehanizem, ki zagotavlja tolikšno občutljivost, je temeljen na mrežnem pomnoževanju odziva skupine molekul, ki jih vzbudi ena sama receptorska molekula.

Razumevanje tega kooperativnega mehanizma bi lahko bilo navdih za izdelavo molekularnih orodij, ki bi z veliko natančnostjo zaznavala v okolju bodisi kemijske ali svetlobne vplive, spremembe v ionski moči ali v vrednosti pH. Nekaj več o tem je mogoče prebrati >tukaj ali pa v celoti v majski številki revije Nature Structural and Molecular Biology.

Mikrobiološki portal

Najbrž najobsežnejši in najaktualnejši mikrobiološki portal je Microbes.info, kjer poleg najav dogodkov v mikrobiologiji in obsežnejših člankov najdemo tudi novice iz sveta mikrobiologije. Portal je dragocen tako za študente s ponudbo učnih vsebin, kot za mikobiologe, ki želijo spremljati razvoj in novosti v stroki. Portal ima tudi dobro obiskano forumsko ponudbo.  

Še en mikrobiološki blog

Najbrž bom tudi sam kdaj objavil kakšno novico na katero me bo opozoril blog Complex Medium, svetujem pa tudi vam občasen obisk. Blog je namreč namenjen, kot pravi avtor Ewen M. Callaway prelomnim, privlačnim in podcenjenim novicam iz mikrobiologije in o nalezljivih boleznih.

Hitro odkrivanje ptičje gripe

Kot lahko preberemo v BMC Infectious Diseases je na voljo nova hitra metoda za odkrivanje ptičje gripe. Uporabljena je tehnika PCR v realnem času (real-time PCR), metoda, ki zagotavlja dokaz virusa v 15 minutah. Članek lahko preberete tudi v polnem tekstu.

Reproduktivni parazitizem

Naj prevedem povzetek zanimivega članka, ki poroča o tristranski povezavi bakterije, bakteriofaga in artropoda in odkriva markanten pojav t. i. reproduktivnega parazitizma. Članek je avtorstvu Seth R. Bordensteina in sod. na voljo v odprtem dostopu v reviji PLOS Pathogens pod naslovom »The Tripartite Associations between Bacteriophage, Wolbachia, and Arthropods«.
Povzetek: Simbiontske bakterije, ki se prirojeno prenašajo po materini strani so pogoste med kopenskimi nevretenčarji. Te bakterije okužijo celice reproduktivnih tkiv in lahko imajo pomembne evolucijske in razvoje  posledice za gostitelja.  Pogosto ti prirojeni simbionti vzpostavijo z gostiteljem ugodno razmerje, vendar lahko nekatere vrste sebično spremenijo razmnoževanje nevretenčarja tako da povečajo število okuženih ženskih organizmov (ki so prenašalni spol za bakterijo) v populaciji. Bakterijsko povzročene motnje te vrste so pogin moških organizmov, feminizacija, izzivanje partenogeneze in citoplazemska nekompatibilnost in jih s skupnim imenom imenujemo »reproduktivni parazitizem«. V članku raziskovalci dokazujejo, da je povezava med v biosferi najbolj razširjenim reproduktivnim parazitom bakterijo Wolbachia in parazitsko oso prizadeta z mobilnim elementom – temperatnim bakteriofagom bakterije. V nasprotju z nedavnim poročanjem, ki nakazuje, da naj bi bakteriofag WO-B izzval reproduktivni parazitizem, kvantitativne in ultrastrukturne analize naših avtorjev kažejo, da so litični fagi WO-B letalni in so torej povezani z zmanjševanjem gostote bakterij Wolbachia in z reproduktivnim parazitizmom. Na osnovi svojih podatkov avtorji predlagajo t. i. model fagne gostote po katerem razvoj litičnih fagov specifično vodi v redukcijo in ne v indukcijo reproduktivnega parazitizma. Študija je med prvimi raziskavami, ki kaže na to, da so litični bakteriofagi zamenljivo povezani z gostoto in fenotipom obligatne znotrajcelične bakterije.          

Predavanje

Glede na ugodne odzive na neko prejšnje vabilo tudi tokrat izkoriščam blogovsko pot za obveščanje in vabilo na predavanje NITROGEN FIXATION AND HYDROGEN METABOLISM IN CYANOBACTERIA. Predaval bo prof. dr. Hermann Bothe iz Univerze v Koelnu (Nemčija). Predavanje bo v petek, 26. 5. 2006 ob 11. uri v Biološkem središču, Večna pot 111 v Ljubljani, predavalnica P5. Na predavanje vabi Katedra za mikrobiologijo Oddelka za živilstvo Biotehniške fakultete UL.

Prokariont, da ali ne?

Morda bo potrebno opustiti pojem »prokariont« in koncept binarne delitve živega sveta na ločnici prokarionti/evkarionti. K temu nas nagovarja Norman R. Pace v nedavnem zapisu v reviji Nature. Pojem ni primeren kot taksonomska opredelitev in tudi ne kot evolucijski kazalec. Ostal bi lahko kvečjemu kot opis stanja jedrovine, ki je ne ovija jedrna membrana. Ne pripomore pa k prepoznavi celične evolucijske razvojne poti. Spoznanje o treh temeljnih organizemskih skupinah, kot nam jih razkriva analiza genov ribosomske RNK: Bacteria, Eukarya in Archaea, v časovnem traku ne omogoča uporabe prokariontsko/evkariontskega evolucijskega zaporedja. Ni mesta za enotno (monofiletsko) skupino, ki bi ji lahko dali nalepko prokarionta. Povezovanje bakterij in arhej na imenovalcu primerljive organizacije jedrovine zavaja, ko skuša izraziti filogenetsko povezanost. Arheje so veliko bolj sorodne z evkarionti kot z bakterijami. (Kolegu Odiču hvala ker me je opozoril na članek).

Biomasa za gorivne celice

Energetska prihodnost je vedno resnejša skrb nacionalnih gospodarstev, alternativni energetski viri so znova visoka prioriteta R&R načrtov razvitega sveta. Med številnimi rešitvami izrabe odpadne biomase v energetske namene postaja vse zanimivejše njeno izkoriščanje v gorivnih celicah. O tem nas obveščajo novičke v reviji Scientific American in nas tudi napotijo na originalne članke: >tukaj , >tukaj in >tukaj.  

Magnetotaksija

Magnetotaktične bakterije so nedvomno presenetljiv mikroben fenom, zlasti ker ni mogoče zlahka pojasniti razlogov njihovega obnašanja. Nekaj o tem pojavu lahko preberemo v blogu Afarensis, dodan je tudi slikovni material in še povezava do članka v reviji Science. Mene pa zopet muči jezikovna dilema: ali »taksija« ali »taksa«? V Mikrobiološkem slovarju SMD imamo »taksija« (glej npr. kemotaksija).

Od dalec...

Naj se svojim pridnim dopisovalcem in komentatorjem opravicim za daljsi presledek med javljanji in tudi za to, da v zadnjem tednu nisem izbrskal nobene novice. Razlog je, ker se oglasam iz nekoliko oddaljene lokacije - trenutno sem v San Franciscu in ker sem zelo "zaposlen" s prestevilnimi obveznostmi - o tem nekaj vec, ko se vrnem. Je pa prijetno na taksno razdaljo ostati v stiku z domaco "siblogarsko" sceno. Svoje studente(ke) pa naj ponovno spomnim, da se neusmiljeno bliza datum oddaje seminarjev!

Zaščita z mlekom

Pojdite na KEBI03: dober link na temo protimikrobne zaščite.

Z računalniki nad pandemijo

Po Science Daily povzemam dele članka:
»V vašem mestu imate 48 ur časa, da vakcinirate vse prebivalce, določite kje boste locirali zdravstvene kapacitete, ugotoviti morate koliko zdravstvenih delavcev potrebujete in kako boste z razpoložljivimi (omejenimi) bolnišničnimi kapacitetami oskrbeli dvomilijonsko mesto… Logistika take naloge predstavlja vrtoglavo načrtovanje… In tej nalogi naj bi zdaj pomagal računalniški program RealOpt, ki so ga razvili na univerzi Georgia Tech in je temeljen na kliničnem modelu, ki so ga pripravili v ameriških Centrih za nadzor in preprečevanje bolezni (Centers for Disease Control and Prevention - CDC). Pomagal naj bi državnim, pokrajinskim in mestnim oblastem pri planiranju ukrepov za obvladovanje infektivnih bolezni naravnega ali s človekom izzvanega izvora…«

Bakterijsko lepilo

Kot pišejo v Nature Physics, izdelujejo najmočnejše lepilo bakterije Caulobacter crescentus. Ugotovili so, da glikoproteini s katerimi se te bakterije pripenjajo na površino, ko oblikujejo bakterijsko trato (rečemo ji tudi biofilm) v vodnih okoljih, vzdržijo vlek 70 newtonov na kvadratni milimeter, medtem ko se današnja »super« lepila upirajo le do 25 newtonov/mm2.    

HGT in filogenija

Organizatorjem je na letošnjem 158. srečanju britanske Society for General Microbiology uspelo na simpoziju Eukaryotic Evolution zbrati res izjemne predavatelje: kanadskega W.F. Doolittla, kalifornijskega J. Lakea, W. Martina iz Duesseldorfa, T. Cavalier-Smitha iz Oxforda in še nekatera znana imena.

Ob velikih razlikah med predavatelji v teoretskih videnjih zgodnje evolucije, je vendar bilo mogoče čutiti soglasje, da smo od Darwinove želje po oblikovanju »drevesa, ki bi predstavljalo vsa velika naravna kraljestva« dlje, kot se je zdelo pred časom. In da obseg »horizontalnega (lateralnega) genskega prenosa (HGT)«, ki ga v nepričakovanem obsegu razkriva genomika prej kaže na klasifikacijo v obliki mreže kot drevesa. Kot pravi Lake: »…da obsežnost HGT lahko teoretično zabriše večino zgodovine življenja zapisane v DNA«, kar pomeni, da smo bolj nemočni, kot so prvotno kazali uspehi, ki jih je napovedovala molekularna filogenija. Doolittle povzema: »… do nedavna je veljalo v biologiji soglasje, da so se zgodnji potomci prokariontske celice kot zadnjega skupnega prednika (LUCA) razdelili v dve skupini: v bakterije in arheje. Arheje so kasneje bile izhodišče za evkarionte, ki so postopoma z endosimbiozo pridobili različne organele (mitohondrije, kloroplaste…).« Novejša spoznanja žal to soglasje rušijo, predvsem v svetu prokariontov naj bi bil obseg HGT, ki je prispeval k njihovi evoluciji pomembnejši, kot ga prispeva vertikalna evolucija (v t. i. klonski teoriji). In tudi evkarionti kažejo nepričakovan obseg deleža HGT. Pri tem je prenos genov v HGT v veliki meri odvisen od njihove funkcije. Geni, ki npr. sodelujejo v prepisovanju, prevajanju (informacijski geni) se redkeje horizontalno prenašajo kot geni, ki določajo presnovne funkcije (operacijski geni). Skoraj pesimistično organizator parafrazira trditev Dobzhansky-ga: »Evolucija je luč, ki pojasni vsa dejstva« in se ob tem vpraša: »…ali to drži tudi za ključni evkarionski sistem – za evkariontski celični cikel?«

Probiotiki

Kontrola kvalitete probiotični izdelkov

Eden od simpozijev letošnjega 158. rednega srečanja britanskega društva za splošno mikrobiologijo (Society for General Microbiology – SGM) je bil posvečen mikroorganizmom v prebavilih v povezavi z zdravjem. Znaten del referatov in plakatnih predstavitev je obravnaval različne vidike uveljavljanja probiotikov, prebiotikov in sinbiotikov (pazi: prihaja od »synbiosis«!).

Današnja stopnja znanja v vprašanjih probiotičnih dodatkov omogoča in bi torej morala zagotoviti kupcu nekatere ključne podatke in preveritve učinkovitosti prodajanih in reklamiranih izdelkov s probiotičnim učinkom.

Dva ključna podatka sta v ponudbi probiotičnih izdelkov oz. v njihovi promociji posebno pomembna: (a) učinkovitost dodatka ali dodatkov (npr. pri sinbiotični rabi) v smeri zdravstvenih in organoleptičnih lastnosti, ki jih proizvajalci zagotavljajo in seveda podatek o (b) vrsti in količini živih mikroorganizmov dodanega probiotičnega seva s specifično lastnostjo. Na videz je nekoliko lažje zadostiti drugi zahtevi, vendar pa konvencionalna mikrobiološka analitika tega zagotovila ne daje, saj v analitiki še niso v uporabi metode določitve mikrobne vrste, sploh pa ne specifičnega probiotičnega seva s posebnimi lastnostmi v aktualni koncentraciji. Še težavnejša pa je zadostitev zahteve po dokazljivem nutracevtskem učinku dodanega mikroorganizma, saj ta zahteva preveritev, ki je primerljiva s kliničnim testiranjem zdravil. Znaten del takega preverjanja je danes dosegljiv z metodami, ki jih zaenkrat najdemo v raziskovalnih laboratorijih, bi pa morali preiti v redno uporabo, če želi zakonodaja splošno zahtevo po preverjanju deklarirane lastnosti živila zagotoviti in ohraniti. Na voljo so danes metode preverjanja: kompetitivnega izključevanja patogenih mikroorganizmov iz prebavnega trakta, protirakovega delovanja za določene skupine rakovih bolnikov kot je npr. rak debelega črevesa, genotoksičnih učinkov sestavin živila, povečanja imunske zaščite uporabnika pripravka ipd.

Programi

Moje redne bralce prosim, da naj jih spodnji tekst ne moti. Uporabil bom svoj blog, da bom nanj odložil angleško verzijo našega novega oz. predvidenega "bolonjskega" programa mikrobiologije. Jutri imamo namreč delavnico in morda bo koga v avditoriju zanimal naš kurikulum, najhitreje mu bom lahko postregel s preklopom na tole spletno stran, prednost pa je tudi, ker jo lahko urejam in dopolnjujem kar iz svoje trenutne lokacije (U. of Warwick) - še ena prednost bloganja.

-----------

University of Ljubljana, Biotechnical Faculty
Microbiology (anticipated ("Bologna") programme from 2007):

BSc 1st year:
• Introduction to microbiology
• Mathematics
• Cell biology
• Chemistry
• Biology of multicellular organisms
• Biochemistry
• Molecular biology
• Microbiology practical

BSc 2nd year:
• Microbial genetics
• Physical chemistry
• Statistics
• Immunology
• Microbial physiology
• Virology
• Analytical methods in microbiology

BSc 3rd year:
• Microbial diversity and identification
• Microbes and pathogenesis
• Microbial ecology
• Microbial biotechnology
• Medical Microbiology basics
• Bioinformatics tools in microbiology
• Electives

MSc 1st year – Microbial biology:
• Molecular microbiology
• Microbial biochemistry
• Geomicrobiology
• Soil Microbiology
• Water microbiology
• Sediment microbiology
• Intestinal microbiology
• Electives

MSc 1st year – Microbial biotechnology:
• Molecular microbiology
• Microbial biochemistry
• Bioprocessing
• Biomass and Secondary Metabolites
• Food Microbiology and Biotechnology
• Environmental biotechnology
• Immunotechnologies
• Electives

MSc 1st year – Medical and Sanitary microbiology:
• Molecular Microbiology
• Microbial Biochemistry
• Human Biology and Diseases
• Bacterioses
• Mycoses
• Parasitoses
• Viroses
• Epidemiology
• Electives

MSc 2nd year – Microbial biology:
• Selected microbial topics
• Molecular evolution
• Electives
• Master Thesis

MSc 2nd year – Microbial biotechnology:
• Selected microbial topics
• Economics in biotechnology
• Electives
• Master Thesis

MSc 2nd year – Medical and Sanitary microbiology:
• Selected microbial topics
• Sanitary microbiology
• Electives
• Master Thesis.

Tokrat iz Warwicka

Danes se oglašam iz nekoliko oddaljene lokacije. Na University of Warwick se udeležujem 158. rednega srečanja Society for General Microbiology. Ne zgolj zato, ker sem njihov član; v sredo imamo okroglo mizo na temo prihodnjega evropskega visokošolskega izobraževanja v mikrobiologiji v senci Bologne. Upam, da bo kaj koristnega iz tega za vse nas!

Me je pa navdušilo, kako imajo urejeno spletno povezavo. Ne zgolj to, ker sem zvečer že ob prihodu opazil, da po vseh hodnikih upravne zgradbe visijo po stenah ekrani z dostopom v splet. Prav ustregli so mi, ko so mi nato dodelili za bivanje običajno študentsko sobo. Zelo dostojna: rekel bi "hotel za tri ***". Najbolj radoveden sem bil, ko sem prebral v obvestilih, da ima vsaka soba urejen dostop v splet. Zvečer sem sicer ugotovil, da sem za svoj notesnik pozabil doma Ethernet kabel; zjutraj sem ga brez težav dobil v shopu na kampusu. Potem pa poskus: bal sem se seveda, da bo notesnik prostestiral in zahteval vse mogoče nastavitve. Sploh nič od tega, takoj ob priklopu sem zaznal, da sem v Spletu, deluje mi Skype, takoj sem tudi z oddaljenim dostopom na Rodici in vse drugo seveda. Enkratno! Sledi preskus hitrosti; uporabim svojo običajno povezavo na "speedtest". Rezultat znova navdušujoč: 1900 kilo v odhodu in 300 kilo v prihodu; ko bi le tako delovalo doma ali na faksu... Super, res!!!

Sicer je pa tudi Warwick Campus enkraten: šele ko človek to vidi razume, kako je organiziranost univerze v kampus obliki funkcionalna. Odlično!

Koristni insekti

V nedavni ameriški študiji so skušali ovrednotiti ekonomsko korist, ki jo prispevajo insekti. Z vplivi pri razgradnji odpadkov, v omejevanju rastlinskih bolezni, z opraševanjem ali kot prehranski vir naj bi samo v ZDA ta vrednost dosegala 57 milijard dolarjev. Zdaj bi bil pa tudi čas, da se nekdo loti izračuna učinka, ki ga prispevajo mikroorganizmi: številka bo gotovo precej več kot enajstmestna.

Vakcina proti listerijam

So mikrobi, ki se znajo odlično zavarovati pred imunsko obrambo gostitelja, skrijejo se namreč v notranjost njegovih celic. Kako so se lotili razvoja vakcine proti takšnim skrivačem kot je npr. Listeria monocytogenes, nam sporočajo iz Harvard Medical School.

Svetovni dan vode

Ne pozabimo: 22. marec je svetovni dan vode - najdragocenejšega življenjskega resursa - glej >tukaj, >tukaj in >tukaj.

E-učbenik

Prof. Timothy Paustian iz Univerze Wisconsin je na svoji spletni strani Microbiology and Bacteriology-The world of microbes, ki je pravzaprav inovativen e-učbenik in mikrobiološki novičarski splet, pravkar objavil dopolnjeno poglavje Microbial cell structure. Moji študenti(ke) bodo brez dvoma lahko tekst koristno uporabili za utrjevanje znanja.    

Helicobacter nekoliko drugače

Na spletu se pojavlja novo, učinkovito orodje, t.i. »mashup« (upajmo, da se bo kmalu našlo primerno slovenska poimenovanje). Primer njegove uporabe, ki bo koristen tudi mikrobiologom je npr. iSpecies. S tem iskalcem smo blizu ideji E. O. Wilsona o spletni strani za vsako biološko vrsto. Iskalni algoritem preiskuje splet in na posebni strani poveže relevantne informacije. Poglejmo kako zgleda npr. spletna stran za Helicobacter pylori.

Škrati na BF

Pohvala gre na Katedro za botaniko Oddelka za biologijo BF, kjer so se kot kaže odločili, da v učni proces vključijo škrate. Vsaj trije škrati so že na delu: Študentov škrat, Zeleni Škrat in Živilski škrat. Upati je, da se bo kmalu škratja družina pomnožila. Hvala tudi sodelavcem našega neumornega in odličnega bloga KeBi03 za opozorilo o razsajanju škratov.

Kot vse kaže se bo vendarle udejanjilo to, česar vodstvo UL z RCU doslej ni uspelo izpeljati, da bi namreč na naši Univerzi uveljavili virtualni pouk. Zdaj se to dogaja s pobudami »od spodaj«. Težava takega pristopa je seveda, da ostajajo rešitve predolgo anonimne, da so nekoordinirane in vodijo v ponavljajoče odkrivanje Amerike.

Uspešna biološka zdravila

Biološka zdravila (iz biotehnološke proizvodnje) zasedajo v celotni svetovni prodaji vse pomembnejši delež. Po ameriških podatkih je prodaja zdravil v letu 2005 porasla za 5.4% v  vrednosti 252 milijard dolarjev, pri čemer pa je rast bioloških zdravil dosegla 17% rast v vrednosti 33 milijard dolarjev. Podrobneje se je o tem razpisala revija Forbes.

K izboljšanju pnevmokoknih vakcin

Pnevmokoki (taksonomsko: Streptococcus pneumoniae) so pogosti povzročitelji neinvazivnih bolezni, kot so ušesne in sinusne infekcije ali pa invazivnih bolezni kot sta pljučnica ali pa meningitis. Slednji povzročata letno do milijona smrti otrok iz dežel v razvoju. Na voljo so vakcine, ki so uperjene proti polisaharidni kapsuli, na kateri temelji tako patogenost tudi serološka spremenljivost bakterije; znanih je 90 različnih serotipov. Na Wellcome Trust Sanger Institute so se lotili preučevanja genetskega ozadja variabilnosti kapsule s ciljem razviti učinkovitejše vakcine.

Umetniški navdih iz mikrobne rasti

Na slikovnem/slikovitem blogu Pruned so nam postregli s čudovitimi posnetki kolonijske mikrobne rasti v Petrijevih posodah. Sicer je pa mogoče še več posnetkov najti na spletni strani izraelskega avtorja, fizika Eshela Ben Jacoba. Pojav nedvomno vzbuja pristne estetske občutke, zaposluje teoretike fraktalne geometrije, v mikrobni rasti pa temelji na zanimivi lastnosti medcelične komunikacije t. i. zaznavanja gostote – quorum sensing (1 in 2).

MRSA se skriva

Kot lahko preberemo v Biology News Net so raziskovalci iz Univerze Bath dokazali, da »superbakterija« MRSA (Staphylococcus aureus rezistenten na meticilin) okužuje in se tudi razmnožuje v amebah Acanthamoeba polyphaga, ki so povsodne v okolju in jih najdemo npr. v vodovodnih odtokih, v  vazah in na stenah. Ta najdba seveda močno komplicira varovanje pred razširjanjem mikroorganizma, ki je tudi hud bolnišnični problem zaradi hospitalnih infekcij.

Izraba odpadnega stiropora

Raziskovalcem iz University College Dublin na Irskem je, kot to lahko preberemo v reviji Scientific American,  uspelo zelo pomembno odkritje, kako biološko razgraditi oz. celo izkoristiti t. i. stiropor (Styrofoam). Kevin O'Connor je s sodelavci pirolitično t.j. s segrevanjem na 520 stopinj C razgradil stiropor v mešanico produktov v kateri je z 80% prevladovalo stirensko olje ob drugih sicer tudi toksičnih spojinah. Zmes so nato uporabili kot gojišče za rast posebnega seva bakterije Psedomonas putida CA-3, ki je ne samo, da je na tem »koktailu« uspela rasti, ampak je ob izkoriščanju stirenskega olja celo proizvajala polihidroksialkanoate (PHA), polimerno snov iz katere je mogoče pridobiti biorazgradljive plastične materiale. Proces sicer še skriva nekatera nerešena vprašanja, zlati v zvezi z fermentacijskimi ostanki, v katerih so tudi toluen in druge za okolje problematične spojine, vendar pa so ti prvi rezultati zelo obetavni.  

Prepoznava mikrobnih vrst

Raziskovalci na U.S. Department of Energy’s Brookhaven National Laboratory so razvili novo učinkovito metodo za prepoznavo različnih mikrobnih vrst v neznanih mikrobnih združbah. Metoda opisana v marčevski številki revije Applied Environmental Microbiology ima številne možnosti uporabe, od določitve mikroorganizmov v okolijskih vzorcih, prepoznave vrst koristnih za čiščenje okolijskega onesnaženja, identifikacije patogenih mikrobov in razlikovanje neškodljivih mikrobov od morebitnih potencialnih mikroorganizmov v bioterorističnem delovanju. Obsežnejši zapis najdete >tukaj.

Nanocevke kot biosenzorji

Ogljikove nanocevke naj bi postale obetaven material za pripravo biosenzorjev. Skupina raziskovalcev na Univerzi Illionois Urbana-Champaign, ki jo vodi prof. Michael Strano preskuša nekatere od rešitev. Kot povzema ScienceDaily poročajo v reviji Science o možnosti, da bi z nanocevkami, prekritimi z DNK, lahko odkrivali specifične molekularne vzorce. Z naslojitvijo enotračne DNK na nanocevke bi pridobili senzor s katerim bi lahko ciljno odkrivali dele komplementarne DNK v celicah ali v okoljskih vzorcih. Po vezavi komplementarne DNK na DNK senzorske nanocevke (pojav hibridizacije), se namreč naravna bližnja infrardeča fluorescenca nanocevk zaznavno spremeni. Podobno rešitev je že pred časom ta skupina predlagala tudi za pripenjanje encimov na nanocevke, ki bi jih nato kot biosenzorje vstavili v tkivo in bi služile npr. za dokazovanje ravni glukoze.

Vitamin D in tuberkuloza

Vitamin D sodeluje v vzpostavljanju ključnega protimikrobnega odziva proti Mycobacterium tuberculosis pri človeku, kot poroča Science in povzema The Scientist. Ugotovitev razloži, zakaj so Afroameričani, ki imajo nižjo raven vitamina D, bolj občutljivi za tuberkulozo.

Zakonitosti epidemij

Čas aviarne influence je naklonjen spraševanju o zakonitosti epidemičnega razširjanja obolenj. Zato ni nepričakovano, da je veliko pozornosti zbudilo nedavno sporočilo nemških raziskovalcev  D. Brockmanna, L. Hufnagela in T. Geisela, ki so uporabili spletno stran, s katero si v Ameriki krajšajo čas radovedneži, ko spremljajo pot svojih dolarskih bankovcev po deželi, za analizo potovalnih navad ljudi na osnovi gibanja denarja v obtoku. Govorim o spletni strani Where's George, kjer lahko vnesete številke svojih dolarskih bankovcev, ki jih dajete v obtok in nato iz sporočil drugih spletnih udeležencev o ponovnem pojavljanju istih številk lahko ugotovite kam je zašel vaš nekdanji bankovec. Seveda je intenzivnost gibanja oz. potovalne navade prebivalstva danes tesno povezana z razširjanjem nalezljivih bolezni.

Aktualno o aviarni influenci

Če želite spremljati trenutno dogajanje o ptičji gripi pri nas, potem velja občasno pogledati nekatere aktualnejše splete doma in na tujem. Najprej seveda skok na splet Urada vlade za informiranje oz. na njegova Sporočila za javnost. Na straneh Ministrstva za zdravje in Ministrstva za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano boste v rubrikah Aktualno ali Novice sproti obveščani o vsem najnovejšem in prav tako v podobni rubriki na straneh Inštituta za varovanje zdravja RS in Veterinarske uprave RS. Trenutno so v Evropski uniji ugotovili ali oznanili sum prisotnosti ptičje gripe v šestih članicah: 11. februarja 2006 v Grčiji, 12. februarja v Italiji in prav tako 12. februarja v Sloveniji, 14. februarja v Avstriji in Nemčiji in 15. februarja 2006 na Madžarskem. Laboratorij v Padovi, ki pa ni evropski referenčni laboratorij, je tako pri pticah iz Italije kot iz Slovenije potrdil prisotnost zloglasnega virusa H5N1. Na spletnih straneh EU lahko novice o ptičji gripi oz. aviarni influenci spremljamo >tukaj, nekoliko obsežnejšo informacijo pa najdemo >tukaj. O prehranski varnosti živil živalskega vira beremo lahko na straneh Food Safety – From the Farm to the Fork s povezavami tudi do aktualnih novic o aviarni influenci. Druge aktualne spletne strani v Evropi so še: The European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC), European Food Safety Authority (EFSA) in seveda splet World Health Organization (WHO) oz. njenega Evropskega urada z novicami o aviarni influenci. In tu so še strani European Influenza Surveillance Scheme (EISS), spletna stran EU Direktorata za zdravje z informacijami o gripi in evropska služba EuroGROG pa splet Svetovne organizacije za zdravje živali OIE in spletna stran Oddelka za kmetijstvo pri organizaciji FAO. Seveda pa v nobenem primeru ne gre brez informacij in ekspertize ameriških Centrov za kontrolo in preprečevanje bolezni CDC ter britanske Veterinary Laboratories Agency, kjer v referenčnem laboratoriju VLA v Weybridgu potrjujejo tudi sum ptičje gripe pri poginulih labodih iz Slovenije.

(Sveža vest: pravkar je RTV Lj. sporočila, da je pri preiskanem "slovenskem" labodu bil ugotovljen visokopatogeni virus aviarne influence H5N1; v oddaji Trenja na PopTV pa so povedali, da je mogoče na spletni strani Kliničnega Centra v Ljubljani najti nekaj pomembnih informacij o ravnanju javnosti v pogojih ogroženosti zaradi aviarne influence: >1, >2, >3, !)

Spolno v. nespolno...

Na spletni strani McMaster University, med novicami, lahko preberete zanimivo predstavitev spolnega razmnoževanja pri glivah: tudi o prednostih in slabostih te evolucijske prilagoditve…

Še o ptičji gripi

Sprotno, na trenutke zelo dramatično, spremlja problematiko infektivnih bolezni, zlasti ko v zadnjem času več govori o ptičji gripi, avtor bloga Dottore Pesta.    

Intervju o bioterorizmu

Na blogu znane ameriške Mayo klinike boste našli poučen intervju s Franklinom Cockerillom III, zdravnikom mikrobiologom in infektologom o bioloških bojnih sredstvih in bioterorizmu.

Nova revija in novo ocenjevanje

Založnik odprtega dostopa BioMed Central je pričel izdajati novo revijo Biology Direct. V uredniškem prispevku E. V. Koonin in sod. najavljajo revijo, ki bo objavljala različne znanstvene žanre, od kratkih prispevkov, originalnih raziskovalnih člankov, hipotez do revijalnih pregledov iz celotnega spektra biologije. Posebnost pa predstavlja odločitev založnika, da bo revija odprta še na nek drug način. Prispevki bodo namreč presojani s t. i. odprtim ocenjevanjem z vrstniki (»peer review«) in ocene bodo z imeni ocenjevalcev objavljene skupaj s članki. Uredniki obljubljajo, da bodo objavili tudi članke npr. s tremi negativnimi ocenami, če bodo presodili o smiselnosti takega koraka in če se bo avtor strinjal, da objavijo delo pod takimi pogoji.

Z matematiko podprta epidemiologija

Mešani raziskovalni skupini Harvard Medical School in Harvard Pilgrim Health Care je ena od agencij NIH odobrila zajetno projektno nalogo za razvoj zmogljivih matematičnih in statističnih modelnih tehnik za odkrivanje in spremljanje izbruhov infekcijskih bolezni, ki se bodisi pojavijo naravno ali kot posledica namernega bioterorističnega napada.

Sistemska biologija ali biologija sistemov

Prostodušno priznam svojo težavo, da sem hitro negotov pri presoji, ali pravilno uporabljam slovenščino, ko sem npr. soočen z jezikovno dilemo. Koga naj krivim: ali dejstvo, da sem odraščal v bilingvalnem okolju, ali da sem se kasneje, ob učenju tujih jezikov, premočno prepustil njihovim vplivom. Kakorkoli, tudi danes zelo rad vidim, da mi moje besedovanje kritično pregleda nekdo z bolj izostrenim čutom za slovenski jezik.

Tako sem nedavno ostal v zadregi, kako naj pravilno prevedem angleški pojem »systems biology«. Naj na tem primeru prikažem kako sem se lotil problema. Vsaj dve rešitvi sem videl: »sistemska biologija« in »biologija sistemov«, pri čemer sem se bolj ogreval za prvo. Moj prvi korak pri razreševanju dileme je bil skok na spletno stran terminološke komisije Slovenskega biokemijskega društva, kamor se pogosto zatekam, saj cenim njihovo delo. Slovar, ki tam nastaja je svetoval uporabo »biologija sistemov«, vendar me ni prepričal. Nadaljeval sem iskanje po spletu. Najprej sem se ustavil na strani Institute for Systems Biology in poiskal njihovo definicijo:
»Systems biology is the study of an organism, viewed as an integrated and interacting network of genes, proteins and biochemical reactions which give rise to life. Instead of analyzing individual components or aspects of the organism, such as sugar metabolism or a cell nucleus, systems biologists focus on all the components and the interactions among them, all as part of one system. These interactions are ultimately responsible for an organism´s form and functions«.
Ker je najdeno nekako pritrjevalo moji predstavi, da bi bilo bolje govoriti o sistemski biologiji, sem iskal dalje. V iskalec najdi.si sem vnesel obe možnosti: prva je dala 24 zadetkov, druga pa le 8. In prav pri tem iskanju sem naletel tudi na članek prof. Komela z naslovom Funkcijska genomika in sistemska biologija (v polnem tekstu!), ki me je utrdil v misli, da sem na pravi poti.

Nisem še odnehal, preskusil sem še neko drugo sintagmo, ki je veliko dlje v rabi, to je pojem »sistemska teorija«, kot mi je odzvanjal v ušesu v tej obliki. Zopet sem v najdi.si permutiral besedi in rezultat: »sistemska teorija« = 316 zadetkov in »teorija sistemov« =1242 zadetkov. Za prvi pojem imamo v slovenščini npr. knjigo v prevodu npr. H. Willke: Sistemska teorija razvitih družb. Vendar tudi za drugi pojem sem našel knjigo, namreč Svečkovo Teorijo sistemov. Hudo(!), postal sem zopet negotov.
Iskanje sintagme sistemska biologija sem ponovil še z Googlom: prva oblika je dala 29 zadetkov, druga samo enega (in to stran SBD!). Razlika z najdi.si je nastala zaradi zadetkov iz hrvaškega jezikovnega prostora, ki tudi imajo pojem »sistemska teorija.

Mimogrede: pri tem iskanju sem naletel tudi na podatek, da je eden pionirjev sistemske biologije v svetu Slovenec Matej Orešič, ki trenutno dela v VTT na Finskem ( 1 in 2 in 3 in 4 in 5 ) , o čemer je pred časom poročala tudi revija Finance.

Kako bom ravnal: zaenkrat bom uporabljal sintagmo sistemska biologija, bi pa bil vesel vsakega nasveta, kako (predvsem pa zakaj) bi bilo bolje drugače.

Vrhunska infrastruktura za metagenomiko

Obeta se nam nov in zmogljiv računalniški center, ki bo ciljno namenjen določitvi genetske kode mikrobnih združb svetovnih oceanov. Projekt bo vodil oddelek  na California Institute for Telecommunications and Information Technology (Calit2) iz sklopa kalifornijske univerze iz San Diega (UCSD). Izveden pa bo v sodelovanju z inštitutom J. Craig Venter (Venter Institute) iz Rockvilla in UCSD centrom CEOA na inštitutu Scripps za oceanografijo. Že nekaj časa vemo, da Craig Venter zbira v svetovnih morjih vzorce mikrobnih združb in da v povezavi s DOE Joint Genome Institutom in s Scripps Genome Center teče sekvenciranje in anotiranje zbranega dednega materiala. Zdaj pa bo ob pomoči državnih sredstev in donacije The Gordon and Betty Moore Foundation nastala računalniška infrastruktura CAMERA (Community Cyberinfrastructure for Advanced Marine Microbial Ecology Research and Analysis). CAMERA bo namenjena raziskavam metagenomike – vrednotenju mikrobnih genskih podatkov ob upoštevanju ekoloških kot tudi fizikalnih in kemijskih pogojev v vzorčevanih okoljih.

Mikrobiološke baze

Dr. Josef Koenig je uredil spisek podatkovnih baz s področij medicine in molekularne biologije (povzeto po P. Suberju). Med njimi je tudi obsežen nabor podatkovnih zbirk za mikrobiologijo.  

Mikrobiološki podkast

The American Society for Microbiology (ASM) je največje samostojno društvo v vedah o življenju, s preko 42.000 člani po svetu. Poslanstvo ASM  je promocija raziskovanja in izobraževanja v mikrobioloških vedah in podpira povezovanje med znanostjo, politiko in javnostjo v skrbi za zdravje, okolje in gospodarski napredek. V funkciji izobraževanja in osveščanja javnosti je društvo prisotno na spletu z več oblikami sporočanja; med najpopularnejšimi je splet Microbial World. V ZDA je mogoče na nacionalni radijski mreži spremljati tudi dnevne aktualne novice iz mikrobiologije kot t. i.  MicrobeWorld Radio. Te dnevne novice so zdaj s pomočjo Microbial World spleta ponujene tudi kot »podcast«. Potrebno je zgolj, da v svoj predvajalnik podkastov (najverjetneje bo to iTunes) vnesete URL http://feeds.feedburner.com/microbeworld. Če novic ne boste poslušali takoj pa jih boste prenesli na svoj mp3 predvajalnik in jim prisluhnili ob prvi priložnosti.  

Množica bakterij v želodcu

Dr. David Relman, profesor medicine in mikrobiologije na Stanford's School of Medicine priznava, da ga je najdba DNA dokaza o bogatem naboru bakterijskih vrst v želodcu pri človeku, govora je o preko 100 različnih vrstah, presenetila. Želodec zaradi hitre pasaže hrane in izjemno nizke vrednosti pH njegove vsebine velja za izrazito negostoljubno okolje za mikroorganizme. Raziskovalci na Stanfordu pa so v biopsijskih vzorcih želodčnega tkiva pri 23 osebah na osnovi DNA ugotovili prisotnost vsaj 128 različnih vrst bakterij. Torej ne gre zgolj za bakterijo, ki je zaradi Nobelove nagrade za medicino za leto 2005 njenima odkriteljema Marshallu in Warrenu znova našla mesto v stolpcih svetovnih časnikov. Mislimo na   Helicobacter pylori  . Ne, v želodcu je bilo najdenih preko sto še drugih bakterijskih vrst med njimi tudi tako trdoživih, kot jih sicer lahko najdemo v radioaktivnih odpadkih. Taki so npr. deinokokih, mikroorganizmih z izjemno sposobnostjo popravljanja z ionizirnim sevanjem poškodovane DNA (  Deinococcus radiodurans  ), kar jim omogoča preživetje tudi v radioaktivnem okolju  in katerih DNA sledove so tudi našli v želodčnih vzorcih.    

Periodni sistem

Najbrž ste na spletu že izbrali stran z vašo najbolj priljubljeno tabelo periodnega sistema kemijskih elementov, saj jih je na voljo veliko. Če vas še mika brskati za kakšnim novim dizajnom, najdete spisek povezav na strani, ki jo je pripravil servis Infobroker.ch.  Obsežen nabor, v glavnem nemških strani, pa najdete tudi >tukaj.

Mravlje izkoriščajo bakterije

Znano je, da nekatere mravlje vzdržujejo za svoje prehranske potrebe prave »vrtove« glivnih kolonij, ki pa so lahko žrtev parazitskega pustošenja. Mravlje imajo proti temu učinkovito orožje, kot razkriva nedavna študija iz skupine Camerona Currieja iz Univerze Wisconsin, objavljena v reviji Science.  Raziskovalci poročajo, da mravlje vzdržujejo v posebnih votlinicah na svojih telesih bakterije, ki jih hranijo z žleznimi izločki. V simbiontski povezanosti treh partnerjev: mravelj, gliv in bakterij, slednje omejujejo s proizvodnjo antibiotskih snovi četrtega vsiljivca, parazite glivnih nasadov. Model predstavlja za raziskovalce prvovrsten izziv ne zgolj zaradi pojasnjevanja mutualističnih odnosov med udeleženimi organizemskimi skupinami, ampak ponuja v nadaljevanju tudi možnost preučevanja, kako se je v tem naravno vzpostavljenem odnosu kontrole mikrobne rasti bilo mogoče izogniti pojavljanju antibiotske rezistence.

Laboratorijska varnost

Na vsak način pa bi vam priporočil, da si pogledate video tečaj laboratorijske varnosti v kemijskem laboratoriju, ki so ga pripravili na Oddelku za kemijo kanadske Univerze McMaster. Pravzaprav me je nanj napotil blog KeBio3, zadevo sem si ogledal in res jo priporočam. Sicer pa na njihovi spletni strani o zdravju in varnosti najdete povezave še do drugih koristnih strani z nasveti.  

Ptičja gripa tokrat drugače

O »mashupu« pišem drugje. Tukaj pa naj povem, da na naslovu avian flu najdete mashup aplikacijo Gogglovega zemljevida Earth, kjer so označeni izbruhi ptičje gripe (virus H5N1) pri ljudeh in živalih v zadnjih dveh letih. Aplikacijo so pripravili pri reviji Nature (o tem pišejo v svoji prvi letošnji številki 5. januarja in tudi objavljajo v svojem podcastu).

Preiskovanje bioloških podatkovnih zbirk

D. Yvonne Jones nam v svojem članku, objavljenem v reviji ISTL (Issues in Science and Technology Librarianship) ponuja izkušnjo o učinkovitosti preiskovanja pomembnejših bioloških podatkovnih baz. Nasvet je uporaben  zlasti, če ni na voljo kompleksnejšega vira indeksiranih objav oz. profesionalnega servisa za rešerširanje. Uporabila je nekatere pogostejše baze, ki so tudi spletno dostopne (nekatere morda ob potrebni začasni registraciji!): ArticleFirst, BasicBIOSIS, Google Scholar, ECO, HighWire, MEDLINE,  ProQuest, SciFinder Scholar, WilsonWeb in  jih primerjala z iskanjem v BIOSIS Previews za katero je predpostavila, da je najrelevantnejša, ker gre za komercialno bazo iz hiše Thomson. Za iskalno strategijo priporoča preiskovanje z bazo Article First, dopolnjeno z ECO ali HighWire, dodatno pa s SciFinder Scholar, ki dodaja pomembne zadetke (zlasti ko gre za kemijske podatke). Presenetljivo učinkovito je bilo iskanje z Google Scholar servisom, ki je tudi prikazal največ člankov, ki jih ni zajelo preiskovanje BIOSIS baze.

Čudovito...

Tale slika je izjemna; mimogrede: je letošnja zmagovalka tekmovanja, ki ga vsako leto razpisuje WildBird Magazine.

O inteligentnem načrtu

O inteligentnem načrtu (o posebni obliki oživljanja kreacionističnega nauka), ste lahko tokrat prebrali tudi v Sobotni prilogi časnika Delo (članek Smisel smisla smislu smisla izpod peresa Uroša Škerla, 24. 12. 2005). Inteligentni načrt – ID ( po angleškem Intelligent Design) doživlja trenutno v ZDA pravi razcvet in to kot v posmeh v letu, v katerem je ugledna revija Science razglasila kot vrhunski dosežek v znanosti prav napredek v Darwinovem evolucijskem nauku. K sreči je v decembrskih dneh sodna oblast v primeru zahteve šolskih oblasti v kraju Dover (država Pennsilvanija), zavrnila, da bi ob pouku evolucijskega nauka učence učili tudi o ID, saj gre po mnenju sodnika Johna Jonesa III za versko motiviran nauk in ne za znanost. Priporočam pa, da na spletni stran Ayn Rand Institute-a prisluhnete predavanju Keith Lockitcha: Creationism in Camouflage: The "Intelligent Design" Deception (RealAudio® ali Windows Media® Audio).

Vse o gripi

Januarska (2006) številka revije Emerging Infectious Diseases Journal, ki jo izdaja ameriški CDC, je skoraj v celoti namenjena gripi in virusom gripe. Zelo dobrodošlo!  

Prijetne praznike želim

Naj bo današnji vpis namenjen eni sami stvari, namreč dobrim željam. Da svojim  zvestim bralcem zaželim vesel Božič in prijeten skok v novo leto 2006. In da bomo skladni z  blogovsko navado, naj bo kot priporočena božična povezava >tale in za Novo leto >tale.  

Še enkrat o vakcini proti antraksu

Na University of Central Florida v ZDA so v laboratoriju prof. dr. Henryja Daniella uspeli pripraviti učinkovito in varno vakcino proti antraksu, ki so jo pridobili v gensko spremenjeni tobakovi rastlini. S to vakcino je uspelo zavarovati miši, da so nato preživele umetno infekcijo z letalno dozo povzročiteljev antraksa. Ne zgolj varnost vakcine, tudi učinkovitost njene priprave je obetavna stran novega načina proizvodnje. Na enem hektaru bi bilo mogoče pridelati do 900 milijonov doz vakcine. V Daniellovi skupini so vakcinalni gen vnesli v genom kloroplastov tobakove rastline. Po nekajtedenski rasti spremenjene rastline v laboratoriju so izolirali vakcino in jo injicirali mišim. V laboratorijih National Institutes of Health so nato okužili miške z nekajkratno smrtno dozo virulentnih bakterij Bacillus anthracis  in živali so preživele.

Koncept se bistveno razlikuje od nekega drugega poskusa, ki so ga letos predstavili na kongresu Ameriškega mikrobiološkega društva in ki tudi temelji na rastlini kot proizvajalcu zdravila. Dr. Les Baillie iz University of Maryland Biotechnology Institute je v medinštitutski raziskavi predstavil pripravo t. i. »rastlinskih protiteles« (angl. »plantibodies«). V Bailliejevi skupini so najprej izbrali humane celice, ki pri cepljenih ljudeh, zaščitenih proti antraksu, proizvajajo zaščitna protitelesa. Nato so gene, ki kodirajo nastanek protiteles prenesli v rastlinske celice. Zaščitna protitelesa so zdaj proizvedle rastline – iz listov so jih nato izolirali in preskusili njihovo zaščitno moč na poskusnih miših. Protitelesa iz rastlin so bila enako učinkovita kot humana protitelesa imuniziranih ljudi. Takšna protitelesa lahko uporabimo preventivno pred infekcijo ali pa po infekciji kot zdravilo.

Vlaknina ne varuje pred rakom

Pojavili so se dvomi v splošno prepričanje, da vključevanje vlaknine v živila zmanjšuje riziko raka na debelem črevesu. Meta študija opravljena na Harvard School of Public Health, v kateri so analizirali 13 predhodnih študij s preko 725.000 vključenimi obeh spolov je pokazala, da ta trditev ne drži.  

Metanogeneza na Marsu?

Zanimive najdbe o prisotnosti metana v atmosferi Marsa omogočajo tudi sum o njegovem nastanku v bioloških procesih. Vulkanski, torej geološki izvor metana naj bi spremljala tudi večja koncentracija žveplovega dioksida, če povzamemo pojave na Zemlji. Evropska vesoljska sonda Mars Express je na Marsu ugotovila območja z velikim deležem metan v atmosferi in ta metan bi naj bil sprotnega, torej nedavnega izvora saj sončna svetloba povzroča njegovo razpadanje. To najdbo potrjujejo tudi preiskave z infrardečim teleskopom na Havajih in v Čilu. Istočasno pa s spektroskopskimi raziskavami marsove atmosfere Vladimir Krasnopolsky na University of America v Washington ni mogel ugotoviti žveplovega dioksida na Marsu. Seveda raziskovalci tega še ne morejo uporabiti kot dokaz biogenega izvora metana, pa vendar je možnost, da je v ozadju najdb mikrobno dogajanje veliko bližja. Zlasti še ker tudi najnovejše najdbe metanogenih organizmov v izjemno neprijaznih zemeljskih okoljih podpirajo tako tezo. Tako je Buford Price iz University of California v Berkeleyju našel žive metanogene mikroorganizme v ledu na Grenlandu v globini treh kilometrov, pri čemer je bila na mestu vzorčenja koncentracija metana značilno višja kot v manjši globinah. Pogoje primerljive tem bi bilo povsem mogoče najti tudi na Marsu. Drug primer izolacije metanogenov iz ekstremnih okolij na Zemlji, ki omogočajo primerjavo s pogoji na Marsu pa je uspel skupini Timothyja Krala iz University of Arkansas, ko so našli metanogene arheje v globinskih talnih vzorcih v puščavi v Utahu.      

Pasji genom

Ta teden smo dobili natančen zemljevid genoma psa, tega najzvestejšega človekovega spremljevalca. Izjemna pasemska pestrost, ki odlikuje to živalsko vrsto, bo omogočila, kot pravi prof. Eric Lander iz MIT in Harvarda, enkratno možnost za razumevanje embrionalnega razvoja, nevrobiologije, človeških bolezni in temeljev evolucije. In kljub strošku približno 30 milijonov dolarjev, kolikor je stal projekt, je sekvenčna podatkovna baza, dostopna v odprtem dostopu na več mestih: tukaj, tukaj, tukaj, tukaj in tudi tukaj.  

ASM novice

Iz spletnih novic ASM Weekly Newsdigest povzemam nekaj zanimivosti:
Na Univerzi Texas v Austinu so razvili novo protitelo, učinkovito proti Bacillus anthracis. V poskusih je uspelo poskusne živali zaščititi tudi proti inhalacijskemu antraksu, najresnejši obliki infekcije s to bakterijo.
Raziskovalci na  North Carolina State University College so odkrili v ostrigah nov peptidni antibiotik iz skupine defenzinov.
Kot kaže so v Gabonu odkrili naravni rezervoar smrtonosnega virusa Ebola. To  naj bi bili rastlinojedi netopirji (ti se pretežno prehranjujejo s sadjem) in virus naj v njih ne bi bil trajno prisoten.
Odločitev avtralske firme CSL Ltd, da preneha z izdelavo vakcine proti Q-mrzlici, je naletela na hude kritike v strokovnih krogih. Tudi zato, ker so povzročitelji Q-mrzlice na spisku klic, ki jih potencialno lahko uporabijo bioteroristi.
Iz Howard Hughes Medical Institute (HHMI) sporočajo, da so odkrili gen, ki omogoča mikobakterijam (povzročiteljem tuberkuloze in gobavosti) ustvarjanje biofilmov, kar jim omogoča učinkovito izogibanje pred protimikrobnimi sredstvi.

SDVD

Izkoriščam bralce bloga, zlasti tiste med njimi, ki se ukvarjate z visokošolskim poučevanjem, za aktualno sporočilo:
 
Slovensko društvo za visokošolsko didaktiko (SDVD) organizira zanimivo študijsko srečanje na aktualno temo problemsko naravnanega pouka. Pridite na srečanje (in morda vas zamika tudi, da se včlanite se v naše društvo).
 
Vse pomembne informacije o društvu in napovedanem sestanku najdete na spletni strani: http://www.bfro.uni-lj.si/gost/sdvd/, tako da sledite svežim novicam. 
 

Študij v tujini

Vsem, ki vas zanima študij v tujini velja >tole obvestilo

"Živa kamera"

Dr. Matjaž Barborič, sicer naše gore mikrobiološki list, ki zdaj čast slovenske šole uspešno brani na kalifornijski Univerzi v San Franciscu (UCSF) v laboratorijih prof. dr. Matije Peterlina, me je opozoril na zanimivo sporočilo, ki prihaja iz Voightovih laboratorijev  na UCSF.

Tam so razvili nenavadno obliko fotografskega materiala. Za ta nenavaden »film« so pripravili tanko plast bakterij Escherichia coli, ki vzbujene s svetlobo spremenijo na svetlobo občutljivo sestavino v gojišču. Sicer je potrebno precej zamudno izpostavljanje svetlobi (do 4 ure), doseči pa je mogoče zelo spoštljivo ločljivost 15 megapikslov na kvadratni centimeter.  Nedvomno gre za zanimivo napoved prihodnje uporabe v biosenzorski tehnologiji. Rekli boste,  kako pa je mogoče s svetlobo aktivirati bakterije, za katere vemo, da se naravno ne odzivajo na svetlobo. Seveda je v poskusu bil uporabljen poseben, gensko spremenjen sev E. coli, v katerega so vnesli gene iz fotosinteznih modrozelenih alg. Svetloba sproži kaskado vzbujenih genov; prvi gen kodira protein občutljiv za rdečo barvo. Ta protein nato »ugasne« ekspresijo drugega gena, kar pa izzove spremembo v gojišče dodanega indikatorja v črno barvo – dobimo sicer monokromno sliko. Kogar zanima poskus lahko »posneto sliko« najde na strani New Scientista, tisti, ki imate dostop do revije Nature pa lahko o tem preberete v njeni zadnji številki.  

Gensko spremenjeni organizmi

Nekateri se boste morda še spomnili razburjenja, ki ga je leta 1999 v Veliki Britaniji povzročil škotski prehranski biokemik dr. Arpad Pusztai, ko je na TV spregovoril o svojih eksperimentih z gensko spremenjenim (GS) krompirjem, ki naj bi pokazal pri poskusnih miših toksično delovanje. Današnji status raziskav v segmentu GS organizmov in tudi prikaz tržnega stanja je zbran v posebni bibliografiji revije New Scientist. Izčrpno spletno stran o rastlinski transgenezi najdete na strani Transgenic Crops. Tudi v blogih najdemo obravnavo GS organizmov: GM Africa Blog, Friends of the earth international's gmo blog, Sustainable Table Blog, Greenpeace Weblog, Forest Conservation Blog.

Magnetosomi in citoskelet

V zadnjem času se kopičijo podatki o pomenu citoskeletnih struktur tudi v prokariontskih celicah, o čemer je bilo doslej zanemarljivo malo podatkov. Pomembne nove podatke o tem prinašajo raziskave na inštitutu za morsko mikrobiologijo Max Planck v nemškem Bremnu in sicer o lokaciji t. i. magnetosomov - specifičnih vključkov železa s katerimi se nekatere bakterije lahko orientirajo v magnetnem polju. Magnetotaktične bakterije, kot jim pravimo, se lahko tako gibajo v odvisnosti od zemeljskega magnetnega polja, doslej pa ni bilo jasno, kako se magnetni mešički razporejajo v celici v značilni linijski razvrstitvi. To naj bi zdaj pojasnila najdena nitasta citoskeletna struktura vzdolž katere se razporejajo biomineralizirani, v vezikle ujeti kristali magnetita.

Nature Genetics weblog

Založniška hiša Nature nadaljuje svojo tradicijo posodabljanja svojega stika z bralci. Temu je namenjen tudi novi blog Free Association, ki naj bi podprl revijo Nature Genetics, predvsem pa naj bi olajšal stik avtorjev in bralcev z uredništvom revije.    

Wikiomics

Nova spletna aplikacija Wikiomics obeta, da bo koristila vsem, ki bi se radi seznanjali z dogajanjem v vse aktualnejšem področju bioinformatike. Temelji na uporabi orodja wiki, če še nekaj veste kaj je wiki pa boste tudi to lahko prebrali v uvodu tega novega spleta.  

Rekorderji v majhnosti

Bakterije iz skupine Pelagibacter so po prepričanju nekaterih najštevilčnejše bakterije sveta. Prvič je na njihovo prisotnost v devetdesetih letih opozorila najdba značilnih ribosomalnih RNK genov v vzorcih vode v Sargaškem morju; začasno so jih poimenovali kot SAR11. Izolacija teh bakterij je uspela v letu 2002 in izkazalo se je, da so pomembna sestavina morskega bakterioplanktona, da so med najmanjšimi znanimi bakterijskimi celicami (premer celice med 0.12 in 0.20 µm) z verjetno tudi enim najmanjših genetskih naborov. Genom prvega izolata naj bi imel vsega 1,354 genov. Izolat je razvrščen v razred alfa proteobakterij, red Rickettsiales in rod Pelagibacter  kot kandidatna vrsta Pelagibacter ubique. Te bakterije so sicer fotosintezni organizmi, svetlobe pa ne izkoriščajo s pomočjo klorofila ampak uporabljajo retinal, ki ga najdemo pri živalih in tudi pri človeku v očeh za zaznavanje svetlobe.

British Council na BF

Cilj včerajšnje predstavitve dveh britanskih univerz: Univerze Essex in Univerze Wolverhampton v Biološkem središču UL, ki naj bi seznanil naš prostor z njihovimi okolijskimi in biotehnološkimi študijskimi programi, je bil brez dvoma dosežen. Najbrž so tako lahko zlasti presodili pri prireditelju, slovenskem British Councilu, saj je na prireditev, čeprav je bil petek, prišlo kar precej študentov. Žal pa se je izkazalo, da učitelji naše fakultete za dogodek skoraj niso vedeli. Pa bi morda prav zaradi zanimive okrogle mize v nadaljevanju, ko so štiri slovenske bivše študentke podiplomskih študijev, ki so jih obiskovale v Veliki Britaniji, povedale veliko tega, kar razkriva uspešnost anglosaškega študijskega sistema v svetu in bi bilo koristno tudi za naše učitelje. Ne glede na to, da je bilo v pogovoru sicer ves čas čutiti rahel promocijski nadih, je vendarle pričevanje o izraziti skrbi britanskih organizatorjev študijev za študenta pustilo močan vtis.

Vsekakor velja pohvaliti živahno prisotnost British Councila pri nas, na njihovem spletu boste ob koristnih povezavah do obsežne informacijske baze o študiju v Veliki Britaniji našli tudi tekoča obvestila (nanje se lahko tudi naročite in jih boste prejemali na elektronski naslov) o njihovih drugih aktualnih prireditvah v Sloveniji – v novembru jih bo vsaj še pet.

Prioni v mlečni žlezi

Kot povzema avstrijski spletni forum Science ORF.at članek v Nature medicine, so švicarski in italijanski raziskovalci dokazali prione, povzročitelje praskavca (angl. Scrapie), v mlečni žlezi ovac, ki so istočasno obolele tudi za mastitisom, vnetjem mlečne žleze. To seveda opravičuje sum, da so morda prioni bili prisotni tudi v mleku, kjer pa jih doslej niso uspeli dokazati. Najdba bo seveda na eni strani sprožila intenzivno nadaljevanje raziskav o poteh izločanja prionov iz telesa, na drugi strani pa bo povečala zaskrbljenost med ljudmi saj gre za povzročitelje obolenj iz skupine, kamor uvrščamo tudi povzročitelje obolenja BSE pri govedu in zaradi katerih naj bi se pri ljudeh po okužbi z govejim mesom razvila t. i. variantna Creutzfeldt-Jakobovo bolezen (vCJD). Več o prionih lahko preberete ->tukaj, ->tukaj, ->tukaj, ->tukaj in ->tukaj.

Iskalec iSpecies

Na spletu smo »biološko obremenjeni« morda dočakali naslednje zelo koristno, rekel bi kar izjemno orodje za zbiranje aktualnih informacij. Zlasti bo všeč vsem, ki so kakorkoli povezani s sistematično biologijo. Profesor Rod Page, iz DEEB, IBLS na Univerzi v Glasgowu (mimogrede, tudi urednik revije Systematic Biology) je oblikoval posebno iskalno orodje iSpecies, ki naj bi izpolnilo idejo E.O.Wilsona o posebni spletni strani za vsako biološko vrsto. Mikrobiologi: preprosto prikličite vstopno stran iSpecies in vpišite v okence Escherichia coli – presenečeni boste! Če želite prebrati tudi prve odmeve na novo pridobitev lahko pokukate na spletni forum TAXACOM, za sprotno spremljanje dogajanja okoli novega iskalca pa priporočljivo slediti namenskemu blogu iSpecies. Tam boste našli tudi povezave do prvih komentarjev drugih blogarjev.

Ebola

Ebola velja za eno najbolj strašljivih bolezni, tako zaradi poteka in izjemno velike smrtnosti, ki praviloma presega 80%. Nekatere že znane informacije pa tudi nekaj o novih raziskavah te bolezni najdete na spletni strani, ki jo ponuja PLoS Biology.

Še ena na temo ptičje gripe

Kolega študent me je opozoril na slovenski povzetek članka dr. L. Horowitza na temo ptičje gripe, ki naj bi krožil po slovenskem medmrežju. Slovenski tekst, kot mi ga je posredoval študent lahko najdete tudi >tukaj, vendar svetujem, da raje preberete originalni angleški prispevek, ne nazadnje ker je izčrpnejši. Vsekakor pa priporočam tudi, da istočasno na spletu poiščete kakšno informacijo o dr. Leonardu Horowitzu, avtorju članka in v ZDA zelo znanem kritiku globalizacijskih in hegemonističnih pojavov v ameriški družbi in državi, predvsem takih, ki zadevajo javno zdravstvo. Šele, ko boste prebrali nekaj mnenj avtorja tega članka in nasprotujočih mnenj njegovih kritikov, si boste postopoma lahko ustvarili lastno sliko... Ne dvomim, da boste ustrezno kritični do vsega, predvsem do podatkov, ki so pogosto predpostavke, nedokazane trditve in izzivalni ter zanimivi miselni konstrukti. Slej ko prej se boste najbrž znašli na stališču, da je dejanskost nekje vmes, težko določljiva in obremenjena z različnostjo interesov vseh strani.