24 julij, 2013

Mesto za doktoranda v znanostih o življenju

Naš nekdanji študent, danes uspešen raziskovalec na Finskem, dr. Matjaž Barborič, razpisuje v svojem laboratoriju na Univerzi v Helsinkih mesto za doktoranda:  

A doctoral student position in the field of RNA Polymerase II Gene Regulation & RNA biology is open in Barboric laboratory at Biomedicum Helsinki 1, University of Helsinki. Strong background in
molecular biology, biochemistry and/or bioinformatics is required. Applications are accepted on continuous basis, but the post will be filled as soon as a competitive candidate is identified. The position is open in a young laboratory led by Matjaz Barboric, Ph.D. at the Institute of Biomedicine, Department of Biochemistry & Developmental Biology at University of Helsinki, Finland. My research group, which is currently composed of two doctoral students and a postdoctoral fellow, investigates the mechanisms that regulate transcription elongation by RNA polymerase II. This phase in gene transcription has emerged only recently as a major regulatory step in metazoan gene expression. By using biochemistry, molecular biology, genetics and systems biology approaches, we are seeking to understand biological roles of transcription elongation kinases, their function in mRNA synthesis and processing, as well as the significance of RNA polymerase II elongation control in human diseases such as cancer. Moreover, we are investigating the role of coding and non-coding RNA in controlling these processes. Among others, our research efforts are supported currently by the grants from the Academy of Finland, Sigrid Juselius Foundation, University of Helsinki 3-Year Research Grant and The Marsha Rivkin Center for Ovarian Cancer Research, US.
Requirements. Are you a creative and independent thinker? Are you ready for the hard work that the Ph.D. requires? Are you a motivated and an outstanding student with a strong academic record who is a quick learner and in a position to put a mark in a competitive field of gene transcription? Have you recently received a Masters degree in molecular biology, biochemistry, bioinformatics or related fields or are you finishing up with such studies? Do you have good spoken and written command in English? If yes, then please send your application including a cover letter, CV, your research interests, and 2-3 letters of reference to matjaz.barboric@helsinki.fi.
Employment conditions. Selected candidates will be offered a grant for 1 year. Upon successful performance review, the students will be offered an employment contract in accordance to the University of Helsinki salary scale system.
For further information, please contact:
Matjaz Barboric, Ph.D.
Principal Investigator
Institute of Biomedicine, Biochemistry & Developmental Biology
Faculty of Medicine, University of Helsinki
Biomedicum Helsinki 1, Room B233b
Haartmaninkatu 8, 00290 Helsinki, Finland
Email: matjaz.barboric@helsinki.fi
Web:
Matjaz Barboric
https://tuhat.halvi.helsinki.fi/portal/en/persons/matjaz-barboric(09c0e783-7ec6-4b97-81a7-0706b1f08925).html
Institute of Biomedicine
http://www.biomed.helsinki.fi/english/

21 julij, 2013

Odkriti gigantski virusi

Skupina francoskih raziskovalcev, večinoma iz univerze Aix-Marseille iz sklopa CNRS, je nedavno v reviji Science objavila najdbo največjih doslej odkritih virusov. Predlagajo poimenovanje z rodovnim imenom Pandoravirusi, s čimer simbolično namigujejo na možnost, da to odkritje obeta nova presenečenja pri pojasnjevanju izvora življenja, kot bi odpirali Pandorino skrinjico. Virusa z velikostjo delcev okrog enega mikrometra imata genoma z velikostjo 2,5 megabaz (Pandoravirus salinus, iz obalnega morskega mulja v Čilu),  oz. 1,9 megabaz (Pandoravirus dulcis, iz sladkovodnega jezera v Avstraliji). Doslej največji znani virus je bil Megavirus chilensis, z 1,18 megabazami v genomu, odkrit 2011, pred tem pa Mimivirus z 1,1 megabazami, odkrit 1992. Vsi ti virusi, vključno z novoodkritima pandoravirusoma so zajedavci ameb; genoma pandoravirusov imata 2.500 oz. 1.900 genov in za večino njih funkcije še ne poznajo, 93% teh genov je različnih od kateregakoli drugega organizma. Avtorji ugibajo ali ne gre za zelo reduciran genom parazitskih bakterij oz. ali morda celo za povsem novo taksonomsko domeno živega sveta.

pandoravirus2
  
slika: Claverie in Abergel

14 julij, 2013

O mikroorganizmih v našem bivalnem okolju

Ne zgolj skrb za zdravje, tudi veliko boljše možnosti za raziskovanje ekoloških niš, ki jih zasedajo mikroorganizmi, so v zadnjih letih močno povečale obseg raziskovanja mikroorganizmov, ki so v stiku s človekom. Seveda ima pri tem največ zaslug razmah negojitvenih metod identifikacije mikroorganizmov, ki jih je omogočila molekularna biologija. Med najbolj zanimivimi mikrobnimi nišami so seveda tiste vezane na človekovo telo, njegovo kožo in notranje votle organe. Število objav o pestrosti različnih delnih ali celotnih poselitev telesa z mikrobnimi združbami, v obliki t.i. mikrobiomov, skokovito narašča. Z različnimi poudarki, prevladujejo pa seveda preučevanja vplivov mikrobiomov na človekovo zdravje. Posredno pa se množijo tudi preučevanja drugih ekosistemov, ki samo deloma vključujejo vpliv na človeka npr. preučevanje mikroorganizmov v človekovem bivalnem okolju. Zanimiv povzetek ene od takih raziskav nam v svojem blogu LabRat predstavlja dr. Gouldova v zapisu “How bacteria get inside your house”. Kako pomemben vidik raziskav predstavljajo te teme dokazuje tudi oblikovanje posebnega omrežja “microBEnet – microbiology of the Build Environment network”, z več tekočimi projekti, pri čemer stik z javnostjo zagotavlja tudi zanimiv blog.       

05 julij, 2013

Koronavirusni strah se krepi

S povzročiteljem srednjevzhodnega respiratornega sindroma, ki je znan po udomačeni kratici MERS-CoV, se zdaj intenzivno ukvarjajo tudi že na ameriški CDC, kot poročajo mediji. Potem ko je pred desetimi leti dvignil preplah koronavirus, znan s kratico SARS, se zdaj virologi in epidemiologi koronavirusnih infekcij lotevajo z veliko večjim spoštovanjem, kot dotlej. Vsekakor podatki, da je vsaj polovica zbolelih, ki se zdaj pojavljajo že tudi izven Bližnjega Vzhoda, tudi podlegla virusni infekciji z MERS-CoV, seveda opravičujejo načrtovanje resnih ukrepov za boj proti nevarnosti, toliko bolj, ker je učinkovito ukrepanje leta 2003 pri omejevanju SARSa dober razlog za premišljen epidemiološkopreventivni pristop.    

Enhanced by Zemanta